( PDF ) Análise correlacional entre a expressão dos fatores de splicing e a ocorrência de splicing alternativo em tecidos humanos e de camundongos.

Download PDF

ads:

ANÁLISE CORRELACIONAL ENTRE A

EXPRESSÃO DOS FATORES DE SPLICING E A

OCORRÊNCIA DE SPLICING ALTERNATIVO

EM TECIDOS HUMANOS E DE CAMUNDONGOS

JULIO CÉSAR NUNES

Dissertação apresentada à Fundação Antônio

Prudente para a obtenção do título de Mestre em

Ciências

Área de Concentração: Oncologia

Orientador: Dr. Sandro José de Souza

São Paulo

2008

ads:

Livros Grátis

http://www.livrosgratis.com.br

Milhares de livros grátis para download.

FICHA CATALOGRÁFICA

Preparada pela Biblioteca da Fundação Antônio Prudente

Nunes, Julio César

Análise correlacional entre a expressão dos fatores de splicing e a

ocorrência de splicing alternativo em tecidos humanos e de camundongos /

Julio César Nunes – São Paulo, 2008.

79p.

Dissertação (Mestrado) - Fundação Antônio Prudente.

Curso de Pós-Graduação em Ciências - Área de concentração: Oncologia.

Orientador: Sandro José Souza

Descritores: 1. SPLICING ALTERNATIVO 2. BIOLOGIA MOLECULAR

COMPUTACIONAL 3. CÂNCER 4. GENOMICA.

ads:

AGRADECIMENTOS

Agradeço à FAPESP e CAPES pela bolsa de Mestrado.

Ao Sandro José de Souza agradeço toda orientação e conhecimento

oferecido.

Meus especiais agradecimentos ao Pedro Alexandre Favoretto Galante que

dedicou atenção a minha formação no processo de Pós-Graduação na

Fundação Antônio Prudente, bem como pela sua oficiosa co-orientação ao

projeto de pesquisa.

À grande família e amigos pela dedicação e incentivo a minha formação

acadêmica.

À Fundação Antônio Prudente, Hospital do Câncer e Instituto Ludwig de

Pesquisa sobre o Câncer dedico os meus nobres agradecimentos finais.

RESUMO

Nunes JC. Análise correlacional entre a expressão dos fatores de splicing e a

ocorrência de splicing alternativo em tecidos humanos e de camundongos. São

Paulo; 2007. [Dissertacão de Mestrado - Fundação Antônio Prudente]

Splicing alternativo desempenha uma significante função no aumento da complexidade

genômica, produzindo um extenso número de mRNA e isoformas protéicas. Splicing

alternativos em genes humanos são estimados a ocorrerem na freqüência de 40% a 60%,

tornando assim este evento mais propriamente uma regra do que exceção. Recentes

abordagens experimentais e in silico indicam que amostras derivadas de tumores

freqüentemente apresentam isoformas diferentes de splicing, o que sugere que padrões

alternativos de splicing estão amplamente presentes em neoplasias. Interações entre

fatores de splicing e elementos auxiliares presentes nas moléculas de RNA (elementos

em cis) constituem um modo de controle do splicing alternativo. Este estudo incorpora à

investigação in silico o objetivo geral de efetuar-se uma análise correlacional entre os

perfis de expressão gênica dos fatores de splicing e a presença de eventos de splicing

alternativos em ambos humanos e camundongos. Nossos objetivos específicos foram

compostos em quatro partes: primeiro, reconhecer um conjunto favorável de fatores de

splicing humanos; segundo, selecionar os fatores de splicing ortólogos em

camundongos; terceiro, identificar os eventos de splicing alternativo em ambas as

espécies; quarto, analisar as especificidades teciduais normais e neoplásicas em

humanos. Os resultados proporcionaram respostas conclusivas a uma análise

compreensiva ao escopo dos fatores de splicing em sua totalidade. Apresenta-se como

resultados um conjunto final de 124 fatores de splicing ortólogos em humanos e

camundongos; coexpressão diferencial dos fatores de splicing snRNP, SR, hnRNP e Sm,

bem como incidente ocorrência de eventos de splicing alternativos, preferencialmente

em sistema nervoso e tecidos sexo específicos; conjunto de fatores de splicing com

expressão gênica superior em bibliotecas tumorais de Massively Parallel Signature

Sequencing – MPSS, e promissores candidatos a investigações experimentais

específicas, que corroborem em outros métodos os seus envolvimentos na tumorigênese.

SUMMARY

Nunes JC. [Correlation analysis of splicing factor expression and the occurrence

of alternative splicing in human and mice tissues]. São Paulo; 2007. [Dissertacão

de Mestrado - Fundação Antônio Prudente]

Alternative splicing plays a significant role in increasing the level of genomic

complexity, thereby resulting in a large number of mRNA and protein isoforms.

Alternative splicing in human genes are estimated to occur at a frequency of 40% to 60%

thus making this event a rule rather than an exception. Recent experimental and in silico

approaches have shown that samples from tumor often present different splicing

isoforms, which suggests that alternative patterns of splicing are widely present in

neoplasies. Interactions between splicing factors and auxiliary elements in RNA

molecules (elements in cis) constitute a way of controlling alternative splicing. This

study incorporates the research in silico to its general objective of performing a

correlation analysis between profiles of splicing factor gene expression and the presence

of alternative splicing events in both human and mice. Our specific objectives were

fourfold: first, to recognize a favorable set of human splicing factors; second, select

splicing factors of orthologs in mice; third, identify alternative splicing events in both

species; and fourth, to analyze the specificities of normal and neoplasic human tissues.

The results provided conclusive responses to an encompassing analysis of the range of

splicing factors as a whole. Presented as results are a final set of 124 ortholog factors in

human and mice; a differential co-expression of snRNP, SR, hnRNP and Sm splicing

factors, as well incident occurrence of alternative splicing events, preferably in the

nervous system and gender-specific tissues; a set of splicing factors with higher gene

expression in Massively Parallel Signature Sequencing - MPSS tumor libraries; as well

as promising candidates to specific experimental investigation, which may corroborate

its involvement in tumor genesis through other methods.

LISTA DE FIGURAS

Figura 1

Os sinais de splicing

Figura 2

Elementos de seqüências indicando íntrons

Figura 3

Modos alternativos de splicing

Figura 4

Elementos de seqüências e fatores de splicing

Figura 5

Funções das proteínas SR na montagem do spliceossomo

Figura 6

Modo anormal de splicing de mRNA originando isoforma protéica

com propriedades oncogênicas

Figura 7

Formação e rearranjo do spliceossomo durante a reação de

splicing

Figura 8

Esquema geral da abordagem aplicada à pesquisa

Figura 9

Gráfico da distribuição dos valores de expressão gênica dos fatores

de splicing snRNP, em bibliotecas de MPSS de humanos

Figura 10

Gráfico da distribuição dos valores de expressão gênica dos fatores

de splicing SR, em bibliotecas de MPSS de humanos

Figura 11

Gráfico da distribuição dos valores de expressão gênica dos fatores

de splicing hnRNP, em bibliotecas de MPSS de humanos 38

Figura 12

Gráfico da distribuição dos valores de expressão gênica dos fatores

de splicing Sm, em bibliotecas de MPSS de humanos 39

Figura 13

Gráfico da distribuição dos valores de expressão gênica dos fatores

de splicing snRNP, em bibliotecas de MPSS de camundongos

(macho)

Figura 14

Gráfico da distribuição dos valores de expressão gênica dos fatores

de splicing SR, em bibliotecas de MPSS de camundongos (macho) 40

Figura 15

Gráfico da distribuição dos valores de expressão gênica dos fatores

de splicing hnRNP, em bibliotecas de MPSS de camundongos

(macho)

Figura 16

Gráfico da distribuição dos valores de expressão gênica dos fatores

de splicing Sm, em bibliotecas de MPSS de camundongos (macho) 42

Figura 17

Gráfico da distribuição dos valores de expressão gênica dos fatores

de splicing snRNP, em bibliotecas de MPSS de camundongos

(fêmea) 43

Figura 18

Gráfico da distribuição dos valores de expressão gênica dos fatores

de splicing SR, em bibliotecas de MPSS de camundongos (fêmea)

Figura 19

Gráfico da distribuição dos valores de expressão gênica dos fatores

de splicing hnRNP, em bibliotecas de MPSS de camundongos

(fêmea) 44

Figura 20

Gráfico da distribuição dos valores de expressão gênica dos fatores

de splicing Sm, em bibliotecas de MPSS de camundongos (fêmea)

LISTA DE TABELAS

Tabela 1

Os 15 maiores números de eventos de splicing alternativos em

humanos 46

Tabela 2

Os 15 maiores números de eventos de splicing alternativos em

camundongos

Tabela 3

Números de eventos de splicing alternativos encontrado em humanos,

com presença indicativa dos 41 fatores de splicing constitutivos

Tabela 4

Números de eventos de splicing alternativos encontrado em

camundongos, contendo a presença indicativa dos 31 fatores de

splicing ortólogos constitutivos 49

Tabela 5

Os genes ortólogos resultantes, comparados e pareados quanto aos

seus índices de presença em distintos eventos de splicing alternativos

Tabela 6

Listagem dos genes presentes preferencialmente em transcritos

variantes tumorais (por um fator de dois ou mais). 51

LISTA DE QUADROS

Quadro 1

UniGene clusters dos fatores de splicing constitutivos de humanos 31

Quadro 2

UniGene clusters dos fatores de splicing constitutivos de

camundongos

Quadro 3

Bibliotecas e suas respectivas origens sexo específicas em humanos 32

Quadro 4

Bibliotecas e suas distintas origens sexo específicas em camundongos 33

Quadro 5

Valores diferenciais de coexpressão gênica dos fatores de splicing

constitutivos entre todas as bibliotecas indistintamente 35

Quadro 6

Valores diferenciais de coexpressão gênica dos fatores de splicing

constitutivos entre as bibliotecas de determinado grupo 36

Quadro 7

Grupos teciduais 36

Quadro 8

Conjunto de bibliotecas humanas tumorais de MPSS com seus

respectivos correspondentes tipos normais

Quadro 8.1

Conjunto de bibliotecas humanas modificadas de MPSS com seus

respectivos correspondentes tipos normais 52

Quadro 9

Números de fatores de splicing humanos com presença indicativa em

padrões de eventos de splicing alternativos 54

Quadro 10

Fatores de splicing humanos encontrados apenas em transcritos

variantes tumorais 55

Quadro 11

Fatores de splicing citados em referências científicas correlatas pelo

seu envolvimento na tumorigênese

Quadro 12

Fatores de splicing humanos encontrados em transcritos variantes

normais e tumorais, e com expressão gênica superior em bibliotecas

tumorais de MPSS 58

Quadro 13

Fatores de splicing humanos ausentes nos transcritos variantes

tumorais e com expressão gênica superior em bibliotecas tumorais de

MPSS 59

LISTA DE ABREVIATURAS

AS Alternative splicing

ASS Sítios doadores e/ou aceptores alternativos de splicing

ATP Adenosine 5’-triphosphate

BLAST Basic Local Alignment Search Tool

cDNA Complementary DNA

COMPBIO Laboratório de Biologia Computacional

domínio RS Domínio rico em arginina e serina

DNA Deoxyribonucleic acid

ES Uso alternativo do éxon

ESE Exonic splicing enhancer

ESS Exonic splicing silencer

EST Expressed sequence tag

hnRNP Heterogenous nuclear ribonucleoprotein

HTC High-throughput cDNAs

ILPC Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer

ISE Intronic splicing enhancer

ISS Intronic splicing silencer

IR Retenção de íntron

LIBID Library identification

MGC Mammalian Gene Collection

MPSS Massively Parallel Signature Sequencing

mRNA Messenger RNA

NCBI National Center for Biotechnology Information

NMD Nonsense-mediated decay

nt Nucleotídeo

r Coeficiente de correlação de Pearson

PTB Polypyrimidine tract binding protein

RRM RNA recognition motif

RT-PCR Reverse transcription followed by polymerase chain reaction

RNA Ribonucleic acid

SAF Scaffold attachment factor (A or B)

SAGE Serial Analysis of Gene Expression

SAP155 Spliceosome-associated protein 155

SF3b155 Splicing factor 3B subunit 1/Spliceosome-associated protein 155

SFPQ Splicing factor proline/glutamine-rich

SFRS14 Splicing factor, arginine/serine-rich 14

SC35 Splicing component, 35 kDa; splicing factor, arginine/serine-rich

snRNP Small nuclear ribonucleoprotein particle

SR Serine-arginine-rich protein

SRm 160/300 SR-related nuclear matrix proteins of 160 and 300 kDa

Tra2 Transformer 2

UCSC University of California, Santa Cruz

U1 70K U1 snRNP 70 kDa protein

U2AF U2 snRNP auxiliary factor (35 or 65 kDa)

UTR Untranslated region

ÍNDICE

1 INTRODUÇÃO 1

1.1 O splicing constitutivo e a inerente dinâmica de base 1

1.1.1 Modos alternativos de splicing 4

1.1.2 O acurado e complexo spliceossomo 5

1.1.3 O mecanismo de ação dos fatores de splicing 6

1.1.4 Grupo de fatores de splicing SR 7

1.1.5 A função do grupo SR no splicing constitutivo e alternativo 8

1.1.6 A família de proteínas hnRNP 11

1.2 Splicing alternativo e doenças humanas 12

1.2.1 Splicing alternativo e câncer 12

1.3 O mecanismo de splicing 14

1.4 Massively Parallel Signature Sequencing (MPSS) 17

2 ABORDAGEM GERAL APLICADA À PESQUISA 18

3 MATERIAIS E MÉTODOS 20

3.1 Seleção curada dos fatores de splicing 20

3.2 Obtenção das seqüências de cDNA 20

3.3 Extração das tags virtuais 20

3.4 Seleção dos genes dos fatores de splicing ortólogos de camundongos 21

3.5 Submissão das tags virtuais em bancos de dados de MPSS 22

3.6 Análise na correlação de expressão gênica dos fatores de splicing

constitutivos entre as bibliotecas de MPSS 22

3.7 Protocolo de busca aos eventos de splicing alternativos 24

3.8 Investigação dos níveis de splicing alternativos 25

3.9 Análise comparativa entre os valores de expressão gênica dos fatores

de splicing 26

3.10 Correlação na expressão gênica dos fatores de splicing presentes nos

eventos de splicing alternativos 27

3.11 Simulação in silico aos eventos de splicing alternativos de humanos 28

4 RESULTADOS 29

4.1 Padrões de expressão gênica dos fatores de splicing constitutivos 29

4.2 Eventos de splicing alternativos em humanos e camundongos 45

4.3 Fatores de splicing constitutivos presentes nos eventos de splicing

alternativos 47

4.4 Expressão gênica diferencial de todos os fatores de splicing humanos

presentes em transcritos variantes normais e tumorais 52

5 DISCUSSÃO 60

5.1 Padrão diferencial de coexpressão gênica dos fatores de splicing nos

tecidos do sistema nervoso e sexo específico 60

5.2 A regulação dos eventos de splicing alternativos sob os fatores de

splicing

5.3 Os fatores de splicing presentes preferencialmente nos transcritos

variantes tumorais apresentam valores de expressão gênica

comparativamente superiores aos normais 63

6 CONCLUSÃO 66

6.1 Conjunto de fatores de splicing ortólogos em humanos e

camundongos 66

6.2 Padrões de coexpressão diferencial dos fatores de splicing

constitutivos 67

6.3 Os transcritos variantes e a expressão gênica dos fatores de splicing

em bibliotecas de MPSS normais versus tumorais de humanos 67

7 REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS 69

ANEXOS

Anexo 1 Bibliotecas de MPSS de humanos

Anexo 2 Bibliotecas de MPSS de camundongos

Anexo 3 Anotações gênicas dos fatores de splicing

Anexo 4 Conjunto de 211 clusters gênicos ortólogos curados: fatores

de splicing e proteínas envolvidas no processo de splicing

alternativo

Anexo 5 Conjunto final de 124 fatores de splicing ortólogos

Anexo 6 88 fatores de splicing com expressões gênicas de MPSS com

valores superiores em bibliotecas tumorais versus normais (mais

do que 3 vezes)

Anexo 7 72 fatores de splicing com expressões gênicas de MPSS com

valores superiores em bibliotecas tumorais versus normais (mais

do que 5 vezes)

Anexo 8 Fatores de splicing humanos com presença indicativa em padrões

de eventos de splicing alternativos

1 INTRODUÇÃO

Apresentamos o presente estudo que alcançou o objetivo geral de analisar a

correlação entre a expressão dos fatores de splicing e a ocorrência dos eventos de

splicing alternativos em humanos e camundongos, que resultaram em respostas aos

perfis de expressão gênica dos fatores de splicing investigados. Para tanto foram

alcançados os seguintes objetivos específicos:

• Identificação dos genes candidatos de humanos e camundongos que

representem os referidos fatores de splicing;

• Análise da expressão dos fatores de splicing através dos dados de MPSS;

• Identificação dos eventos de splicing alternativos em humanos e

camundongos;

• Estudo comparativo entre a expressão dos fatores de splicing e a ocorrência

de splicing alternativos, em tecidos humanos tumorais e normais;

• Apresentação de conclusões que favoreceram o conhecimento de uma

proeminente e sugestiva análise funcional aos fatores de splicing e modos

alternativos de splicing.

1.1 O SPLICING CONSTITUTIVO E A INERENTE DINÂMICA DE

BASE

Com a descoberta da estrutura do DNA por WATSON e CRICK (1953), os

genes foram postulados como seqüências contíguas de bases nitrogenadas, pelos

quais as informações eram transferidas para a síntese protéica (SHARP 2005). A

caracterização da biologia molecular manteve-se assim atrelada ao preceito básico de

um código genético descrevendo a relação contínua e única entre a seqüência de

DNA e a seqüência de proteína. O processo representado permanece fidedigno em

organismos procariotos, mas com contraposição em eucariotos, os quais apresentam

discrepâncias comparativas entre as dimensões das seqüências de DNA e mRNA.

Os autores CHOW et al. (1977) e BERGET et al. (1977) evidenciaram

seqüências adicionais inclusas no pré-mRNA nuclear, quando comparado com o

mRNA citoplasmático, sendo estas removidas no splicing. Tais seqüências

intervenientes, denominadas íntrons, são excluídas quando o transcrito primário é

processado no núcleo, originando o mRNA maduro que apresenta apenas as

seqüências exônicas.

O processo de splicing do pré-mRNA ocorre após a clivagem no sítio de

poli(A) e poliadenilação da extremidade 3’ do transcrito primário, quando em

unidades transcricionais curtas, e inicia-se previamente sobre o pré-mRNA nascente

antes que a transcrição esteja completa, em se tratando de unidades transcricionais

longas (SHATKIN e MANLEY 2000).

Um típico gene humano contém em média 8.8 éxons. Os éxons possuem em

média 145 nucleotídeos (nt), sendo que os íntrons possuem uma dimensão de

grandeza superior, com um número 10 vezes maior, ou mais (LANDER et al. 2001).

Os limites dos éxons são definidos pelas curtas e degeneradas seqüências de sítios de

splice existentes nas bordas íntron/éxon (sítio de splice 5’, sítio de splice 3’, e o

ponto de ramificação) (Figura 1).

A maior classe de íntrons humanos (> 99%) contém o clássico sinal de

splicing GT-AG mostrados na Figura 2.

Legenda: (n = G, A, U ou C; y = pirimidina; r = purina). Os íntrons são indicados pelas linhas azuis e

estreitas, e os éxons pelas caixas verdes. Mostram-se apenas os sítios ao redor do éxon central.

Fonte: Adaptado de FAUSTINO e COOPER (2003)

Figura 1 - Os sinais de splicing.

Elementos Seqüências consensuais

Sítio de splice 5’ (doador) YRG / GURAGU

Sítio de splice 3’ (aceitador) precedido por um trato de polipirimidina Y

NYAG

Ponto de ramificação localizado 18-200 nucleotídeos a montante do sítio de

splice 3’

YNYURA

Legenda: (Y = pirimidina; R = purina; N = qualquer nucleotídeo). A barra indica a borda éxon-íntron.

Os nucleotídeos invariantes estão sublinhados.

Figura 2 - Elementos de seqüências indicando íntrons.

Íntrons com as bordas GT-AG são considerados íntrons do tipo U2. Uma

nova classe de íntrons fora encontrada tendo em vista os seus sítios de splice

incomuns (HALL e PAGETT 1994). Estes íntrons contêm AT e AC nos sítios de

splice 5’ e 3’ respectivamente. Este tipo de íntron fora denominado de íntron U12. O

tipo de íntron U12 está presente no núcleo dos vertebrados, insetos, e plantas (WU et

al. 1996). As análises efetuadas nos pares de junção do splice dos genes anotados de

mamíferos mostraram que 98.71% são conformados pelo canônico GT-AC, 0.56%

Sítio de

splice

Sítio de

splice

ynyuray

Ponto de

ramificaç

AG gurgu

yyyyyyynag G

ao não-canônico GC-AG e 0.73% a outras bordas de splice não-canônicas (BURSET

et al. 2001).

1.1.1 Modos alternativos de splicing

Uma via divergente, resultante de uma alteração dos limites das regiões

estabelecidas a sofrerem splicing, constitui um modo alternativo de splicing, com

possíveis excisões ou adições de seqüências nucleotídicas sendo incorporadas

prontamente ao mRNA maduro (BLACK 1995). Os eventos de splicing alternativos

podem ser classificados em três padrões básicos de splicing: uso alternativo de éxon;

sítios alternativos 5’ e 3’; retenção de íntron (Figura 3).

Legenda: As caixas azuis indicam os segmentos constitutivos e as caixas amarelas indicam os

segmentos alternativos incorporados.

Figura 3 - Modos alternativos de splicing.

O uso alternativo do éxon compreende o modo mais incidente, embora os

complexos padrões de splicing evidenciados nos sítios alternativos 5’e 3’ sejam

também freqüentemente observados. Estima-se que 75% de todos os padrões de

splicing alternativos alterem a seqüência codificante (OKAZAKI et al. 2002).

1.1.2 O acurado e complexo spliceossomo

O spliceossomo é um complexo maquinário macromolecular formado por

uma associação de proteínas e cinco pequenos RNA nucleares, as snRNA, formando

as subcomplexas e pequenas partículas ribonucleoprotéicas nucleares, as snRNP U1,

U2, U4, U5 e U6 (LERNER et al. 1981). As possíveis interações intrônicas e

exônicas com as snRNP, e destas entre si, são altamente dinâmicas, modificando-se

progressivamente através do processo de splicing (BROW 2002). Investigações em

espectrometrias de massas, sobre a complexidade protéica envolta ao spliceossomo e

splicing alternativo, identificam neste complexo cerca de 300 proteínas intimamente

relacionadas (JURICA e MOORE 2003). O reconhecimento de ambos os sítios de

splice ocorre durante o processo de montagem do spliceossomo devido a específicas

interações com diferentes componentes de montagem. Incluem-se a estas, interações

com os elementos regulatórios cis-atuantes (elementos em cis) localizados no pré-

mRNA, necessárias para o reconhecimento do éxon, e para o reconhecimento de um

conjunto de proteínas denominadas fatores trans-atuantes controladoras do splicing

alternativo.

Os fatores trans-atuantes contêm domínios ligantes de mRNA e várias

proteínas, sendo que tais interações domínio protéicas permitem as interações de

membros individuais destas famílias de proteínas. Como resultado, temos a formação

de uma complexa rede protéica sobre o pré-mRNA, acerca dos éxons e íntrons,

auxiliando nos seus reconhecimentos. As interações individuais entre os elementos

em cis e em trans envolvidos na seleção dos sítios de splice são consideradas fracas.

Somente através da ação de diversas outras ligações, interpondo-se a um íntron e

éxon, é que o reconhecimento será efetivado. A relativa concentração dos fatores

trans-atuantes é variada entre os tipos celulares e teciduais bem como durante seu

desenvolvimento. Padrões na seleção dos sítios de splice mudam dependendo dos

níveis de concentração local dos fatores de splicing e/ou de específicos genes

reguladores.

Devido a este conjunto de controle, um amplo número de éxons alternativos

pode ser regulado por um delimitado número de proteínas reguladoras. Isto explica a

importância da modulação da seleção dos sítios de splice, dependendo do estágio de

desenvolvimento, diferenciação tecidual, ou mudanças metabólicas das células

(BLACK 1995).

1.1.3 O mecanismo de ação dos fatores de splicing

A modulação das reações de splicing é concebida pelos fatores de splicing

trans-atuantes quando estes reconhecem um arranjo positivo (splicing enhancer) e/ou

negativo (splicing silencer) dos elementos de seqüências cis-atuantes. Estes

elementos podem ser exônicos: (ESE) exonic splicing enhancer, (ESS) exonic

splicing silencer; ou intrônicos: (ISE) intronic splicing enhancer, (ISS) intronic

splicing silencer (Figura 4).

Legenda: Os elementos de seqüências exonic splicing enhancer e intronic splicing enhancer são

ilustrados em vermelho, e os elementos de seqüências exonic splicing silencer e intronic splicing

silencer, em amarelo. Os fatores de splicing são figurados em formas de elipse. Os elementos

intrônicos também servem para modular o uso alternativo de éxon pela ligação de um complexo

regulatório.

Fonte: Adaptado de FAUSTINO e COOPER (2003).

Figura 4 - Elementos de seqüências e fatores de splicing.

Estes elementos regulatórios são comumente requeridos para os eficientes

splicing constitutivos e alternativos (LADD e COOPER 2002). Os enhancers cis-

atuantes podem auxiliar no recrutamento dos fatores de splicing, nos casos de quando

as distâncias entre os sítios de splice são desfavoráveis, ou quando os sítios de splice

são considerados fracos (BLACK 1995).

As proteínas ligantes específicas às seqüências enhancers ou silencers, e

moduladoras da seleção do sítio de splice alternativo, podem ser subdivididas em

dois grupos: membros da família de proteínas SR (TACKE e MANLEY 1996) e

hnRNP (WEIGHARDT 1996).

1.1.4 Grupo de fatores de splicing SR

As proteínas do grupo SR são fatores de splicing essenciais (TACKE e

MANLEY 1996). Eles pertencem a uma família de proteínas altamente conservada

em metazoários, estas proteínas são requeridas no splicing constitutivo e também

Sítio

ynyura

U2AF6

Ponto

yyyyyyyna

Comple

ltó

ISE

ISS

ESES

Proteína

para a regulação da seleção alternativa do sítio de splice (GRAVELEY 2000). As

proteínas possuem uma estrutura modular, consistindo de uma ou duas cópias de

domínios RNA-ligantes N-terminal, com funções RNA ligantes e um domínio RS. O

domínio RS destas proteínas é rico em resíduos alternantes de serina e arginina. Isto

auxilia na mediação da proteína: interações protéicas do spliceossomo. O domínio

RS contém múltiplos sítios de fosforilação de serina. A fosforilação de serina é

importante na regulação das atividades e localização de proteínas SR (SANFORD et

al. 2003). As proteínas SR-related (SRrp) pertencem a outra classe de proteínas

contendo domínios RS. As maiorias destas proteínas contêm RRM. Dentre estas se

incluem as proteínas U1-70K, ambas as subunidades de U2AF, SRm 160/300, bem

como os reguladores de splicing alternativos dos genes Tra e Tra2, nos quais estão

envolvidos na seleção do sítio de splice.

1.1.5 A função do grupo SR no splicing constitutivo e alternativo

As proteínas SR e SR-related auxiliam na seleção do sítio de splice e

montagem do spliceossomo pela suas interações com outros fatores de splicing, via

seu domínio RS. Estas proteínas são componentes recrutadores do aparato central do

splicing promotores do pareamento no sítio de splice (TACKE e MANLEY 1999).

Funcionam como conectores entre o pré-mRNA e o maquinário de base do splicing.

Em adição ao processamento do pré-mRNA, estas específicas seqüencias de

proteínas RNA ligantes possuem um significante papel no transporte, estabilidade e

tradução do mRNA. A fosforilação do domínio RS regula as atividades e localização

das proteínas SR (SANFORD et al. 2003). Uma das funções das famílias de

proteínas SR e SR-related é a de ativar sítios de splice subotimos e adjacentes

(BLENCOWE et al. 2006) no splicing alternativo. Propõe-se que a função das

proteínas SR é a de estimular o reconhecimento de fracos sítios de splice 3’ a

montante, pelo recrutamento de U2AF, ou para facilitar o ligamento do snRNP U1 ao

sítio de splice 5’ (BLACK 2003). Certas proteínas SR possuem efeitos antagonistas

no splicing alternativo, no qual fora evidenciado na regulação da β-tropomiosina pela

ação oposta de SF2/ASF E SC35 (GALLEGO et al. 1997). As proteínas SR e SR-

related interagem com múltiplos elementos cis-atuantes localizados dentro de

seqüências intrônicas e exônicas. A seleção dos sítios de splice, portanto depende da

interação de proteínas SR com estes elementos, e subseqüente participação em

múltiplas fases de montagem do spliceossomo. Os efeitos dos elementos cis-atuantes

são dependentes da posição. Sítios das proteínas SR-ligantes contendo ESE possuem

um efeito positivo na seleção do sítio de splice. As interações entre as proteínas SR e

ESE favorecem o recrutamento e estabilização do snRNP U1 e U2AF aos sítios de

splice 5’ e 3’.

Este processo é definido como exon definition (BOUKIS et al. 2004) (Figura

5).

Legenda: (A) U2AF é ilustrado em cinza e está a montante do sítio de splice 3’, e o U1 snRNP, o qual

é ilustrado em laranja e situado a jusante do sítio de splice 5’. A ligação ao RNA é facilitada pelas

proteínas SR acerca do ESE (faixas em amarelo). O trato de polipirimidina (YYYYYY) é uma parte

do sítio de splice 3’. (B) Os sítios de splice 5’ e 3’ podem estar justapostos precocemente na reação de

splicing pelas interações intron bridging entre as proteínas SR e o domínio RS contendo subunidades

de snRNP U1 e U2AF. (C) As proteínas SR recrutam o U4/U6.U5 tri-snRNP para o spliceossomo. (D)

As proteínas SR acerca do ESE promovem a seleção alternativa do sítio de splice 3’ pelo recrutamento

do U2AF ao sítio de splice 3’. Alternativamente, exonic splicing silencers, ilustrados como faixas

pretas, podem recrutar proteínas repressoras de splicing tais como hnRNP A1 e bloquear a seleção do

sítio de splice 3’ pelo U2AF.

Fonte: Adaptado de SANFORD et al. (2005).

Figura 5 - Funções das proteínas SR na montagem do spliceossomo.

U2AF

B - Intron bridging

U2AF

(YRRYRY)

U2AF

(YYYYYY)

D - Alternative 3’ss

U2AF

(YYYYYY)

A - Exon

U2AF

U4 U5

C - tri-snRNP

O reconhecimento do éxon e seleção do sítio de splice são realizados por uma

coordenada ação de ambos os controles regulatórios positivos e negativos,

providenciados pelas proteínas SR e SR-like e proteínas hnRNP, respectivamente. Os

fatores que freqüentemente se opõem a ação da família de proteínas SR são as

ribonucleoproteínas heterogêneas (hnRNP).

1.1.6 A família de proteínas hnRNP

As hnRNP foram primeiramente descritas como um grupo de proteínas

nucleares RNA-ligantes. As hnRNP pertencem a uma abundante família de proteínas

que se associam com pré-mRNA heterogêneos durante a transcrição e mantêm-se

associados com mRNA após o splicing (NAKIELNY et al. 1997).

Estas proteínas são evidenciadas pelos seus envolvimentos na biogênese e

transporte nucleocitoplasmático do mRNA (DREYFUSS et al. 1993). A proteína

hnRNP A1 fora amplamente estudada e preconizada pela sua ação antagonista às

proteínas SR que promovem o uso do sítio de splice 5’ em pré-mRNA de β-globina

(MAYEDA e KRAINER 1992).

Outra proteína providenciando um exemplo de controle regulatório negativo

de escolha ao sítio de splice é o polypyrimidine tract binding protein (PTB). PTB

fora descoberto como uma proteína que se liga ao trato de polipirimidina U-rich de

vários íntrons (GARCIA-BLANCO 1989). PTB media o silenciamento de éxons pela

ligação a um amplo número de splicing silencers intrônicos dos pré-mRNA

(GARCIA-BLANCO 2004). Isto sugere que tais proteínas agem como repressores

globais de éxons regulados.

1.2 SPLICING ALTERNATIVO E DOENÇAS HUMANAS

Os eventos de splicing alternativos possuem uma importante função na

expressão gênica e diversidade proteômica em humanos, possuindo alta relevância de

investigação em possíveis relações com doenças e terapias. Formas aberrantes de

splicing são reconhecidas como origem de um diverso número de doenças

(FAUSTINO e COOPER 2003).

A sujeição incidente à imprecisão genética originada dos modos distintos de

splicing torna-se evidente quando cerca de 15% de todas as doenças genéticas

humanas surgem de mutações em seqüências consensuais de sítios de splicing

(KRAWCZAK et al. 1992).

Nonsense-mediated mRNA decay (NMD) é considerado um mecanismo de

controle no qual remove formas inapropriadas de mRNA oriundas de modos

aberrantes de splicing. Em certas condições patológicas formas aberrantes de mRNA

podem ser geradas e manterem-se despercebidas pelo NMD, e assim sendo serem

traduzidas em proteínas. Tais proteínas podem resultar na causa primária de diversas

doenças, incluindo-se fibrose cística, retinite pigmentosa, atrofia muscular espinhal,

neurofibromatose tipo 1, hemofilia A, β-talassemia, e várias tipos de neoplasias.

1.2.1 Splicing alternativo e câncer

Diversos experimentos e estudos in silico têm sido realizados com o principal

objetivo de identificar variantes de splicing câncer-associado (Figura 6), resultando

em um amplo número de genes candidatos (ROY et al. 2005). Abordagens

experimentais utilizando-se de técnicas de RT-PCR evidenciam modos aberrantes de

splicing relacionados com a ativação dos oncogenes e inibição dos supressores de

tumores em uma variedade de tipos de câncer em humanos (VENABLES 2006).

Alterações na concentração, localização, composição, ou atividade de fatores

regulatórios trans-atuantes, tais como as proteínas hnRNP e SR, podem resultar em

mudanças do processo de splicing (KARNI et al. 2007).

Os eventos de splicing alternativos sob os genes tumorais podem ser

altamente relevantes em todos os principais aspectos da biologia celular do câncer,

incluindo controle do ciclo celular, vias de transdução de sinal, apoptose,

angiogênese, invasão e motilidade, e metástase (BLENCOWE 2006).

Éxon1

Éxon2 Éxon3

Íntron

Splicing

constitutivo

Splicing

alternativo

Proteína normal

Célula

normal

Célula

maligna

Oncoproteína

mRNA

Núcleo

Citoplasma

DNA

Fonte: Adaptado de PAJARES et al. (2007).

Figura 6 - Modo anormal de splicing de mRNA originando isoforma protéica com

propriedades oncogênicas.

1.3 O MECANISMO DE SPLICING

O spliceossomo é um dinâmico complexo molecular. Este amplo maquinário

é composto de 5 pequenas partículas ribonucleoprotéicas, snRNP: U1, U2, U4 e U6

(na classe maior de spliceossomo - tipo U2) e outros 5 snRNP: U11, U12, U4 e U6

(na menor classe de spliceossomo - tipo U12), e aproximadamente 50-100 fatores de

splicing considerados não-snRNP (KRAMER et al. 1996). Cada snRNP é composto

de uma pequeno RNA nuclear (snRNA) e múltiplas proteínas. Os sítios de ligação e

funções destas partículas são muito específicos. Por exemplo, o snRNP U1 liga-se ao

sítio de splice 5’, enquanto que snRNP U2 liga-se ao sítio de ramificação via RNA:

interações entre snRNA e o pré-mRNA (Figura 7).

O processo de splicing inicia-se com a formação do Complexo E. A

montagem do complexo E envolvem os reconhecimentos do sítio de splice 5’, do

trato de polipirimidina e sítio de splice 3’, pelos snRNP U1 e fator de splicing

heterodimérico U2AF (fator auxiliar snRNP U2), consistindo-se este pelo fator

auxiliar U2-65 (U2AF65) e fator auxiliar U2-35 (U2AF35). O ponto de ramificação é

reconhecido pelo fator de splicing 1 (SF1). Diversos fatores de splicing não-snRNP

tais como proteínas serina/arginina (SR) e SR-related também se associam com o

pré-mRNA nesta etapa. O tri-snRNP U4/U6.U5 podem associar-se com o primeiro

éxon perto do sítio de splice 5’ no Complexo E. Esta associação é dependente de

ATP. O pareamento de base ATP-dependente do snRNP U2 com o ponto de

ramificação forma o Complexo A. O Complexo B é formado pelo recrutamento do

tri-snRNP U4/U6.U5 ao pré-spliceossomo. O duplo U6/U4 é rompido e uma nova

associação entre U6 e o sítio de splice 5’ é formado, resultando no deslocamento do

snRNP U1. O sítio de splice 5’ é trazido para perto do ponto de ramificação e sítio de

splice 3’, através do pareamento de base do snRNP U6/U2 e da interação do snRNP

U5 com ambos os éxons próximos aos sítios de splice.

Neste momento do processo, o snRNP U4 deixa o complexo e ocorre a

primeira fase catalítica do splicing, formando um laço intrônico. Finalmente, com o

pareamento de bases do snRNP U5 com ambos os limites 5’ e 3’ dos éxons, são

posicionadas as terminações dos dois éxons para a subseqüente segunda etapa

catalítica do splicing.

Após a segunda etapa ter sido completada, os exóns estão ligados, o laço

intrônico é liberado e os componentes do spliceossomo dissociam-se para serem

reutilizados em outros eventos de splicing. A Figura 7 representa esquematicamente

a montagem do spliceossomo, e o processo resultante na excisão dos íntrons do pré-

mRNA.

Fonte: Adaptada de PATEL E STEITZ (2003).

Figura 7 - Formação e rearranjo do spliceossomo durante a reação de splicing.

Complexo

1.4 MASSIVELY PARALLEL SIGNATURE SEQUENCING (MPSS)

Tecnologias de medição de expressão gênica em larga escala são

desenvolvidas para serem capazes de mensurar a abundância de muitos transcritos de

mRNA de uma amostra. Nestas estão inclusas a tecnologias de microarray

(SCHENA et al. 1995), Serial Analysis of Gene Expression - SAGE (VELCULESCU

et al. 1995), e mais recentemente Massively Parallel Signature Sequencing - MPSS.

Comparado com a tecnologia de SAGE, MPSS é mais sensível e pode ser usado para

mensurar com confiança transcritos extremamente raros (BRENNER et al. 2000;

CHEN e RATTRAY 2006).

Há dois métodos básicos de MPSS: o método Classical e Signature. A

diferença entre estes métodos é que para o método Classical, todo o fragmento do

sítio DpnII (GATC) ao início do segmento de poly(A) é clonado e submetido ao

seqüenciamento. No método Signature, durante a clonagem, uma enzima de restrição

corta a 21 ou 22 pb a jusante do sítio de DpnII. O método Signature é capaz de

remover viéses durante o processamento de clonagem (MEYERS et al. 2004).

2 ABORDAGEM GERAL APLICADA À PESQUISA

A primeira parte desta pesquisa fora focada na seleção curada e anotação

gênica dos fatores de splicing humanos e das proteínas splicing-associadas indicadas

em BARBOSA-MORAIS et al. (2006), seguido da busca aos respectivos genes

ortólogos em camundongos, resultando no conjunto final de genes ortólogos curados

envolvidos no processo de splicing em ambas as espécies. Posteriormente às análises

restritivas efetuadas sobre as seqüencias dos respectivos cDNA, foram então

extraídas as suas tags virtuais. No próximo passo, utilizamos as tags virtuais e as

tags experimentais para avaliar a expressão dos genes de interesse.

A segunda parte da pesquisa concentrou-se nos grupos protéicos de fatores de

splicing: snRNP, SR, hnRNP e Sm. Inicialmente, pelo computo dos coeficientes de

correlação (r) de Pearson (produto-momento) existentes entre os valores de

expressão gênica destes grupos de fatores. Posteriormente, pela inferência estatística

e funcional ao padrão de coexpressão gênica destes grupos, entre os pares de

bibliotecas de MPSS, encontrados nas distintas espécies. Finalmente, pela

investigação comparativa quanto aos eventos de splicing alternativos presentes nos

grupos de seus fatores de splicing, e ocorrendo em tecidos normais e tumorais.

Na terceira parte da pesquisa finalizou-se a obtenção e análise dos distintos

valores de expressão gênica (bibliotecas normais e tumorais de MPSS) de todos os

fatores de splicing curados de humanos, em correlação aos respectivos eventos de

splicing alternativos aos quais se encontram presentes.

A Figura 8 representa um esquema geral da abordagem geral desta pesquisa,

sendo possível visualizar as principais etapas.

Figura 8 - Esquema geral da abordagem aplicada à pesquisa.

3 MATERIAIS E MÉTODOS

3.1 SELEÇÃO CURADA DOS FATORES DE SPLICING

Foram selecionadas as proteínas pelas quais há evidência experimental de seu

envolvimento em modos de splicing, tendo-se como referência de escolha o conjunto

total de 254 proteínas, disponível em BARBOSA-MORAIS et al. (2006). Foram

coletadas e analisadas as suas respectivas anotações gênicas, através de pesquisas

efetuadas com os seus referidos clusters gênicos encontrados no UniGene

(BOGUSKI e SHULER 1995).

3.2 OBTENÇÃO DAS SEQÜÊNCIAS DE cDNA

Todas as EST públicas de humanos e camundongos foram obtidas do dbEST

(BOGUSKI et al. 1993). Os cDNA full length e full inserts, ambos denominados de

mRNA no presente projeto, foram obtidos do RefSeq (PRUITT e MAGLOTT 2001)

do MGC (STRAUSBERG et al. 2002), e do UniGene (BOGUSKI e SCHULER

1995) – Homo sapiens: versão 190; Mus musculus: versão 152.

3.3 EXTRAÇÃO DAS TAGS VIRTUAIS

As tags virtuais foram extraídas das seqüências de cDNA previamente

selecionadas (contendo os UniGene clusters dos fatores de splicing curados).

Limitou-se a seleção dos segmentos de 13 nucleotídeos (em humanos) e 16

nucleotídeos (em camundongos) adjacentes ao sítio mais a jusante da enzima de

restrição DpnII (GATC). Reiteramos que a confiabilidade de uma tag virtual é dada

pela qualidade da região 3’ da qual fora derivada. Quando há evidências de que a

região 3’ está completa, a tag virtual nos é considerada confiável. Como descrito em

BOON et al. (2002), fora utilizado a presença do sinal de poliadenilação (AAUAAA

ou AUUAAA, sinais canônicos) e/ou presença da cauda de poli(A) (definida como

conjunto mínimo de 8 adeninas no final 3` do cDNA) como indicativos de total

seqüenciamento da região 3’ para cada cDNA. O conjunto de tags virtuais

providenciou uma associação única entre uma seqüência específica de um transcrito

dos fatores de splicing, e o seu restrito segmento terminal. Foram descartados

aqueles casos em que os alinhamentos divergentes nas 3’ UTR não compreenderem

poliadenilação alternativa e obedecerem ao padrão mínimo de 8 nt de adeninas em

uma sequência de 10 nt, nas 30 últimas posições de sequências genômicas, então

considerados casos de artefatos de seqüenciamento, denominados aqui de internal

priming.

3.4 SELEÇÃO DOS GENES DOS FATORES DE SPLICING

ORTÓLOGOS DE CAMUNDONGOS

A pesquisa de possíveis ortólogos em camundongos fora efetuada através do

alinhamento local cruzado (humanos versus camundongos, e camundongos versus

humanos), parâmetro default e a seleção dos melhores Hits, no processamento do

programa Basic Local Alignment Search Tool - BLAST (ALTSCHUL 1990). A

estratégia de alinhamento cruzado é adotada em larga escala por diversos outros

projetos, na busca de genes ortólogos, citando-se o projeto HomoloGene do National

Center for Biotechnology Information (NCBI) em 2006a.

3.5 SUBMISSÃO DAS TAGS VIRTUAIS EM BANCOS DE DADOS

DE MPSS

Os valores de expressão gênica dos candidatos foram obtidos pela busca de

identidade das tags virtuais previamente coletadas, com todas as tags de bibliotecas

de MPSS de ambas as espécies, em banco de dados local. Constam 51 e 81

bibliotecas de MPSS de humanos (tecidos normais e tumorais) (Anexo 1) e de

camundongos (tecidos normais) (Anexo 2) respectivamente. Foram excluídos os

genes que apresentam valores de expressão gênica nulo em mais de 2/3 das

bibliotecas de MPSS.

3.6 ANÁLISE NA CORRELAÇÃO DE EXPRESSÃO GÊNICA DOS

FATORES DE SPLICING CONSTITUTIVOS ENTRE AS

BIBLIOTECAS DE MPSS

A variação na coexpressão gênica dos fatores de splicing constitutivos

(snRNP, SR, hnRNP e Sm) existente entre as bibliotecas de MPSS de ambas as

espécies, fora analisada pelo computo do coeficiente de correlação (r) de Pearson

(produto-momento). Buscou-se uma possível semelhança funcional aos padrões de

coexpressão dos fatores de splicing constitutivos dispostos nas bibliotecas de MPSS

das espécies.

A ausência de correlação entre as bibliotecas é apontada pelo coeficiente de

correlação negativo (r ≤ 0). Os valores de r (0 < r < 0.5) compreendidos na escala de

correlação positiva, indicam um baixo grau de concordância na expressão relativa

dos mRNA dos conjunto de fatores de splicing.

Os valores r compreendidos entre os limites maior ou igual a 0.5 e menor

que 0.75 correspondem a uma moderada concordância. Os outros valores superiores

de r (r ≥ 0.75) indicam um alto índice de correlação.

Nestes critérios abordados, os valores superiores de r (r ≥ 0.5) são índices

adequados a conclusão de uma favorável correlação positiva existente na

coexpressão gênica dos fatores de splicing entre as bibliotecas.

Como exposto, enfatizou-se que o critério para se definir um limiar inferior a

existência de correlação teve como base a inferência estatística aos valores de r,

como abordado por outros relevantes estudos de referência (ZHOU et al. 2003). A

biblioteca que obtiver o maior montante (acima ou igual a 50%) dos valores de r

(r < 0.5) (comparativamente às outras bibliotecas) será considerada um outlier, ou

seja, possuem um diferencial negativo na coexpressão gênica dos fatores de splicing.

Tal constatação possui favorável parecer a uma subseqüente investigação

correlacional, quanto à distinta coexpressão dos tecidos considerados outliers, frente

aos eventos de splicing alternativos encontrados nestes (YEO et al. 2004).

O padrão comparativo de coexpressões tornou-se uma favorável alternativa

de investigação correlacional com os outros padrões diferenciais de splicing

alternativos encontrados.

Foram analisadas as correlações existentes nas bibliotecas semelhantes

funcionalmente (pertencentes ao mesmo grupo tecidual), e também analisadas estas

com as outras sem semelhanças funcionais (pertencentes a outros distintos grupos

teciduais), obtivemos assim dois resultados de correlação de Pearson.

3.7 PROTOCOLO DE BUSCA AOS EVENTOS DE SPLICING

ALTERNATIVOS

Para a investigação de ocorrência de eventos de splicing alternativos nas

espécies, foram utilizados os respectivos totais de mRNA, previamente selecionados.

Esta busca é baseada na comparação pareada entre os alinhamentos nos genomas dos

cDNA dos referentes clusters alocados em bancos de dados local. O protocolo

utilizado é referido por MIRONOV et al. (1999); MODREK et al. (2001) e

GALANTE et al. (2004). O protocolo adaptado possui em seu processo os seguintes

momentos: Mapeamento dos cDNA no genoma e clusterização.

Todos os cDNA disponíveis no dbEST, e as seqüências de mRNA do

UniGene versão 153, e em camundongos do UniGene versão 15, são alinhados ao

conjunto de seqüências do genoma de humanos (Hs 17), e do genoma de

camundongos (Mm 7), pelo uso do pp-Blast (OSÓRIO et al. 2003), e uma

implementação do MegaBlast (ZHANG et al. 2002) para o modo cluster paralelo. As

análises dos altos níveis de scores foram associadas com as altas identidades sobre

todos os alinhamentos. Somente as seqüências com os mais altos scores foram

utilizadas na presente análise.

A clusterização das seqüências de cDNA fora baseada nas suas coordenadas

genômicas como descrito por SAKABE et al. (2003) e GALANTE et al. (2004). As

seqüências foram criterizadas como integrantes de mesmo cluster quando estas

partilharam de mesma estrutura gênica. Após a construção do banco de dados,

seguimos para a análise do splicing alternativo.

São classificados como modos alternativos de splicing os genes apresentando:

I. Uso alternativo de éxon: ocorre quando o gene apresenta alguns transcritos

contendo um determinado éxon, em detrimento a outros com ausência deste

éxon.

II. Sítio alternativo 3’: ocorre quando a parte 5’ do éxon apresenta variações, ou

seja, há momentos em que o éxon possui um segmento da seqüência que no

transcrito variante é parte do íntron.

III. Sítio alternativo 5’: modo similar e distinto ao anterior com a parte 3’ do éxon

possuindo o ganho de um segmento da seqüência que no transcrito variante é

parte do íntron.

IV. Retenção de íntron: Ocorre quando um transcrito maduro do gene apresenta

uma seqüência que é intrônica em outro transcrito. No modo variante o

transcrito apresenta um novo éxon, contendo o íntron e os dois éxons

adjacentes a este.

3.8 INVESTIGAÇÃO DOS NÍVEIS DE SPLICING ALTERNATIVOS

Para a identificação dos tecidos de onde as EST foram geradas, utilizamos os

resultados apresentados pelo projeto eVOC (KELSO et al. 2003). No presente estudo

as bibliotecas de expressão gênica do projeto eVOC foram selecionadas e agrupadas

por semelhança funcional (Ontologia). Como resultado obtivemos grupos específicos

de tipos teciduais que foram utilizados como quadro representativo chave para a

soma dos valores de eventos de splicing alternativos, presentes nos distintos grupos

de bibliotecas. Tendo em vista o exposto, todas as identidades das bibliotecas com

tais semelhanças foram agrupadas em um tipo tecidual único que abranja

funcionalmente o grupo.

Em camundongos não há uma anotação como o eVOC. No estudo em

camundongos, adotou-se um estratégia similar, de através das 1.220 bibliotecas

identificadas no arquivo Mm.lib.info – NCBI (2006b) efetuar-se uma análise manual

curada, restringindo-se e agrupando-se os tipos teciduais por origem e função

inerentes aos mesmos. Nesta espécie buscou-se quantificar os eventos de splicing

alternativos num tecido, pela busca de identidade entre as bibliotecas apresentadas

nos respectivos eventos com as bibliotecas presentes em um tipo tecidual chave. A

classificação efetuada está disponível em COMPBIO LUDWIG (2007).

3.9 ANÁLISE COMPARATIVA ENTRE OS VALORES DE

EXPRESSÃO GÊNICA DOS FATORES DE SPLICING

Inicialmente os valores de expressão gênica dos fatores de splicing

constitutivos foram analisados em ambas as espécies. Selecionamos os três tipos

teciduais nos quais se encontram os maiores valores de expressão gênica de cada

grupamento de fatores de splicing constitutivos. Investigamos os possíveis tipos

teciduais nos quais os grupamentos de fatores de splicing constitutivos apresentam os

maiores valores de expressão gênica.

Foram confrontados os distintos valores de expressão gênica de todos os

fatores de splicing de humanos, encontrados em bibliotecas normais e tumorais de

MPSS. Para toda comparação efetuada entre os valores de expressão dos fatores de

splicing, considera-se expressão gênica superior quando ocorrer valores de expressão

em tumores maiores do que o dobro dos valores de expressão obtidos em bibliotecas

normais.

3.10 CORRELAÇÃO NA EXPRESSÃO GÊNICA DOS FATORES

DE SPLICING PRESENTES NOS EVENTOS DE SPLICING

ALTERNATIVOS

Foram selecionados todos os fatores de splicing com valores de expressões

gênicas superiores (mais do que o dobro) em tecidos tumorais de humanos, e/ou com

padrão de coexpressão diferencial tecido-preferencial. Estes fatores de splicing foram

investigados quanto ao seu envolvimento em padrões de eventos de splicing

alternativos, ou seja, se são encontrados em transcritos variantes de splicing. Foram

listados os eventos de splicing alternativos sob presença indicativa de todos os

fatores de splicing.

Foram comparados e analisados os valores de expressão gênica de todos os

fatores de splicing sob presença indicativa em eventos de splicing alternativos, em

tecidos humanos tumorais versus normais, e confrontados estes resultados finais in

silico, com outros distintos dados sob validação experimental, encontrados em

referências científicas correlatas.

3.11 SIMULAÇÃO IN SILICO AOS EVENTOS DE SPLICING

ALTERNATIVOS DE HUMANOS

Para o controle nas diferenças numéricas de EST dentre as bibliotecas de

ambas as espécies, foram considerados os genes que tenham um número favorável de

20 seqüências de EST alinhadas, e presentes nos dados de splicing alternativos.

Foram gerados 1000 conjuntos de 5 EST randomicamente, presentes nas

bibliotecas tumorais (Glândula adrenal, Glândula mamária, Fígado, Sistema nervoso,

Glândula pituitária, Próstata, Estômago, Timo, Bexiga, Pulmão, Placenta e Útero) e

normais (Glândula adrenal, Glândula mamária, Fígado, Sistema nervoso, Glândula

pituitária, Próstata, Estômago, Timo, Bexiga, Intestino, Pulmão, Placenta e Útero).

Tais conjuntos de EST foram investigados quanto à ocorrência de eventos de splicing

alternativos sob presença dos fatores de splicing constitutivos (snRNP, SR, hnRNP e

Sm).

4 RESULTADOS

4.1 PADRÕES DE EXPRESSÃO GÊNICA DOS FATORES DE

SPLICING CONSTITUTIVOS

Estimativas atuais sobre o número de proteínas envoltas aos eventos de

splicing alternativos ou intimamente relacionadas ao spliceossomo são consensuais

sobre o montante aproximado de 300 unidades protéicas (JURICA e MOORE 2003),

como abordado em referencial teórico. Estudos relevantes em análise proteômica do

spliceossomo de humanos, como os resultados apresentados por ZHOU et al. (2003),

e mais recentemente BARBOSA-MORAIS et al. (2006), foram o suporte referencial

ao conjunto investigado de proteínas intimamente relacionadas aos eventos de

splicing alternativos. Com o propósito alcançado de curar-se manualmente 254

proteínas, pelos seus respectivos números de acesso SwissProt (2006), fora possível

coletar e estabelecer 253 anotações gênicas ao referido conjunto, como consta em

Anexo 3.

Todas as EST públicas de humanos e camundongos foram obtidas do dbEST

(BOGUSKI et al. 1993), através do acesso ao UniGene: Homo sapiens versão 190

(6.877.831 seqüências em clusters; 154.128 mRNA; 48.452 HTC); e Mus musculus

versão 152 (4.444.598 seqüências em clusters; 75.913 mRNA; 129.571 HTC). Com

o conjunto total de seqüências (mRNA e HTC) e o acesso aos formatos FASTAS,

restringiu-se a investigação ao conjunto disponível de 3.567 seqüências, com

referências gênicas aos 253 clusters anotados. Fora utilizado a presença do sinal de

poliadenilação e ou presença da cauda de poli(A) como indicativos de região 3’

completa para cada cDNA, resultando em 1.311 seqüencias com cauda de poli(A),

1.837 seqüências com sinal de poliadenilação, e 982 seqüências com cauda de

poli(A) e concomitante sinal de poliadenilação.

A subseqüente análise restritiva às ocorrências de poliadenilação alternativa e

internal priming, foram suportadas pela seguinte ferramenta de análise: Web Genome

Gateway alocada na UCSC Genome Bioinformatics [2006]. Selecionando-se aqueles

casos em que ocorram alinhamentos plenos das seqüências dispostas por clusters, e

os distintos casos de poliadenilações alternativas. Tal análise restritiva resultou em

238 clusters de humanos, representados todos pelas suas respectivas terminações

nucleotídicas, as tags virtuais.

A pesquisa de possíveis ortólogos em camundongos, a partir de 238 clusters

em humanos, fora efetuada através do alinhamento local cruzado (humanos versus

camundongos, e camundongos versus humanos) no parâmetro default, com o

processamento do programa BLAST, gerando um conjunto de 218 clusters ortólogos

em camundongos.

O confronto dos conjuntos de clusters presentes em ambas as espécies,

resultou num número de 38 clusters sem ortólogos correspondentes que obedeçam

aos critérios restritivos adotados. Com tal análise restritiva aos ortólogos, obteve-se

um total correspondente de 211 clusters gênicos (Anexo 4). As tags virtuais foram

extraídas das seqüências de cDNA dos 211 clusters ortólogos de camundongos.

A seleção das freqüências normalizadas de expressão gênica de MPSS dos

211 clusters fora obtida pela comparação das tags virtuais com todas as tags de

bibliotecas de MPSS de humanos (51 bibliotecas), e camundongos (81 bibliotecas),

disponibilizadas em banco de dados local.

Efetuou-se o cálculo dos coeficientes r entre os valores de expressão gênica

dos fatores de splicing snRNP (13 genes), hnRNP (18 genes) , SR (7 genes) e Sm (6

genes) de humanos (Quadro 1), dispostos entre as bibliotecas de MPSS tipo sexo

específico (17 bibliotecas presentes em machos e pool; 17 bibliotecas presentes em

fêmea e pool) (Quadro 3).

Quadro 1 - UniGene clusters dos fatores de splicing constitutivos de humanos.

snRNP SR hnRNP Sm

Hs.181368 Hs.533122 Hs.508848 Hs.516076

Hs.151787 Hs.6891 Hs.546271 Hs.111632

Hs.246112 Hs.369624 Hs.522257 Hs.515255

Hs.469173 Hs.405144 Hs.465808 Hs.564847

Hs.182255 Hs.68714 Hs.589594 Hs.425311

Hs.11776 Hs.584801 Hs.380118 Hs.424908

Hs.374973 Hs.479693 Hs.2853

Hs.280378 Hs.571177

Hs.406423 Hs.487774

Hs.177861 Hs.501309

Hs.1063 Hs.172550

Hs.466775 Hs.166463

Hs.528763 Hs.808

Hs.546261

Hs.432485

Hs.96996

Hs.573762

Hs.516539

Quadro 2 - UniGene clusters dos fatores de splicing constitutivos de camundongos.

snRNP SR hnRNP Sm

Mm.3757 Mm.2478 Mm.390303 Mm.276802

Mm.299312 Mm.5222 Mm.9043 Mm.379101

Mm.34562 Mm.287826 Mm.390606 Mm.28694

Mm.386890 Mm.223946 Mm.379375 Mm.45683

Mm.308514 Mm.43331 Mm.331640 Mm.45151

Mm.102627 Mm.21740 Mm.248188

Mm.821 Mm.317706 Mm.165735

Mm.873 Mm.286394

Mm.216386 Mm.286408

Mm.215860 Mm.332474

Mm.156914 Mm.254223

Mm.196532

Mm.281900

Quadro 3 - Bibliotecas e suas respectivas origens sexo específicas em humanos.

Bibliotecas Origem

Hipotálamo

Pool

Núcleo caudato

Pool

Amígdala

Pool

Tálamo

Pool

Medula espinhal

Pool

Cerebelo

Pool

Gl. adrenal

Pool

Gl. pituitária

Pool

Baço

Pool

Timo

Pool

Testículo Macho

Próstata Macho

Fígado Sem especificação

Bexiga

Pool

Pulmão Macho

Intestino delgado

Pool

Estômago

Pool

Útero Fêmea

Gl. mamária Fêmea

Placenta Fêmea

Legenda: Pool incluem Macho e Fêmea.

Efetuou-se concomitantemente o cálculo dos coeficientes r entre os valores

de expressão gênica dos fatores de splicing snRNP (13 genes), hnRNP (11 genes) ,

SR (5 genes) e Sm (7 genes) de camundongos (Quadro 2), dispostos entre as

bibliotecas de MPSS tipo sexo específico (16 bibliotecas de tecidos normais de

origem exclusiva em macho; 18 bibliotecas de tecidos normais de origem exclusiva

em fêmea) (Quadro 4). Analisou-se a expressão gênica dos fatores de splicing,

através de uma busca por fraca concordância, dentre os coeficientes r concordantes.

Correlacionou-se os pares teciduais normais tipos sexo específico (17

bibliotecas presentes em macho; 17 bibliotecas presentes em fêmea) contendo os

valores de expressão gênica dos fatores de splicing: snRNP (13 genes), hnRNP (18

genes) , SR (7 genes) e Sm (6 genes), com as 7 bibliotecas tumorais (Breast Cancer,

ER- cell line; Breast Cancer, ER+ cell line; HB4A modified C5.2, ErbB2 expr;

Breast Cancer; Lung Cancer Cells; Melanoma; Melanoma Biopsies), em humanos.

Obtivemos como resultado, um padrão de coexpressão gênica diferencial dos

fatores de splicing constitutivos, entre as duas entidades de bibliotecas (normais e

tumorais). As bibliotecas de MPSS de origens tumorais comportaram-se como

outliers em relação às bibliotecas de MPSS de origens normais, em humanos.

Quadro 4 - Bibliotecas e suas distintas origens sexo específicas em camundongos.

Bibliotecas em Fêmeas Bibliotecas em Machos

Tálamo Tálamo

Medula espinhal: inteira Medula espinhal: inteira

Hipotálamo Hipotálamo

Caudato, Putamen, Acumbens Caudato, Putamen, Acumbens

Cerebelo Cerebelo

Amígdala Amígdala

Gl. mamária Próstata

Útero Testículo

Gl. pituitária Gl. pituitária

Gl. adrenal Gl. adrenal

Timo Timo

Baço Baço

Placenta-E18 Intestino delgado

Estômago Pulmão

Intestino delgado Bexiga

Pulmão Fígado: lobo direito

Bexiga

Fígado: lobo direito

Examinamos a correlação na expressão gênica dos fatores de splicing

constitutivos entre todos os pares de tipos teciduais presentes mutuamente em ambas

as espécies, e obtivemos os seguintes resultados representados como seguem abaixo

nos Quadros 5 e 6. A inferência estatística aplicada nestes baseia-se nos padrões de

distribuição dos outliers (relativos grupos diferenciais de correlação). Os outliers

apresentam coeficientes inferiores (r < 0,5) entre os níveis de expressão dos fatores

de splicing, entre os tipos teciduais (presentes acima ou igual a 50% nos valores de r

do tipo tecidual). As investigações dos outliers obedeceram dois momentos:

comparar todos os tecidos (Quadro 5); comparar os tecidos de determinado grupo

(Quadro 6). O Quadro 7 apresenta e discrimina os quatro grupos: sistema nervoso;

glandulares; sexo específico e outros órgãos.

As diferentes perspectivas de análise, efetuadas nos dois momentos

comparativos (Quadro 5 e 6), quanto ao padrão diferencial de coexpressão gênica

entre os fatores de splicing, resultaram numa presença preferencial de outliers nos

grupos sistema nervoso e sexo específico.

No Quadro 5 os valores diferenciais de coexpressão gênica dos fatores de

splicing constitutivos foram comparados de acordo com a distribuição dos seus

coeficientes de correlacão entre todas as bibliotecas indistintamente. No primeiro

caso apresentado todas as bibliotecas foram comparadas sem restringir-se o grupo

tecidual ao qual pertencem. Como especificado, no primeiro modo comparativo

adotado, verificamos que preferencialmente as bibliotecas pertencentes aos grupos

teciduais sistema nervoso e sexo específico foram outliers. As distintas análises em

macho e fêmea foram efetuadas entre as bibliotecas dos tipos: sexo específico

correlato e pool, ou seja foram agrupadas bibliotecas de mesma origem sexual com

bibliotecas pool, e comparados seus valores de correlação. No Quadro 5 as

correlações de Pearson entre os valores de expressão gênica dos fatores de splicing

snRNP, indicam a biblioteca tipo tecidual medula espinhal como outlier, único então

verificado em ambas as espécies.

Quadro 5 - Valores diferenciais de coexpressão gênica dos fatores de splicing

constitutivos entre todas as bibliotecas indistintamente.

snRNP SR hnRNP Sm

Humanos Macho Estômago - -

Cerebelo

Próstata

Fêmea

Medula espinhal

Tálamo

Estômago

- -

Cerebelo

Gl. mamária

Camundongos Macho

Medula espinhal

Testículo

Hipotálamo

Testículo

Baço

Bexiga

Gl. pituitária

Medula espinhal

Caudato

Amígdala

Timo

Fêmea

Placenta

Fígado

Placenta

Bexiga

Útero

Cerebelo

Amígdala

Macho Medula espinhal - - -

Humanos e

Camundongos

Fêmea - - - -

Legenda: A biblioteca que obtiver o maior montante de valores de r < 0,5 (comparativamente às

outras bibliotecas) será considerada um outlier. As distintas análises em macho e fêmea foram

efetuadas entre as bibliotecas tipos: sexo específico correlato e poll.

No Quadro 6 os valores diferenciais de coexpressão gênica dos fatores de

splicing constitutivos foram comparados de acordo com a distribuição dos seus

coeficientes de correlacão entre as bibliotecas pertencentes ao mesmo grupo tecidual.

Como visto compara-se apenas as bibliotecas de mesmo grupo tecidual. No segundo

modo comparativo adotado verificamos que preferencialmente os grupos teciduais

sistema nervoso e sexo específico possuem bibliotecas outliers. As distintas análises

em macho e fêmea foram efetuadas entre as bibliotecas dos tipos: sexo específico

correlato e pool, ou seja foram agrupadas bibliotecas de mesma origem sexual com

bibliotecas pool, e comparados seus valores de correlação. No Quadro 6 as

correlações de Pearson entre os valores de expressão gênica dos fatores de splicing

snRNP e Sm indicam as bibliotecas tipos teciduais medula espinhal e cerebelo como

outliers, únicas então verificadas em ambas as espécies.

Quadro 6 - Valores diferenciais de coexpressão gênica dos fatores de splicing

constitutivos entre as bibliotecas de determinado grupo.

snRNP SR hnRNP Sm

Humanos Macho

Medula espinhal

Fígado

Estômago

Hipotálamo

Medula

espinhal

Testículo Gl.

adrenal

Bexiga Gl.

pituitária

Medula

espinhal

Cerebelo Timo

Amígdala

Caudato

Fêmea Medula espinhal - -

Cerebelo Gl.

mamária

Placenta

Camundongos Macho

Medula espinhal

Testículo Gl.

adrenal

- -

Cerebelo

Próstata

Fêmea

Hipotálamo

Placenta

Fígado

Placenta

Bexiga

Útero Baço

Macho Medula espinhal - - Cerebelo Humanos e

Camundongos

Fêmea - - - -

Legenda: A biblioteca que obtiver o maior montante de valores de r < 0,5 (comparativamente às outras

bibliotecas do mesmo grupo) será considerada um outlier. As distintas análises em macho e fêmea foram

efetuadas entre as bibliotecas tipos: sexo específico correlato e poll.

Quadro 7 - Grupos teciduais.

Sistema nervoso Glandulares Outros órgãos Sexo específico

Núcleo caudato Gl. adrenal Fígado Útero

Amígdala Gl. pituitária Bexiga Gl. mamária

Tálamo Baço Pulmão Placenta

Medula espinhal Timo Intestino delgado Testículo

Cerebelo Estômago Próstata

As Figuras 9-20 ilustram os valores de expressões gênicas dos grupamentos

de fatores de splicing constitutivos, encontrados nas respectivas bibliotecas de MPSS

de humanos e camundongos.

Foram selecionados os três primeiros maiores valores de expressões gênicas

de cada grupamento de fatores de splicing verificados nas respectivas bibliotecas de

MPSS de ambas as espécies.

Na Figura 9 verificou-se que os três primeiros valores de expressões gênicas

do grupamento de fatores de splicing snRNP (humanos) foram os dos UniGene

clusters: Hs.246112 (Timo), Hs.11776 (Timo) e Hs.181368 (Glândula adrenal).

Figura 9 - Gráfico da distribuição dos valores de expressão gênica dos fatores de

splicing snRNP, em bibliotecas de MPSS de humanos.

Na Figura 10 verificou-se que os três primeiros maiores valores de expressões

gênicas do grupamento de fatores de splicing SR (humanos) foram os dos UniGene

clusters: Hs.369624 (Testículo), Hs.584801 (Timo) e Hs.68714 (Glândula pituitária).

Figura 10 - Gráfico da distribuição dos valores de expressão gênica dos fatores de

splicing SR, em bibliotecas de MPSS de humanos.

Na Figura 11 verificou-se que os três primeiros maiores valores de expressões

gênicas do grupamento de fatores de splicing hnRNP (humanos) foram os dos

UniGene clusters: Hs.2853 (Glândula adrenal), Hs.571177 (Testículo) e Hs.487774

(Glândula mamária).

Figura 11 - Gráfico da distribuição dos valores de expressão gênica dos fatores de

splicing hnRNP, em bibliotecas de MPSS de humanos.

Na Figura 12 verificou-se que os três primeiros maiores valores de expressões

gênicas do grupamento de fatores de splicing Sm (humanos) foram os dos UniGene

clusters: Hs.564847 (Hipotálamo), Hs.516076 (Testículo) e Hs.455311 (Intestino

Delgado).

Figura 12 - Gráfico da distribuição dos valores de expressão gênica dos fatores de

splicing Sm, em bibliotecas de MPSS de humanos.

Verificou-se nas Figuras 9-12 que os tecidos timo, testículo, glândula

mamária e sistema nervoso, possuem os três primeiros valores de expressão gênica

dos grupamentos de fatores de splicing snRNP, SR, hnRNP e Sm. Correlacionou-se

tal fato verificado com o suposto de que tais tecidos são preferenciais aos

acometimentos de eventos de splicing alternativos, e podemos assim sugerir uma

funcional e importante regulação destes fatores de splicing nos respectivos tecidos.

Na Figura 13 verificou-se que os três primeiros maiores valores de expressões

gênicas do grupamento de fatores de splicing snRNP (camundongos machos) foram

os dos UniGene clusters: Mm.3757 (Hipotálamo), Mm.34562 (Timo) e Mm.308514

(Testículo).

Figura 13 - Gráfico da distribuição dos valores de expressão gênica dos fatores de

splicing snRNP, em bibliotecas de MPSS de camundongos (macho).

Na Figura 14 verificou-se que os três primeiros maiores valores de expressões

gênicas do grupamento de fatores de splicing SR (camundongos machos) foram os

dos UniGene clusters: Mm.43331 (Cerebelo), Mm.5222 (Hipotálamo) e Mm.287826

(Timo).

Figura 14 - Gráfico da distribuição dos valores de expressão gênica dos fatores de

splicing SR, em bibliotecas de MPSS de camundongos (macho).

Na Figura 15 verificou-se que os três primeiros maiores valores de expressões

gênicas do grupamento de fatores de splicing hnRNP (camundongos machos) foram

os dos UniGene clusters: Mm.9043 (Timo), Mm.331640 (Baço) e Mm.286408

(Timo).

Figura 15 - Gráfico da distribuição dos valores de expressão gênica dos fatores de

splicing hnRNP, em bibliotecas de MPSS de camundongos (macho).

Na Figura 16 verificou-se que os três primeiros maiores valores de expressões

gênicas do grupamento de fatores de splicing Sm (camundongos machos) foram os

dos UniGene clusters: Mm.248188 (Testículo), Mm.276802 (Timo) e Mm.45683

(Testículo).

Figura 16 - Gráfico da distribuição dos valores de expressão gênica dos fatores de

splicing Sm, em bibliotecas de MPSS de camundongos (macho).

Na Figura 17 verificou-se que os três primeiros maiores valores de expressões

gênicas do grupamento de fatores de splicing snRNP (camundongos fêmeas) foram

os dos UniGene clusters: Mm.34562 (Pulmão), Mm.3757 (Glândula adrenal) e

Mm.216386 (Timo).

Figura 17 - Gráfico da distribuição dos valores de expressão gênica dos fatores de

splicing snRNP, em bibliotecas de MPSS de camundongos (fêmea).

Na Figura 18 verificou-se que os três primeiros maiores valores de expressões

gênicas do grupamento de fatores de splicing SR (camundongos fêmeas) foram os

dos UniGene clusters: Mm.43331 (Glândula pituitária), Mm.287826 (Útero) e

Mm.5222 (Cerebelo).

Figura 18 - Gráfico da distribuição dos valores de expressão gênica dos fatores de

splicing SR, em bibliotecas de MPSS de camundongos (fêmea).

Na Figura 19 verificou-se que os três primeiros maiores valores de expressões

gênicas do grupamento de fatores de splicing hnRNP (camundongos fêmeas) foram

os dos UniGene clusters: Mm.286408 (Baço), Mm.9043 (Timo) e Mm.317706

(Timo).

Figura 19 - Gráfico da distribuição dos valores de expressão gênica dos fatores de

splicing hnRNP, em bibliotecas de MPSS de camundongos (fêmea).

Na Figura 20 verificou-se que os três primeiros maiores valores de expressões

gênicas do grupamento de fatores de splicing Sm (camundongos fêmeas) foram os

dos UniGene clusters: Mm.248188 (Intestino Delagado), Mm.45151 (Amígdala) e

Mm.45683 (Baço).

Figura 20 - Gráfico da distribuição dos valores de expressão gênica dos fatores de

splicing Sm, em bibliotecas de MPSS de camundongos (fêmea).

Verificou-se nas Figuras 13-20 que os tecidos timo, baço, testículo, e sistema

nervoso, possuem os três primeiros valores de expressão gênica dos grupamentos de

fatores de splicing snRNP, SR, hnRNP e Sm.

Visto que os tecidos do sistema nervoso e sexo específicos possuem altos

valores de expressão gênica em humanos e camundongos, e com o suposto de que

tais tecidos são preferenciais aos acometimentos de eventos de splicing alternativos,

podemos retomar a sugestão de uma funcional e importante regulação dos fatores de

splicing nos respectivos tecidos.

4.2 EVENTOS DE SPLICING ALTERNATIVOS EM HUMANOS E

CAMUNDONGOS

Foram investigadas as ocorrências de eventos de splicing alternativos nas

distintas espécies. Os critérios conceituais adotados para os padrões de modos

alternativos de splicing foram os genes que apresentem: Uso alternativo de éxon;

Sítios doadores e ou aceptores alternativos; Retenção de íntron.

Foram investigados os tecidos com os maiores números de genes contendo

eventos de splicing alternativos ocorrendo em todas as bibliotecas de ambas as

espécies. Apresenta-se nas Tabelas 1 e 2 os resultados dos 15 tecidos com os maiores

níveis de eventos de splicing alternativos teciduais, ordenados pelos números de

genes indicados nos eventos.

Tabela 1 - Os 15 tecidos com os maiores números de genes contendo eventos de

splicing alternativos em humanos.

Número de genes contendo eventos de splicing alternativos

nas respectivas bibliotecas de humanos

Uso alternativo de éxon

Sítios doadores e/ou aceptores

alternativos

Retenção de íntron

4410 Sistema nervoso 8598 Sistema nervoso 2729 Sistema nervoso

2112 Testículo 3408 Fígado 1544 Fígado

1589 Placenta 3360 Pulmão 1039 Pulmão

1534 Pulmão 3243 Placenta 1039 Placenta

1233 Olho 3135 Testículo 833 Testículo

1126 Pele 2862 Pele 737 Pele

1115 Útero 2362 Útero 702 Olho

1096 Fígado 2248 Olho 619 Útero

1023 Rim 2115 Rim 521 Rim

668 Cólon 1686 Cólon 448 Pâncreas

599 Pâncreas 1440 Pâncreas 441 Gl. adrenal

586 Próstata 1326 Próstata 370 Cólon

543 Estômago 1084 Estômago 338 Estômago

487 Gl. mamária 1083 Gl. mamária 324 Ovário

468 Músculo estriado 1065 Ovário 310 Próstata

Tabela 2 - Os 15 tecidos com os maiores números de genes contendo eventos de

splicing alternativos em camundongos.

Número de genes contendo eventos de splicing alternativos nas respectivas

bibliotecas de camundongos

Uso alternativo de éxon

Sítios doadores e/ou aceptores

alternativos

Retenção de íntron

5507 Sistema nervoso 8344 Gl. mamária 2256

Sistema

nervoso

4456 Gl. mamária 8207 Sistema nervoso 1940 Gl. mamária

3105 Rim 3806 Rim 551 Olho

1883 Fígado 3032 Fígado 483 Rim

1576 Testículo 2169 Testículo 406 Fígado

1282 Olho 1712 Olho 392 Testículo

867 Baço 1094 Timo 292 Pulmão

766 Timo 1083 Cabeça 270 Timo

739 Cabeça 1013 Pulmão 249 Cabeça

594 Próstata 1003 Pâncreas 208 Pâncreas

546 Pulmão 975 Baço 201 Baço

436 Placenta 831 Cólon 200 Próstata

356 Pâncreas 775 Próstata 174 Cólon

294 Coração 629 Coração 140 Placenta

4.3 FATORES DE SPLICING CONSTITUTIVOS PRESENTES NOS

EVENTOS DE SPLICING ALTERNATIVOS

Com a investigação dos 44 fatores de splicing dos grupamentos constitutivos

de humanos (Bibliotecas tumorais e normais) e dos 36 fatores de splicing dos

mesmos grupamentos em camundongos (Bibliotecas normais), presentes nos eventos

de splicing alternativos de ambas as espécies, obtivemos como resultado: 41 genes

dos fatores de splicing de humanos contidos em 4.241 eventos de splicing

alternativos (Bibliotecas normais e tumorais) (Tabela 3) e 31 genes dos fatores

splicing de camundongos (Tabela 4) contidos em 850 eventos de splicing

alternativos. No intuito de ser investigado uma possível correlação entre os 41 fatores

de splicing de humanos (Tabela 3) e os 31 fatores de splicing de camundongos

(Tabela 4), aos distintos eventos de splicing alternativos, efetuou-se um pareamento

associativo destes fatores de splicing ortólogos (Tabela 5).

Tabela 3 - Números de eventos de splicing alternativos encontrado em humanos,

com presença indicativa dos 41 fatores de splicing constitutivos.

Humanos Camundongos

Genes

ortólogos

AS em

bibliotecas

normais

AS em

bibliotecas

tumorais

Fatores

splicing

Genes

ortólogos

Hs.1063 2 1 snRNP Mm.308514

Hs.11776 2 5 snRNP Mm.279872

Hs.151787 39 110 snRNP Mm.873

Hs.166463 103 104 hnRNP Mm.2115

Hs.172550 26 80 hnRNP Mm.265610

Hs.177861 1 0 snRNP Mm.102627

Hs.181368 24 29 snRNP Mm.3757

Hs.182255 43 40 snRNP Mm.299312

Hs.246112 23 33 snRNP Mm.215860

Hs.280378 28 64 snRNP Mm.1323

Hs.369624 6 3 SR Mm.287826

Hs.374973 7 22 snRNP Mm.30660

Hs.380118 51 221 hnRNP Mm.28275

Hs.405144 15 9 SR Mm.358634

Hs.406423 10 56 snRNP Mm.196532

Hs.424908 28 26 Sm Mm.25642

Hs.425311 17 27 Sm Mm.30198

Hs.432485 1 1 hnRNP Mm.286408

Hs.465808 12 143 hnRNP Mm.311439

Hs.466775 2 3 snRNP Mm.386890

Hs.469173 31 45 snRNP Mm.281900

Hs.479693 49 51 SR Mm.223946

Hs.487774 83 136 hnRNP Mm.155896

Hs.501309 92 144 hnRNP Mm.17898

Hs.508848 124 363 hnRNP Mm.274690

Hs.515255 3 2 Sm Mm.248188

Hs.516076 1 1 Sm Mm.276802

Hs.516539 14 39 hnRNP Mm.379375

Hs.522257 135 237 hnRNP Mm.142872

Hs.528763 26 42 snRNP Mm.821

Hs.533122 50 85 SR Mm.210352

Hs.546261 65 155 hnRNP Mm.299367

Hs.546271 77 184 hnRNP Mm.236513

Hs.564847 122 73 Sm Mm.274995

Hs.571177 14 38 hnRNP Mm.260545

Hs.584801 92 115 SR Mm.21841

Hs.589594 2 3 hnRNP Mm.9043

Hs.68714 19 24 SR Mm.45645

Hs.6891 7 27 SR Mm.24042

Hs.808 14 39 hnRNP Mm.317706

Hs.96996 1 0 hnRNP Mm.390606

Legenda: Listagem dos seus respectivos ortólogos em camundongos; Splicing alternativo (AS).

Tabela 4 - Números de eventos de splicing alternativos encontrado em

camundongos, contendo a presença indicativa dos 31 fatores de splicing ortólogos

constitutivos.

Camundongos

Humanos

Genes

ortólogos

AS em

bibliotecas

normais

Fatores de

splicing

Genes

ortólogos

Mm.43331 141 SR Hs.166975

Mm.21740 86 hnRNP Hs.202166

Mm.196532 72 snRNP Hs.406423

Mm.165735 46 Sm Hs.103106

Mm.223946 46 SR Hs.479693

Mm.45683 46 Sm Hs.565094

Mm.248188 43 Sm Hs.515255

Mm.286394 41 hnRNP Hs.20930

Mm.873 41 snRNP Hs.151787

Mm.386890 39 snRNP Hs.466775

Mm.216386 33 snRNP Hs.467097

Mm.215860 31 snRNP Hs.246112

Mm.276802 28 Sm Hs.516076

Mm.821 28 snRNP Hs.528763

Mm.254223 25 hnRNP Hs.155218

Mm.379375 23 hnRNP Hs.516539

Mm.5222 19 SR Hs.433343

Mm.3757 12 snRNP Hs.181368

Mm.28694 11 Sm Hs.190520

Mm.9043 11 hnRNP Hs.589594

Mm.317706 6 hnRNP Hs.808

Mm.281900 4 snRNP Hs.469173

Mm.299312 4 snRNP Hs.182255

Mm.287826 3 SR Hs.369624

Mm.102627 2 snRNP Hs.177861

Mm.2478 2 SR Hs.469970

Mm.286408 2 hnRNP Hs.432485

Mm.34562 2 snRNP Hs.502883

Mm.156914 1 snRNP Hs.406277

Mm.308514 1 snRNP Hs.1063

Mm.379101 1 Sm Hs.512610

Legenda: Listagem dos seus respectivos ortólogos em humanos.

Através desta associação cruzada obteve-se uma correlação entre um conjunto

de 18 fatores de splicing ortólogos (Tabela 5), presentes comumente em distintos

eventos de splicing alternativos em ambas as espécies.

Tabela 5 - Os genes ortólogos resultantes, comparados e pareados quanto aos seus

índices de presença em distintos eventos de splicing alternativos.

Humanos Camundongos

Genes

ortólogos

AS em

bibliotecas

normais

AS em

bibliotecas

tumorais

Genes

ortólogos

AS em

bibliotecas

normais

Fatores de

splicing

Hs.522257 135 237 Mm.142872 - hnRNP

Hs.508848 124 363 Mm.274690 - hnRNP

Hs.564847 122 73 Mm.274995 - Sm

Hs.166463 103 104 Mm.2115 - hnRNP

Hs.501309 92 144 Mm.17898 - hnRNP

Hs.584801 92 115 Mm.21841 - SR

Hs.487774 83 136 Mm.155896 - hnRNP

Hs.546271 77 184 Mm.236513 - hnRNP

Hs.546261 65 155 Mm.299367 - hnRNP

Hs.380118 51 221 Mm.28275 - hnRNP

Hs.533122 50 85 Mm.210352 - SR

Hs.479693 49 51 Mm.223946 46 SR

Hs.182255 43 40 Mm.299312 4 snRNP

Hs.151787 39 110 Mm.873 41 snRNP

Hs.469173 31 45 Mm.281900 4 snRNP

Hs.280378 28 64 Mm.1323 - snRNP

Hs.424908 28 26 Mm.25642 - Sm

Hs.172550 26 80 Mm.265610 - hnRNP

Hs.528763 26 42 Mm.821 28 snRNP

Hs.181368 24 29 Mm.3757 12 snRNP

Hs.246112 23 33 Mm.215860 31 snRNP

Hs.68714 19 24 Mm.45645 - SR

Hs.425311 17 27 Mm.30198 - Sm

Hs.405144 15 9 Mm.358634 - SR

Hs.516539 14 39 Mm.379375 23 hnRNP

Hs.808 14 39 Mm.317706 6 hnRNP

Hs.571177 14 38 Mm.260545 - hnRNP

Hs.465808 12 143 Mm.311439 - hnRNP

Hs.406423 10 56 Mm.196532 72 snRNP

Hs.6891 7 27 Mm.24042 - SR

Hs.374973 7 22 Mm.30660 - snRNP

Hs.369624 6 3 Mm.287826 3 SR

Hs.515255 3 2 Mm.248188 43 Sm

Hs.11776 2 5 Mm.279872 - snRNP

Hs.589594 2 3 Mm.9043 11 hnRNP

Hs.466775 2 3 Mm.386890 39 snRNP

Hs.1063 2 1 Mm.308514 1 snRNP

Hs.432485 1 1 Mm.286408 2 hnRNP

Hs.516076 1 1 Mm.276802 28 Sm

Hs.96996 1 0 Mm.390606 - hnRNP

Hs.177861 1 0 Mm.102627 2 snRNP

Tabela 6 - Listagem dos genes presentes preferencialmente em transcritos variantes

tumorais (valores maiores que o dobro).

Frente às investigações comparativas entre os números de eventos de splicing

alternativos ocorrendo em humanos, nos 41 genes dos fatores de splicing,

encontrados nas bibliotecas de tecidos normais e tumorais, obteve-se como resultado

os seguintes genes presentes principalmente em transcritos variantes tumorais

(valores maiores do que o dobro) (Tabela 6). Para o controle nas diferenças

numéricas de EST dentre as bibliotecas tumorais e normais, efetuou-se uma

simulação dos eventos de splicing alternativos in silico, e foram então gerados

randomicamente níveis de eventos de splicing alternativos, presentes nas bibliotecas

tumorais e normais de humanos. Tais conjuntos de EST foram investigados quanto à

ocorrência de eventos de splicing alternativos sob presença dos fatores de splicing

constitutivos. Evidenciou-se os mesmos padrões de distribuição dos eventos de

splicing alternativos previamente obtidos.

Genes Fatores de Splicing

Eventos de AS em

Bibliotecas Normais

Eventos de AS em

Bibliotecas Tumorais

Hs.172550 hnRNP 26 80

Hs.380118 hnRNP 51 221

Hs.465808 hnRNP 12 143

Hs.487774 hnRNP 83 136

Hs.508848 hnRNP 124 363

Hs.516539 hnRNP 14 39

Hs.522257 hnRNP 135 237

Hs.546261 hnRNP 65 155

Hs.546271 hnRNP 77 184

Hs.571177 hnRNP 14 38

Hs.808 hnRNP 14 39

Hs.151787 snRNP 39 110

Hs.280378 snRNP 28 64

Hs.374973 snRNP 7 22

Hs.406423 snRNP 10 56

Hs.68714 SR 19 24

Hs.6891 SR 7 27

4.4 EXPRESSÃO GÊNICA DIFERENCIAL DE TODOS OS

FATORES DE SPLICING HUMANOS PRESENTES EM

TRANSCRITOS VARIANTES NORMAIS E TUMORAIS

Dentre o conjunto de 211 genes humanos curados (Anexo 4), com pleno

envolvimento em eventos de splicing alternativos, foram selecionados todos aqueles

descritos como coadjuvantes do spliceossomo, e então confrontados os seus níveis de

expressão gênica de MPSS (de mesmo método) com tecidos e/ou linhagens celulares

normais e tumorais (Quadro 8), bem como os seus valores diferenciais de expressão

gênica em bibliotecas de MPSS (de mesmo método) modificadas versus bibliotecas

normais (Quadro 8.1).

Quadro 8 - Conjunto de bibliotecas humanas tumorais de MPSS com seus

respectivos correspondentes tipos normais.

Bibliotecas de MPSS

Tumorais Normais

Método

Câncer de Mama (ER -) cell line Gl. mamária Classical

Câncer de Mama (ER +) cell line Gl. mamária Classical

Câncer de Mama HB4A normal sample Signature

HB4A modificado C5.2; ErbB2 expr HB4A normal sample Signature

Melanoma (1) Células epiteliais Signature

Melanoma Biopsies (2) Células epiteliais Signature

Melanoma (1) Melanócito Signature

Melanoma Biopsies (2) Melanócito Signature

Quadro 8.1 - Conjunto de bibliotecas humanas modificadas de MPSS com seus

respectivos correspondentes tipos normais.

Bibliotecas de MPSS

Modificada Normal Método

Colon1; p53 -/- normal Colon3; p53 +/+ normal

Signature

Colon2; p53 -/- anaerobic Colon3; p53 +/+ normal

Signature

Colon4; p53 +/+ anaerobic Colon3; p53 +/+ normal

Signature

O processo de busca por um número total de fatores de splicing resultou em

124 fatores de splicing (Anexo 5), contendo 104 fatores de splicing humanos com

expressão gênica superior (mais do que o dobro) em bibliotecas tumorais de MPSS

(de mesmo método). Os 124 fatores de splicing selecionados foram investigados

quanto a sua presença em transcritos variantes normais e/ou tumorais dos tecidos:

Glândula mamária, Pulmão, Fígado, Próstata, Sistema nervoso, Pele e Cólon (Quadro

9). Os respectivos valores encontrados no Quadro 9 são detalhados no Anexo 8.

Faz-se necessário reiterar que o critério de escolha de expressão gênica

superior ser o valor maior do que o dobro, não é um parâmetro considerado como

muito restringente, entretanto o escolhemos porque analisamos manualmente na

literatura científica correlata cada um dos 104 fatores de splicing. Efetuamos o

processo com a busca de fatores de splicing com expressão gênica superior (mais do

que 3 vezes) resultando em 88 fatores de splicing (Anexo 6), e com expressão

superior (mais do que 5 vezes) resultando em 72 fatores de splicing (Anexo 7).

Quadro 9 – Números de fatores de splicing humanos com presença indicativa em

padrões de eventos de splicing alternativos.

Conjunto de clusters gênicos dos fatores de splicing presentes

em eventos de splicing alternativos

Bibliotecas Normais Bibliotecas Tumorais

Glândula mamária IR ES ASS IR ES ASS

2 7 3 10

Pulmão IR ES ASS IR ES ASS

14 5 19 7 7 11

Fígado IR ES ASS IR ES ASS

5 3 13 13 3 20

Próstata IR ES ASS IR ES ASS

1 5 9 5 4 9

Sistema nervoso IR ES ASS IR ES ASS

8 14 38 11 14 23

Pele IR ES ASS IR ES ASS

3 6 11 8 13 23

Cólon IR ES ASS IR ES ASS

1 2 5 8 21

IR – Retenção de íntron; ES – Uso alternativo do Éxon; ASS – Sítios doadores e/ou aceptores

alternativos de splicing.

Através da discriminação dos fatores de splicing presentes nos padrões de

eventos de splicing alternativos, em tipos teciduais normais e tumorais (Quadro 9)

(Anexo 8), foram evidenciados altos números de transcritos variantes contendo sítios

doadores e/ou aceptores alternativos de splicing.

Quadro 10 - Fatores de splicing humanos encontrados apenas em transcritos

variantes tumorais.

O Quadro 10 lista um subconjunto de 23 fatores de splicing encontrados

apenas em transcritos variantes tumorais (Quadro 9). Dentre os 23 fatores de splicing

listados no Quadro 10, estão com expressão gênica superior em bibliotecas tumorais

de MPSS os 19 genes: SNRP116, HNRPUL1, HNRNPU, SRRM1, TFIP11, DDX39,

SNRPD3, PRPF4, MAGOH, SAD1, LSM1, SFRS4, DHX16, SF1, SART1,

HNRPA3, SFRS12, DDX46, HNRPF.

Os genes SNRN116, HNRPU, HNRPUL1, SRRM1, SNRPD3, LSM1,

SFRS4, SART1, HNRPA3, SFRS12 e HNRPF (Quadro 10), são citados em

referências científicas correlatas pelos seus envolvimentos na tumorigênese (Quadro

11).

Fatores de splicing

Hs.151787 - SNRP116

Hs.155218 - HNRPUL1

Hs.166463 - HNRNPU

Hs.18192 - SRRM1

Hs.20225 - TFIP11

Hs.311609 - DDX39

Hs.356549 - SNRPD3

Hs.374973 - PRPF4

Hs.421576 - MAGOH

Hs.425311 - LSM1

Hs.444520 - DHX35

Hs.465498 - U5-15KD

Hs.469173 - SAD1

Hs.469970 - SFRS4

Hs.485060 - DHX16

Hs.502829 - SF1

Hs.502883 - SART1

Hs.512610 - LSM7

Hs.512661 - ISY1

Hs.516539 - HNRPA3

Hs.519347 - SFRS12

Hs.533245 - DDX46

Hs.808 - HNRPF

Estão presentes nos transcritos variantes tumorais de Pele, Glândula mamária

e Cólon, e com expressão gênica superior em respectivas bibliotecas tumorais de

MPSS, os seguintes genes: HNRPU, HNRPA3, SNRP116, HNRPUL1, DDX39

(Melanoma); HNRPA3, SART1, HNRPF (Câncer de Mama); SNRP116 (Cólon)

(Quadro 10).

Quadro 11 - Fatores de splicing citados em referências científicas correlatas pelo seu

envolvimento na tumorigênese.

Fatores de splicing envolvidos em processos tumorigênicos

Hs.808 - HNRPF BALASUBRAMANI et al. (2006)

Hs.151787 - SNRP116 KUBO et al. (2002); KIM et al. (2003)

Hs.155218 - HNRPUL1 BARRAL et al. (2005)

Hs.166463 - HNRNPU

YUGAMI et al. (2007); KATERINAKI et al. (2003);

SPRAGGON et al. (2007).

Hs.18192 - SRRM1 CHENG e SHARP (2006); PATRAWALA et al. (2006)

Hs.356549 - SNRPD3 SCHENKEL et al. (2002); MATHUR e SAMUELS (2007)

Hs.425311 - LSM1 SCHWEINFEST et al. (1997); FRASER et al. (2005)

Hs.469970 - SFRS4 WATERMANN et al. (2006)

Hs.502883 - SART1 FAUSTINO e COOPER (2003); VILLA et al. (2002)

Hs.516539 - HNRPA3 HE et al. (2005)

Fatores de splicing

encontrados apenas

em transcritos

variantes tumorais.

Hs.519347 - SFRS12 PETTIGREW et al. (2005)

Hs.202166 - HNRPH1 MARKOVTSOV et al. (2000); GRABOWSKI (2004)

Hs.355934 - SFPQ MATHUR e SAMUELS (2007)

Hs.480073 - HNRPD AUDIC e HARTLEY (2004)

Hs.487774 - HNRNPA2B1 ZECH et al. (2006)

Hs.498548 - SPF45 SAMPATH et al. (2003)

Hs.516076 - SNRPG CONTE et al. (2002)

Hs.528007 - U2AF2 MAEDA et al. (1999)

Hs.546261 - HNRNPA1 KARNI et al. (2007)

Hs.546271 - HNRPE2 ROYCHOUDHURY et al. (2007)

Hs.570079 - DHX38 WEI-DONG et al. (2004)

Hs.589594 - HNRNPL ITO et al. (2001)

Hs.6891 - SFRS6 KARNI et al. (2007)

Hs.68714 - SF2/ASF KARNI et al. (2007)

Hs.432485 - RPL36A KIM et al. (2004)

Fatores de splicing

encontrados em

transcritos variantes

normais e tumorais.

Hs.9822 - XAB2 YUGAMI et al. (2007); WAN et al. (2004)

Hs.443861 - SRPK1 HAYES et al. (2007)

Fatores de splicing

ausentes nos

transcritos variantes

tumorais.

Hs.1063 - SNRPC SHETTY (2005)

Oito genes do Quadro 10 estão com expressão gênica superior em bibliotecas

tumorais e sob eventos de splicing alternativos apenas em tecidos tumorais (Quadro

9), mas sem menção na literatura científica como estando envolvidos em processos

tumorigênicos: TFIP11, DDX39, PRPF4, MAGOH, SAD1, DHX16, SF1 e DDX46.

O Quadro 12 lista um subconjunto de 47 fatores de splicing encontrados nos

transcritos variantes normais e tumorais do Quadro 9, e com expressão gênica

superior em bibliotecas tumorais de MPSS.

Dentre os fatores de splicing listados no Quadro 12, os 15 genes HNRPH1,

SFPQ, RPL36A, HNRPD, HNRNPA2B1, SPF45, SNRPG, U2AF2, HNRNPA1,

HNRPE2, DHX38, HNRNPL, SF2/ASF, SRp55 e XAB2 são citados em referências

científicas correlatas pelos seus envolvimentos na tumorigênese.

No Quadro 12, há um subconjunto de 32 genes com expressão gênica

superior em bibliotecas tumorais e sob presença de eventos de splicing alternativos

em tecidos tumorais e normais (Quadro 9), mas sem menção na literatura científica

como estando envolvidos em processos tumorigênicos: LSM2, DDX23, RALY,

PTBP1, PRPF8, ASCC3L1, PLRG1, BAT1, DDX5, RBM39, PRPF6, HSPC225,

SFRS3, SF3B2, CLK1, HNRPM, SNRPA, SFRS16, SFRS11, DDX41, PRPF19,

HNRNPC, SF3B3, PRPF31, SF3B4, PUF60, HNRPDL, DDX17, SFRS10, RY1,

SNW1 e SFRS2.

No Quadro 13 lista-se um subconjunto de 15 fatores de splicing ausentes em

transcritos variantes tumorais (Quadro 9) e com expressão gênica superior em

bibliotecas tumorais de MPSS. Dentre os fatores de splicing listados no Quadro 13,

os genes SRPK1 e SNRPC são citados em referências científicas correlatas pelo seu

envolvimento na tumorigênese.

Quadro 12 - Fatores de splicing humanos encontrados em transcritos variantes

normais e tumorais, e com expressão gênica superior em bibliotecas tumorais de

MPSS.

Fatores de splicing

Hs.103106 - LSM2

Hs.130098 - DDX23

Hs.136947 - RALY

Hs.172550 - PTBP1

Hs.181368 - PRPF8

Hs.202166 - HNRPH1

Hs.246112 - ASCC3L1

Hs.249996 - PLRG1

Hs.254042 - BAT1

Hs.279806 - DDX5

Hs.282901 - RBM39

Hs.31334 - PRPF6

Hs.33104 - HSPC225

Hs.355934 - SFPQ

Hs.405144 - SFRS3

Hs.406423 - SF3B2

Hs.432485 - RPL36A

Hs.433732 - CLK1

Hs.465808 - HNRPM

Hs.466775 - SNRPA

Hs.466917 - SFRS16

Hs.479693 - SFRS11

Hs.480073 - HNRPD

Hs.484288 - DDX41

Hs.487774 - HNRNPA2B1

Hs.498548 - SPF45

Hs.502705 - PRPF19

Hs.508848 - HNRNPC

Hs.514435 - SF3B3

Hs.515598 - PRPF31

Hs.516076 - SNRPG

Hs.516160 - SF3B4

Hs.521924 - PUF60

Hs.527105 - HNRPDL

Hs.528007 - U2AF2

Hs.528305 - DDX17

Hs.533122 - SFRS10

Hs.546261 - HNRNPA1

Hs.546271 - HNRPE2

Hs.54649 - RY1

Hs.546550 - SNW1

Hs.570079 - DHX38

Hs.584801 - SFRS2

Hs.589594 - HNRNPL

Hs.68714 - SF2/ASF

Hs.6891 - SRp55

Hs.9822 - XAB2

Quadro 13 - Fatores de splicing humanos ausentes nos transcritos variantes tumorais

e com expressão gênica superior em bibliotecas tumorais de MPSS.

Fatores de splicing

Hs.1O63 - SNRPC

Hs.11776 - PRPF3

Hs.177861 - SF3B14

Hs.182255 - SNU13

Hs.20013 - SYF2

Hs.274531 - SKIV2L2

Hs.27693 - PPIL1

Hs.280378 - SNRPB2

Hs.365116 - U2AF1

Hs.443861 - SRPK1

Hs.485471 - CDC5L

Hs.515255 - LSM4

Hs.528763 - SNRPA1

Hs.571177 - HNRPQ1

Hs.73986 - CLK2

5 DISCUSSÃO

5.1 PADRÃO DIFERENCIAL DE COEXPRESSÃO GÊNICA DOS

FATORES DE SPLICING NOS TECIDOS DO SISTEMA NERVOSO E

SEXO ESPECÍFICO

O splicing alternativo é um processo que gera diferentes mRNA. Estes

geralmente codificam diversos produtos protéicos a partir de um gene. Isto então

aumenta drasticamente a capacidade codificante dos genes. O splicing alternativo é

usualmente regulado de modo tecido-preferencial ou estágio-especifico durante o

processo de desenvolvimento biológico. Múltiplas interações são requeridas e

importantes para o estabelecimento do complexo que consigna o pré-mRNA para o

splicing. Tal complexo controle é finamente regulado pelo spliceossomo.

A primeira e segunda parte deste estudo inclui a caracterização dos

grupamentos de todos os fatores de splicing e a sua relação tecido-preferencial,

focando-se nos grupos de fatores de splicing: snRNP, hnRNP, SR e Sm. A seleção

destes grupamentos deve-se ao seu papel constitutivo aos eventos de splicing, sendo

estes requeridos em algum momento do processo. Estes grupamentos foram então

referenciais nas inferências intervenientes sobre os prováveis padrões de coexpressão

encontrados entre os fatores de splicing ditos constitutivos. Nesta etapa o principal

objetivo específico fora o de investigar apenas a expressão gênica dos fatores de

splicing nas bibliotecas de MPSS de origem tecidual e celular normais.

O primeiro momento caracteriza-se por ser altamente restritivo quanto a

análise à origem das proteínas referenciadas em BARBOSA-MORAIS et al. (2006).

Permaneceram sendo investigadas apenas as proteínas com as devidas anotações

gênicas que as caracterizem como fatores de splicing. A busca pelas tags virtuais e

poliadenilação alternativa foram outros fatores restritivos limitantes quanto à

qualidade das seqüências de mRNA e HTC geradas. O grupo final de fatores de

splicing de ambas as espécies são referências confiáveis a qualquer estudo correlato.

Não há precedentes de referências científicas que apresentem um conjunto de fatores

de splicing de camundongos, submetidos a tais critérios de restrição.

Os ensaios comparativos dos genomas de Homo sapiens e Mus musculus,

citados por WATERSTON et al. (2002), inferem que o genoma deste é

aproximadamente 14% menor, e ambos apresentam cerca de 90% de correspondentes

regiões com sintenia, refletindo segmentos nos quais contêm aproximadamente 40%

dos nucleotídeos do genoma de Homo sapiens sendo alinhados com o genoma de

Mus musculus, representando os possíveis ortólogos remanescentes de um ancestral

comum. A proporção dos genes de Mus musculus com um único e identificado

ortólogo no genoma de Homo sapiens é de aproximadamente 80%. A relação de

genes de Mus musculus sem qualquer homólogo detectado em genoma de Homo

sapiens, e vice-verso, é de aproximadamente 1%. Indica-se como um caráter

qualitativo a sua alta homologia, e assim relevante aos estudos comparativos

efetuados nas respectivas espécies.

As análises comparativas de busca a um padrão diferencial de coexpressão

gênica entre os fatores de splicing resultam numa prevalente presença de outliers nos

tecidos do sistema nervoso e sexo específico. A importância da escolha dos outliers

deve-se ao seu distinto padrão de coexpressão como abordado em outras similares

abordagens de análise em estudos de expressão gênica (YEO et al. 2004). Fazemos

aqui necessária menção às revisões científicas sobre o splicing alternativo (ULE et al.

2003; BLACK 2003), nas quais citam preferencialmente o sistema nervoso como

sendo o grupo amplamente envolvido nos maiores índices de eventos de splicing

alternativos. O encontro de outliers no grupo sexo específico indica uma eventual

correlação com o suposto de que as etapas de determinação e diferenciação das

gônadas, em testículos ou em ovários, e a diferenciação dos genitais externos

masculinos ou femininos, envolvam uma expressão específica de uma cascata de

genes. Os genes dos fatores de splicing de bibliotecas do grupo sistema nervoso e

sexo específico, com seus respectivos padrões de coexpressão, são abordados neste

estudo como favoráveis à interpretação de uma funcional correlação entre a

expressão diferencial destes e os seus altos níveis de incidência dos eventos de

splicing alternativos, em ambas as espécies.

Uma oportuna análise sobre os diferenciais níveis de coexpressão gênica

encontrados entre os fatores de splicing ditos constitutivos, entre tecidos normais e

tumorais, resultaram em esperadas correlações negativas, sugere-se então a

existência de distintas preferências tipos tecidual normal e tumoral.

5.2 A REGULAÇÃO DOS EVENTOS DE SPLICING

ALTERNATIVOS SOB OS FATORES DE SPLICING

Estudos correlatos sobre importância dos eventos de splicing atuantes nos

fatores de splicing sugerem que os modos alternativos de splicing possam manter

uma homeostase dos fatores de splicing, bem como permitir a sua expressão gênica

tecido-preferencial. Tais observações associam os modos alternativos de splicing a

um processo regulatório que afetaria a expressão gênica de fatores de splicing

(LAREAU et al. 2007).

Investigando-se a presença dos fatores de splicing ditos constitutivos em

transcritos variantes normais e tumorais de humanos, verificou-se que a maioria

(93%) destes fatores de splicing de humanos, e 86% dos fatores ortólogos em

camundongos, sofrem splicing alternativo.

Através de uma análise comparativa entre a presença dos fatores de splicing

em transcritos variantes normais de humanos e camundongos obteve-se um conjunto

de 18 fatores de splicing encontrados em ambas as espécies. Do montante total de

fatores de splicing ortólogos preservados em transcritos variantes normais, 10 são do

grupamento snRNP, 2 do grupamento SR, 4 do grupamento hnRNP e 2 do

grupamento Sm. O número final de genes correlacionados e preservados nas distintas

espécies é relevante nas possíveis inferências às suas funcionalidades regulatórias

tecido-preferencial.

5.3 OS FATORES DE SPLICING PRESENTES

PREFERENCIALMENTE NOS TRANSCRITOS VARIANTES

TUMORAIS APRESENTAM VALORES DE EXPRESSÃO GÊNICA

COMPARATIVAMENTE SUPERIORES AOS NORMAIS

Embora os modos aberrantes de mRNA sejam degradados pelo mecanismo

nonsense-mediated mRNA decay (CARTEGNI et al. 2002), algumas alterações

disfuncionais do processo de splicing em células cancerígenas resultam na produção

de novas isoformas de mRNA que acarretam na aquisição de outras propriedades

carcinogênicas. Diversas revisões fornecem listas de genes com alterações nos

modos de splicing relacionados ao câncer (KALNINA et al. 2005; SCHWERK e

SCHULZE-OSTHOFF 2005; VENABLES 2006). Alterações na concentração,

localização, composição ou atividade dos fatores regulatório trans-atuantes, tais

como os grupamentos protéicos de hnRNP e SR, podem resultar em modificações no

processo de splicing (KARNI et al. 2007), somando-se ao exposto que, outras

análises computacionais em larga escala aos dados de EST trouxeram como

conclusão que alguns fatores de splicing são over-expressos em células de câncer

versus normal (KIRSCHBAUM-SLAGER et al. 2004).

Nos resultados apresentados constam outros estudos científicos reportando

alguns fatores de splicing candidatos, aqui obtidos, com amplo envolvimento na

tumorigênese (Quadro 11). Fora possível corroborar in silico os dados de validação

experimental citados em KARNI et al. (2007), com os proto-oncogenes de consenso

(Tabela 9): SF2/ASF (Hs.68714), HNRNPA1 (Hs.546261) e SFRS6 (Hs.6891). O

fator de splicing ASF/SF2 atua de modo antagônico ao HNRNPA1 na regulação do

splicing alternativo: as concentrações aumentadas de ASF/SF2 selecionam sítios de

splice íntron-proximal; concentrações aumentadas de HNRNPA1 promovem a

seleção dos sítios de splice íntron-distal (KARNI et al. 2007).

Aqueles fatores de splicing candidatos que não foram encontrados em estudos

científicos correlatos mantêm-se numa categoria de subgrupo favorável a uma

validação experimental que corrobore sua possível expressão gênica diferencial em

tecidos tumorais e envolvimento na carcinogêse. Os fatores de splicing candidatos,

somam 8 genes com expressão gênica superior em bibliotecas tumorais e presentes

apenas em transcritos variantes tumorais (Quadro 9): TFIP11, DDX39, PRPF4,

MAGOH, SAD1, DHX16, SF1 e DDX46.

Visto que a concentração aumentada de determinados fatores de splicing,

especificamente os grupos SR e hnRNP, possam resultar em variantes de splicing

câncer-associado, podemos acrescentar um subgrupo de 32 novos genes candidatos a

uma validação experimental. Tal subgrupo gênico está presente em ambos transcritos

variantes tumorais e normais, mas com expressão gênica superior em bibliotecas

tumorais de MPSS: LSM2, DDX23, RALY, PTBP1, PRPF8, ASCC3L1, PLRG1,

BAT1, DDX5, RBM39, PRPF6, HSPC225, SFRS3, SF3B2, CLK1, HNRPM,

SNRPA, SFRS16, SFRS11, DDX41, PRPF19, HNRNPC, SF3B3, PRPF31, SF3B4,

PUF60, HNRPDL, DDX17, SFRS10, RY1, SNW1 e SFRS2.

6 CONCLUSÃO

Esta dissertação resulta de um trabalho de investigação em genômica

comparativa com a busca inicial e compreensiva sobre padrões de expressão dos

fatores de splicing constitutivos em humanos e camundongos, correlacionados à

ocorrência de eventos de splicing alternativos.

As funcionalidades dos fatores de splicing e dos eventos de splicing

alternativos foram confrontadas e investigadas em tecidos tumorais versus normais

de humanos.

Em virtude dos fatos mencionados, as conclusões obtidas neste estudo in

silico são listadas nos seguintes tópicos:

6.1 CONJUNTO DE FATORES DE SPLICING ORTÓLOGOS EM

HUMANOS E CAMUNDONGOS

Através da adoção de um método restritivo de investigação in silico, sugere-

se a presença de um conjunto final de 124 fatores de splicing ortólogos em humanos

e camundongos.

6.2 PADRÕES DE COEXPRESSÃO DIFERENCIAL DOS FATORES

DE SPLICING CONSTITUTIVOS

Os genes dos fatores de splicing constitutivos expressos nos grupos de

bibliotecas de MPSS, sistema nervoso e sexo específico, apresentam padrões de

coexpressão gênica negativos, em relação aos demais grupos de bibliotecas. Tais

outliers são abordados neste estudo como favoráveis à interpretação de uma

correlação funcional existente entre a coexpressão diferencial dos fatores de splicing

constitutivos e uma incidente ocorrência de evento de splicing alternativo presente

nestes, em ambas as espécies.

6.3 OS TRANSCRITOS VARIANTES E A EXPRESSÃO GÊNICA

DOS FATORES DE SPLICING EM BIBLIOTECAS DE MPSS

NORMAIS VERSUS TUMORAIS DE HUMANOS

Pela observação dos aspectos analisados, concluímos que dentre um conjunto

final de 124 fatores de splicing humanos:

• 104 fatores de splicing possuem expressão gênica superior em bibliotecas

tumorais de MPSS;

• 23 fatores de splicing encontrados apenas em transcritos variantes tumorais e

19 destes genes se encontram com expressão gênica superior em bibliotecas

tumorais de MPSS;

• 47 fatores de splicing encontrados em transcritos variantes normais e

tumorais, e com expressão gênica superior em bibliotecas tumorais de MPSS;

• 15 fatores de splicing ausentes em transcritos variantes tumorais e com

expressão gênica superior em bibliotecas tumorais de MPSS.

• Há 28 fatores de splicing sendo referenciados por outros autores, pelo seu

envolvimento no processo de tumorigênese;

• 40 fatores de splicing (sem referência científica correlata) são promissores

candidatos a outras investigações experimentais específicas, que corroborem

em outros métodos os seus envolvimentos na tumorigênese: TFIP11, DDX39,

PRPF4, MAGOH, SAD1, DHX16, SF1, DDX46, LSM2, DDX23, RALY,

PTBP1, PRPF8, ASCC3L1, PLRG1, BAT1, DDX5, RBM39, PRPF6,

HSPC225, SFRS3, SF3B2, CLK1, HNRPM, SNRPA, SFRS16, SFRS11,

DDX41, PRPF19, HNRNPC, SF3B3, PRPF31, SF3B4, PUF60, HNRPDL,

DDX17, SFRS10, RY1, SNW1 e SFRS2.

7 REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS

Altschul SF. Basic local alignment search tool. J Mol Biol 1990; 215:403-10.

Audic Y, Hartley RS. Post-transcriptional regulation in cancer. Biol Cell 2004;

96:479-98.

Balasubramani M, Day BW, Schoen RE, Getzenberg RH. Altered expression and

localization of creatine kinase B, heterogeneous nuclear ribonucleoprotein F, and

high mobility group box 1 protein in the nuclear matrix associated with colon cancer.

Cancer Res 2006; 66:763-9

Barbosa-Morais NL, Carmo-Fonseca M, Aparício S. Systematic genome-wide

annotation of spliceosomal proteins reveals differential gene family expansion.

Genome Res 2006; 16:66-77.

Barral PM, Rusch A, Turnell AS et al. The interaction of the hnRNP family member

E1B-AP5 with p53. FEBS Lett 2005; 579:2752-8.

Berget SM, Moore C, Sharp PA. Spliced segments at the 5' terminus of adenovirus 2

late mRNA. Proc Natl Acad Sci USA 1977; 74:3171-5.

Black DL. Finding splice sites within a wilderness of RNA. RNA 1995; 1:763-71.

Black DL. Mechanisms of alternative pre-messenger RNA Splicing. Annu Rev

Biochem 2003; 27:27-48.

Blencowe BJ. Alternative splicing: New insights from global analyses. Cell 2006,

126:37–47.

Boguski DE, Shuler MS. Establishing a human transcript map. Nature Genet 1995;

10: 369-71.

Boguski MS, Lowe TM, Tolstoshev CM. dbEST-database for ‘expressed sequence

tags’. Nature Genet 1993; 4:332-3.

Boon K, Osorio EC, Greenhut SF, et al. An anatomy of normal and malignant gene

expression. Proc Natl Acad Sci U S A 2002; 99:11287-92.

Boukis LA, Liu N, Furuyama S, Bruzik JP. Ser/Arg-rich protein-mediated

communication between U1 and U2 small nuclear ribonucleoprotein particles. J Biol

Chem 2004; 279:29647-53.

Brenner S, Johnson M, Bridgham J, et al. Gene expression analysis by massively

parallel signature sequencing (MPSS) on microbead arrays. Nat Biotechnol 2000;

18:630-4.

Brow DA. Allosteric cascade of spliceosome activation. Annu Rev Genet 2002;

36:333-60.

Burset M, Seledtsov IA, Solovyev VV. SpliceDB: database of canonical and non-

canonical mammalian splice sites. Nucleic Acids Res 2001; 29:255-9.

Cartegni L, Chew SL, Krainer AR. Listening to silence and understanding nonsense:

exonic mutations that aff ect splicing. Nat Rev Genet 2002; 3:285-98.

Chen J, Rattray M. Analysis of tag-position bias in MPSS technology. BMC

Genomics. 2006 Apr 7;7:77.

Cheng C, Sharp PA.Regulation of CD44 alternative splicing by SRm160 and its

potential role in tumor cell invasion.Mol Cell Biol 2006; 26:362-70.

Chow LT, Gelinas RE, Broker TR, Roberts RJ. An amazing sequence arrangement at

the 5' ends of adenovirus 2 messenger RNA. Cell 1977; 12:1-8.

[COMPBIO Ludwig] Laboratório de Biologia Computacional, Instituto Ludwig de

Pesquisa sobre o Câncer. JNUNES. Disponível em:

URL<http://www.compbio.ludwig.org.br/~jnunes/class_libs_mouse> [2007 Dec 01]

Conte N, Charafe-Jauffret E, Delaval B, et al. Carcinogenesis and translational

controls: TACC1 is down-regulated in human cancers and associates with mRNA

regulators. Oncogene 2002; 21:5619-30.

Doerge RW. Bioinformatics and Computational Biology Solutions Using R and

Bioconductor. Edited by Gentleman R, Carey V, Huber W, Irizarry R, and Dudoit S.

Biometrics 2006; 62:1270–1.

Dreyfuss G, Matunis MJ, Pinol-Roma S, Burd CG. hnRNP proteins and the

biogenesis of mRNA. Annu Rev Biochem 1993; 62:289-321.

Faustino NA, Cooper TA. Pre-mRNA splicing and human disease. Genes Dev 2003;

17:419-37.

Fraser MM. CaSm-mediated cellular transformation is associated with altered gene

expression and messenger RNA stability. Cancer Res 2005; 65:6228-36.

Galante PA, Sakabe NJ, Kirschbaum-Slager N, de Souza SJ. Detection and

evaluation of intron retention events in the human transcriptome. RNA 2004;

10:757-65.

Gallego ME, Gattoni R, Stevenin J, Marie J, Expert-Bezancon A. The SR splicing

factors ASF/SF2 and SC35 have antagonistic effects on intronic enhancerdependent

splicing of the beta-tropomyosin alternative exon 6A. EMBO J 1997; 16:1772-84.

Garcia-Blanco MA, Baraniak AP, Lasda EL. Alternative splicing in disease and

therapy. Nat Biotechnol 2004; 22, 535-46.

Garcia-Blanco MA, Jamison SF, Sharp PA. Identification and purification of a

62,000-dalton protein that binds specifically to the polypyrimidine tract of introns.

Genes Dev 1989; 3:1874-86.

Grabowski PJ. A molecular code for splicing silencing: conFigurations of guanosine-

rich motifs. Biochem Soc Trans 2004; 32:924-7.

Graveley BR. Sorting out the complexity of SR protein functions. RNA 2000;

6:1197-211.

Hayes GM, Carrigan PE, Miller LJ. Serine-arginine protein kinase 1 overexpression

is associated with tumorigenic imbalance in mitogen-activated protein kinase

pathways in breast, colonic, and pancreatic carcinomas. Cancer Res 2007; 67:2072-

80.

He Y, Brown MA, Rothnagel JA, Saunders NA, Smith R. Roles of heterogeneous

nuclear ribonucleoproteins A and B in cell proliferation. J Cell Sci 2005; 118:3173-

83.

Ito M, Shichijo S, Tsuda N et al. Molecular basis of T cell-mediated recognition of

pancreatic cancer cells. Cancer Res 2001; 61:2038-46.

Jurica MS, Moore MJ. Pre-mRNA splicing: awash in a sea of proteins. Mol Cell

2003; 12:5-14.

Kalnina Z, Zayakin P, Silina K, Line A. Alterations of pre-mRNA splicing in cancer.

Genes Chromosomes Cancer 2005; 42:342–57.

Karni R, de Stanchina E, Lowe SW, Sinha R, Mu D, Krainer AR. The gene encoding

the splicing factor SF2/ASF is a proto-oncogene. Nat Struct Mol Biol 2007; 14:185-

93.

Katerinaki E, Evans GS, Lorigan PC, MacNeil S. TNF-alpha increases human

melanoma cell invasion and migration in vitro: the role of proteolytic enzymes. Br J

Cancer 2003; 89:1123-9.

Kelso J. eVOC: a controlled vocabulary for unifying gene expression data. Genome

Res 2003; 13(6A):1222-30.

Kim B, Bang S, Lee S, et al. Expression profiling and subtype-specific expression of

stomach cancer. Cancer Res 2003; 63:8248-55.

Kim JH, You KR, Kim IH, Cho BH, Kim CY, Kim DG. Over-expression of the

ribosomal protein L36a gene is associated with cellular proliferation in

hepatocellular carcinoma. Hepatology 2004; 39:129-38.

Kirschbaum-Slager N, Lopes GM, Galante PA, Riggins GJ, de Souza SJ. Splicing

factors are differentially expressed in tumors. Genet Mol Res 2004; 3:512-20.

Kramer A. The structure and function of proteins involved in mammalian pre-mRNA

splicing. Annu Rev Biochem 1996; 65:367-409.

Krawczak M, Reiss J, Cooper DN. The mutational spectrum of single base-pair

substitutions in mRNA splice junctions of human genes: causes and consequences.

Hum Genet 1992; 90:41-54.

Kubo M, Ihn H, Kuwana M et al. Anti-U5 snRNP antibody as a possible serological

marker for scleroderma-polymyositis overlap. Rheumatology (Oxford) 2002;

41:531-4.

Ladd AN, Cooper TA. Finding signals that regulate alternative splicing in the post-

genomic era. Genome Biol 2002; 3:8.

Lander ES, Linton LM, Birren B et al. International Human Genome Sequencing

Consortium, Initial sequencing and analysis of the human genome. Nature 2001;

409: 860-921.

Lareau LF, Inada M, Green RE, Wengrod JC, Brenner SE. Unproductive splicing of

SR genes associated with highly conserved and ultraconserved DNA elements.

Nature 2007; 446:926-9.

Lerner MR, Boyle JA, Mount SM, Wolin SL, Steitz JA. Are snRNPs involved in

splicing? Nature 1981; 283:220-4.

Maeda T, Hiranuma H, Jikko A. Differential expression of the splicing regulatory

factor genes during two-step chemical transformation in a BALB/3T3-derived cell

line, MT-5. Carcinogenesis 1999; 20:2341-4.

Markovtsov V, Nikolic JM, Goldman JA, Turck CW, Chou MY, Black DL.

Cooperative assembly of an hnRNP complex induced by a tissue-specific homolog of

polypyrimidine tract binding protein. Mol Cell Biol 2000; 20:7463-79.

Mathur M, Samuels HH. Role of PSF-TFE3 oncoprotein in the development of

papillary renal cell carcinomas. Oncogene 2007; 26:277-83.

Mayeda A, Krainer AR. Regulation of alternative pre-mRNA splicing by hnRNP A1

and splicing factor SF2. Cell 1992; 68:365-75.

Meyers BC, Tej SS, Vu TH, Haudenschild CD, et al. The Use of MPSS for Whole-

Genome Transcriptional Analysis in Arabidopsis. Genome Res 2004; 14:1641-53.

Mironov AA, Koonin EV, Roytberg MA, Gelfand MS. Computer analysis of

transcription regulatory patterns in completely sequenced bacterial genomes. Nucleic

Acids Res 1999; 27:2981-9.

Modrek B, Resch A, Grasso C, Lee C. Genome-wide detection of alternative splicing

in expressed sequences of human genes. Nucleic Acids Res 2001; 29:2850-9.

[NCBI] National Center for Biotechnology Information. HomoloGene. Avaliable

from: <URL:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/HomoloGene > [2006a abr 16]

[NCBI] National Center for Biotechnology Information. UniGene. Avaliable from:

<URL:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=unigene> [2006b abr 16]

Nakielny S, Fischer U, Michael W M, Dreyfuss G. Annu Rev Neurosci 1997;

20:269-301.

Okazaki Y, Furuno M, Kasukawa T, et al. Analysis of the mouse transcriptome based

on functional annotation of 60,770 full-length cDNAs. Nature 2002; 420:563-73.

Osório EC, de Souza JE, Zaiats AC, de Oliveira PS, de Souza SJ. pp-Blast: a

"pseudo-parallel" Blast. Braz J Med Biol Res 2003; 36:463-4.

Pajares MJ, Ezponda T, Catena R, Calvo A, Pio R, Montuenga LM. Alternative

splicing: an emerging topic in molecular and clinical oncology. Lancet Oncol 2007;

8:349-57.

Patel AA, Steitz JA. Splicing double: insights from the second spliceosome. Nat Rev

Mol Cell Biol 2003; 4:960-70.

Patrawala L. Highly purified CD44+ prostate cancer cells from xenograft human

tumors are enriched in tumorigenic and metastatic progenitor cells. Oncogene 2006;

25:1696-708.

Pettigrew C, Wayte N, Lovelock PK, et al. Evolutionary conservation analysis

increases the colocalization of predicted exonic splicing enhancers in the BRCA1

gene with missense sequence changes and in-frame deletions, but not

polymorphisms. Breast Cancer Res 2005; 7:R929-39.

Pruitt KD, Maglott DR. RefSeq and LocusLink: NCBI gene-centered resources.

Nucleic Acids Res 2001; 29:137-40.

Roy M, Xu Q, Lee C. Evidence that public database records for many cancer

associated genes reflect a splice form found in tumors and lack normal records for

many cancer-associated genes reflect a splice form found in tumors and lack normal

splice forms. Nucleic Acids Res 2005; 33:5026-33.

Roychoudhury P, Paul RR, Chowdhury R, Chaudhuri K. HnRNP E2 is

downregulated in human oral cancer cells and the overexpression of hnRNP E2

induces apoptosis. Mol Carcinog 2007; 46:198-207.

Sakabe NJ. ORESTES are enriched in rare exon usage variants affecting the encoded

proteins. C R Biol 2003; 326:979-85.

Sampath J, Long PR, Shepard RL, et al. Human SPF45, a splicing factor, has limited

expression in normal tissues, is overexpressed in many tumors, and can confer a

multidrug-resistant phenotype to cells. Am J Pathol 2003; 163:1781-90.

Sanford JR, Ellis J, Caceres JF. Multiple roles of arginine/serine-rich splicing factors

in RNA processing. Biochemival Society Transactions 2005; 33:443-7.

Sanford JR, Longman D, Caceres JF. Multiple roles of the SR protein family in

splicing regulation. Prog Mol Subcell Biol 2003; 31:33-58.

Schena M, Shalon D, Davis RW, Brown PO. Quantitative monitoring of gene

expression patterns with a complemetary DNA microarray. Science 1995; 270:467-

70.

Schenkel H, Hanke S, De Lorenzo C, Schmitt R, Mechler BM. P elements inserted in

the vicinity of or within the Drosophila snRNP SmD3 gene nested in the first intron

of the Ornithine Decarboxylase Antizyme gene affect only the expression of SmD3.

Genetics 2002; 161:763-72.

Schweinfest CW. CaSm: an Sm-like protein that contributes to the transformed state

in câncer cells. Cancer Res 1997; 57:2961-5.

Schwerk C, Schulze-Osthoff K. Regulation of apoptosis by alternative pre-mRNA

splicing. Mol Cell 2005; 19:1-13

Sharp PA. The discovery of split genes and RNA splicing.Trends Biochem Sci

2005; 30:279-81.

Shatkin AJ, Manley JL. The ends of the affair: capping and polyadenylation. Nat

Struct Biol 2000; 7:838-42.

Shetty S. Regulation of urokinase receptor mRNA stability by hnRNP C in lung

epithelial cells. Mol Cell Biochem 2005; 272:107-18.

Spraggon L, Dudnakova T, Slight J, et al. hnRNP-U directly interacts with WT1 and

modulates WT1 transcriptional activation. Oncogene 2007; 26:1484-91.

Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. Generation and initial analysis of

more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences. Proc Natl Acad

Sci U S A 2002; 99:16899-903.

Swiss-Prot. Avaliable from: <URL:http://ca.expasy.org/sprot/> [2006 abr 29]

Tacke R, Manley JL. Determinants of SR protein specificity. Curr Opin Cell Biol

1999; 11:358-62.

UCSC Genome Bioinformatics. Genome browser. Avaliable from:

<URL:http://genome.ucsc.edu/> [2006 abr 16]

Ule J, Jensen KB, Ruggiu M, Mele A, Ule A, Darnell RB. CLIP identifies Nova-

regulated RNA networks in the brain. Science 2003; 302:1212-5.

Velculescu VE, Zhang L, Vogelstein B, Kinzler KW. Serial analysis of gene

expression. Science 1995; 270:484-7.

Venables JP. Unbalanced alternative splicing and its significance in cancer.

BioEssays 2006; 28:378-86.

Villa T, Pleiss JA, Guthrie C. Spliceosomal snRNAs: Mg(2+)-dependent chemistry

at the catalytic core? Cell 2002; 109:149-52.

Watermann DO. Splicing factor Tra2-beta1 is specifically induced in breast cancer

and regulates alternative splicing of the CD44 gene. Cancer Res 2006; 66:4774-80.

Waterston RH, Lindblad-Toh K, Birney E, et al. Initial sequencing and comparative

analysis of the mouse genome. Nature 2002; 420:520-62.

Watson JD, Crick FH. The structure of DNA. Cold Spring Harb Symp Quant Biol

1953; 18:123-31.

Wei-dong H,Ya-li Z, Qi L, et al. Inhibition of proliferation of human breast cancer

MCF-7 cells by small interference RNA against LRP16 gene. Chin J Cancer Res

2004; 16:239-45.

Weighardt F, Cobianchi F, Cartegni L, et al. A novel hnRNP protein (HAP/SAF-B)

enters a subset of hnRNP complexes and relocates in nuclear granules in response to

heat shock. J Cell Sci 1996; 112:1465-76.

Yeo G, Holste D, Kreiman G, Burge CB. Variation in alternative splicing across

human tissues. Genome Biol 2004; 5:R74.

Yugami M, Kabe Y, Yamaguchi Y, Wada T, Handa H. hnRNP-U enhances the

expression of specific genes by stabilizing mRNA. FEBS Lett 2007; 581:1-7.

Zech VF, Dlaska M, Tzankov A, Hilbe W. Prognostic and diagnostic relevance of

hnRNP A2/B1, hnRNP B1 and S100 A2 in non-small cell lung cancer. Cancer

Detect Prev 2006; 30:395-402.

Zhang Z, Schwartz S, Wagner L, Miller W, et al. A greedy algorithm for aligning

DNA sequences. J Comput Biol 2002; 7:203-14.

Zhou KH, Tuncali K, Silverman SG. Correlation and simple linear regression.

Radiology 2003; 227:617-22.

Anexo 1 - Bibliotecas de MPSS de humanos.

libid tissue_or_Cell_type patient_sex mpss_method tumor

1 adrenal gland – normal male/female C N

2 bladder – normal male/female C N

3 bone marrow – normal male/female C N

4 brain, amygdala – normal male/female C N

5 brain, caudate nucleus – norma male/female C N

6 brain, cerebellum – normal male/female C N

7 brain, corpus callosum - norm male/female C N

8 brain, hypothalamus – normal male/female C N

9 brain, thalamus – normal male/female C N

10 fetal brain, whole – normal male/female C N

11 heart – normal male C N

12 kidney – normal male/female C N

13 lung – normal male C N

14 mammary gland – normal female C N

15 pituitary gland – normal male/female C N

16 placenta – normal female C N

17 pancreas – normal male/female C N

18 prostate – normal male C N

19 retina – normal male/female C N

20 spinal cord – normal male/female C N

21 salivary gland – normal male/female C N

22 small intestine – normal male/female C N

23 spleen - normal male/female C N

24 stomach - normal male/female C N

25 testis - normal male C N

26 thymus - normal male/female C N

27 trachea - normal male/female C N

28 thyroid - normal male/female C N

29 uterus - normal female C N

30 colon transversum - normal C N

33 breast cancer, ER- cell line C Y

34 breast cancer, ER+ cell line C Y

49 Monocytes C N

55 peripheral blood lymphocytes C N

56 HB4A Normal sample S N

57 HB4A modified C5.2; ErbB2 expr S Y

58 Human Breast cancer S Y

59 Human lung cancer cells S Y

60 Human melanoma S Y

61 Melanoma Biopsies S Y

62 Human placenta S N

63 Human testis S N

64 Human normal epithelial cell S N

65 human melanocyte lightly pigme S N

66 colon S -

67 colon S -

Cont/ Anexo 1 - Bibliotecas de MPSS de humanos.

libid tissue_or_Cell_type patient_sex mpss_method tumor

68 colon S N

69 colon S -

37 liver C N

38 skeletal muscle C N

39 brain whole C N

Anexo 2 - Bibliotecas de MPSS de camundongos.

libid tissue_or_Cell_type sex mpss_method tumor

1 Bladder Male C NULL

2 Esophagus Male C NULL

3 Heart:ventricles and septum Female C NULL

4 Kidney:medulla Female C NULL

5 Kidney:contex Male C NULL

6 Kidney:medulla Male C NULL

7 White fat Female C NULL

8 Brain:Thalamus Female C NULL

9 Brain:Cerebellum Male C NULL

10 Brain:Hippocampus Male C NULL

11 Brain:Midbrain Male C NULL

12 Liver:left lobe Male C NULL

13 Skin:hariy, from back Female C NULL

14 White fat Male C NULL

15 Gl. adrenal Female C NULL

16 Bladder Female C NULL

17 Bone:Femur Male C NULL

18 Brain:Hypothalamus/preoptic ar Male C NULL

19 Brain:Amygdala Male C NULL

20 Kidney:cortex Female C NULL

21 Ovary Female C NULL

22 Stomach Female C NULL

23 Uterus:Pregnant E18 Female C NULL

24 Uterus Female C NULL

25 Esophagus Female C NULL

26 Mammary gland Female C NULL

27 Spinal cord:entire Female C NULL

28 Bone:Femur Female C NULL

29 Brain:Olfactory Bulb Female C NULL

30 Brain:Caudate,Putamen,Accumben Male C NULL

31 Eye Male C NULL

32 Skin:hairy, from back Male C NULL

33 Spleen Female C NULL

34 Thyroid/parathyroid Female C NULL

35 Brain:OlfactoryTubercle,Prefro Female C NULL

36 Heart: ventricles and septum Male C NULL

37 Large intestine Male C NULL

38 Liver:right lobe Male C NULL

39 Thymus Male C NULL

40 Heart:Aorta Male C NULL

41 Brain:Hypothalamus/preoptic ar Female C NULL

42 Brain:Thalamus Male C NULL

43 Cartilage:Xiphoid Male C NULL

44 Eye Female C NULL

45 Lymph nodes: mesenteric Male C NULL

Cont/ Anexo 2 - Bibliotecas de MPSS de camundongos.

libid tissue_or_Cell_type sex mpss_method tumor

46 Pituitary Female C NULL

47 Pituitary Male C NULL

48 Spinal cord:entire Male C NULL

49 Thymus Female C NULL

50 Thyroid/parathyroid Male C NULL

51 Brain:OlfactoryTubercle,Prefro Male C NULL

52 Cervix and vagina Female C NULL

53 Cartilage:Xiphoid Female C NULL

54 Embryo E18 Female C NULL

55 Heart: atria Female C NULL

56 Heart:Atria Male C NULL

57 Large intestine Female C NULL

58 Lung Female C NULL

59 Lung Male C NULL

60 Small intestine Female C NULL

61 Testis Male C NULL

62 Gl. adrenal Male C NULL

63 Heart:Aorta Female C NULL

64 Brown Fat Female C NULL

65 Brown Fat Male C NULL

66 Brain:Caudate,Putamen,Accumben Female C NULL

67 Lymph nodes: mesenteric Female C NULL

68 Placenta - E18 Female C NULL

69 Brain:Cortical mantle Female C NULL

70 Brain:Midbrain Female C NULL

71 Brain:Cortical mantle Male C NULL

72 Brain:Olfactory Bulb Male C NULL

73 Brain:Amygdala Female C NULL

74 Brain:Cerebellum Female C NULL

75 Brain:Hippocampus Female C NULL

76 Liver:right lobe Female C NULL

77 Prostate Male C NULL

78 Small intestine Male C NULL

79 SkeletalMuscle:Thigh Female C NULL

80 SkeletalMuscle:Thigh Male C NULL

81 Spleen Male C NULL

Anexo 3 - Anotações gênicas dos fatores de splicing.

Grupo

Funcional

Identificador

SwissProt

Descrição

Unigene Clusters:

Homo sapiens

Mus musculus.

U1 + U2

snRNP

P09012

U1 small nuclear ribonucleoprotein A

(U1 snRNP A protein)

Hs.466775

U1 small nuclear ribonucleoprotein A

(U1 snRNP protein A) (U1A protein)

(U1-A).

Mm.386890

P08579 U2 small nuclear ribonucleoprotein B" Hs.280378

U2 small nuclear ribonucleoprotein B" Mm.1323

P09234

U1 small nuclear ribonucleoprotein C

(U1-C)

Hs.1063

Q62241

U1 small nuclear ribonucleoprotein 1C

(Snrp1c)

Mm.308514

P08621

U1 small nuclear ribonucleoprotein 70

kDa (U1 snRNP 70 kDa) (snRNP70)

(U1-70K)

Hs.467097

Q62376

U1 small nuclear ribonucleoprotein 70

kDa (U1 snRNP 70 kDa) (snRNP70)

(U1-70K).

Mm.216386

O14776

Formin binding protein 3 (Huntingtin

yeast partner A) (Huntingtin-interacting

protein HYPA/FBP11) (Fas-ligand

associated factor 1) (NY-REN-6 antigen)

(HSPC225)

Hs.591637

formin binding protein 3

[Camundongos].

Mm.257474

Q8NCZ1 Hypothetical protein DKFZp434O1520 Hs.33104

PRP40 pre-mRNA processing factor 40

homolog B (yeast) (Prpf40b)

Mm.358668

P09661

U2 small nuclear ribonucleoprotein A'

(U2 snRNP-A')

Hs.528763

U2 small nuclear ribonucleoprotein

polypeptide A' [Camundongos].

Mm.821

Q15459

Splicing factor 3 subunit 1 (Spliceosome

associated protein 114) (SAP 114)

(SF3a120)

Hs.406277

Q9R0I7 Sf3a1: Splicing factor 3a, subunit 1 Mm.156914

Q15428

Splicing factor 3A subunit 2

(Spliceosome associated protein 62)

(SAP 62) (SF3a66)

Hs.115232

splicing factor 3a, subunit 2

[Camundongos].

Mm.358633

Q12874

Splicing factor 3A subunit 3

(Spliceosome associated protein 61)

(SAP 61) (SF3a60)

Hs.77897

Cont/ Anexo 3 - Anotações gênicas dos fatores de splicing

Grupo

Funcional

Identificador

SwissProt

Descrição

Unigene Clusters:

Homo sapiens

Mus musculus.

S3A3_MOUSE Splicing factor 3A

subunit 3

Mm.25779

O75533

Splicing factor 3B subunit 1

(Spliceosome associated protein 155)

(SAP 155) (SF3b155) (Pre-mRNA

splicing factor SF3b 155 kDa subunit)

Hs.471011

Splicing factor 3b, subunit 1 (Sf3b1) Mm.279736

Q13435

Splicing factor 3B subunit 2

(Spliceosome associated protein 145)

(SAP 145) (SF3b150) (Pre-mRNA

splicing factor SF3b 145 kDa subunit)

Hs.406423

Splicing factor 3b, subunit 2 (Sf3b2) Mm.196532

Q15393

Splicing factor 3B subunit 3

(Spliceosome associated protein 130)

(SAP 130) (SF3b130) (Pre-mRNA

splicing factor SF3b 130 kDa subunit)

Hs.514435

Splicing factor 3b, subunit 3 (Sf3b3) Mm.236123

Q15427

Splicing factor 3B subunit 4

(Spliceosome associated protein 49)

(SAP 49) (SF3b50) (Pre-mRNA splicing

factor SF3b 49 kDa subunit)

Hs.516160

P29341 Splicing factor 3b, subunit 4 (Sf3b4) Mm.219671

Q9Y3B4

Pre-mRNA branch site protein p14

(CGI-110) (HSPC175) (Ht006)

Hs.177861

splicing factor 3B, 14 kDa subunit

[Camundongos].

Mm.102627

U4/U6

snRNP

O43395

U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein

Prp3 (Pre-mRNA splicing factor 3)

(U4/U6 snRNP 90 kDa protein) (hPrp3)

Hs.11776

PRP3 pre-mRNA processing factor 3

homolog (yeast) (Prpf3)

Mm.279872

O43172

U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein

Prp4 (U4/U6 snRNP 60 kDa protein)

(WD splicing factor Prp4) (hPrp4).

Hs.374973

PRP4 pre-mRNA processing factor 4

homolog (yeast) (Prpf4)

Mm.30660

O43447

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase H

(EC 5.2.1.8) (PPIase H) (Rotamase H)

(U-snRNP-associated cyclophilin

SnuCyp-20) (USA-CYP) (Small nuclear

ribonucleoprotein particle-specific

cyclophilin H) (CypH)

Hs.256639

peptidylprolyl isomerase D

[Camundongos].

Mm.304080

Cont/ Anexo 3 - Anotações gênicas dos fatores de splicing.

Grupo

Funcional

Identificador

SwissProt

Descrição

Unigene Clusters:

Homo sapiens

Mus musculus.

U5 snRNP O95320 U5 snRNP-specific 40 kDa protein Hs.33962

Q9WV18

WD repeat domain 57 (U5 snRNP

specific) (Wdr57)

Mm.228018

O75643

U5 small nuclear ribonucleoprotein 200

kDa helicase (U5 snRNP-specific 200

kDa protein) (U5-200KD)

Hs.246112

Activating signal cointegrator 1 complex

subunit 3-like 1 (Ascc3l1)

Mm.215860

Q15029

116 kDa U5 small nuclear

ribonucleoprotein component (U5

snRNP- specific protein, 116 kDa) (U5-

116 kDa)

Hs.151787

O08810

U5S1_MOUSE 116 kDa U5 small

nuclear ribonucleoprotein component

Mm.873

O94906

U5 snRNP-associated 102 kDa protein

(U5-102 kDa protein)

Hs.31334

Prpf6: PRP6 pre-mRNA splicing factor 6

homolog (yeast)

Mm.292001

O43188 Prp28, U5 snRNP 100 kDa protein Hs.130098

Ddx23: DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box

polypeptide 23

Mm.45725

O14834

Spliceosomal U5 snRNP-specific 15

kDa protein (DIM1 protein homolog)

(Thioredoxin-like U5 snRNP protein

U5-15kD)

Hs.465498

N-acetyltransferase ARD1

[Camundongos].

Mm.172411

O14547 PRP8 protein Hs.181368

Prpf8: Pre-mRNA processing factor 8 Mm.3757

U4/U6.U5

tri-snRNP

O43290

SART-1 (Squamous cell carcinoma

antigen RECOGNISED BY T cells)

(U4/U6.U5 TRI-snRNP-associated 110

kDa protein)

Hs.502883

P05143

Squamous cell carcinoma antigen

recognized by T-cells 1 (Sart1)

Mm.34562

P55769

NHP2-like protein 1 (High mobility

group-like nuclear protein 2 homolog 1)

([U4/U6.U5] tri-snRNP 15.5 kDa

protein) (OTK27)

Hs.182255

NHP2 non-histone chromosome protein

2-like 1 (S. cerevisiae) (Nhp2l1)

Mm.299312

Q96RK9

U4/U6.U5 tri-snRNP-associated 65 kDa

protein

Hs.469173

Cont/ Anexo 3 - Anotações gênicas dos fatores de splicing.

Grupo

Funcional

Identificador

SwissProt

Descrição

Unigene Clusters:

Homo sapiens

Mus musculus.

O88623 Ubiquitin specific peptidase 39 (Usp39) Mm.281900

U11 +

U12

snRNP

Q9UDW3

Hypothetical protein (U11/U12 snRNP

20K) (Em:AC005529.5 protein)

(LOC55954 protein)

Hs.38628

Zinc finger, matrin type 5 (Zmat5) Mm.271056

Q9BV90

U11/U12 snRNP 25K protein (Minus-99

protein)

Hs.15277

RIKEN cDNA 3300001G02 gene

(3300001G02Rik)

Mm.29952

Q96TA6 MADP-1 protein (U11/U12 snRNP 31K) Hs.496279

Zinc finger CCHC-type and RNA

binding motif 1 (Zcrb1)

Mm.293181

Q16560

U1-snRNP binding protein homolog

(U11/U12 snRNP 35K, isoform a).

Hs.528306

U1 small nuclear ribonucleoprotein 70

kDa (U1 SNRNP 70 kDa)

Mm.156035

Q6IEG0 U11/U12 snRNP 48K Hs.13366

U11/U12 snRNP 48K [Camundongos]. Mm.250783

Q96LT9

Hypothetical protein FLJ25070

(U11/U12 snRNP 65K) (RNA

recognition protein) (Novel protein)

Hs.512635

RNA-binding region (RNP1, RRM)

containing 3 (Rnpc3)

Mm.316928

Sm P14678

Small nuclear ribonucleoprotein

associated proteins B and B' (snRNP-B)

(Sm protein B/B') (Sm-B/Sm-B')

(SmB/SmB')

Hs.83753

Snrpb: Small nuclear ribonucleoprotein

Mm.88216

P14648

Small nuclear ribonucleoprotein

associated protein N (snRNP-N) (Sm

protein N) (Sm-N) (SmN) (Sm-D)

(Tissue-specific splicing protein)

Hs.564847

Small nuclear ribonucleoprotein N

(Snrpn)

Mm.274995

P13641

Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1

(snRNP core protein D1) (Sm-D1) (Sm-

D autoantigen)

Hs.464734

Small nuclear ribonucleoprotein D1

(Snrpd1)

Mm.603

P43330

Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2

(snRNP core protein D2) (Sm-D2)

Hs.515472

Small nuclear ribonucleoprotein D2

(Snrpd2)

Mm.29135

Cont/ Anexo 3 - Anotações gênicas dos fatores de splicing.

Grupo

Funcional

Identificador

SwissProt

Descrição

Unigene Clusters:

Homo sapiens

Mus musculus.

P43331

Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3

(snRNP core protein D3) (Sm-D3)

Hs.356549

Small nuclear ribonucleoprotein D3

(Snrpd3)

Mm.45151

P08578

Small nuclear ribonucleoprotein E

(snRNP-E) (Sm protein E) (Sm-E)

(SmE)

Hs.334612

P08578

Small nuclear ribonucleoprotein E

(Snrpe)

Mm.249110

Q15356

Small nuclear ribonucleoprotein F

(snRNP-F) (Sm protein F) (Sm-F) (SmF)

Hs.105465

Small nuclear ribonucleoprotein

polypeptide F (Snrpf)

Mm.350851

Q15357

Small nuclear ribonucleoprotein G

(snRNP-G) (Sm protein G) (Sm-G)

(SmG)

Hs.516076

Small nuclear ribonucleoprotein

polypeptide G (Snrpg)

Mm.276802

O15116

U6 snRNA-associated Sm-like protein

LSm1

Hs.425311

LSM1 homolog, U6 small nuclear RNA

associated (S. cerevisiae) (Lsm1)

Mm.30198

Q9Y333

U6 snRNA-associated Sm-like protein

LSm2 (Small nuclear ribonuclear protein

D homolog) (G7b) (SnRNP core SM-

like protein SM-x5)

Hs.103106

LSM2 homolog, U6 small nuclear RNA

associated (S. cerevisiae) (Lsm2)

Mm.165735

Q9Y4Z1

U6 snRNA-associated Sm-like protein

LSm3 (MDS017)

Hs.111632

LSM3 homolog, U6 small nuclear RNA

associated (S. cerevisiae) (Lsm3)

Mm.246693

Q9Y4Z0

U6 snRNA-associated Sm-like protein

LSm4 (Glycine-rich protein) (GRP)

Hs.515255

Q9QXA5

LSM4_MOUSE U6 snRNA-associated

Sm-like protein LSm4

Mm.248188

Q9Y4Y9

U6 snRNA-associated Sm-like protein

LSm5

Hs.424908

LSM5 homolog, U6 small nuclear RNA

associated (S. cerevisiae) (Lsm5)

Mm.25642

Q9Y4Y8

U6 snRNA-associated Sm-like protein

LSm6

Hs.190520

LSM6 homolog, U6 small nuclear RNA

associated (S. cerevisiae) (Lsm6)

Mm.28694

Q9UK45

U6 snRNA-associated Sm-like protein

LSm7

Hs.512610

LSM7 homolog, U6 small nuclear RNA

associated (S. cerevisiae) (Lsm7)

Mm.379101

O95777

U6 snRNA-associated Sm-like protein

LSm8

Hs.592275

Cont/ Anexo 3 - Anotações gênicas dos fatores de splicing.

Grupo

Funcional

Identificador

SwissProt

Descrição

Unigene Clusters:

Homo sapiens

Mus musculus.

Lsm8: LSM8 homolog, U6 small nuclear

RNA associated (S. cerevisiae)

Mm.275158

Q969L4

U7 snRNA-associated Sm-like protein

LSm10

Hs.471768

Serine/threonine kinase 40 (Stk40) Mm.41865

Q8N4M0 Hypothetical protein Hs.565094

LSM domain containing 1 (Lsmd1) Mm.45683

U2AF P26368

Splicing factor U2AF 65 kDa subunit

(U2 auxiliary factor 65 kDa subunit) (U2

snRNP auxiliary factor large subunit)

(hU2AF(65))

Hs.528007

U2 small nuclear ribonucleoprotein

auxiliary factor (U2AF) 2 (U2af2)

Mm.360389

Q01081

Splicing factor U2AF 35 kDa subunit

(U2 auxiliary factor 35 kDa subunit) (U2

snRNP auxiliary factor small subunit)

Hs.365116

U2 small nuclear ribonucleoprotein

auxiliary factor (U2AF) 1 (U2af1)

Mm.379289

Q8WU68 U2 AUXILIARY FACTOR 26 Hs.351558

Q15695

U2 small nuclear ribonucleoprotein

auxiliary factor 35 kDa subunit related-

protein 1

Hs.567353

U2 small nuclear RNA auxiliary factor

1-like 4 (U2af1l4)

Mm.34790

Q15696

U2 small nuclear ribonucleoprotein

auxiliary factor 35 kDa subunit related-

protein 2

Hs.171909

U2 small nuclear ribonucleoprotein

auxiliary factor (U2AF) 1, related

sequence 2 (U2af1-rs2)

Mm.180953

SR Q9UQ35 RNA binding protein Hs.433343

Serine/arginine repetitive matrix 2

(Srrm2)

Mm.5222

Q15410 Nucleic acid binding protein (Fragment). Hs.54649

RIKEN cDNA 2610209M04 gene

(2610209M04Rik)

Mm.182650

Q01130

Splicing factor, arginine/serine-rich 2

(Splicing factor SC35) (SC-35) (Splicing

component, 35 kDa) (PR264 protein)

Hs.584801

Splicing factor, arginine/serine-rich 2

(SC-35) (Sfrs2)

Mm.21841

Cont/ Anexo 3 - Anotações gênicas dos fatores de splicing.

Grupo

Funcional

Identificador

SwissProt

Descrição

Unigene Clusters:

Homo sapiens

Mus musculus.

Q9BRL6

Similar to splicing factor,

arginine/serine-rich 2 (SC-35) (SRp46

splicing factor)

Hs.476680

P23152

Splicing factor, arginine/serine-rich 3

(Pre-mRNA splicing factor SRP20)

(X16 protein).

Hs.405144

Splicing factor, arginine/serine-rich 3

(SRp20) (Sfrs3)

Mm.358634

Q16629

Splicing factor, arginine/serine-rich 7

(Splicing factor 9G8)

Hs.309090

Splicing factor, arginine/serine-rich 7

(Sfrs7)

Mm.292016

Q13242

Splicing factor, arginine/serine-rich 9

(Pre-mRNA splicing factor SRp30C)

Hs.369624

Splicing factor, arginine/serine rich 9

(Sfrs9)

Mm.287826

Q07955

Splicing factor, arginine/serine-rich 1

(pre-mRNA splicing factor SF2, P33

subunit) (Alternative splicing factor

ASF-1)

Hs.68714

Splicing factor, arginine/serine-rich 1

(ASF/SF2) (Sfrs1)

Mm.45645

Q13243

Splicing factor, arginine/serine-rich 5

(Pre-mRNA splicing factor SRP40)

(Delayed-early protein HRS)

Hs.166975

Splicing factor, arginine/serine-rich 5

(SRp40, HRS) (Sfrs5)

Mm.43331

Q13247

Splicing factor, arginine/serine-rich 6

(Pre-mRNA splicing factor SRP55)

Hs.6891

Splicing factor, arginine/serine-rich 6

(Sfrs6)

Mm.24042

Q08170

Splicing factor, arginine/serine-rich 4

(Pre-mRNA splicing factor SRP75)

(SRP001LB)

Hs.469970

Splicing factor, arginine/serine-rich 4

(SRp75) (Sfrs4)

Mm.2478

Q05519

Splicing factor arginine/serine-rich 11

(Arginine-rich 54 kDa nuclear protein)

(p54)

Hs.479693

Splicing factor, arginine/serine-rich 11

(Sfrs11)

Mm.223946

Q8WXA9

Splicing factor, arginine/serine-rich 12

(Serine-arginine-rich splicing regulatory

protein 86) (SRrp86) (Splicing

regulatory protein 508) (SRrp508)

Hs.519347

Splicing factor, arginine/serine-rich 12

(Sfrs12)

Mm.33908

Cont/ Anexo 3 - Anotações gênicas dos fatores de splicing.

Grupo

Funcional

Identificador

SwissProt

Descrição

Unigene Clusters:

Homo sapiens

Mus musculus.

Q13595

Transformer-2 protein homolog (TRA-2

alpha)

Hs.592175

splicing factor, arginine/serine-rich 10

(transformer 2 homolog, Drosophila)

[Camundongos].

Mm.196598

Q15815

Arginine/serine-rich splicing factor 10

(Transformer-2-beta) (HTRA2- beta)

(Transformer 2 protein homolog) (Silica-

induced protein 41) (RA301)

Hs.533122

Splicing factor, arginine/serine-rich 10

(transformer 2 homolog, Drosophila)

(Sfrs10)

Mm.210352

Q9UNR9 Topoisomerase I-binding RS protein Hs.589962

Topoisomerase I binding,

arginine/serine-rich (Topors)

Mm.251548

hnRNP Q13151

Heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein A0 (hnRNP A0)

Hs.96996

Heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein A0 (Hnrpa0)

Mm.390606

P09651

Heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein A1 (Helix-

destabilizing protein) (Single-strand

binding protein) (hnRNP core protein

A1)

Hs.546261

Heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein A1 (Hnrpa1)

Mm.299367

P22626

Heterogeneous nuclear

ribonucleoproteins A2/B1 (hnRNP A2 /

hnRNP B1)

Hs.487774

Heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein A2/B1 (Hnrpa2b1)

Mm.155896

P51991

Heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein A3 (hnRNP A3)

(D10S102)

Hs.516539

Heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein A3 (Hnrpa3)

Mm.379375

P07910

Heterogeneous nuclear

ribonucleoproteins C1/C2 (hnRNP C1 /

hnRNP C2).

Hs.508848

Heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein C (Hnrpc)

Mm.274690

O60812

Heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein C-like dJ845O24.4

(hnRNP core protein C-like)

Hs.502617

Q9UKM9

RNA-binding protein Raly (hnRNP

associated with lethal yellow homolog)

(Autoantigen p542)

Hs.136947

Cont/ Anexo 3 - Anotações gênicas dos fatores de splicing.

Grupo

Funcional

Identificador

SwissProt

Descrição

Unigene Clusters:

Homo sapiens

Mus musculus.

hnRNP-associated with lethal yellow

[Camundongos].

Mm.221440

Q8N1C2 LOC138046 protein Hs.121663

RIKEN cDNA 0710005M24 gene

(0710005M24Rik)

Mm.121014

Q14103

Heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein D0 (hnRNP D0) (AU-

rich element RNA-binding protein 1)

Hs.480073

Heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein D (Hnrpd)

Mm.384474

Q99729

Heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein A/B (hnRNP A/B)

(APOBEC-1 binding protein 1) (ABBP-

Hs.248746

Heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein A/B (Hnrpab)

Mm.256875

O14979

JKTBP2 (Heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein D-like) (Hypothetical

protein) (HNRPDL protein)

Hs.527105

Heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein D-like (Hnrpdl)

Mm.195310

O43347 WUGSC:H_166H1.2 protein (Musashi) Hs.158311

Musashi homolog 1 [Camundongos]. Mm.5077

Q96DH6 Musashi 2, isoform a. Hs.585782

Musashi homolog 2 [Camundongos]. Mm.270331

Q15365

Poly(rC)-binding protein 1 (Alpha-CP1)

(hnRNP-E1) (Nucleic acid binding

protein SUB2.3)

Hs.2853

poly(rC) binding protein 1

[Camundongos].

Mm.274146

Q15366

Poly(rC)-binding protein 2 (Alpha-CP2)

(hnRNP-E2)

Hs.546271

Poly(rC) binding protein 2 (Pcbp2) Mm.236513

P57721 Poly(rC)-binding protein 3 (Alpha-CP3) Hs.474049

Poly(rC) binding protein 3 (Pcbp3) Mm.272803

P57723 Poly(rC)-binding protein 4 (Alpha-CP4) Hs.20930

poly(rC) binding protein 4; poly(rC)-

binding protein 4 [Camundongos].

Mm.286394

P52597

Heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein F (hnRNP F)

Hs.808

Cont/ Anexo 3 - Anotações gênicas dos fatores de splicing.

Grupo

Funcional

Identificador

SwissProt

Descrição

Unigene Clusters:

Homo sapiens

Mus musculus.

Inversin (Inversion of embryo turning

protein) (Nephrocystin-2).

Mm.317706

P31943

Heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein H (hnRNP H)

Hs.202166

heterogeneous nuclear ribonucleoprotein

H1; heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein H [Camundongos]

Mm.21740

P55795

Heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein H' (hnRNP H') (FTP-

Hs.432485

Ribosomal protein L36a (Rpl36a) Mm.286408

P31942

Heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein H3 (hnRNP H3)

(hnRNP 2H9)

Hs.591357

heterogeneous nuclear ribonucleoprotein

H2; heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein H' [Camundongos]

Mm.390303

Q12849 G-rich sequence factor-1 (GRSF-1) Hs.309763

heterogeneous nuclear ribonucleoprotein

H1; heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein H [Camundongos]

Mm.332474

P38159

Heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein G (hnRNP G) (RNA

binding motif protein, X chromosome)

(Glycoprotein p43)

Hs.380118

RNA binding motif protein, X

chromosome [Camundongos]

Mm.28275

O75526

Testes specific heterogenous nuclear

ribonucleoprotein G-T.

Hs.121605

RNA binding motif protein, X

chromosome [Camundongos]

Mm.128134

Q14011

Cold-inducible RNA-binding protein

(Glycine-rich RNA-binding protein

CIRP) (A18 hnRNP)

Hs.501309

Cold inducible RNA binding protein

(Cirbp)

Mm.17898

P98179

Putative RNA-binding protein 3 (RNA

binding motif protein 3) (RNPL)

Hs.301404

RNA binding motif protein 3 (Rbm3) Mm.128512

P26599

Polypyrimidine tract-binding protein 1

(PTB) (Heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein I) (hnRNP I) (57 kDa

RNA-binding protein PPTB-1)

Hs.172550

Polypyrimidine tract binding protein 1

(Ptbp1)

Mm.265610

Q969N9

PTB-like protein L (Polypyrimidine tract

binding protein 2)

Hs.591430

Cont/ Anexo 3 - Anotações gênicas dos fatores de splicing.

Grupo

Funcional

Identificador

SwissProt

Descrição

Unigene Clusters:

Homo sapiens

Mus musculus.

polypyrimidine tract binding protein 2

[Camundongos]

Mm.29966

O95758 Rod1 Hs.269988

ROD1 regulator of differentiation 1 (S.

pombe) (Rod1)

Mm.331640

Q07244

Heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein K (hnRNP K) (DC-

stretch binding protein) (CSBP)

Hs.522257

heterogeneous nuclear ribonucleoprotein

K [Camundongos]

Mm.142872

P14866

Heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein L (hnRNP L).

Hs.589594

Heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein L (Hnrpl)

Mm.9043

Q8WVV9 Hypothetical protein Hs.445497

Heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein L-like (Hnrpll)

Mm.64579

P52272

Heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein M (hnRNP M)

Hs.465808

Heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein M (Hnrpm)

Mm.311439

Q9H922 Myelin gene expression factor Hs.591108

Myelin basic protein expression factor 2,

repressor (Myef2)

Mm.18535

O60506 Gry-rbp (hnRNP Q3) Hs.571177

NS1-associated protein 1-like; RRM

RNA binding protein GRY-RBP

[Camundongos]

Mm.260545

O43390

Heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein R (hnRNP R)

Hs.573762

Heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein R (Hnrpr)

Mm.31051

Q00839

Heterogenous nuclear ribonucleoprotein

U (hnRNP U) (Scaffold attachment

factor A) (SAF-A)

Hs.166463

Heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein U (Hnrpu)

Mm.2115

O76022 E1B-55kDa-associated protein Hs.155218

Heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein U-like 1 (Hnrpul1)

Mm.254223

Q8N3B3

Hypothetical protein DKFZp762N1910

(Fragment)

Hs.406377

Heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein U-like 2 (Hnrpul2)

Mm.347805

Cont/ Anexo 3 - Anotações gênicas dos fatores de splicing.

Grupo

Funcional

Identificador

SwissProt

Descrição

Unigene Clusters:

Homo sapiens

Mus musculus.

TIA P31483

Nucleolysin TIA-1 (RNA-binding

protein TIA-1) (p40-TIA-1) [Contains:

Nucleolysin TIA-1 isoform p15 (p15-

TIA-1)]

Hs.516075

TIA1 cytotoxic granule-associated RNA

binding protein (TIA1)

Mm.274425

Q01085

Nucleolysin TIAR (TIA-1 related

protein)

Hs.585488

Nucleolysin TIAR (TIA-1-related

protein).

Mm.242072

CELF/

CUG-BP

Q92879

CUG triplet repeat RNA-binding protein

1 (CUG-BP1) (RNA-binding protein

BRUNOL-2) (Deadenylation factor

CUG-BP) (50 kDa Nuclear

polyadenylated RNA-binding protein)

(EDEN-BP)

Hs.269944

CUG triplet repeat,RNA binding protein

2; elav-type RNA-binding protein 3;

CUG triplet repeat,RNA-binding protein

2 [Camundongos]

Mm.29495

Q92950

Apoptosis-related RNA binding protein

(ETR-3)

Hs.309288

CUG triplet repeat, RNA binding protein

2 (Cugbp2)

Mm.147091

Q9BZC0 CUG-BP and ETR-3 like factor 5 Hs.567561

Bruno-like 5, RNA binding protein

(Drosophila) (Brunol5)

Mm.152689

Q9BZC1 CUG-BP and ETR-3 like factor 4 Hs.435976

Bruno-like 4, RNA binding protein

(Drosophila) (Brunol4)

Mm.266435

Q9BZC2 CUG-BP and ETR-3 like factor 3 Hs.26047

CUG triplet repeat, RNA binding protein

2 [Camundongos].

Mm.44292

Q96J87

BRUNO-like 6 RNA-binding protein

(RNA-binding protein CELF6)

Hs.348342

Bruno-like 6, RNA binding protein

(Drosophila) (Brunol6)

Mm.265415

CLK P49759 Protein kinase CLK1 (EC 2.7.1.-) (CLK) Hs.433732

CLK1_MOUSE Protein kinase CLK1 Mm.1761

P49760

Protein kinase CLK2 (EC 2.7.1.-) (CDC-

like kinase 2)

Hs.73986

Dual specificity protein kinase CLK2

(CDC-like kinase 2).

Mm.288098

P49761

Protein kinase CLK3 (EC 2.7.1.-) (CDC-

like kinase 3)

Hs.584748

Cont/ Anexo 3 - Anotações gênicas dos fatores de splicing.

Grupo

Funcional

Identificador

SwissProt

Descrição

Unigene Clusters:

Homo sapiens

Mus musculus.

Dual specificity protein kinase CLK3

(CDC-like kinase 3).

Mm.25720

Q9HAZ1 Protein serine threonine kinase Clk4 Hs.406557

Dual specificity protein kinase CLK4

(CDC-like kinase 4).

Mm.239354

SRPK Q96SB4 SRPK1a protein kinase Hs.443861

Serine/arginine-rich protein specific

kinase 1 (Srpk1)

Mm.15252

P78362 Serine kinase SRPK2 Hs.285197

serine/arginine-rich protein specific

kinase 2 [Camundongos]

Mm.288728

Q9UPE1

Serine/threonine-protein kinase 23 (EC

2.7.1.37) (Muscle-specific serine kinase

1) (MSSK-1)

Hs.104865

serine/threonine kinase 23; muscle-

specific serine kinase 1 [Camundongos]

Mm.111904

hprp4 Q13523

Serine/threonine-protein kinase PRP4

homolog (EC 2.7.1.37) (PRP4 pre-

mRNA processing factor 4 homolog)

(PRP4 kinase)

Hs.159014

PRP4 pre-mRNA processing factor 4

homolog B (yeast) (Prpf4b)

Mm.10027

CRK7 Q9NYV4

Cell division cycle 2-related protein

kinase 7 (EC 2.7.1.37) (CDC2-related

protein kinase 7) (CrkRS).

Hs.416108

Cdc2-related kinase, arginine/serine-rich

(Crkrs)

Mm.260516

Skip Q13573

Nuclear protein SkiP (Ski-interacting

protein) (SNW1 protein) (Nuclear

receptor coactivator NCoA-62).

Hs.546550

SNW domain containing 1 (Snw1) Mm.271174

NOVA P51513

RNA-binding protein Nova-1 (Neuro-

oncological ventral antigen 1)

(Onconeural ventral antigen-1)

(Paraneoplastic Ri antigen) (Ventral

neuron-specific protein 1)

Hs.592335

Neuro-oncological ventral antigen 1

(Nova1)

Mm.247195

Q9UNW9

RNA-binding protein Nova-2 (Neuro-

oncological ventral antigen 2)

(Astrocytic NOVA1-like RNA-binding

protein)

Hs.375439

DEAD P17844

Probable RNA-dependent helicase p68

(DEAD-box protein p68) (DEAD-box

protein 5)

Hs.279806

Cont/ Anexo 3 - Anotações gênicas dos fatores de splicing.

Grupo

Funcional

Identificador

SwissProt

Descrição

Unigene Clusters:

Homo sapiens

Mus musculus.

DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box

polypeptide 5 (Ddx5)

Mm.220038

Q92841

Probable RNA-dependent helicase p72

(DEAD-box protein p72) (DEAD-box

protein 17)

Hs.528305

DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box

polypeptide 17 (Ddx17)

Mm.29644

Q9H5Z1

Probable ATP-dependent helicase

DHX35 (DEAH-box protein 35)

Hs.444520

DEAH (Asp-Glu-Ala-His) box

polypeptide 35 (Dhx35)

Mm.315652

Q96EI0

DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box

polypeptide 46

Hs.533245

DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box

polypeptide 46 (Ddx46)

Mm.202725

O00571

DEAD-box protein 3 (Helicase-like

protein 2) (HLP2) (DEAD-box, X

isoform)

Hs.380774

DEAD/H (Asp-Glu-Ala-Asp/His) box

polypeptide 3, X-linked (Ddx3x)

Mm.289662

O15523 DEAD-box protein 3, Y-chromosomal Hs.99120

DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box

polypeptide 3, Y-linked (Ddx3y)

Mm.302938

P38919

Probable ATP-dependent helicase

DDX48 (DEAD-box protein 48)

(Eukaryotic initiation factor 4A-like

NUK-34) (Nuclear matrix protein 265)

(hNMP 265) (Eukaryotic translation

initiation factor 4A isoform 3)

Hs.389649

DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box

polypeptide 48 (Ddx48)

Mm.391989

Q6IPS3 DDX26B protein Hs.496829

DEAD/H (Asp-Glu-Ala-Asp/His) box

polypeptide 26; Notch2-like

[Camundongos]

Mm.72753

Q9UL03

Candidate tumor suppressor protein

DICE1 (DEAD/H (Asp-Glu-Ala-

Asp/His) box polypeptide 26)

(OTTHUMP00000018439)

Hs.439440

Integrator complex subunit 6 (Ints6) Mm.319684

O94894

KIAA0801 protein (Mesma proteína

Q96EI0)

Hs.533245

DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box

polypeptide 46 (Ddx46)

Mm.202725

Q9UJV9

DEAD-box protein abstrakt homolog

(DEAD-box protein 41)

Hs.484288

Cont/ Anexo 3 - Anotações gênicas dos fatores de splicing.

Grupo

Funcional

Identificador

SwissProt

Descrição

Unigene Clusters:

Homo sapiens

Mus musculus.

DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box

polypeptide 41 (Ddx41)

Mm.205045

O43143

Putative pre-mRNA splicing factor RNA

helicase (DEAH box protein 15) (ATP-

dependent RNA helicase #46)

Hs.5683

DEAH (Asp-Glu-Ala-His) box

polypeptide 15 (Dhx15)

Mm.993

Q13838

Spliceosome RNA helicase BAT1

(DEAD-box protein UAP56) (56 kDa

U2AF65 associated protein) (ATP-

dependent RNA helicase p47) (HLA-B

associated transcript-1)

Hs.254042

Histocompatibility 2, K1, K region (H2-

K1)

Mm.33263

O00148

ATP-dependent helicase DDX39

(DEAD-box protein 39) (Nuclear RNA

helicase URH49)

Hs.311609

DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box

polypeptide 39 (Ddx39)

Mm.28222

Q14562

ATP-dependent helicase DHX8 (RNA

helicase HRH1) (DEAH-box protein 8)

Hs.463105

DEAH (Asp-Glu-Ala-His) box

polypeptide 8 (Dhx8)

Mm.28186

O60231

Putative pre-mRNA splicing factor RNA

helicase (ATP-dependent RNA helicase

#3) (DEAH-box protein 16)

Hs.485060

DEAH (Asp-Glu-Ala-His) box

polypeptide 16 (Dhx16)

Mm.390986

Q92620

Pre-mRNA splicing factor ATP-

dependent RNA helicase PRP16 (EC

3.6.1.-) (ATP-dependent RNA helicase

DHX38) (DEAH-box protein 38)

Hs.570079

DEAH (Asp-Glu-Ala-His) box

polypeptide 38 (Dhx38)

Mm.23705

Q08211

ATP-dependent RNA helicase A

(Nuclear DNA helicase II) (NDH II)

(DEAH-box protein 9)

Hs.191518

DEAH (Asp-Glu-Ala-His) box

polypeptide 9 (Dhx9)

Mm.20000

P42285 KIAA0052 protein Hs.274531

superkiller viralicidic activity 2-like

[Camundongos].

Mm.291029

Cyclophilin

Q96BP3

Hypothetical protein KIAA0073 (EC

5.2.1.8) (Peptidyl-prolyl cis-trans

isomerase) (PPIase) (Rotamase)

Hs.121432

Peptidylprolyl isomerase domain and

WD repeat containing 1 (Ppwd1)

Mm.98910

Q9H2H8 Cyclophilin-like protein PPIL3b Hs.121076

Cont/ Anexo 3 - Anotações gênicas dos fatores de splicing.

Grupo

Funcional

Identificador

SwissProt

Descrição

Unigene Clusters:

Homo sapiens

Mus musculus.

Peptidylprolyl isomerase (cyclophilin)-

like 3 (Ppil3)

Mm.340195

Q9Y3C6

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase like 1

(EC 5.2.1.8) (PPIase) (Rotamase) (CGI-

124) (UNQ2425/PRO4984)

Hs.27693

Peptidylprolyl isomerase (cyclophilin)-

like 1 (Ppil1)

Mm.328928

Q13356

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase like 2

(EC 5.2.1.8) (PPIase) (Rotamase)

(Cyclophilin-60) (Cyclophilin-like

protein Cyp-60)

Hs.438587

Peptidylprolyl isomerase (cyclophilin)-

like 2 (Ppil2)

Mm.253614

Q9UNP9

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E

(EC 5.2.1.8) (PPIase E) (Rotamase E)

(Cyclophilin E) (Cyclophilin 33)

Hs.524690

Peptidylprolyl isomerase E (cyclophilin

E) (Ppie)

Mm.126873

HeatShock P08107

Heat shock 70 kDa protein 1 (HSP70.1)

(HSP70-1/HSP70-2)

Hs.520028

Heat shock 70 kDa protein 1B

(HSP70.1).

Mm.6388

P11142 Heat shock cognate 71 kDa protein Hs.180414

heat shock 70kD protein 8; heat shock

protein cognate 70 [Camundongos]

Mm.290774

P11021

78 kDa glucose-regulated protein

precursor (GRP 78) (Immunoglobulin

heavy chain binding protein) (BiP)

(Endoplasmic reticulum lumenal Ca(2+)

binding protein grp78)

Hs.522392

78 kDa glucose-regulated protein

precursor (GRP 78) (Immunoglobulin

heavy chain-binding protein) (BiP).

Mm.330160

p52/p75 Q9UER6

Small nuclear RNA activating complex,

polypeptide 3 (Snapc3)

Hs.493516

PC4 and SFRS1 interacting protein 1

(Psip1)

Mm.271985

ELAV P26378

ELAV-like protein 4 (Paraneoplastic

encephalomyelitis antigen HuD) (Hu-

antigen D)

Hs.568556

ELAV (embryonic lethal, abnormal

vision, Drosophila)-like 4 (Hu antigen

D) (Elavl4)

Mm.3970

Q14576

ELAV-like protein 3 (Hu-antigen C)

(HuC) (Paraneoplastic cerebellar

degeneration-associated antigen)

(Paraneoplastic limbic encephalitis

antigen 21)

Hs.1701

Cont/ Anexo 3 - Anotações gênicas dos fatores de splicing.

Grupo

Funcional

Identificador

SwissProt

Descrição

Unigene Clusters:

Homo sapiens

Mus musculus.

ELAV-like protein 3 (Hu-antigen C)

(HuC).

Mm.390167

Q12926

ELAV-like protein 2 (Hu-antigen B)

(HuB) (ELAV-like neuronal protein 1)

(Nervous system-specific RNA binding

protein Hel-N1)

Hs.166109

ELAV (embryonic lethal, abnormal

vision, Drosophila)-like 2 (Hu antigen

B) (Elavl2)

Mm.318042

Q15717

ELAV-like protein 1 (Hu-antigen R)

(HuR)

Hs.184492

Transcribed locus, strongly similar to

NP_034615.2 ELAV (embryonic lethal,

abnormal vision, Drosophila)-like 1 (Hu

antigen R) [Camundongos]

Mm.119162

P52/P100 P23246

Splicing factor, proline-and glutamine-

rich (Polypyrimidine tract- binding

protein-associated splicing factor) (PTB-

associated splicing factor) (PSF) (DNA-

binding P52/P100 complex, 100 kDa

subunit)

Hs.355934

Splicing factor proline/glutamine rich

(polypyrimidine tract binding protein

associated) (Sfpq)

Mm.257276

Q15233

54 kDa nuclear RNA- and DNA-binding

protein (p54(nrb)) (p54nrb) (55 kDa

nuclear protein) (NMT55) (Non-POU

domain-containing octamer- binding

protein) (DNA-binding P52/P100

complex, 52 kDa subunit)

Hs.533282

Non-POU-domain-containing, octamer

binding protein (Nono)

Mm.280069

FUSE Q92945 KSRP Hs.568331

KH-type splicing regulatory protein

(Khsrp)

Mm.34296

Q92946 FUSE binding protein 3 (Fragment) Hs.98751

Far upstream element (FUSE) binding

protein 3 (Fubp3)

Mm.207261

ColdShock

P16989

DNA-binding protein A (Cold shock

domain protein A) (Single-strand DNA

binding protein NF-GMB)

Hs.221889

Cold shock domain protein A (Csda) Mm.299604

Cont/ Anexo 3 - Anotações gênicas dos fatores de splicing.

Grupo

Funcional

Identificador

SwissProt

Descrição

Unigene Clusters:

Homo sapiens

Mus musculus.

P16991

Nuclease sensitive element binding

protein 1 (Y box binding protein-1) (Y-

box transcription factor) (YB-1)

(CCAAT-binding transcription factor I

subunit A) (CBF-A) (Enhancer factor I

subunit A) (EFI-A) (DNA-binding

protein B) (DBPB)

Hs.473583

nuclease sensitive element binding

protein 1 [Camundongos].

Mm.258204

FBP Q9NZA0

FBP-interacting repressor (Siah binding

protein 1, FBP interacting repressor,

pyrimidine tract binding splicing factor,

Ro ribonucleoprotein-binding protein 1)

Hs.521924

Polyadenylate-binding protein 1

(Poly(A)-binding protein 1) (PABP 1).

Mm.29965

P32 Q07021

Complement component 1, Q

subcomponent binding protein,

mitochondrial precursor (Glycoprotein

gC1qBP) (GC1q-R protein)

(Hyaluronan-binding protein 1) (p32)

(p33)

Hs.555866

Complement component 1, q

subcomponent binding protein (C1QBP)

Mm.30049

SNP70 Q9Y2W2

SH3 domain-binding protein SNP70

(NPW38-binding protein NPWBP)

(Similar to WW domain binding protein

11)

Hs.569122

WW domain binding protein 11

(Wbp11)

Mm.141197

CBP P52298

Nuclear cap binding protein subunit 2

(20 kDa nuclear cap binding protein)

(NCBP 20 kDa subunit) (CBP20)

(NCBP interacting protein 1) (NIP1)

Hs.591671

Nuclear cap binding protein subunit 2

(Ncbp2)

Mm.290027

Q09161

80 kDa nuclear cap binding protein

(NCBP 80 kDa subunit) (CBP80)

Hs.591907

S50082 nuclear cap binding protein -

human

Mm.389536

ALY O43672

THO complex subunit 4 (Tho4) (Ally of

AML-1 and LEF-1) (Transcriptional

coactivator Aly/REF) (bZIP enhancing

factor BEF)

Hs.534385

THO complex 4 (Thoc4) Mm.1886

SLU7 O95391 Step II splicing factor SLU7 Hs.435342

DNA segment, Chr 11, ERATO Doi

730, expressed (D11Ertd730e)

Mm.28200

Cont/ Anexo 3 - Anotações gênicas dos fatores de splicing.

Grupo

Funcional

Identificador

SwissProt

Descrição

Unigene Clusters:

Homo sapiens

Mus musculus.

PRP18 Q99633

Pre-mRNA splicing factor 18 (PRP18

homolog).

Hs.161181

PRP18 pre-mRNA processing factor 18

homolog (yeast) (Prpf18)

Mm.38529

CA150 O14776 Putative transcription factor CA150 Hs.443465

Transcription elongation regulator 1

(CA150) (Tcerg1)

Mm.270511

RDP P18615

Negative elongation factor E (NELF-E)

(RD protein).

Hs.423935

RD RNA-binding protein (Rdbp) Mm.279907

ACIN Q9UKV3

Apoptotic chromatin condensation

inducer in the nucleus (Acinus).

Hs.124490

Apoptotic chromatin condensation

inducer 1 (Acin1)

Mm.297078

ILF3 Q12906 Interleukin enhancer-binding factor 3 Hs.465885

interleukin enhancer binding factor 3

[Camundongos]

Mm.325205

CRN Q9BZJ0

Crooked neck-like protein 1 (Crooked

neck homolog)

Hs.171342

Crn, crooked neck-like 1 (Drosophila)

(Crnkl1)

Mm.248755

WTAP Q15007

Wilms' tumor 1-associating protein

(WT1-associated protein) (Putative pre-

mRNA splicing regulator female-

lethal(2D) homolog)

Hs.446091

Wilms' tumour 1-associating protein

(Wtap)

Mm.275521

PRP17 O60508

Pre-mRNA splicing factor PRP17

(hPRP17) (Cell division cycle 40

homolog) (EH-binding protein 3)

Hs.428147

Cell division cycle 40 homolog (yeast)

(Cdc40)

Mm.46063

Others Q9ULR0 KIAA1160 protein Hs.512661

RIKEN cDNA 5830446M03 gene

(5830446M03Rik)

Mm.241546

O75937 DNAJC8 protein Hs.433540

DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily C,

member 8 (Dnajc8)

Mm.29685

P35637

RNA-binding protein FUS (Oncogene

FUS) (Oncogene TLS) (Translocated in

liposarcoma protein) (POMp75) (75 kDa

DNA-pairing protein)

Hs.3530

FUS interacting protein (serine-arginine

rich) 1 (Fusip1)

Mm.10229

Cont/ Anexo 3 - Anotações gênicas dos fatores de splicing.

Grupo

Funcional

Identificador

SwissProt

Descrição

Unigene Clusters:

Homo sapiens

Mus musculus.

Q92804

TATA-binding protein associated factor

2N (RNA-binding protein 56) (TAFII68)

(TAF(II)68)

Hs.402752

TAF15 RNA polymerase II, TATA box

binding protein (TBP)-associated factor

(Taf15)

Mm.181050

Q8N2M8

Splicing factor, arginine/serine-rich 16

(Suppressor of white-apricot homolog 2)

Hs.466917

Splicing factor, arginine/serine-rich 16

(suppressor-of-white-apricot homolog,

Drosophila) (Sfrs16)

Mm.20913

Q14498

RNA-binding region containing protein

2 (Hepatocellular carcinoma protein 1)

(Splicing factor HCC1)

Hs.282901

RNA-binding region (RNP1, RRM)

containing 2 (Rnpc2)

Mm.153895

O43934 ET putative translation product Hs.73965

RIKEN cDNA 2600014M03 gene

(2600014M03Rik)

Mm.390345

O43670 Zinc finger protein 207 Hs.500775

Zinc finger protein 207 (Zfp207) Mm.102253

Q9Y5S9

RNA-binding protein 8A (RNA binding

motif protein 8A) (Ribonucleoprotein

RBM8A) (RNA-binding protein Y14)

(Binder of OVCA1-1) (BOV-1)

Hs.591455

RNA binding motif protein 8a (Rbm8a) Mm.261972

Q8IYB3 Ser/Arg-related nuclear matrix protein Hs.18192

Serine/arginine repetitive matrix 1

(Srrm1)

Mm.1963

Q15637

Splicing factor 1 (Zinc finger protein

162) (Transcription factor ZFM1) (Zinc

finger gene in MEN1 locus)

(Mammalian branch point binding

protein mBBP) (BBP)

Hs.502829

Splicing factor 1 (Sf1) Mm.256422

O15042

Hypothetical protein KIAA0332 (U2-

associated SR140 protein)

Hs.529577

PAB1_MOUSE Polyadenylate-binding

protein 1

Mm.292742

P52756

RNA-binding protein 5 (RNA binding

motif protein 5) (Putative tumor

suppressor LUCA15) (G15 protein)

Hs.439480

RNA binding motif protein 5 (Rbm5) Mm.259197

Cont/ Anexo 3 - Anotações gênicas dos fatores de splicing.

Grupo

Funcional

Identificador

SwissProt

Descrição

Unigene Clusters:

Homo sapiens

Mus musculus.

Q16630 HPBRII-4 mRNA (HPBRII-7 protein) Hs.369606

Cleavage and polyadenylation specific

factor 6 (Cpsf6)

Mm.288682

Q96T58

Msx2-interacting protein

(SMART/HDAC1 associated repressor

protein)

Hs.558463

Msx2 interacting nuclear target protein

[Camundongos]

Mm.299906

Q96T37

Putative RNA-binding protein 15 (RNA

binding motif protein 15) (One-twenty

two protein)

Hs.435947

RNA binding motif protein 15 (Rbm15) Mm.27966

Q9P2S7

Cisplatin resistance-associated

overexpressed protein

Hs.130293

RIKEN cDNA 3300001P08 gene

(3300001P08Rik)

Mm.30927

Q06787

Fragile X mental retardation 1 protein

(Protein FMR-1) (FMRP)

Hs.103183

Fragile X mental retardation syndrome 1

homolog (Fmr1)

Mm.3451

O00425

Putative RNA binding protein KOC

(Koc1)

Hs.432616

Insulin-like growth factor 2, binding

protein 3 (Igf2bp3)

Mm.281018

P29558

Single-stranded DNA-binding protein

MSSP-1 (RNA binding motif, single-

stranded interacting protein 1)

Hs.470412

RNA binding motif, single stranded

interacting protein 1 (Rbms1)

Mm.259667

O15355

Protein phosphatase 2C gamma isoform

(EC 3.1.3.16) (PP2C-gamma) (Protein

phosphatase magnesium-dependent 1

gamma) (Protein phosphatase 1C)

Hs.17883

Protein phosphatase 1G (formerly 2C),

magnesium-dependent, gamma isoform

(Ppm1g)

Mm.14501

O95926

Hypothetical protein DKFZp564O2082

(GCIP-interacting protein p29)

Hs.20013

SYF2 homolog, RNA splicing factor (S.

cerevisiae) (Syf2)

Mm.29989

Q96I25

Splicing factor 45 (45kDa splicing

factor) (RNA binding motif protein 17)

Hs.498548

RNA binding motif protein 17 (Rbm17) Mm.182769

Q14152

Eukaryotic translation initiation factor 3

subunit 10 (eIF-3 theta) (eIF3 p167)

(eIF3 p180) (eIF3 p185) (eIF3a)

Hs.523299

Cont/ Anexo 3 - Anotações gênicas dos fatores de splicing.

Grupo

Funcional

Identificador

SwissProt

Descrição

Unigene Clusters:

Homo sapiens

Mus musculus.

Eukaryotic translation initiation factor 3,

subunit 10 (theta) (Eif3s10)

Mm.2238

Q9P013 HSPC148 Hs.503597

RIKEN cDNA 0610040D20 gene

(0610040D20Rik)

Mm.245938

Q9BQ61 Hypothetical protein Hs.515155

RIKEN cDNA 2310036O22 gene

(2310036O22Rik)

Mm.196005

Q9BXP5 Arsenite-resistance protein 2 Hs.111801

arsenate resistance protein 2

[Camundongos]

Mm.387734

Q9BRD0 Hypothetical protein Hs.437341

Ser/Arg-related nuclear matrix protein;

plenty-of-prolines-101; serine/arginine

repetitive matrix protein 1

[Camundongos]

Mm.32648

P20042

Eukaryotic translation initiation factor 2

subunit 2 (Eukaryotic translation

initiation factor 2 beta subunit) (eIF-2-

beta)

Hs.429180

Eukaryotic translation initiation factor 2,

subunit 2 (beta) (Eif2s2)

Mm.377134

Q9NW64 Hypothetical protein FLJ10290 Hs.591253

RNA binding motif protein 22 (Rbm22) Mm.275106

O75940

Survival of motor neuron-related

splicing factor 30 (SMN-related protein)

(30 kDa splicing factor SMNrp)

(Survival motor neuron domain

containing protein 1)

Hs.79968

Survival motor neuron domain

containing 1 (Smndc1)

Mm.313687

O75229 R31449_3 Hs.128425

Collagen alpha-1(II) chain precursor

[Contains: Chondrocalcin].

Mm.87628

O95400

CD2 antigen cytoplasmic tail-binding

protein 2

Hs.202677

Zinc finger protein 553 (Zfp553) Mm.18

O43719 HIV TAT specific factor 1 Hs.204475

HIV TAT specific factor 1 (Htatsf1) Mm.2152

Q9HCE1

Potential helicase MOV-10 (EC 3.6.1.-)

(Moloney leukemia virus 10 protein)

Hs.514941

Cont/ Anexo 3 - Anotações gênicas dos fatores de splicing.

Grupo

Funcional

Identificador

SwissProt

Descrição

Unigene Clusters:

Homo sapiens

Mus musculus.

Moloney leukemia virus 10 (Mov10) Mm.1597

Q9HCS7

XPA-binding protein 2 (HCNP protein)

(PP3898)

Hs.9822

XPA binding protein 2 (Xab2) Mm.23739

Q9H5H0 Hypothetical protein FLJ23445 Hs.288151

Ngg1 interacting factor 3 like 1 binding

protein 1 isoform 1

Mm.295875

Q8WYA6

Beta-catenin-like protein 1 (Nuclear

associated protein) (NAP) (NYD-SP19)

(PP8304)

Hs.472667

Catenin, beta like 1 (Ctnnbl1) Mm.45193

Q8WWY3 U4/U6 snRNP-associated 61 kDa protein Hs.515598

PRP31 pre-mRNA processing factor 31

homolog (yeast) (Prpf31)

Mm.246863

Q96DF8

DGCR14 protein (DiGeorge syndrome

critical region 14) (ES2 protein)

Hs.517407

Expressed sequence 2 embryonic lethal

(Es2el)

Mm.256480

Q9Y6A4 Transcription factor IIB (EVORF) Hs.532755

Gene trap locus 3 (Gtl3) Mm.2080

P43243 Matrin 3 Hs.268939

Matrin 3 (Matr3) Mm.215034

Q92973

Transportin 1 (Importin beta-)2

(Karyopherin beta-2) (M9 region

interaction protein) (MIP)

Hs.482497

Transportin 1 (Tnpo1) Mm.173286

P61326 Mago nashi protein homolog Hs.421576

MGN_HUMAN Mago nashi protein

homolog

Mm.808

O43684 Mitotic checkpoint protein BUB3 Hs.418533

BUB3_MOUSE MITOTIC

CHECKPOINT PROTEIN BUB3

Mm.927

P55081 Microfibrillar-associated protein 1 Hs.61418

microfibrillar-associated protein 1

[Camundongos]

Mm.393415

Q8NI27 THO complex subunit 2 (Tho2) Hs.592243

THO complex 2 (Thoc2) Mm.259498

Cont/ Anexo 3 - Anotações gênicas dos fatores de splicing.

Grupo

Funcional

Identificador

SwissProt

Descrição

Unigene Clusters:

Homo sapiens

Mus musculus.

Q9Y5B6

GC-rich sequence DNA-binding factor

homolog

Hs.143835

O60306 KIAA0560 protein Hs.510958

regulator of nonsense transcripts 1

[Camundongos].

Mm.390048

Q13123

Red protein (RER protein) (IK factor)

(Cytokine IK)

Hs.421245

IK cytokine (Ik) Mm.30234

Q12905 NF45 protein Hs.75117

Interleukin enhancer binding factor 2

(Ilf2)

Mm.227258

Q99974

Pombe Cdc5-related protein (CDC5 cell

division cycle 5-like) (S.pombe) (CDC5-

like)

Hs.485471

Cell division cycle 5-like (S. pombe)

(Cdc5l)

Mm.28270

P41223 G10 protein homolog (EDG-2) Hs.380233

Pentatricopeptide repeat domain 1

(Ptcd1)

Mm.277413

P05455

Lupus La protein (Sjogren syndrome

type B antigen) (SS-B) (La

ribonucleoprotein) (La autoantigen)

Hs.445603

LA_MOUSE Lupus LA protein

homolog

Mm.10508

Q9HCG8 KIAA1604 protein Hs.311363

simple repeat sequence-containing

transcript [Camundongos]

Mm.288151

Q969P6

DNA topoisomerase I, mitochondrial

precursor (EC 5.99.1.2) (TOP1mt)

Hs.528574

DNA topoisomerase 1, mitochondrial

(Top1mt)

Mm.182401

O75934

Putative spliceosome associated protein

(DAM1 protein) (Breast carcinoma

amplified sequence 2)

Hs.22960

breast carcinoma amplified sequence 2

[Camundongos]

Mm.104919

Q9UBB9

Tuftelin-interacting protein 11

(HSPC006)

Hs.20225

tuftelin-interacting protein, 39 kD;

tuftelin-interacting protein 33

[Camundongos]

Mm.172947

O43809

Pre-mRNA cleavage factor I 25 kDa

subunit (Cleavage and polyadenylation

specific factor 5, 25 kD subunit)

Hs.528834

Cont/ Anexo 3 - Anotações gênicas dos fatores de splicing.

Grupo

Funcional

Identificador

SwissProt

Descrição

Unigene Clusters:

Homo sapiens

Mus musculus.

cleavage and polyadenylation specific

factor 5, 25 kD subunit; RIKEN cDNA

3110048P04 gene [Camundongos]

Mm.28961

Q9P2B8 KIAA1429 protein Hs.202238

retinitis pigmentosa GTPase regulator

interacting protein 1; 0610005A07Rik

[Camundongos]

Mm.331487

O43660 Pleiotropic regulator 1 Hs.249996

Pleiotropic regulator 1, PRL1 homolog

(Arabidopsis) (Plrg1)

Mm.286349

Q9UMS4

Nuclear matrix protein NMP200

(PRP19/PSO4 homolog)

Hs.502705

PRP19/PSO4 pre-mRNA processing

factor 19 homolog (S. cerevisiae)

(Prpf19)

Mm.358657

Q96J01 THO complex subunit 3 (Tho3) Hs.548868

THO complex 3 (Thoc3) Mm.292487

Q9BU59 Homolog of C. elegans smu-1 Hs.591093

Smu-1 suppressor of mec-8 and unc-52

homolog (C. elegans) (Smu1)

Mm.289929

Q96FV9

THO complex subunit 1 (Tho1) (Nuclear

matrix protein p84)

Hs.592342

THO complex 1 (Thoc1) Mm.219648

Q86W42 MGC2655 protein Hs.412304

THO complex 6 homolog (Drosophila)

(Thoc6)

Mm.328831

P49768 Presenilin 1 (PS-1) (S182 protein) Hs.592324

Presenilin 1 (Psen1) Mm.998

P04720

Elongation factor 1-alpha 1 (EF-1-alpha-

1) (Elongation factor 1 A-1) (eEF1A-1)

(Elongation factor Tu) (EF-Tu)

Hs.439552

EF11_MOUSE Elongation factor 1-

alpha 1

Mm.311918

P11940

Polyadenylate-binding protein 1

(Poly(A)-binding protein 1) (PABP 1)

Hs.387804

PAB1_MOUSE Polyadenylate-binding

protein 1

Mm.371570

Anexo 4 - Conjunto de 211 clusters gênicos ortólogos curados: fatores de splicing e

proteínas envolvidas no processo de splicing alternativo.

211 CLUSTERS GÊNICOS ORTÓLOGOS

HUMANOS CAMUNDONGOS

Hs.159014 Mm.10027

Hs.500775 Mm.102253

Hs.3530 Mm.10229

Hs.177861 Mm.102627

Hs.22960 Mm.104919

Hs.445603 Mm.10508

Hs.104865 Mm.111904

Hs.121663 Mm.121014

Hs.524690 Mm.126873

Hs.301404 Mm.128512

Hs.280378 Mm.1323

Hs.569122 Mm.141197

Hs.522257 Mm.142872

Hs.17883 Mm.14501

Hs.443861 Mm.15252

Hs.567561 Mm.152689

Hs.282901 Mm.153895

Hs.487774 Mm.155896

Hs.528306 Mm.156035

Hs.406277 Mm.156914

Hs.514941 Mm.1597

Hs.103106 Mm.165735

Hs.465498 Mm.172411

Hs.20225 Mm.172947

Hs.433732 Mm.1761

Hs.501309 Mm.17898

Hs.171909 Mm.180953

Hs.528574 Mm.182401

Hs.54649 Mm.182650

Hs.498548 Mm.182769

Hs.591108 Mm.18535

Hs.527105 Mm.195310

Hs.515155 Mm.196005

Hs.18192 Mm.1963

Hs.406423 Mm.196532

Hs.592175 Mm.196598

Hs.533245 Mm.202725

Hs.484288 Mm.205045

Hs.466917 Mm.20913

Hs.533122 Mm.210352

Hs.166463 Mm.2115

Hs.268939 Mm.215034

Hs.204475 Mm.2152

Hs.246112 Mm.215860

Hs.467097 Mm.216386

Hs.202166 Mm.21740

Hs.584801 Mm.21841

Hs.592342 Mm.219648

Hs.516160 Mm.219671

Hs.279806 Mm.220038

Hs.136947 Mm.221440

Hs.523299 Mm.2238

Hs.479693 Mm.223946

Hs.75117 Mm.227258

Hs.514435 Mm.236123

Hs.546271 Mm.236513

Hs.570079 Mm.23705

Hs.9822 Mm.23739

Hs.406557 Mm.239354

Hs.6891 Mm.24042

Hs.512661 Mm.241546

Hs.585488 Mm.242072

Hs.503597 Mm.245938

Hs.111632 Mm.246693

Hs.515598 Mm.246863

Hs.469970 Mm.2478

Hs.515255 Mm.248188

Hs.171342 Mm.248755

Hs.334612 Mm.249110

Hs.13366 Mm.250783

Hs.589962 Mm.251548

Hs.438587 Mm.253614

Hs.155218 Mm.254223

Hs.424908 Mm.25642

Hs.502829 Mm.256422

Hs.517407 Mm.256480

Hs.584748 Mm.25720

Hs.355934 Mm.257276

Hs.591637 Mm.257474

Hs.473583 Mm.258204

Hs.439480 Mm.259197

Hs.470412 Mm.259667

Hs.416108 Mm.260516

Hs.571177 Mm.260545

Hs.591455 Mm.261972

Hs.348342 Mm.265415

Hs.172550 Mm.265610

Hs.585782 Mm.270331

Hs.443465 Mm.270511

Hs.38628 Mm.271056

Hs.546550 Mm.271174

Hs.493516 Mm.271985

Hs.474049 Mm.272803

Hs.2853 Mm.274146

Hs.508848 Mm.274690

Hs.564847 Mm.274995

Hs.591253 Mm.275106

Hs.446091 Mm.275521

Hs.516076 Mm.276802

Hs.380233 Mm.277413

Hs.435947 Mm.27966

Hs.471011 Mm.279736

Hs.11776 Mm.279872

Hs.423935 Mm.279907

Hs.202677 Mm.28050

Hs.432616 Mm.281018

Hs.469173 Mm.281900

Hs.435342 Mm.28200

Hs.311609 Mm.28222

Hs.485471 Mm.28270

Hs.380118 Mm.28275

Hs.249996 Mm.286349

Hs.20930 Mm.286394

Hs.432485 Mm.286408

Hs.190520 Mm.28694

Hs.369624 Mm.287826

Hs.73986 Mm.288098

Hs.311363 Mm.288151

Hs.369606 Mm.288682

Hs.285197 Mm.288728

Hs.528834 Mm.28961

Hs.380774 Mm.289662

Hs.591093 Mm.289929

Hs.180414 Mm.290774

Hs.274531 Mm.291029

Hs.31334 Mm.292001

Hs.309090 Mm.292016

Hs.548868 Mm.292487

Hs.529577 Mm.292742

Hs.269944 Mm.29495

Hs.288151 Mm.295875

Hs.528305 Mm.29644

Hs.433540 Mm.29685

Hs.124490 Mm.297078

Hs.182255 Mm.299312

Hs.546261 Mm.299367

Hs.15277 Mm.29952

Hs.221889 Mm.299604

Hs.521924 Mm.29965

Hs.591430 Mm.29966

Hs.20013 Mm.29989

Hs.425311 Mm.30198

Hs.421245 Mm.30234

Hs.256639 Mm.304080

Hs.374973 Mm.30660

Hs.1063 Mm.308514

Hs.130293 Mm.30927

Hs.573762 Mm.31051

Hs.465808 Mm.311439

Hs.439552 Mm.311918

Hs.79968 Mm.313687

Hs.444520 Mm.315652

Hs.512635 Mm.316928

Hs.808 Mm.317706

Hs.166109 Mm.318042

Hs.439440 Mm.319684

Hs.465885 Mm.325205

Hs.437341 Mm.32648

Hs.412304 Mm.328831

Hs.27693 Mm.328928

Hs.522392 Mm.330160

Hs.202238 Mm.331487

Hs.254042 Mm.33263

Hs.519347 Mm.33908

Hs.121076 Mm.340195

Hs.568331 Mm.34296

Hs.103183 Mm.3451

Hs.502883 Mm.34562

Hs.405144 Mm.358634

Hs.502705 Mm.358657

Hs.33104 Mm.358668

Hs.528007 Mm.360389

Hs.387804 Mm.371570

Hs.181368 Mm.3757

Hs.429180 Mm.377134

Hs.512610 Mm.379101

Hs.365116 Mm.379289

Hs.516539 Mm.379375

Hs.480073 Mm.384474

Hs.161181 Mm.38529

Hs.466775 Mm.386890

Hs.111801 Mm.387734

Hs.510958 Mm.390048

Hs.591357 Mm.390303

Hs.73965 Mm.390345

Hs.96996 Mm.390606

Hs.485060 Mm.390986

Hs.471768 Mm.41865

Hs.184492 Mm.422763

Hs.33962 Mm.423019

Hs.166975 Mm.43331

Hs.26047 Mm.44292

Hs.356549 Mm.45151

Hs.472667 Mm.45193

Hs.68714 Mm.45645

Hs.565094 Mm.45683

Hs.130098 Mm.45725

Hs.433343 Mm.5222

Hs.464734 Mm.603

Hs.520028 Mm.6388

Hs.445497 Mm.64579

Hs.496829 Mm.72753

Hs.421576 Mm.808

Hs.528763 Mm.821

Hs.151787 Mm.873

Hs.128425 Mm.87628

Hs.589594 Mm.9043

Hs.418533 Mm.927

Hs.121432 Mm.98910

Hs.5683 Mm.993

Hs.592324 Mm.998

Anexo 5 - Conjunto final de 124 fatores de splicing ortólogos.

124 FATORES DE SPLICING

CLK Hs.433732

CLK Hs.73986

CRN Hs.171342

Cyclophilins Hs.121076

Cyclophilins Hs.27693

DEAD Hs.254042

DEAD Hs.274531

DEAD Hs.279806

DEAD Hs.311609

DEAD Hs.439440

DEAD Hs.484288

DEAD Hs.485060

DEAD Hs.496829

DEAD Hs.570079

FBP Hs.521924

FUSE Hs.568331

hnRNP Hs.136947

hnRNP Hs.155218

hnRNP Hs.166463

hnRNP Hs.172550

hnRNP Hs.202166

hnRNP Hs.380118

hnRNP Hs.432485

hnRNP Hs.445497

hnRNP Hs.465808

hnRNP Hs.480073

hnRNP Hs.508848

hnRNP Hs.516539

hnRNP Hs.546261

hnRNP Hs.546271

hnRNP Hs.571177

hnRNP Hs.589594

hnRNP Hs.808

hnRNP Hs.96996

Others Hs.18192

Others Hs.20225

Others Hs.249996

Others Hs.421576

Others Hs.466917

Others Hs.498548

Others Hs.502829

Others Hs.510958

Others Hs.515598

Others Hs.548868

Others Hs.9822

PRP18 Hs.161181

Skip Hs.546550

SLU7 Hs.435342

Sm Hs.103106

Sm Hs.111632

Sm Hs.190520

Sm Hs.334612

Sm Hs.356549

Sm Hs.464734

Sm Hs.512610

Sm Hs.515255

Sm Hs.516076

Sm Hs.565094

SR Hs.166975

SR Hs.369624

SR Hs.469970

SR Hs.519347

SR Hs.533122

SR Hs.54649

SR Hs.592175

SR Hs.68714

SR Hs.6891

SRPK Hs.285197

U11+U12 Hs.15277

U11+U12 Hs.512635

U1+U2 Hs.1063

U1+U2 Hs.280378

U1+U2 Hs.33104

U1+U2 Hs.406277

U1+U2 Hs.406423

U1+U2 Hs.466775

U1+U2 Hs.467097

U1+U2 Hs.514435

U1+U2 Hs.516160

U1+U2 Hs.528763

U2AF Hs.365116

U2AF Hs.528007

U4/U6 Hs.256639

U4/U6 Hs.374973

U4/U6.U5 Hs.182255

U4/U6.U5 Hs.502883

U5 Hs.130098

U5 Hs.151787

U5 Hs.181368

U5 Hs.246112

U5 Hs.31334

U5 Hs.33962

CELF/CUG-BP Hs.348342

CELF/CUG-BP Hs.567561

CLK Hs.406557

DEAD Hs.444520

DEAD Hs.528305

DEAD Hs.533245

hnRNP Hs.121663

hnRNP Hs.2853

hnRNP Hs.487774

hnRNP Hs.527105

hnRNP Hs.573762

hnRNP Hs.591357

Others Hs.128425

Others Hs.20013

Others Hs.282901

Others Hs.485471

Others Hs.502705

Others Hs.512661

P52/P100 Hs.355934

Sm Hs.424908

Sm Hs.425311

Sm Hs.564847

SR Hs.405144

SR Hs.479693

SR Hs.584801

SRPK Hs.443861

U11+U12 Hs.13366

U1+U2 Hs.177861

U1+U2 Hs.471011

U4/U6 Hs.11776

U4/U6.U5 Hs.469173

U5 Hs.465498

Anexo 6 - 88 fatores de splicing com expressões gênicas de MPSS com valores

superiores em bibliotecas tumorais versus normais (mais do que 3 vezes)

hnRNP Hs.480073

DEAD Hs.311609

U1+U2 Hs.33104

U11+U12 Hs.13366

Others Hs.421576

hnRNP Hs.527105

hnRNP Hs.166463

SR Hs.533122

hnRNP Hs.808

Sm Hs.464734

Cyclophilins

Hs.27693

U1+U2 Hs.1063

Sm Hs.425311

hnRNP Hs.546271

U4/U6 Hs.11776

U5 Hs.31334

U1+U2 Hs.466775

Cyclophilins

Hs.121076

FBP Hs.521924

Others Hs.18192

P52/P100 Hs.355934

U4/U6 Hs.374973

U5 Hs.130098

SR Hs.6891

Sm Hs.516076

hnRNP Hs.546261

SLU7 Hs.435342

Others Hs.20013

DEAD Hs.484288

SR Hs.584801

Others Hs.502705

hnRNP Hs.589594

U5 Hs.246112

Sm Hs.111632

SR Hs.166975

U2AF Hs.528007

FUSE Hs.568331

CLK Hs.433732

Others Hs.466917

hnRNP Hs.380118

SR Hs.469970

U5 Hs.181368

Sm Hs.103106

DEAD Hs.533245

SR Hs.54649

DEAD Hs.274531

U1+U2 Hs.516160

SR Hs.519347

Sm Hs.356549

DEAD Hs.254042

hnRNP Hs.155218

Skip Hs.546550

U1+U2 Hs.280378

CRN Hs.171342

hnRNP Hs.96996

U1+U2 Hs.406423

DEAD Hs.528305

U5 Hs.33962

U1+U2 Hs.528763

SR Hs.405144

hnRNP Hs.2853

SR Hs.479693

Sm Hs.424908

CLK Hs.73986

Sm Hs.515255

Others Hs.515598

U1+U2 Hs.177861

U4/U6.U5 Hs.469173

hnRNP Hs.202166

DEAD Hs.570079

hnRNP Hs.573762

hnRNP Hs.136947

hnRNP Hs.571177

Others Hs.282901

DEAD Hs.279806

Others Hs.249996

hnRNP Hs.591357

U5 Hs.151787

Others Hs.548868

U4/U6.U5 Hs.182255

U2AF Hs.365116

hnRNP Hs.487774

SRPK Hs.443861

CLK Hs.406557

hnRNP Hs.516539

Others Hs.485471

SR Hs.592175

hnRNP Hs.172550

Anexo 7 - 72 fatores de splicing com expressões gênicas de MPSS com valores

superiores em bibliotecas tumorais versus normais (mais do que 5 vezes)

DEAD Hs.311609

U1+U2 Hs.33104

Others Hs.421576

hnRNP Hs.527105

hnRNP Hs.166463

hnRNP Hs.808

Sm Hs.464734

Cyclophilins

Hs.27693

hnRNP Hs.546271

U4/U6 Hs.11776

U1+U2 Hs.466775

Cyclophilins

Hs.121076

Others Hs.18192

P52/P100 Hs.355934

U4/U6 Hs.374973

U5 Hs.130098

Sm Hs.516076

SLU7 Hs.435342

DEAD Hs.484288

SR Hs.584801

Others Hs.502705

hnRNP Hs.589594

Sm Hs.111632

SR Hs.166975

U2AF Hs.528007

FUSE Hs.568331

CLK Hs.433732

Others Hs.466917

SR Hs.469970

Sm Hs.103106

DEAD Hs.533245

SR Hs.54649

DEAD Hs.274531

U1+U2 Hs.516160

SR Hs.519347

Sm Hs.356549

DEAD Hs.254042

hnRNP Hs.155218

Skip Hs.546550

U1+U2 Hs.280378

CRN Hs.171342

U1+U2 Hs.406423

DEAD Hs.528305

U5 Hs.33962

U1+U2 Hs.528763

SR Hs.405144

hnRNP Hs.2853

SR Hs.479693

Sm Hs.424908

CLK Hs.73986

Sm Hs.515255

Others Hs.515598

U1+U2 Hs.177861

U4/U6.U5 Hs.469173

hnRNP Hs.202166

DEAD Hs.570079

hnRNP Hs.573762

hnRNP Hs.136947

hnRNP Hs.571177

Others Hs.282901

DEAD Hs.279806

Others Hs.249996

hnRNP Hs.591357

U5 Hs.151787

Others Hs.548868

U4/U6.U5 Hs.182255

U2AF Hs.365116

hnRNP Hs.487774

SRPK Hs.443861

hnRNP Hs.516539

Others Hs.485471

SR Hs.592175

Anexo 8 - Fatores de splicing humanos com presença indicativa em padrões de

eventos de splicing alternativos.

Conjunto de clusters gênicos dos fatores de splicing presentes em eventos de splicing alternativos

Bibliotecas Normais Bibliotecas Tumorais

Glândula

mamária

IR ES ASS IR ES ASS

Hs.498548 Hs.570079 Hs.502883 Hs.808

Hs.181368 Hs.467097 Hs.406423 Hs.502829

Hs.136947 Hs.516539 Hs.406423

Hs.484288 Hs.502883

Hs.519347 Hs.546261

Hs.254042 Hs.508848

Hs.487774 Hs.467097

Hs.516539

Hs.484288

Hs.254042

Pulmão IR ES ASS IR ES ASS

Hs.498548 Hs.161181 Hs.161181 Hs.808 Hs.546261 Hs.546261

Hs.546271 Hs.508848 Hs.502705 Hs.508848 Hs.508848 Hs.181368

Hs.565094 Hs.564847 Hs.130098 Hs.282901 Hs.465498 Hs.151787

Hs.584801 Hs.570079 Hs.546261 Hs.480073 Hs.512610 Hs.589594

Hs.465808 Hs.485471 Hs.508848 Hs.484288 Hs.445497 Hs.515598

Hs.467097 Hs.564847 Hs.254042 Hs.285197 Hs.282901

Hs.528007 Hs.570079 Hs.496829 Hs.496829 Hs.356549

Hs.172550 Hs.514435 Hs.249996

Hs.516160 Hs.565094 Hs.484288

Hs.6891 Hs.528007 Hs.254042

Hs.445497 Hs.479693 Hs.487774

Hs.202166 Hs.256639

Hs.27693 Hs.20013

Hs.1063 Hs.282901

Hs.136947

Hs.445497

Hs.54649

Hs.202166

Hs.254042

Fígado IR ES ASS IR ES ASS

Hs.279806 Hs.498548 Hs.406423 Hs.808 Hs.466775 Hs.808

Hs.479693 Hs.256639 Hs.546271 Hs.498548 Hs.516539 Hs.502705

Hs.405144 Hs.487774 Hs.479693 Hs.546271 Hs.432485 Hs.406423

Hs.485471 Hs.73986 Hs.151787 Hs.502829

Hs.487774 Hs.282901 Hs.279806 Hs.502883

Hs.31334 Hs.465808 Hs.546271

Hs.433732 Hs.466917 Hs.546261

Hs.249996 Hs.282901 Hs.33104

Hs.274531 Hs.527105 Hs.546550

Hs.405144 Hs.254042 Hs.151787

Hs.487774 Hs.405144 Hs.279806

Hs.285197 Hs.521924 Hs.467097

Hs.496829 Hs.432485 Hs.589594

Cont/ Anexo 8 - Fatores de splicing humanos com presença indicativa em padrões

de eventos de splicing alternativos.

Fígado IR ES ASS IR ES ASS

Hs.256639

Hs.406277

Hs.516539

Hs.485060

Hs.425311

Hs.374973

Próstata IR ES ASS IR ES ASS

Hs.406423 Hs.508848 Hs.502705 Hs.151787 Hs.508848 Hs.508848

Hs.564847 Hs.508848 Hs.9822 Hs.151787 Hs.584801

Hs.466775 Hs.564847 Hs.172550 Hs.18192 Hs.465498

Hs.31334 Hs.466917 Hs.480073 Hs.6891 Hs.512610

Hs.528305 Hs.466775 Hs.487774 Hs.18192

Hs.31334 Hs.166463

Hs.365116 Hs.6891

Hs.528305 Hs.487774

Hs.484288 Hs.425311

Sistema

nervoso

IR ES ASS IR ES ASS

Hs.546261 Hs.508848 Hs.502705 Hs.546261 Hs.161181 Hs.161181

Hs.508848 Hs.546550 Hs.130098 Hs.528007 Hs.502705 Hs.502705

Hs.528763 Hs.564847 Hs.33104 Hs.516160 Hs.130098 Hs.406423

Hs.68714 Hs.528763 Hs.546261 Hs.166463 Hs.546550 Hs.546271

Hs.9822 Hs.465808 Hs.546550 Hs.355934 Hs.508848 Hs.33104

Hs.480073 Hs.73986 Hs.528763 Hs.282901 Hs.564847 Hs.546261

Hs.484288 Hs.355934 Hs.564847 Hs.512661 Hs.466917 Hs.546550

Hs.496829 Hs.528305 Hs.68714 Hs.527105 Hs.469970 Hs.508848

Hs.516076 Hs.279806 Hs.480073 Hs.433732 Hs.514435

Hs.54649 Hs.181368 Hs.202166 Hs.533122 Hs.466917

Hs.533122 Hs.467097 Hs.484288 Hs.480073 Hs.515598

Hs.527105 Hs.466917 Hs.533245 Hs.479693

Hs.405144 Hs.465808 Hs.484288 Hs.166463

Hs.254042 Hs.515255 Hs.521924 Hs.136947

Hs.9822 Hs.31334

Hs.515598 Hs.528305

Hs.589594 Hs.54649

Hs.479693 Hs.445497

Hs.355934 Hs.433732

Hs.280378 Hs.527105

Hs.365116 Hs.484288

Hs.182255 Hs.254042

Hs.528305 Hs.487774

Hs.406277

Hs.177861

Hs.533122

Hs.249996

Hs.527105

Hs.190520

Cont/ Anexo 8 - Fatores de splicing humanos com presença indicativa em padrões

de eventos de splicing alternativos.

Sistema

nervoso

IR ES ASS IR ES ASS

Hs.202166

Hs.1063

Hs.103106

Hs.254042

Hs.571177

Hs.487774

Hs.521924

Hs.121663

Hs.432485

Pele IR ES ASS IR ES ASS

Hs.528007 Hs.546261 Hs.546271 Hs.151787 Hs.498548 Hs.406423

Hs.433732 Hs.546271 Hs.546261 Hs.515598 Hs.130098 Hs.130098

Hs.202166 Hs.172550 Hs.589594 Hs.155218 Hs.508848 Hs.546261

Hs.334612 Hs.528007 Hs.166463 Hs.515598 Hs.508848

Hs.136947 Hs.172550 Hs.282901 Hs.166463 Hs.151787

Hs.246112 Hs.11776 Hs.480073 Hs.282901 Hs.181368

Hs.479693 Hs.254042 Hs.444520 Hs.279806

Hs.516076 Hs.487774 Hs.516539 Hs.465808

Hs.246112 Hs.516076 Hs.515598

Hs.202166 Hs.512661 Hs.466917

Hs.254042 Hs.103106 Hs.528007

Hs.487774 Hs.155218

Hs.496829 Hs.466775

Hs.311609

Hs.166463

Hs.136947

Hs.282901

Hs.20225

Hs.516539

Hs.516076

Hs.527105

Hs.487774

Hs.521924

Cólon IR ES ASS IR ES ASS

Hs.546261 Hs.546261 Hs.546261 Hs.502705 Hs.502705

Hs.443861 Hs.166463 Hs.546261 Hs.502883

Hs.136947 Hs.508848 Hs.546261

Hs.519347 Hs.514435 Hs.546271

Hs.202166 Hs.151787 Hs.508848

Hs.311609 Hs.514435

Hs.480073 Hs.570079

Hs.254042 Hs.181368

Hs.68714

Hs.151787

Hs.172550

Hs.311609

Hs.18192

Cont/ Anexo 8 - Fatores de splicing humanos com presença indicativa em padrões

de eventos de splicing alternativos.

Cólon IR ES ASS IR ES ASS

Hs.136947

Hs.246112

Hs.469173

Hs.480073

Hs.202166

Hs.519347

Hs.254042

Hs.487774

IR – Retenção de íntron; ES – Uso alternativo do Éxon; ASS – Sítios doadores e/ou aceptores

alternativos de splicing.

Livros Grátis
( http://www.livrosgratis.com.br )
 
Milhares de Livros para Download:
 
Baixar livros de Administração
Baixar livros de Agronomia
Baixar livros de Arquitetura
Baixar livros de Artes
Baixar livros de Astronomia
Baixar livros de Biologia Geral
Baixar livros de Ciência da Computação
Baixar livros de Ciência da Informação
Baixar livros de Ciência Política
Baixar livros de Ciências da Saúde
Baixar livros de Comunicação
Baixar livros do Conselho Nacional de Educação - CNE
Baixar livros de Defesa civil
Baixar livros de Direito
Baixar livros de Direitos humanos
Baixar livros de Economia
Baixar livros de Economia Doméstica
Baixar livros de Educação
Baixar livros de Educação - Trânsito
Baixar livros de Educação Física
Baixar livros de Engenharia Aeroespacial
Baixar livros de Farmácia
Baixar livros de Filosofia
Baixar livros de Física
Baixar livros de Geociências
Baixar livros de Geografia
Baixar livros de História
Baixar livros de Línguas

Baixar livros de Literatura
Baixar livros de Literatura de Cordel
Baixar livros de Literatura Infantil
Baixar livros de Matemática
Baixar livros de Medicina
Baixar livros de Medicina Veterinária
Baixar livros de Meio Ambiente
Baixar livros de Meteorologia
Baixar Monografias e TCC
Baixar livros Multidisciplinar
Baixar livros de Música
Baixar livros de Psicologia
Baixar livros de Química
Baixar livros de Saúde Coletiva
Baixar livros de Serviço Social
Baixar livros de Sociologia
Baixar livros de Teologia
Baixar livros de Trabalho
Baixar livros de Turismo
 
 