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AVALIAÇÃO DO PERFIL DE METILAÇÃO DA
REGIÃO PROMOTORA DE GENES EM
HEPATOBLASTOMA
LUÍS HENRIQUE TOSHIHIRO SAKAMOTO
Dissertação apresentada à Fundação Antônio
Prudente para obtenção do título de mestre
Área de concentração: Oncologia
Orientador: Dr. André Luiz Vettore de Oliveira
Co-Orientador: Profa. Dra. Beatriz de Camargo
São Paulo
2008
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FICHA CATALOGRÁFICA
Preparada pela Biblioteca da Fundação Antônio Prudente
Sakamoto, Luís Henrique Toshihiro
Avaliação do perfil de metilação da região promotora de genes
em hepatoblastoma / Luís Henrique Toshihiro Sakamoto - São Paulo,
2008.
84p.
Dissertação (Mestrado)-Fundação Antônio Prudente.
Curso de Pós-Graduação em Ciências - Área de concentração:
Oncologia.
Orientador: André Luiz Vettore de Oliveira
Descritores: 1. HEPATOBLASTOMA. 2. METILAÇÃO DO DNA. 3.
METALOTIONEINA. 4. REGIÕES PROMOTORAS (GENÉTICA).
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“A falsa ciência gera ateus; a verdadeira ciência leva
os homens a se curvar diante da divindade."
Voltaire
DEDICATÓRIA
Dedico esta dissertação aos meus queridos pais e àquelas que dão
sentido à minha vida: Ivana e Mariana.
À vocês com muito amor e carinho.
AGRADECIMENTOS ESPECIAIS
Meus eternos agradecimentos aos meus queridos pais pelo amor,
carinho e apoio incondicionais e por me fazerem entender que o
conhecimento é o maior bem que os pais podem dar aos filhos.
À minha amada alma-gêmea Ivana pelo carinho, incentivo e por
agüentar as minhas idas e vindas de Brasília para São Paulo.
Ao meus sogro, sogra e cunhados pelo apoio nesta jornada.
Aos meus amigos-irmãos: Gustavo, Martinho, Bruno e Sidney pela
amizade e momentos de descontração em Brasília.
AGRADECIMENTOS
Agradeço à Deus por toda a felicidade pessoal e profissional que ele
tem me proporcionado. Também agradeço por todos os percalços que Ele
colocou em meu caminho, pois eles me fizeram crescer e valorizar o produto
de meu esforço. Também agradeço por ter colocado nesse caminho
pessoas maravilhosas às quais devo muito do que sou hoje.
Parafraseando Issac Newton, se hoje sou um pouco melhor do que
ontem foi porque me apoiei sobre ombros de gigantes.
Agradeço ao meu orientador Dr. André Vettore, por ter aberto as
portas de seu laboratório e, mesmo sabendo que minha formação era
essencialmente médica e não laboratorial, aceitou o desafio de me orientar
em uma dissertação na área de biologia molecular. Muito obrigado!
Meus sinceros agradecimentos e admiração à minha co-orientadora
Profa. Dra. Beatriz de Camargo que sempre me incentivou em minha
formação como oncologista pediátrico e pesquisador. Certamente não teria
chegado até aqui sem você.
Ao Dr. André Lopes Carvalho, meus agradecimentos pelas
proveitosas discussões sobre metilação e pela ajuda com as análises
estatísticas do trabalho.
À Dra. Vilma Martins pelo apoio e ensinamentos em biologia celular e
molecular.
Agradeço também aos meus atuais colegas de trabalho do Núcleo de
Onco-hematologia Pediátrica da SES-DF/Brasília: Raquel, Paula e José
Carlos, por terem me incentivado a vir para São Paulo fazer a residência
médica em oncologia pediátrica e, principalmente, à Dra. Isis Quezado
Magalhães pelo incentivo e apoio prestados desde a época da universidade.
Ao término do mestrado, percebo que o caminho foi, para mim, muito
mais importante do que o destino. Ao longo dessa “estrada laboratorial”
aprendi muito, mas, principalmente, conheci pessoas às quais serei
eternamente grato.
Encontrei pessoas maravilhosas, cuja amizade pretendo levar para o
resto da vida. Muito obrigado à vocês: Claudinha, Robertinha, Val Andrade,
Carol, Alex e Dani.
À minha amiga e colega de profissão Viviane Sonaglio pelo apoio e
companheirismo nos momentos difíceis da residência médica e do mestrado.
Não posso deixar de agradecer também ao Fabrício Carvalho e
Luciane Kagohara por me ensinarem não só a técnica da MSP-Q, mas
também várias outras técnicas de laboratório. Aprendi muito com vocês!
Aos colegas de laboratório: Andréa Seixas, Andréa Trevisan, Fábio
Piccoli, Benjamin Heck, Cinthia Couto, Emerson, Marianna Rettori, Valéria
Paixão, Maria Isabel Achatz, Fernanda Góes, Luciana Pinto, Roberta Felix,
Ivete, Ivania, Simone e Manuela, muito obrigado pelo apoio, convivência,
ensinamento e pelos momentos de descontração.
Muito obrigado também aos demais colegas e funcionários do Instituto
Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer, em nome da Dra. Luisa Lina Villa, por
terem proporcionado um ambiente de pesquisa adequado ao meu trabalho.
Agradeço também ao Departamento de Anatomia Patológica do
Hospital A. C. Camargo, em nome do Dr. Fernando Augusto Soares e ao
Departamento de Anatomia Patológica da Santa Casa de Misericórdia de
São Paulo por terem fornecido as amostras do meu trabalho.
Um agradecimento especial à colega Mariana Cajaiba que realizou as
revisões das lâminas do meu estudo.
Às queridas meninas da Biblioteca do Hospital A. C. Camargo: Suely
Francisco, Francyne Pólen e Rosinéia Aguiar pela atenção e paciência na
busca dos “milhares” de artigos que solicitei ao longo desses anos e pela
ajuda na correção e formatação desta dissertação.
À todos do Serviço de Arquivo Médico e Estatístico (SAME) do
Hospital A. C. Camargo, em nome da Sra. Irde Contesini, por todo o auxílio
na busca por prontuários e coleta de dados.
Agradeço também à SOBOPE (Sociedade Brasileira de Oncologia
Pediátrica) pelo fornecimento dos dados clínicos dos nossos pacientes
escritos nos Protocolos SIOPEL. Obrigado Sandra e Cida pela ajuda.
Aos membros da minha banca de qualificação, Dra. Gilda Porta e Dra.
Cláudia Rainho, pela leitura dos relatórios e pelas proveitosas sugestões.
Agradeço também à Pós-graduação da Fundação Antônio Prudente,
em nome do Dr. Luiz Fernando Lima Reis, pela oportunidade de ter feito
parte deste programa de mestrado e por toda assistência prestada.
Agradecimentos especiais à Ana Maria Kuninari e Luciana Pitombeira pela
paciência e ajuda prestada desde o início.
Ao CNPQ e ao Instituto Ludwig pelo apoio financeiro à esta pesquisa.
Agradeço também à Banca Julgadora pelo tempo prestado à leitura e
avaliação dessa dissertação.
RESUMO
Sakamoto LHT. Avaliação do perfil de metilação da região promotora de
genes em hepatoblastoma. São Paulo; 2008. [Dissertação de Mestrado-
Fundação Antônio Prudente]
O hepatoblastoma é o tumor maligno hepático mais comum em crianças,
entretanto constitui apenas 1% do total de neoplasias na infância. Sua baixa
freqüência, portanto, dificulta a realização de estudos clínicos e pesquisas
de novas estratégias terapêuticas. Os fatores prognósticos relevantes para
essa doença estão relacionados, quase exclusivamente, ao grau de
ressecabilidade tumoral, não existindo, até o momento, dados suficientes
para a inclusão de fatores biológicos na estratificação dos pacientes por
grupos de risco. Estudos de microarray que compararam o perfil de
expressão de hepatoblastomas com tecido hepático normal, mostraram que
grande parte dos genes diferencialmente expressos estava, de fato,
hipoexpressa, o que pode, hipoteticamente, sugerir a interferência de
mecanismos de silenciamento genético como, por exemplo, a hipermetilação
do DNA. A técnica de MSP-Q foi utilizada na avaliação do perfil de metilação
de 25 genes em 20 amostras parafinadas de hepatoblastomas. Observou-se
a presença de hipermetilação de ilhas CpG em mais de 25% das amostras
para 8 genes (APC, CCND2, CDH1, COX2, HIN1, MT1G, RASSF1A e
SOCS1). A análise dos dados clínicos em conjunto com a pesquisa de
metilação mostrou não haver correlação entre a presença de metilação em
APC, RASSF1A, SOCS1 e MT1G e variáveis clínicas clássicas. No entanto,
tanto a presença quanto o nível de metilação de MT1G apresentou uma
correlação inversa com as taxas de sobrevida globais dos pacientes em
questão. À saber, este foi o primeiro relato de hipermetilação da região
promotora de MT1G em hepatoblastomas e de sua associação com o
prognóstico da doença.
SUMMARY
Sakamoto LHT. [Gene promoter hypermethylation pattern in patients
with hepatoblastoma]. São Paulo; 2008. [Dissertação de Mestrado-
Fundação Antônio Prudente]
Hepatoblastoma is the most common malignant liver tumor in childhood.
Nevertheless, it comprises 1% of all cancers in this age group. Because its
low frequency, there are few clinical trials and new drugs research. Few
prognostic factors were related to hepatoblastoma. Most of them are related
to resectability. Microarray studies comparing different expression patterns in
hepatoblastoma samples and normal liver tissue show that most of
differentially expressed genes are hipoexpressed in tumors. Aberrant DNA
hypermethylation might be the cause of this gene silence or hipoexpression.
We evaluated the methylation pattern of 25 genes in 20 paraffin-embedded
hepatoblastoma specimens by MSP-Q. DNA hypermethylation of CpG island
in more than 25% of samples was observed in 8 genes (APC, CCND2,
CDH1, COX2, HIN1, MT1G, RASSF1A and SOCS1). The statistical analysis
of clinical data and methylation pattern showed that there are no correlation
between APC, RASSF1A, SOCS1 and MT1G methylation and clinical
characteristics. Nevertheless, both the methylation positivity and methylation
level of MT1G showed inverse correlation with overall survival in these
patients. This was the first report of CpG island hypermethylation in MT1G
gene in hepatoblastoma and the first study that showed its association with
prognosis.
LISTA DE FIGURAS
Figura
1
Subtipos histológicos clássicos do hepatoblastoma e
suas freqüências. 4
Figura
2
Exames de imagem utilizados no diagnóstico de
hepatoblastoma 6
Figura
3
Sistema de Estadiamento PRETEXT do SIOPEL
8
Figura
4
Deaminação hidrolítica da 5-metil-citosina levando a
formação de timidina
14
Figura
5
Processo de metilação da base citosina através da
DNA metiltransferase
15
Figura
6
Possíveis Mecanismos de Silenciamento Gênico
através da Metilação do DNA
17
Figura
7
Comparação entre os padrões de metilação dos
dinucleotídeos CG em células normais e neoplásicas 18
Figura
8
Gráfico de comparação entre as sobrevidas globais em
5 anos no total de pacientes com hepatoblastoma
(n=35) e a população selecionada para o estudo
molecular (n=20). 39
Figura
9
Gráficos de comparações entre as taxas de sobrevida
conforme características clínicas.
44-5
Figura
10
Gráfico de porcentual de amostras metiladas para cada
um dos 25 genes avaliados no estudo-piloto.
49
Figura
11
Gráficos de dispersão com valores de PMR.
52
Figura
12
Gráfico de sobrevidas globais nos grupos de pacientes
que apresentam metilação detectável.
54-5
LISTA DE TABELAS
Tabela 1 Seqüência dos primers forward e reverse para amplificação
do fragmento de 133bp do gene ACTB. 28
Tabela 2 Seqüência dos primers forward e reverse para amplificação
do fragmento de 133bp do gene ACTB após tratamento do
DNA com bisulfito de sódio. 30
Tabela 3 Comparação das variáveis categóricas pesquisadas entre a
amostra total de 35 pacientes e a amostra selecionada de 20
pacientes. 38
Tabela 4 Comparação das variáveis contínuas pesquisadas entre a
amostra total de 35 pacientes e a amostra selecionada de 20
pacientes. 39
Tabela 5 Características clínicas dos 20 pacientes com
hepatoblastoma submetidos ao estudo molecular. 43
Tabela 6 Comparação entre nível de metilação nos genes estudados
e sobrevida global pelo modelo de Cox.
55
Tabela 7 Associação entre o estado de metilação do gene MT1G e
variáveis clínicas estudadas.
56
Tabela 8 Associação entre o estado de metilação do gene RASSF1A
e variáveis clínicas estudadas. 56
Tabela 9 Associação entre o estado de metilação do gene SOCS1 e
variáveis clínicas estudadas. 57
Tabela 10 Associação entre o estado de metilação do gene APC e
variáveis clínicas estudadas. 57
LISTA DE QUADROS
Quadro 1 Síndrome genéticas constitucionais associadas ao
hepatoblastoma. 2
Quadro 2 Sistema de Estadiamento Children Oncology Group para
Hepatoblastomas. 9
Quadro 3 Sequência de primers e sondas dos genes avaliados no
estudo. 36
Quadro 4 Concentração de DNA nas amostras tumorais e margens
estimada por espectrofotometria e resultado da PCR para
ACTB após tratamento com bissulfito. 47
Quadro 5 Concentração de DNA nas amostras de tecido hepático
normal fetal (NF) e adulto e resultado da PCR para ACTB
após tratamento com bissulfito. 47
Quadro 6 Valores de PMR para as 20 amostras tumorais. 50
Quadro 7 Valores de PMR para as amostras de fígado normal fetal. 51
LISTA DE ABREVIAÇÕES
ACTB Homo sapiens actin, beta gene
AIM1 Homo sapiens absent in melanoma 1 gene
APC Homo sapiens adenomatosis polyposis coli gene
CALCA Homo sapiens calcitonin-related polypeptide alpha gene
CCNA1 Homo sapiens cyclin A1 gene
CCND2 Homo sapiens cyclin D2 gene
CDH1 Homo sapiens cadherin 1, type 1, E-cadherin (epithelial)
gene
COX2 (PTGS2) Homo sapiens prostaglandin-endoperoxide synthase 2
gene
Ct Cycle Threshold
DAPK Homo sapiens death-associated protein kinase 1 gene
DNA Ácido Desoxi-ribonucléico
ESR1 Homo sapiens estrogen receptor 1 gene
GSTP1 Homo sapiens glutathione S-transferase pi gene
HIC1 Homo sapiens hypermethylated in cancer 1 gene
HIN1(SCGB3A1) Homo sapiens secretoglobin, family 3A, member 1 gene
Kb kilobase
MGMT Homo sapiens O-6-methylguanine-DNA methyltransferase
gene
MINT31 Homo sapiens methylated in tumours 31 gene
MLH1 Homo sapiens mutL homolog 1, colon cancer,
nonpolyposis type 2
MT1G Homo sapiens metallothionein 1G gene
P14 ARF Homo sapiens cyclin-dependent kinase inhibitor 2A
(variante de splicing) gene
POG Pediatric Oncology Group
CDKN2B Homo sapiens cyclin-dependent kinase inhibitor 2B gene
CDKN2A Homo sapiens cyclin-dependent kinase inhibitor 2A
(variante de splicing) gene
pb par de base
PCR Reação em Cadeia da Polimerase
PMR Percentual of Methylated Reference
RARB Homo sapiens retinoic acid receptor, beta gene
RASSF1A Homo sapiens Ras association (RalGDS/AF-6) domain
family 1 gene
RB1 Homo sapiens retinoblastoma 1 gene
SFRP1 Homo sapiens secreted frizzled-related protein 1 gene
SIOPEL The International Childhood Liver Tumour Strategy Group
SEER Surveillance Epidemiology and End Results
SOCS1 Homo sapiens suppressor of cytokine signaling 1 gene
THBS1 Homo sapiens thrombospondin 1 gene
TIMP3 Homo sapiens TIMP metallopeptidase inhibitor 3 gene
ÍNDICE
1 INTRODUÇÃO 1
1.1 Hepatoblastoma 1
1.2 Alterações Genéticas Estruturais em Hepatoblastoma 10
1.3 Expressão Gênica em Hepatoblastoma 12
1.4 Metilação do DNA 12
1.5 Metilação do DNA e Câncer 18
1.6 Metilação em Hepatoblastoma 20
2 OBJETIVOS 23
2.1 Objetivo Geral 23
2.2 Objetivos Específicos 23
3 MATERIAL E MÉTODOS 25
3.1 Casuística 25
3.2 Dissecção Manual 26
3.3 Extração de DNA 27
3.4 Quantificação do DNA e Controle de Qualidade 28
3.5 Tratamento com Bissulfito de Sódio 29
3.6 Verificação da Qualidade do DNA após o Tratamento com
Bissulfito de Sódio 30
3.7 Methylation-Specific PCR Quantitativa (MSP-Q) 31
3.8 Metilação in Vitro de DNA de Linfócitos 34
3.9 Análise Estatística 35
4 RESULTADOS 37
4.1 Caracterização Clínica da População 37
4.2 Extração do DNA e Tratamento com Bissulfito de Sódio 45
4.3 Resultados da MSP-Q 48
4.3.1 Estudo Piloto 48
4.3.2 Comparação entre o nível de metilação nos tecidos estudados 49
4.4 Associação entre Características Clínico-Patológicas e
Hipermetilação 53
5 DISCUSSÃO 58
6 CONCLUSÕES 75
8 REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS 76
1
1 INTRODUÇÃO
1.1 HEPATOBLASTOMA
O hepatoblastoma consiste no tumor maligno hepático mais comum
da infância. Dados do programa de registro de câncer dos EUA, Surveillance
Epidemiology and End Results (SEER), estimam uma incidência de 0,5-1,5
casos novos por milhão de crianças ao ano, o que corresponde à cerca de
79% das neoplasias hepáticas em crianças menores de 15 anos e à cerca
de 1% do total de casos de cânceres nessa faixa etária (PERILONGO et al.
2000a; SCHNATER et al. 2003; ARONSON et al. 2005).
Essa baixa incidência é, possivelmente, responsável pela baixa
casuística dos estudos clínicos existentes e pela limitada quantidade de
estudos para desenvolvimento de quimioterápicos mais eficazes.
A maioria dos casos de hepatoblastoma ocorre em lactentes ou
crianças jovens, com mediana de idade ao diagnóstico de 16 meses,
segundo casuística do Pediatric Oncology Group (POG). De fato, segundo o
SEER, a incidência de tumores hepáticos malignos em lactentes, que é de
11,2 casos por milhão ao ano, sofre um declínio conforme o aumento da
idade na infância (TOMLINSON E FINEGOLD 2002).
Estudos epidemiológicos sugerem, ainda, que existe associação do
hepatoblastoma com prematuridade e baixo peso ao nascimento (HERZOG
et al. 2000). TANIMURA et al. (1998) observaram que o risco relativo para o
2
desenvolvimento de hepatoblastoma em recém-nascidos com menos de
1.000g é de 15,64, comparado com 2,53 para aqueles entre 1.000g e 1.500g
e 1,21 para recém-nascidos com peso entre 2.000g e 2.500g.
Uma incidência aumentada de hepatoblastoma tem sido observada
em pacientes com diferentes síndromes, como de Beckwith-Wiedemann, de
Li-Fraumeni, hemi-hipertrofia e polipose adenomatosa familiar (FAP)
(Quadro 1). DEBAUN e TUCKER (1998), com base em dados do registro de
pacientes com síndrome de Beckwith-Wiedemann, observaram um risco
relativo de desenvolvimento de hepatoblastoma de 2.280 vezes (intervalo de
confiança 95%: 928-1.165) nos primeiros quatro anos de vida (DEBAUN E
TUCKER 1998). Em pacientes portadores da FAP esse risco é de 1.220
vezes (intervalo de confiança 95%: 230-2.168) nos primeiros quatro anos
(GIARDIELLO et al. 1991).
Quadro 1 - Síndrome genéticas constitucionais associadas ao
hepatoblastoma.
Doença Localização Cromossômica Gene Envolvido
Polipose Adenomatosa Familial 5q21.22
APC
Síndrome de Beckwith-Wiedemann 11p15.5
P57KiP2, Wnt
Síndrome de Li-Fraumeni 17p13
TP53
Doenças de Depósito de Glicogênio Várias
Fonte: *Adaptado de MUELLER et al. (2006)
Em geral o hepatoblastoma se apresenta como um tumor abdominal
oligossintomático, mas pode ser acompanhado de perda ponderal, anorexia,
vômitos e dor abdominal, comumente, na presença de doença avançada. A
doença parece ser discretamente mais freqüente em meninos e entre os
3
caucasianos. A localização no lobo direito do fígado ocorre em 60-70% dos
casos (HERZOG et al. 2000; SCHNATER et al. 2003).
Em relação aos exames laboratoriais, sabe-se que a elevação dos
níveis séricos de alfafetoproteína acima do normal para a idade, ocorre em
mais de 90% dos casos de hepatoblastoma (HERZOG et al. 2000;
MUELLER et al. 2006). Esta proteína, normalmente produzida pelo
organismo durante a fase embrionária e fetal do desenvolvimento intra-
uterino, tem a sua produção gradativamente diminuída após o nascimento,
chegando aos valores normais de adulto (menos de 10ng/mL) ao final do
primeiro ano de vida. Alguns estudos demonstraram que níveis de
alfafetoproteína abaixo de 100ng/mL ao diagnóstico implicariam em menores
taxas de sobrevida em pacientes com hepatoblastoma (HERZOG et al.
2000; FUCHS et al. 2002). Entretanto, este não constitui ainda um fator
prognóstico universalmente aceito. Essa proteína pode ser, no entanto,
usada como marcador diagnóstico, na presença de tumor hepático em uma
criança em idade compatível com surgimento de hepatoblastoma, bem como
marcador de sucesso terapêutico, uma vez que após a retirada do tumor, os
níveis de proteína devem cair até seus valores normais. Também funciona
como marcador de recaída já que tende a aumentar quando o tumor recai.
Histologicamente, o hepatoblastoma constitui um tumor embrionário
que contém parênquima epitelial hepático e pode ser classificado como
epitelial (56%) ou epitelial/mesenquimal misto (44%). O tipo epitelial pode,
ainda, ser subdivido em: fetal puro (31%), embrionário (19%),
macrotrabecular (3%) e pequenas células indiferenciadas (3%). Quando
4
associado a algum componente mesenquimal (tipo misto), este geralmente é
composto por matriz osteóide ou cartilagem (Figura 1) (HERZOG et al.
2000).
Epitelial Puro
(56%)
Misto (44%)
Embrionário (19%)
Fetal (31%)
Macrotrabecular
(3%)
Anaplásico (3%)
Subtipos
Histológicos
Epitelial Puro
(56%)
Misto (44%)
Embrionário (19%)
Fetal (31%)
Macrotrabecular
(3%)
Anaplásico (3%)
Subtipos
Histológicos
Epitelial Puro
(56%)
Misto (44%)
Embrionário (19%)
Fetal (31%)
Macrotrabecular
(3%)
Anaplásico (3%)
Subtipos
Histológicos
Legenda: As lâminas coradas em HE são provenientes de pacientes do estudo.
Figura 1 - Subtipos histológicos clássicos do hepatoblastoma e suas
freqüências.
SAXENA et al. (1993), em estudo que enfatizou os efeitos da
quimioterapia sobre o hepatoblastoma, verificaram que a matriz osteóide
estava presente em cerca de 36% dos tumores não tratados com
quimioterapia. Quando o paciente recebia tratamento neoadjuvante este
porcentual subia para 82% e, na maioria dos casos, este componente
osteóide compunha mais de 90% da área tumoral, o que sugere que a
presença deste componente mesenquimal possa estar associada com
resposta à quimioterapia (SAXENA et al. 1993).
De fato, estudo de HAAS et
5
al. (1989) mostrou que a presença de elementos mesenquimais estava
associada com melhor prognóstico naqueles pacientes com doença
avançada (HAAS et al. 1989).
Entretanto, consensualmente, nenhum tipo histológico parece ter
valor prognóstico independente. Mesmo o subtipo fetal puro, apontado como
determinante de melhor prognóstico, parece perder a sua importância
estatística quando o tumor não é completamente ressecado (JUNG et al.
2001). Alguns autores mostram, contudo, que os hepatoblastomas de
pequenas células indiferenciadas parecem evoluir com maior freqüência de
recaídas e óbito (HAAS et al. 1989).
Os exames de imagem constituem ferramentas essenciais tanto para
o diagnóstico, quanto para o estadiamento do hepatoblastoma (figura 2). Ao
raio-X simples de abdome, as calcificações, que ocorrem em alguns casos,
podem ser visualizadas. Este exame, entretanto, tem pouco valor no
diagnóstico de massas hepáticas. A ultrassonografia de abdome pode ser
aplicada tanto no momento do diagnóstico, para verificação da presença do
tumor, quanto no estadiamento, para detecção de comprometimento de
grandes vasos, quanto no intra-operatório a fim de auxiliar o cirurgião no
momento da ressecção tumoral. À tomografia de abdome observa-se
geralmente um tumor hepático volumoso, com loculações, áreas de necrose
e calcificação. A ressonância magnética de abdome também pode ser
utilizada, no entanto tem a desvantagem de ser mais demorada que o
ultrassom e a tomografia (TOMLINSON e FINEGOLD 2002; MUELLER et al.
2006).
6
a
c
b
d
a
c
b
d
a
c
b
d
a
c
b
d
Legenda: a) Raio-X de abdome mostrando pequenas áreas de calcificação (seta vermelha)
em um volumoso hepatoblastoma. b) Ultrassom de abdome de diagnóstico mostrando
volumoso tumor hepático também com área de calcificação (seta vermelha). c) Tomografia
computadorizada com contraste venoso em que pode ser visualizado hepatoblastoma
acometendo ambos lobos hepáticos. d) O mesmo tumor apresenta áreas de calcificação
(setas vermelhas) que também podem ser vistas na tomografia.
Figura 2 - Exames de imagem utilizados no diagnóstico de hepatoblastoma.
A pedra angular do tratamento dos pacientes portadores de
hepatoblastoma, atualmente, consiste na completa ressecção da neoplasia,
uma vez que apenas estes alcançarão efetivamente a cura. Reflexo desta
importância reside no fato de que a extensão tumoral extra-hepática,
multifocalidade, invasão vascular e metástase à distância, fatores clássicos
de pior prognóstico para hepatoblastoma, são características que impedem
ressecção completa do tumor (HERZOG et al. 2000; JUNG et al. 2001;
CZAUDERNA et al. 2005).
7
Seguindo esse princípio, a estratégia de tratamento dessa doença
acabou se dividindo em duas grandes vertentes com eficácias equivalentes.
Uma prioriza a ressecção no início do tratamento, sempre que possível,
reservando a quimioterapia neoadjuvante para aqueles casos em que o
tumor é inicialmente irressecável (ORTEGA et al. 2000). A segunda,
representada principalmente pelo grupo cooperativo europeu SIOPEL,
preconiza que a quimioterapia neoadjuvante seja administrada a todos os
pacientes e, em seguida, após a redução volumétrica do tumor, seja
realizada a ressecção do mesmo (FINEGOLD 2002).
Tendo em vista essas duas linhas de tratamento, o estadiamento dos
pacientes com hepatoblastoma pode ser feito de duas formas. A primeira,
que valoriza critérios pré-operatórios do tumor, é adotada pelo grupo
europeu SIOPEL e foi denominado estadiamento PRETEXT. Neste sistema
o fígado é dividido em 4 setores analisados através de exames de imagem
(tomografia computadorizada ou ressonância magnética). Conforme
ilustrado na figura 3, a quantidade de setores livres de doença determina os
estádios: PRETEXT I, três setores adjacentes livres ou apenas 1 setor
acometido por neoplasia; PRETEXT II, dois setores adjacentes livres ou
tumor acometendo dois setores; PRETEXT III, 1 setor ou 2 setores não-
adjacentes livres (tumor envolvendo 2 ou 3 setores); PRETEXT IV, nenhum
setor livre (ou todos os 4 setores acometidos). Também são avaliados:
disseminação extra-hepática direta para linfonodos hilares (E), presença de
metástases à distância (M), envolvimento de veia porta (P) e envolvimento
de veia hepática (V) (ROEBUCK et al. 2007).
8
Legenda: Ao estádio PRETEXT são acrescentados: (E) se existe disseminação direta extra-
hepática para linfonodos hilares, (M) se existem metástases à distância, (P) se existe
envolvimento de veia porta e (V) se existe comprometimento de veia hepática.
Fonte: SCHNATER et al. (2003)
Figura 3 - Sistema de estadiamento PRETEXT do SIOPEL.
A segunda forma de estadiamento valoriza características pós-
cirúrgicas e é adotada pelo grupo norte-americano COG (Children Oncology
Group). Resumidamente, conforme descrito na Quadro 2, estádio I
representa doença completamente ressecada; estádio II, tumor ressecado
macroscopicamente, porém com doença residual microscópica ou tumores
ressecados após quimioterapia pré-operatória ou tumores com ruptura intra-
operatória; estádio III, tumores inicialmente irressecáveis, incluindo aqueles
parcialmente ressecados ou com envolvimento linfonodal; estádio IV,
presença de metástases à distância (MUELLER et al. 2006).
9
Quadro 2 - Sistema de Estadiamento Children Oncology Group para
Hepatoblastomas.
Estadiamento Característica
Estádio I
Tumor completamente ressecado com margens
microscópicas livres
Estádio II
Tumor ressecado macroscopicamente com
evidência de doença residual microscópica
Tumor ressecado após quimioterapia
neoadjuvante
Ruptura intra-operatória
Estádio III
Tumor irressecável
Tumor parcialmente ressecado
Envolvimento linfonodal
Estádio IV Presença de metástases à distância
Apesar de a cirurgia do tumor primário constituir a peça fundamental
no tratamento do hepatoblastoma, menos da metade dos pacientes
apresentam-se com doença ressecável ao diagnóstico. Assim, a introdução
dos esquemas quimioterápicos baseados em platina foi, sem dúvida, uma
das principais responsáveis pela melhora observada nas taxas de sobrevida
de portadores de hepatoblastoma. Assim, tumores inicialmente irressecáveis
na era pré-cisplatina, passaram a ser operáveis quando respondiam a este
esquema quimioterápico (TOMLINSON E FINEGOLD 2002; MUELLER et al.
2006).
Para pacientes com tumores irressecáveis mesmo após quimioterapia
neoadjuvante e com doença confinada ao fígado existe, ainda, a opção do
transplante hepático (OTTE et al. 2004).
Não existe consenso sobre o papel da radioterapia no tratamento dos
pacientes com hepatoblastoma (HABRAND e PRITCHARD 1991; HABRAND
et al. 1992), motivo pelo qual, nódulos metastáticos pulmonares que
continuam visíveis após quimioterapia neoadjuvante podem ter indicação de
10
retirada cirúrgica, principalmente se o tumor primário for completamente
ressecado (FEUSNER et al. 1993).
O prognóstico dos pacientes portadores de hepatoblastoma melhorou
significativamente nas últimas 3 décadas, passando de taxas de sobrevida
global em 5 anos de cerca de 30% para os atuais 75% quando analisados
todos os estádios conjuntamente. Separados por estádios, as taxas de
sobrevida livre de doença, segundo dados norte-americanos do COG são de
100% para estádio I (ressecção completa do tumor), 74% para estádio II
(doença residual microscópica), 50% para estádio III (doença residual
macroscópica) e 29% para estádio IV (doença metastática), resultados
estatisticamente semelhantes aos do grupo europeu SIOPEL (SCHNATER
et al. 2003).
1.2 ALTERAÇÕES GENÉTICAS ESTRUTURAIS EM
HEPATOBLASTOMA
Grande parte dos estudos referentes à biologia do hepatoblastoma se
concentra nas alterações citogenéticas presentes no tumor, entretanto, até o
momento, não se demonstrou a existência de um padrão consistente de
anormalidades cromossômicas. De fato, as alterações mais freqüentemente
encontradas (amplificações nos cromossomos 1q, 2q, 7q, 8, 17q e 20) ainda
não puderam ser relacionadas à etiologia e nem ao prognóstico da neoplasia
(HERZOG et al. 2000; SCHNATER et al. 2003). Além disso, a maioria dos
hepatoblastomas não apresentam alterações cromossômicas detectáveis.
11
Entretanto, algumas alterações funcionais, como silenciamento de
genes normalmente expressos, parecem ser mais relevantes no que se
refere à gênese deste tumor. Sabe-se que a perda da heterozigose (LOH) de
11p15 é observada em até um terço dos pacientes com hepatoblastoma e a
LOH de 1p em aproximadamente 33% dos mesmos (SCHNATER et al.
2003).
A associação entre hepatoblastoma e a polipose adenomatosa
familiar (FAP) incentivou a procura de inativação do gene APC neste tumor.
De fato, ODA et al. (1996) mostraram que cerca de 67% dos
hepatoblastomas esporádicos possuem alterações desse gene (ODA et al.
1996). Além disso, freqüência semelhante de mutações ativadoras do gene
da β-catenina pode ser encontrada em associação com hepatoblastoma
esporádico (KOCH et al. 1999; ANNA et al. 2000; UDATSU et al. 2001).
Estes dados sugerem que a via de sinalização Wnt possa estar envolvida na
gênese do tumor.
A presença ou ausência de mutação no gene da β-catenina não
parece estar envolvida com o prognóstico da doença. Entretanto, a
localização predominantemente nuclear, em contraposição à localização
citossólica normal, parece estar associada com pior evolução (PARK et al.
2001).
12
1.3 EXPRESSÃO GÊNICA EM HEPATOBLASTOMA
Na literatura existem dois estudos que avaliaram o perfil de expressão
gênica dos hepatoblastomas. Ambos utilizaram a técnica de cDNA
microarray. YAMADA et al. (2004), comparando os perfis de expressão de
amostras de hepatoblastoma e de tecido hepático normal, identificaram 86
genes diferencialmente expressos, sendo que 75 destes genes
encontravam-se hipoexpressos nas amostras tumorais (YAMADA et al.
2004). NAGATA et al. (2003) encontraram 26 genes diferencialmente
expressos em hepatoblastomas quando comparados à hepatócitos não-
neoplásicos, sendo que, 50% deles estavam hipoexpressos no tecido
maligno.
1.4 METILAÇÃO DO DNA
Um importante mecanismo envolvido no silenciamento da expressão
gênica em eucariotos superiores é a metilação do DNA. Este evento
epigenético envolve a adição de um radical metil no carbono da posição 5 da
base nitrogenada citosina (C) (SINGAL e GINDER 1999; HERMAN e
BAYLIN 2003).
Denominada por alguns de “a 5ª base nitrogenada”, a 5-metil-citosina
corresponde a cerca de 4% das citosinas totais do genoma e, apesar de já
ter sido descrita metilação no contexto “não-CpG”, observa-se que
praticamente toda a metilação do DNA de mamíferos ocorre nas citosinas
13
localizadas a 5´ de guaninas (G), ou seja, no dinucleotídeo CG (SINGAL e
GINDER 1999; HERMAN e BAYLIN, 2003; LAIRD 2003).
Surpreendentemente, a 5-metil-citosina é, aparentemente, flexível o
suficiente para variar o seu estado de metilação à depender do tipo celular
somático em questão (metilação do DNA parece ser tecido específica) e, ao
mesmo tempo, estável à ponto de se manter durante a mitose ou meiose
(LAIRD 2003).
Durante a evolução das espécies, o dinucleotídeo CG parece ter sido
progressivamente eliminado do genoma dos eucariotos superiores, sendo
que sua freqüência observada corresponde a apenas 5-10% da freqüência
esperada (GARDINER-GARDEN e FROMMER 1987; ATTWOOD et al.
2002). É provável que a metilação da citosina tenha exercido papel
importante nesse processo, uma vez que a maior parte dos sítios CG
perdidos parece ter sofrido deaminação hidrolítica de 5-metil-citosina para
timina (mutação do tipo transição – Figura 4). O restante dos dinucleotídeos
CG são distribuídos pelo genoma humano de forma não-randômica em
grandes extensões de seqüências com baixa freqüência deste dinucleotídeo
entremeadas por agrupamentos ricos em CG, denominados ilhas CpG
(SINGAL e GINDER 1999; HERMAN e BAYLIN 2003; LAIRD 2003).
14
CH
3
CH
3
Deaminação
hidrolítica
Timidina
5-metil-citosina
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
Deaminação
hidrolítica
Timidina
5-metil-citosina
Figura 4 - Deaminação hidrolítica da 5-metil-citosina levando a formação de
timidina
O tamanho dessas ilhas varia de 500pb a 5kb e elas correspondem a
1% a 2% do genoma total (GARDINER-GARDEN e FROMMER 1987;
ATTWOOD et al. 2002). Estima-se que exista no genoma humano,
aproximadamente 45 mil ilhas de CpGs e que essas seqüências estão
localizadas principalmente, nas regiões promotoras e nos primeiros exons de
cerca 60% dos genes (ANTEQUERA e BIRD 1993; NAKAO 2001). Em
células normais, estas regiões encontram-se protegidas da ação da
metilação, por mecanismos ainda não elucidados (ESTELLER 2005). Os
dinucleotídeos CpGs remanescentes que ocorrem fora das ilhas CpGs, são
amplamente metilados (ATTWOOD et al. 2002).
A metilação da citosina ocorre após a síntese de DNA através de uma
reação catalisada por uma família de enzimas denominada DNA
metiltransferase (DNMT). Essas enzimas transferem o grupo metil da S-
adenosil-metionina para o carbono 5 da citosina (Figura 5). Em mamíferos
foram identificados 3 subtipos de DNMT: DNMT1, DNMT3A e DNMT3B
(HERMAN e BAYLIN 2003; BESTOR 2000).
15
DNA Metiltransferase
+
S-Adenosil-metionina
5-metilcitosinacitosina
DNA Metiltransferase
+
S-Adenosil-metionina
5-metilcitosinacitosina
Figura 5 - Processo de metilação da base citosina através da DNA
metiltransferase
A DNMT1 constitui a principal enzima DNMT nos mamíferos e catalisa
a restauração dos sítios hemi-metilados, criados após a replicação semi-
conservativa do DNA (durante a meiose ou mitose), em sítios
completamente metilados, ou seja, é responsável pela manutenção do
padrão de metilação nas células-filhas (BESTOR 2000; HERMAN e BAYLIN
2003).
DNMT3A e DNMT3B parecem estar envolvidas no processo de
metilação de novos sítios, isto é da metilação de novo (BESTOR 2000;
HERMAN e BAYLIN 2003).
A metilação das ilhas CpG situadas na região promotora de certos
genes tem sido relacionada com seu silenciamento transcricional. De fato, já
foi demonstrada a importância fisiológica desse mecanismo no
desenvolvimento embrionário dos mamíferos, na proteção contra parasitas
intra-genômicos, na inativação de um dos cromossomos X em mulheres e no
imprinting genômico (SINGAL e GINDER 1999; ATTWOOD et al. 2002;
LAIRD 2003). Além disso, alterações patológicas no padrão normal de
16
metilação das citosinas estão possivelmente envolvidas no surgimento de
certas doenças mentais e na carcinogênese (LAIRD 2003; EGGER et al.
2004).
Existem três possíveis mecanismos pelos quais a metilação do DNA
pode levar ao silenciamento gênico, como ilustrado na Figura 6. O primeiro
mecanismo envolve a interferência direta das citosinas metiladas com a
ligação dos fatores de transcrição nos seus sítios de reconhecimento
específicos dentro da região promotora (6-b). Dentre os fatores de
transcrição que reconhecem seqüências CG e são sensíveis à metilação
estão AP-2, c-Myc/Myn, CREB, E2F e NF-kB. Outros fatores, entretanto, se
mostram resistentes à metilação, como por exemplo Sp1 e CTF. Portanto,
nestes casos, outra forma de silenciamento deve estar envolvida. Um
segundo mecanismo possível é através da alteração da estrutura
cromatínica para um estado mais condensado e inativo e, portanto,
inacessível aos fatores de transcrição (Figura 6-c). O terceiro mecanismo
proposto consiste na ligação de repressores transcricionais específicos
denominados methyl cytosine binding proteins 1 e 2 (MeCP) ao DNA
metilado e, com isso, impedindo a interação dos fatores de transcrição
(figuras 6-d e 6-e) (SINGAL e GINDER 1999).
MeCP 1 consiste em um grande complexo protéico que se liga a
múltiplos sítios CG metilados e impede a ligação dos fatores de transcrição e
da RNA polimerase II aos seus sítios de reconhecimento (Figura 6-d).
Células com deficiência de MeCP-1 demonstram repressão reduzida de
genes metilados. MeCP-2 é mais abundante do que o primeiro complexo e é
17
capaz de se ligar ao DNA contendo apenas um dinucleotídeo CG. Além
disso, MeCP-2 parece estar associado a um complexo co-repressor que
contém o repressor transcricional Sin3 e histona deacetilases. Assim, além
de impedir o acesso dos fatores de transcrição e a atividade da polimerase
II, MeCP-2, através de sua associação com histonas deacetilases, também
pode determinar uma alteração da estrutura da cromatina para um estado
inativo (figura 6-e) (SINGAL e GINDER 1999).
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
b) Repressão transcricional por inibição da ligação do fator de transcrição (FT)
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
b) Repressão transcricional por inibição da ligação do fator de transcrição (FT)
Polimerase II
FT
a) Transcrição ativa
Polimerase II
FT
a) Transcrição ativa
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
DNAse I
Cromatina condensada
c) Repressão transcricional por formação de cromatina estruturalmente inativa
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
DNAse I
Cromatina condensada
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
DNAse I
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
DNAse I
Cromatina condensada
c) Repressão transcricional por formação de cromatina estruturalmente inativa
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
MeCP-1
Polimerase II
d) Repressão transcricional por MeCP-1
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
MeCP-1
Polimerase II
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
MeCP-1
Polimerase II
d) Repressão transcricional por MeCP-1
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
Sin3
HDAC
Polimerase II
MeCP 2
e) Repressão transcricional através de MeCP-2
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
Sin3
HDAC
Polimerase II
MeCP 2
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
Sin3
HDAC
Polimerase II
MeCP 2
e) Repressão transcricional através de MeCP-2
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
b) Repressão transcricional por inibição da ligação do fator de transcrição (FT)
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
b) Repressão transcricional por inibição da ligação do fator de transcrição (FT)
Polimerase II
FT
a) Transcrição ativa
Polimerase II
FT
a) Transcrição ativa
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
DNAse I
Cromatina condensada
c) Repressão transcricional por formação de cromatina estruturalmente inativa
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
DNAse I
Cromatina condensada
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
DNAse I
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
DNAse I
Cromatina condensada
c) Repressão transcricional por formação de cromatina estruturalmente inativa
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
MeCP-1
Polimerase II
d) Repressão transcricional por MeCP-1
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
MeCP-1
Polimerase II
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
MeCP-1
Polimerase II
d) Repressão transcricional por MeCP-1
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
Sin3
HDAC
Polimerase II
MeCP 2
e) Repressão transcricional através de MeCP-2
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
Sin3
HDAC
Polimerase II
MeCP 2
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
Sin3
HDAC
Polimerase II
MeCP 2
e) Repressão transcricional através de MeCP-2
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
b) Repressão transcricional por inibição da ligação do fator de transcrição (FT)
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
b) Repressão transcricional por inibição da ligação do fator de transcrição (FT)
Polimerase II
FT
a) Transcrição ativa
Polimerase II
FT
a) Transcrição ativa
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
DNAse I
Cromatina condensada
c) Repressão transcricional por formação de cromatina estruturalmente inativa
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
DNAse I
Cromatina condensada
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
DNAse I
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
DNAse I
Cromatina condensada
c) Repressão transcricional por formação de cromatina estruturalmente inativa
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
MeCP-1
Polimerase II
d) Repressão transcricional por MeCP-1
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
MeCP-1
Polimerase II
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
MeCP-1
Polimerase II
d) Repressão transcricional por MeCP-1
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
Sin3
HDAC
Polimerase II
MeCP 2
e) Repressão transcricional através de MeCP-2
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
Sin3
HDAC
Polimerase II
MeCP 2
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
FT
Sin3
HDAC
Polimerase II
MeCP 2
e) Repressão transcricional através de MeCP-2
Legenda: a) Representação da região 5´de um gene com ilha CpG não metilada – os sítios
de ligação específica dos fatores de transcrição e da RNA polimerase II estão livres e,
portanto, a transcrição pode ocorrer (seta azul). b) Na presença de metilação das ilhas CpG
(CH
3
) os sítios de ligação dos fatores de transcrição (FT) ficam bloqueados e a transcrição é
impedida. c) Em um segundo mecanismo possível, a metilação do DNA induz uma
conformação condensada da cromatina, impedindo, portanto, a ligação dos fatores de
transcrição ao DNA. Esse mecanismo foi deduzido através de experimentos de
sensibilidade e resistência de cromossomos à DNAse I. d) Um terceiro mecanismo proposto
é através de recrutamento pelo DNA metilado da MeCP-1 ou MeCP-2 (e).
Fonte: Adaptada de SINGAL e GINDER (1999).
Figura 6 – Possíveis Mecanismos de Silenciamento Gênico através da
Metilação do DNA.
18
1.5 METILAÇÃO DO DNA E CÂNCER
Basicamente dois tipos de alterações do padrão de metilação do DNA
podem estar presentes em células neoplásicas. De fato, como ilustra a
Figura 7, quase todos os tipos de câncer apresentam tanto perda de
metilação em regiões pobres em dinucleotídeos CG, que deveriam estar
metilados (hipometilação do DNA), quanto ganhos de metilação em ilhas
CpG localizadas em regiões promotoras de genes (hipermetilação ou
metilação aberrante) (SINGAL e GINDER 1999; HERMAN e BAYLIN 2003).
CG MetiladoCG Não-metilado
Exon
CG MetiladoCG Não-metilado
Exon
1 2 3
Transcrição
1 2 3
Transcrição
1 2 3
Transcrição
1 2 3
Silenciamento
1 2 3
Silenciamento
1 2 3
Silenciamento
Normal
Câncer
Região
Promotora
CG MetiladoCG Não-metilado
Exon
CG MetiladoCG Não-metilado
Exon
1 2 3
Transcrição
1 2 3
Transcrição
1 2 3
Transcrição
1 2 3
Silenciamento
1 2 3
Silenciamento
1 2 3
Silenciamento
Normal
Câncer
CG MetiladoCG Não-metilado
Exon
CG MetiladoCG Não-metilado
Exon
1 2 3
Transcrição
1 2 3
Transcrição
1 2 3
Transcrição
1 2 3
Silenciamento
1 2 3
Silenciamento
1 2 3
Silenciamento
Normal
Câncer
Região
Promotora
Região
Promotora
Legenda: A figura esquematiza um suposto gene com 3 exons. A porção 5´ do gene
(quadro vermelho) apresenta alta concentração de dinucleotídeos CG (ilha CpG) que, em
condições normais, encontram-se não-metilados. Em células neoplásicas, entretanto, é
freqüente o achado de metilação nesses dinucleotídeos. Fora da região promotora (quadro
verde), cuja concentração de dinucleotídeos CG é menor do que a esperada, geralmente o
que se encontra é uma hipometilação desses resíduos em células provenientes de câncer.
Fonte: Adaptado de HERMAN e BAYLIN (2003)
Figura 7 - Comparação entre os padrões de metilação dos dinucleotídeos
CG em células normais e neoplásicas.
19
É possível que a hipometilação do DNA esteja envolvida com a
carcinogênese através da reversão do silenciamento transcricional de certas
regiões normalmente inativadas do genoma como, por exemplo, genes virais
inseridos, seqüências repetitivas e genes reprimidos pelo imprinting
genômico. Estudos em camundongos, nos quais se induz a perda de
metilação do DNA, demonstram uma freqüência aumentada de linfomas
tímicos, possivelmente devido ao aumento da instabilidade genética
(HERMAN e BAYLIN 2003).
Além disso, a perda de metilação poderia afetar a interação da fita de
DNA com outras estruturas nucleares, causando, desta forma, instabilidade
cromossômica funcional em células neoplásicas. Sabe-se, por exemplo, que
regiões pericentroméricas dos cromossomos são dependentes do nível de
metilação do DNA para que o fuso mitótico se ancore e, assim, a replicação
do DNA transcorra normalmente. Pacientes portadores da síndrome
imunodeficiência-instabilidade centromérica, associada com mutações
germinativas no gene da DNMT3B, apresentam alterações estruturais
evidentes em regiões pericentroméricas de certos cromossomos. Algumas
das alterações nessas regiões parecem estar presentes também em células
neoplásicas (SINGAL e GINDER 1999; HERMAN e BAYLIN 2003).
A inativação de genes supressores de tumor pode se dar tanto por
eventos mutacionais, como também pela hipermetilação de ilhas CpG
eventualmente presentes nas regiões promotoras desses genes. Seguindo a
hipótese de Knudson, a ruptura da função de um gene supressor de tumor
necessita da perda completa dos dois alelos codificantes. Quando causado
20
exclusivamente por alterações genéticas o primeiro evento mutacional em
um dos alelos pode se dar tanto na linhagem germinativa (nos casos de
câncer familiar), como em células somáticas (câncer esporádico). O segundo
evento geralmente ocorre devido a perdas cromossômicas somáticas em
regiões que contêm a sequência codificante do gene em questão, ou seja,
quando ocorre perda de heterozigose (LOH, da sigla em inglês) (SINGAL e
GINDER 1999; HERMAN e BAYLIN 2003).
A hipermetilação aberrante da região promotora pode ter o mesmo
efeito de uma mutação em região codificante em um dos alelos de
determinado gene, funcionando como o primeiro hit da hipótese de Knudson.
Normalmente a LOH atua com segundo hit associado. No câncer hereditário,
modificações epigenéticas não parecem atuar como primeiro hit, mas podem
causar o segundo, enquanto que no câncer esporádico não é rara a
observação de hipermetilação em ambas as cópias do gene) (SINGAL E
GINDER 1999; HERMAN e BAYLIN 2003).
De fato, observa-se que a quantidade de genes relacionados ao
câncer afetados por inativação epigenética é igual ou maior ao número de
genes inativados por mutação (LAIRD 2003).
1.6 METILAÇÃO EM HEPATOBLASTOMA
Até o momento, poucos estudos avaliaram a contribuição da
metilação aberrante do DNA na carcinogenese do hepatoblatoma. NAGAI et
al. (2003), verificaram que ilhas CpG localizadas na região promotora do
21
gene SOCS1 encontravam-se hipermetiladas em 7 de 15 casos de
hepatoblastomas avaliados, à semelhança do que ocorre em casos de
carcinoma hepatocelular, próprio de adultos. De fato, grande parte dos
estudos de metilação em tumores hepáticos estão relacionados aos
hepatocarcinomas que, apesar de também terem origem epitelial, como o
hepatoblastoma, acometem, geralmente, crianças de maior faixa etária
(maiores de 10 anos). HARADA et al. (2002), estudando a presença de
metilação aberrante na região promotora de RASSF1A em tumores
pediátricos e linhagens celulares, observaram presença da alteração em
19% dos casos de hepatoblastoma analisados. FUKUZAWA et al. (1999)
demonstraram que a perda de expressão do gene H19 em hepatoblastoma
estava relacionada ao imprinting do alelo paterno e a hipermetilação da
região promotora do alelo materno. Em outro estudo, a análise da frequência
de hipermetilação do gene CDKN2A em 24 casos de hepatoblastoma
demonstrou que 50% dos casos apresentavam a alteração na região
promotora deste gene. sendo que, dos 12 tumores que se mostraram
metilados, 8 apresentaram completa ausência de imunorreatividade para
proteína CDKN2A ao exame imunohistoquímico, demonstrando a
associação entre a hipermetilação do DNA e a inativação do gene (SHIM et
al. 2003).
Assim, apesar dos estudos citogenéticos e moleculares relatarem a
existência de alterações não randômicas relacionadas a esta neoplasia,
nenhuma destas é consistente o suficiente para explicar a gênese deste
tumor em sua maioria.
22
O fato de, provavelmente, a gênese do hepatoblastoma estar ligada a
eventos ocorridos durante a embriogênese hepática e o conhecimento de
que o mecanismo de metilação do DNA exerce fundamental importância na
organogênese podem favorecer a hipótese de que este processo esteja
também envolvido na tumorigênese dessa neoplasia.
A hipótese desse estudo baseia-se nos achados prévios em outros
tumores que evidenciaram a associação tanto entre a hipermetilação da
região promotora de certos genes e a gênese da doença, quanto ao seu
prognóstico. Além disso, alguns autores sugerem que a metilação do DNA
pode estar envolvida também na origem e progressão do hepatoblastoma (LI
et al. 1998; SUGAWARA et al. 2006)
Reforça essa hipótese o fato de que um dos únicos estudos com
tecnologia em larga escala relacionados com expressão gênica em
hepatoblastoma demonstrou que a maioria dos genes diferencialmente
expressos no tumor estavam hipoexpressos, ao contrário do que se poderia,
teoricamente, imaginar, uma vez que a maior parte das alterações
citogenéticas associadas são, de fato, amplificações. Esperar-se-ia, assim,
uma maior frequência de genes hiperexpressos. É possível, portanto, que a
metilação seja um mecanismo atuante na gênese dessa hipoexpressão.
23
2 OBJETIVOS
2.1 OBJETIVO GERAL
O presente estudo visou avaliar a hipermetilação das regiões
promotoras de uma painel de 25 genes em amostras tumorais de
hepatoblastoma, incluídas em parafina, colhidas de pacientes submetidos a
tratamento cirúrgico pelo Departamento de Pediatria do Hospital do Câncer
A.C. Camargo, com objetivo de verificar a utilidade da determinação do perfil
de metilação destes genes como marcadores moleculares para este tipo
tumoral.
2.2 OBJETIVOS ESPECÍFICOS
1. Determinar a freqüência de hipermetilação da região promotora dos
genes AIM1, APC, CALCA, CCNA1, CCND2, CDH1, COX2 (PTGS2),
DAPK, ESR1, GSTP1, MGMT, MINT31, MLH1, P14 ARF, CDKN2B,
CDKN2A, RARB, RASSF1A, RB1, SOCS1, THBS1, TIMP3, MT1G,
SFRP1, HIN1(SCGB3A1) em amostras tumorais de pacientes
submetidos a tratamento cirúrgico de hepatoblastoma e em amostras
de tecido hepático normal.
24
2. Correlacionar a presença de hipermetilação com características
clínicas e patológicas dos pacientes.
25
3 MATERIAL E MÉTODOS
3.1 CASUÍSTICA
Foi feito levantamento de todos os pacientes com diagnóstico de
hepatoblastoma atendidos no Hospital do Câncer A. C. Camargo do período
de 1984-2005. A partir desse levantamento foram selecionadas amostras de
tecido tumoral parafinado do arquivo de anatomia patológica do hospital,
respeitando-se os seguintes critérios:
a) diagnóstico revisado e confirmado de hepatoblastoma por patologista
da instituição;
b) disponibilidade de tecido tumoral viável no bloco de parafina;
c) tratamento realizado na instituição;
d) disponibilidade de dados clínicos em prontuário.
Os dados clínicos dos pacientes foram extraídos dos prontuários
arquivados no Serviço de Arquivo Médico (SAME) do hospital e anotados em
ficha anátomo-clínica, que abordava aspectos epidemiológicos, clínico-
semiológicos, propedêuticos e patológicos assim definidos:
1. Epidemiológicos: idade, gênero e raça;
2. Clínico-semiológicos: sintomas ao diagnóstico, tempo de início dos
sintomas, síndrome hereditárias associadas, história de
26
prematuridade, história de baixo peso ao nascimento, estadiamento
SIOPEL, presença e sítios de metástases ao diagnóstico, medidas
tumorais iniciais e pós-quimioterapia estimados por tomografia
computadorizada, nível de alfa-fetoproteína ao diagnóstico e após
quimioterapia, presença e sítio de recaída, status atual do paciente e
data do último seguimento;
3. Propedêuticos: tempo de tratamento, tratamento inicial proposto,
quimioterápicos utilizados no tratamento, tipo de cirurgia realizada,
grau de ressecabilidade, necessidade de transplante hepático,
abordagem cirúrgica de metástases;
4. Patológicos: tipo histológico, comprometimento linfonodal ou de
margens cirúrgicas.
Através de uma colaboração com a Santa Casa de Misericórdia de
São Paulo também foram incluidas no estudo 5 amostras parafinadas de
fígado fetal normal provenientes de produtos de abortamentos.
A pesquisa foi aprovada pelo Comitê de Ética em Pesquisa (CEP) em
06/02/2006 e está cadastrada no Sistema Nacional de Informações Sobre
Ética em Pesquisa (SISNEP) sob o número 1344.0.022.000-06.
3.2 DISSECÇÃO MANUAL
Após a confirmação do diagnóstico de hepatoblastoma por patologista
da instituição, uma lâmina corada com hematoxilina e eosina (HE) foi
27
demarcada para delineamento das áreas que apresentavam maior
representatividade tumoral.
Os cortes do bloco de parafina correspondentes a cada lâmina de HE
foram confeccionados com auxílio de micrótomo e dispostos em lâmina de
vidro para microscopia. Cada corte possuía espessura de 10μm.
As lâminas coradas com HE foram sobrepostas às lâminas que
continham o fragmento de parafina não corado, permitindo a visualização da
área tumoral e, conseqüentemente, a sua dissecção. Foram raspadas áreas
correspondentes ao tumor de 10 cortes de cada caso incluído no estudo.
Os tecidos hepáticos normais foram dissecados da mesma forma.
3.3 EXTRAÇÃO DE DNA
Para extração do DNA dos tecidos dissecados foi utilizado kit de
extração QIAmp DNA Mini Kit (QIAGen) conforme instruções do fabricante.
Basicamente, o material raspado foi desparafinizado com xileno 100%
por 30 minutos a 42
o
C e lavado com etanol 100% duas vezes. Após retirada
do etanol 100% a amostra foi incubada a 50
o
C com proteinase K e tampão
ATL (fornecidos no kit) até completa digestão do tecido (12-24h). Após
incubação em tampão AL, a solução digerida foi transferida para coluna de
purificação (QIAGen) e submetida a duas lavagens seqüenciais com
soluções AW1 e AW2. O DNA purificado foi então eluído da coluna em 50μL
de água.
28
3.4 QUANTIFICAÇÃO DO DNA E CONTROLE DE QUALIDADE
Um microlitro de solução de DNA extraído foi utilizado para
quantificação por espectrofotometria (Nanodrop® ND-1000) com leitura de
absorbância a 260nm.
A quantidade estimada de 30ng foi utilizada para realização de PCR
convencional com primers para a amplificação de um fragmento de 133
pares de base (bp) do gene ACTB (Tabela 1).
Tabela 1 - Seqüência dos primers forward e reverse para amplificação do
fragmento de 133bp do gene ACTB.
Primer Seqüência
Forward 5´ – TGGTGATGGAGGAGGCTCAGCAAGT – 3´
Reverse 5´ - AGCCAATGGGACCTGCTCCTCCCTTGA – 3´
As condições utilizadas nesta reação de PCR foram: 1,5mM de
MgCl
2
, 0,2mM de dNTPs, 0,4μM de cada primer, 1X tampão de PCR, 1U de
Taq DNA Polymerase (Invitrogen) e 30ng de DNA em um volume final de
reação de 25µL. O programa de PCR utilizado foi: 95
o
C por 2 minutos; 40
ciclos de 95
o
C por 30 segundos, 66
o
C por 45 segundos e 72
o
C por 45
segundos; por último um passo de 72
o
C por 7 minutos. Para visualização
dos produtos amplificados, as amostras foram resolvidas em gel de
poliacrilamida 8% e coradas com nitrato de prata (SANGUINETTI et al.
1994).
29
3.5 TRATAMENTO COM BISSULFITO DE SÓDIO
O tratamento com bissulfito de sódio foi baseado no método descrito
por EADS e LAIRD (2002), porém foi adaptado com o intuito de diminuir a
degradação do DNA durante a exposição ao bissulfito de sódio.
Essencialmente, a técnica consiste em uma etapa inicial de
desnaturação em que 2µg de DNA são incubados a 50
o
C por 30 minutos em
uma solução contendo NaOH 0,3M e Hering DNA (250mg/ml). Em seguida o
DNA desnaturado é submetido a um processo de sulfonação reversível e
deaminação através da incubação a 70
o
C por 3 horas em uma solução de
bissulfito de sódio contendo metabissulfito de sódio 2,7M (Sigma-Aldrich),
hidroquinona 135mM (Sigma-Aldrich) e NaOH 378mM (pH final=5,0),
protegido da luz.
Posteriormente, o DNA foi purificado com sistema Wizard DNA Clean-
Up (Promega), conforme instrução do fabricante, e eluído em 45μL de água.
O material, então, foi dessulfonado, através da incubação em solução
contendo NaOH 0,3M por 10 minutos a temperatura ambiente. Finalmente, o
DNA foi precipitado com etanol 100% e acetato de amônia 5M e incubação a
-20
o
C durante a noite, seguido de centrifugação a 14000rpm por 30 minutos
e lavagem com etanol 70%. No final, o DNA foi ressuspendido em 110μL de
água e estocado a -70°C até o uso.
30
3.6 VERIFICAÇÃO DA QUALIDADE DO DNA APÓS O
TRATAMENTO COM BISSULFITO DE SÓDIO
Para verificar a eficiência do tratamento com bissulfito de sódio, 1µL
de DNA tratado foi utilizado em uma reação de PCR com primers
complementares a um segmento de 133bp do gene da ACTB após a
conversão pelo bissulfito (Tabela 2). O segmento de DNA ao qual esse par
de primers é complementar não contém dinucleotídeos CGs e, portanto,
permite a amplificação de todo DNA modificado pelo bissulfito de sódio,
independente do estado de metilação.
Tabela 2 – Seqüência dos primers forward e reverse para amplificação do
fragmento de 133bp do gene ACTB após tratamento do DNA com bisulfito
de sódio.
Primer Seqüência
Forward 5´ – TGGTGATGGAGGAGGTTTAGTAAGT – 3´
Reverse 5´ - AACCAATAAAACCTACTCCTCCCTTAA – 3´
As condições utilizadas nesta reação de PCR foram: 1,5mM de
MgCl
2
, 0,2mM de dNTPs, 0,4μM de cada primer, 1X tampão de PCR, 1U de
Taq DNA Polymerase (Invitrogen) e 30ng de DNA em um volume final de
reação de 25µL. O programa de PCR utilizado foi: 95
o
C por 2 minutos; 40
ciclos de 95
o
C por 30 segundos, 60
o
C por 45 segundos e 72
o
C por 45
segundos; e um passo final de 72
o
C por 7 minutos. Para visualização dos
produtos amplificados, as amostras foram resolvidas em gel de
31
poliacrilamida 8% e coradas com nitrato de prata (SANGUINETTI et al.
1994).
3.7 METHYLATION-SPECIFIC PCR QUANTITATIVA (MSP-Q)
As reações de MSP quantitativa (MSP-Q - Quantitative Methylation
Specific PCR) foram realizadas conforme descrição de EADS et al. (2000).
As concentrações finais dos reagentes utilizados nas reações de
MSP-Q foram: 1X tampão de reação (16,6mM de sulfato de amônio, 67mM
de Tris-HCl pH 8,0, 6,7mM de MgCl
2
, 10mM de Mercaptoetanol, 0,1% de
DMSO), 0,2mM de dNTP (Invitrogen), 1,2μM de cada primer (direto e
reverso), 1X Rox dye (Invitrogen), 0,2μM de sonda TaqMan, 0,6U DNA
polimerase Taq Platinum (Invitrogen) e 3μL de DNA tratado com bissulfito,
em volume final de reação de 20μL. Para o gene CDKN2A a concentração
final de MgCl
2
utilizada no tampão de reação foi de 2,5mM. As condições de
reação foram: 95
o
C por 10 minutos, seguidos por 45 ciclos de 95
o
C por 15
segundos e 60
o
C por 1 minuto.
Todas as reações foram feitas em triplicatas e em placas de 96-wells,
utilizando-se o aparelho SDS 7500 (Applied Biosystems).
As amostras foram consideradas metiladas quando houve
amplificação de pelo menos duas amostras das triplicatas. A ausência de
amplificação ou amplificação de apenas uma das triplicatas indicava
amostras não metiladas. O Quadro 3 mostra as seqüências de primers e
sondas utilizados no estudo.
32
Para que seja determinada a quantidade de DNA metilado em uma
dada amostra é necessária a construção de uma curva padrão construída a
partir de diluições seriadas de um DNA sabidamente metilado para o gene
em questão. Essa curva foi confeccionada a partir de DNA de linfócito
humano de indivíduos sadios metilado in vitro pela ação da enzima SssI
CpG-Metilase (New England Biolabs) conforme instruções do fabricante e,
posteriormente, tratado com bissulfito de sódio. Espera-se, portanto, que
para todos os genes estudados estejam 100% metilados neste DNA
metilado in vitro. Seis diluições seriadas (1, 10
-1
, 10
-2
, 10
-3
, 10
-4
, 10
-5
) foram
feitas, partindo-se de uma concentração inicial estimada por
espectrofotometria de 30ng/μL, sendo que, para cada gene estudado foi
utilizada uma curva de diluição na mesma placa de reação.
A eficiência das reações foi calculada a partir do valor da medida de
inclinação da reta obtida pela regressão linear descrita acima (slope) através
da fórmula:
Eficiência = (10
-1/slope
)-1
Uma vez que as quantidades de DNA, que são inicialmente
adicionadas em cada tubo de reação, não são iguais é necessária a
normalização das mesmas para que as quantificações sejam comparáveis
entre si. Assim, a quantificação do gene alvo foi dividida pela quantificação
do gene ACTB, cujos primers e sonda foram desenhados para cobrir uma
região com ausência de CGs. Uma vez que a amplificação deste fragmento
33
independe do estado de metilação das citosinas, sua quantificação refletirá a
quantidade total de DNA tratado presente na reação. Desta forma, obtém-se
uma razão entre o número de cópias metiladas do gene alvo na amostra
pelo número máximo de cópias presentes na reação (número de cópias do
gene ACTB).
Sabe-se, entretanto, que existem variações de eficiência de reação
tanto quando comparados dois conjuntos de primers e sondas para genes
diferentes, quanto entre reações realizadas em momentos e placas
diferentes. Assim, para minimizar esse tipo de viés, a razão anterior foi
dividida pela razão entre o número de cópias metiladas do gene alvo em
uma amostra referência e o número de cópias do gene ACTB na mesma
amostra referência, conforme a fórmula a seguir, cujo resultado foi
denominado PMR (Percentual of Methylated Reference):
A amostra referência utilizada foi o mesmo DNA tratado com SssI
CpG-metilase e bissulfito de sódio utilizada para confecção da curva de
diluição e estava presente em todas as placas analisadas.
34
3.8 METILAÇÃO IN VITRO DE DNA DE LINFÓCITOS
Dez mililitros de sangue periférico de indivíduos saudáveis foram
submetidos a centrifugação por 10 minutos a 1.500 RPM para separação do
soro e da porção celular. À porção celular foram adicionados 10mL de TE
(10mM Tris-HCl pH8,0 e 1mM EDTA pH 8,0) para lise das hemácias. Após
centrifugação a 1.500 RPM por 5 minutos, o sobrenadante foi descartado e a
amostra foi submetida à nova lavagem com 10mL de TE. Novamente o
sobrenadante foi descartado e o pellet de linfócitos foi ressuspenso em 1mL
de TE. Os linfócitos foram transferidos para tubo de 1,5mL e submetidos à
centrifugação por 1 minuto a 13.000 RPM. O sobrenadante foi descartado e
o pellet de linfócitos armazenado a -70
o
C até o uso.
Para a obtenção do DNA foi utilizado o protocolo de digestão com
Proteinase K e extração do DNA com fenol-clorofórmio.
A metilação in vitro do DNA de linfócitos foi realizada através da ação
da enzima SssI CpG Methylase (New England Biolabs), segundo instruções
do fabricante. Resumidamente, 20µg de DNA de linfócitos foram misturados
a 0,032mM de SAM (S-adenosilmetionina) e 25 unidades da enzima SssI,
em um volume final de reação de 250µL. A reação foi incubada por 4 horas
a 37
o
C. Em seguida, foi adicionado mais 0,064mM de SAM e 12,5 unidades
da SssI. Após nova incubação de 4 horas a 37
o
C, as amostras foram
submetidas a extração com fenol-clorofórmio e precipitação com etanol. O
pellet de DNA metilado in vitro foi ressuspenso em 15µL de água e estocado
a -20
o
C.
35
Vinte microgramas do DNA metilado in vitro (10 alíquotas de 2µg)
foram submetidas ao tratamento com bissulfito de sódio conforme descrito
anteriormente. No final todas as alíquotas foram ressuspensas em um
volume final de 50µL de água, quantificadas em espectrofotômetro e diluídas
para uma concentração de 30ng/µL.
O DNA de linfócitos metilado in vitro e tratado com bissulfito de sódio
foi empregado como controle positivo e na construção das curvas padrão
nas reações de MSP-Q.
3.9 ANÁLISE ESTATÍSTICA
As medidas de dispersão e de tendência central foram avaliadas com
o auxílio do programa SPSS 10.0. A significância estatística das diferenças
entre as variáveis categóricas foi avaliada através do teste do qui-quadrado
ou teste exato de Fisher. Comparação das variáveis contínuas entre os
grupos estudados foi realizada através do teste T-student. A sobrevida
global foi estimada a partir do primeiro dia de tratamento até a data da morte
ou do último seguimento. As sobrevidas globais dos grupos de pacientes
estudados, bem como a estimativa da influência do estado de metilação
(variável categórica) nas mesmas, foram avaliadas pelo método de Kaplan-
Meier e comparadas através do teste de log-rank. A influência do nível de
metilação (variável contínua) na sobrevida global dos pacientes foi avaliada
através do modelo de regressão de Cox. Para todos os testes estatísticos foi
considerada significância estatística quando p < 0,05.
36
Quadro 3 – Sequência de primers e sondas dos genes avaliados no estudo.
Gene Forward 5´-3´ Probe 6FAM 5´-3´TAMRA Reverse 5´-3´ Genbank # Referência
ACTB TGGTGATGGAGGAGGTTTAGTAAGT ACCACCACCCAACACACAATAACAAACACA AACCAATAAAACCTACTCCTCCCTTAA NM_001101 Eads et al. (2001) Cancer Res 61:3410–8
AIM1 CGCGGGTATTGGATGTTAGT GGGAGCGTTGCGGATTATTCGTAG CCGACCCACCTATACGAAAA NM_001624 The Johns Hopkins University (Lab. Dr. Sidransky)
APC GAACCAAAACGCTCCCCAT CCCGTCGAAAACCCGCCGATTA TTATATGTCGGTTACGTGCGTTTATAT NM_000038 Eads et al. (2001) Cancer Res 61:3410–8
CALCA GTTTTGGAAGTATGAGGGTGACG ATTCCGCCAATACACAACAACCAATAAACG TTCCCGCCGCTATAAATCG NM_001741.1 Eads et al. (2001) Cancer Res 61:3410–8
CCNA1 (CYCLIN A1) TCGCGGCGAGTTTATTCG CGTTATGGCGATGCGGTTTCGG CCGACCGCGACAAACG NM_003914 The Johns Hopkins University (Lab. Dr. Sidransky)
CCND2 (CYCLIN D2) TTTGATTTAAGGATGCGTTAGAGTACG AATCCGCCAACACGATCGACCCTA ACTTTCTCCCTAAAAACCGACTACG NM_001759 Lehmann et al. (2002) Am J Pathol 160:605-612
CDH1 AATTTTAGGTTAGAGGGTTATCGCGT CGCCCACCCGACCTCGCAT TCCCCAAAACGAAACTAACGAC NM_004360 Eads et al. (2001) Cancer Res 61:3410–9
COX2 (PTGS2) CGGAAGCGTTCGGGTAAAG TTTCCGCCAAATATCTTTTCTTCTTCGCA AATTCCACCGCCCCAAAC NM_000963 Eads et al. (2001) Cancer Res 61:3410–8
DAPK GGATAGTCGGATCGAGTTAACGTC TTCGGTAATTCGTAGCGGTAGGGTTTGG CCCTCCCAAACGCCGA NM_004938 Harden et al. (2003) Clinical Cancer Res 9:1370-1375
ESR1 GGCGTTCGTTTTGGGATTG CGATAAAACCGAACGACCCGACGA GCCGACACGCGAACTCTAA NM_000125 Eads et al. (2001) Cancer Res 61:3410–8
GSTP1 AGTTGCGCGGCGATTTC CGGTCGACGTTCGGGGTGTAGCG GCCCCAATACTAAATCACGACG NM_000852 Jeronimo et al. (2001) J Nat Cancer Inst 93:1747-1752
MGMT CGAATATACTAAAACAACCCGCG AATCCTCGCGATACGCACCGTTTACG GTATTTTTTCGGGAGCGAGGC NM_002412 Harden et al. (2003) Clinical Cancer Res 9:1370-1375
MINT31 GAGTGATTTATTAGGTTTCGTC ACGCCGAAAAACACTTCCCCAAC CGAAAACGAAACGCCGCGA The Johns Hopkins University (Lab. Dr. Sidransky)
MLH1 CGTTATATATCGTTCGTAGTATTCGTGTTT CGCGACGTCAAACGCCACTACG CTATCGCCGCCTCATCGT NM_000249 Eads et al. (2001) Cancer Res 61:3410–8
P14 (ARF) ACGGGCGTTTTCGGTAGTT CGACTCTAAACCCTACGCACGCGAAA CCGAACCTCCAAAATCTCGA NM_000077 Eads et al. (2001) Cancer Res 61:3410–8
P15/CDKN2B AGGAAGGAGAGAGTGCGTCG TTAACGACACTCTTCCCTTCTTTCCCACG CGAATAATCCACCGTTAACCG NM_004936 Eads et al. (2001) Cancer Res 61:3410–8
P16/CDKN2A TTATTAGAGGGTGGGGCGGATCGC AGTAGTATGGAGTCGGCGGCGGG GACCCCGAACCGCGACCGTAA NM_000077 Harden et al. (2003) Clinical Cancer Res 9:1370-1375
RARB GGGATTAGAATTTTTTATGCGAGTTGT TGTCGAGAACGCGAGCGATTCG TACCCCGACGATACCCAAAC NM_000965 Hoque et al. (2005) J Clin Endocrinol Metab 90:4011-18
RASSF1A GCGTTGAAGTCGGGGTTC ACAAACGCGAACCGAACGAAACCA CCCGTACTTCGCTAACTTTAAACG NM_007182 Lehmann et al. (2002) Am J Pathol 160:605-612
RB1 TTAGTTCGCGTATCGATTAGCG TCACGTCCGCGAAACTCCCGA ACTAAACGCCGCGTCCAA NM_000321 Eads et al. (2001) Cancer Res 61:3410–8
SOCS-1 GCGTCGAGTTCGTGGGTATTT ACAATTCCGCTAACGACTATCGCGCA CCGAAACCATCTTCACGCTAA NM_003745 Müller et al. (2003) Cancer Res 7641-7645
THBS1 CGACGCACCAACCTACCG ACGCCGCGCTCACCTCCCT GTTTTGAGTTGGTTTTACGTTCGTT NM_003246 Eads et al. (2001) Cancer Res 61:3410–8
TIMP3 GCGTCGGAGGTTAAGGTTGTT AACTCGCTCGCCCGCCGAA CTCTCCAAAATTACCGTACGCG NM_000362 Eads et al. (2001) Cancer Res 61:3410–8
MT1G CGTTTAAGGGATTTTGTATTTGGTTTAT CGCGATCCCGACCTAAACTATACGCA CCGCTAAATCCGCACCG NM_005950 Weisenberger et al. (2006) Nature Genet 38(7):787-93
SFRP1 GAATTCGTTCGCGAGGGA CCGTCACCGACGCGAAAACCAAT AAACGAACCGCACTCGTTACC NM_003012 Weisenberger et al. (2006) Nature Genet 38(7):787-94
HIN1 (SCGB3A1) TAGGGAAGGGGGTACGGGTTT ACTTCCTACTACGACCGACGAACC CGCTCACGACCGTACCCTAA NM_052863 Fackler et al. (2004) Cancer Res. 64(13):4442-52
37
4 RESULTADOS
4.1 CARACTERIZAÇÃO CLÍNICA DA POPULAÇÃO
Foram inicialmente identificados 35 casos com diagnóstico confirmado
de hepatoblastoma no arquivo médico do Hospital do Câncer A. C. Camargo
no período de 1984-2005. Entretanto, de 5 destes não havia bloco de
parafina disponível para estudo (apenas lâmina para diagnóstico) e em
outros 6 casos o material emblocado era constituído apenas por tecido
necrosado. Portanto, os 24 casos que apresentavam tecido tumoral viável no
bloco de parafina foram incluídos no estudo, os dados de prontuário foram
coletados para análise clínica e foi realizada revisão anátomo-patológica dos
blocos.
Embora de todas os casos tenha sido obtido DNA de boa qualidade,
de 4 amostras não foi possível amplificação de DNA após o tratamento com
bissulfito de sódio. Portanto, 20 casos prosseguiram no estudo, sendo
obtidos tanto os dados clínicos quanto moleculares destes pacientes. Para
se detectar eventuais viéses de seleção da amostra, a população total de 35
pacientes com diagnóstico de hepatoblastoma confirmado à revisão
anátomo-patológica foi comparada com a população selecionada de 20
pacientes efetivamente analisados no estudo. Esta análise demonstrou que,
a população selecionada não parece diferir estatisticamente da população
total quando consideradas as variáveis categóricas (gênero, raça,
38
estadiamento SIOPEL e presença de metástases ao diagnóstico) (Tabela 3)
e não-categóricas (idade, nível de alfa-fetoproteína ao diagnóstico e tempo
de seguimento) (Tabela 4). A sobrevida global em 5 anos nos dois grupos
não foi estatisticamente diferente (74,67% e 77,01%, respectivamente)
(Figura 8). Dessa forma, a amostra selecionada de pacientes foi considerada
representativa do total de pacientes tratados no hospital.
Tabela 3 - Comparação das variáveis categóricas pesquisadas entre a
amostra total de 35 pacientes e a amostra selecionada de 20 pacientes.
População Total
População
Selecionada
Característica
No. % No. %
p-valor*
Total de pacientes 35 20
Gênero
Masculino 24 68,6 13 65
Feminino 11 31,4 7 35
0,507
Raça
Branca 25 71,4 16 80
Parda 7 20 2 10 0,628
Negra 3 8,6 2 10
PRETEXT SIOPEL
I e II 7 20 3 15
III e IV 28 80 17 85
0,470
Metástase ao diagnóstico
Não 28 80 14 70
Sim 7 20 6 30
0,301
Histologia
Fetal 28 90,3 17 85
Não-fetal 3 9,7 3 15
0,438
* Utilizado teste do qui-quadrado
39
Tabela 4 - Comparação das variáveis contínuas pesquisadas entre a
amostra total de 35 pacientes e a amostra selecionada de 20 pacientes.
População Total
(n=35)
População
Selecionada
(n=20)
Característica
Média DP Média DP
p-valor*
Idade (meses) 21,85 21,17 23,88 21,17 0,732
Alfa-fetoproteína ao
diagnóstico
529.566 2.016.396 823.056 678.189 0,568
Tempo de seguimento
(meses)
80,67 65,78 65,30 52,50 0,375
* Utilizado teste t-student para comparação entre médias
P=0,719
Meses
847260483624120
Sobrevida
1.0
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
0.0
Selecionado (n=20)
Total (n=35)
SG 5 anos=77,04%
SG 5 anos=74,67%
P=0,719
Meses
847260483624120
Sobrevida
1.0
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
0.0
Selecionado (n=20)
Total (n=35)
SG 5 anos=77,04%
SG 5 anos=74,67%
Figura 8 – Gráfico de comparação entre as sobrevidas globais em 5 anos no
total de pacientes com hepatoblastoma (n=35) e a população selecionada
para o estudo molecular (n=20).
A idade dos pacientes ao diagnóstico variou de 0,36 a 83,68 meses,
com média de 23,89 meses. Crianças do gênero masculino (65%) e brancas
(80%) foram mais acometidas. O síntoma mais freqüentemente relatado foi
tumor palpável em abdome (50%), seguido de aumento do volume
abdominal em 30% (dados não mostrados). O tempo de início dos sintomas
variou 0-12 meses com média de 3 meses. Dos 20 pacientes, 2 (10%)
40
apresentavam síndromes genéticas (1 neurofibromatose e 1 hemi-hipertrofia
isolada), nenhum tinha antecedente de prematuridade e apenas 1 nasceu
com baixo peso (dados não mostrados). PRETEXT SIOPEL classificados
como III e IV ocorreram em 85% dos casos estudados. Foram detectadas
metástases ao diagnóstico em 6 dos 20 pacientes (30%) e o pulmão foi o
sítio acometido em todos os casos. Em 3 dos pacientes metastáticos foi
realizada abordagem cirúrgica dos nódulos e em 2 deles havia evidência de
neoplasia viável. Obteve-se o nível de alfa-fetoproteína ao diagnóstico em 16
dos 20 pacientes estudados, sendo que 2 apresentavam níveis menores que
100ng/mL e vieram a falecer devido a doença. Em 19 dos 20 pacientes
(95%) o esquema de tratamento proposto foi quimioterapia neoadjuvante,
seguido de ressecção do tumor primário e quimioterapia adjuvante. Apenas
um paciente não foi tratado com neoadjuvância, entretanto o mesmo faleceu
por complicação decorrente da quimioterapia (cardiotoxicidade). O esquema
quimioterápico com cisplatina, carboplatina e doxorrubicina foi utilizado em
50% dos casos, enquanto cisplatina associada a doxorrubicina em 45%. Uso
isolado de cisplatina foi feito em apenas 1 paciente da amostra (dados não
mostrados). A mediana do tempo de tratamento foi de 6,6 meses. Os
procedimentos cirúrgicos realizados foram assim distribuídos: 2 (10%)
segmentectomias, 4 (20%) hemi-hepatectomias esquerdas, 11 (55%) hemi-
hepatectomias direitas e 3 (15%) hepatectomias totais seguidas de
transplante hepático (dados não mostrados). O tipo histológico misto
(presença de mesênquima) foi observado em 65% dos casos. O
componente fetal estava presente em 85% dos casos. O subtipo anaplásico
41
foi detectado em apenas 1 paciente. Morte pela doença ocorreu em 5
pacientes (25%), dos quais 3 recaíram após término do tratamento e 2
apresentaram refratariedade ao mesmo. Um paciente faleceu por
cardiotoxicidade à doxorrubicina. O tempo de seguimento para os pacientes
vivos sem evidência de doença variou de 23,06-184,90 meses, com mediana
de 54,72 meses (Tabela 5).
A análise das sobrevidas dos 20 pacientes mostrou que a ausência ou
presença de metástases ao diagnóstico influenciou a taxa de sobrevida
global em 5 anos (92,85% x 33,33%, respectivamente; p=0.0066) (Figura 9-
A). Apesar dos pacientes com PRETEXT SIOPEL mais avançados terem
apresentado taxas de sobrevida global em 5 anos menores (100%, 77,78% e
62,5%, para PRETEXT II, III e IV, respectivamente), não houve diferença
estatisticamente significativa entre os grupos, provavelmente devido ao
pequeno número de pacientes com PRETEXT II (Figura 9-B). No entanto,
quando feita estratificação de risco conforme critérios do SIOPEL, observou-
se diferença estatisticamente significativa nas taxas de sobrevida livre de
doença em 5 anos quando considerados os grupos de Alto Risco e Risco
Básico (55,5% X 100%, respectivamente; p=0.0217) (Figura 9-C). Foi
observada maior taxa de sobrevida global em pacientes que apresentavam
algum componente fetal ao exame histopatológico (81,33% fetal X 33,33%
não-fetal), entretanto a diferença não foi estatisticamente significativa
(p=0.0745) (Figura 9-D). Não houve diferença entre as taxas de sobrevida
daqueles que apresentavam componente mesenquimal quando comparados
42
àqueles com subtipo histológico puro (76,92% misto X 71,43% puro;
p=0,8151) (Figura 9-E).
Pacientes com idade inferior a 2 anos parecem ter evoluído com pior
taxa de sobrevida quando comparados àqueles maiores de 2 anos,
entretanto a diferença não foi estatisticamente significativa (61,64% X 100%,
respectivamente; p=0.0516) (Figura 9-F).
43
Tabela 5 - Características clínicas dos 20 pacientes com hepatoblastoma submetidos ao estudo molecular.
Paciente
Ano do
Diagn.
Idade ao
Diagnóstico
(meses) /
Gênero
Raça
Tempo de
início dos
sintomas
(meses)
Histologia
PRETEXT
SIOPEL
Metástase
ao
Diagnóstico
Alfa-
fetoproteína
ao
diagnóstico
Tempo de
Seguimento
(meses)
Status atual Observação
1 1993 9.74 / F Parda 2
Puro com componente fetal e
embrionário
III Não ignorado 142.17 Vivo sem doença
2 1996 29.44 / M Branca 0
Puro com componente fetal e
embrionário
II Não 6637 126.38 Vivo sem doença
3 1997 15.43 / M Branca 3 Misto com componente embrionário III Sim 400000 6.25 Morte pela doença
Refratariedade
ao tratamento
4 1998 7.63 / M Branca 0.1 Anaplásico IV Sim 3.2 9.24 Morte pela doença
Recaída após 6
meses
5 1999 11.58 / F Branca 1 Misto com componente fetal III Não ignorado 3.26
Morte por
complicação do
tratamento
Cardiotoxicidade
6 2002 83.68 / F Branca 0.1
Puro com componente fetal e
embrionário
II Não 18652 51.84 Vivo sem doença
7 2003 10.63 / M Branca 1 Misto com componente fetal IV Não 824.2 54.08 Vivo sem doença
8 2003 19.18 / F Branca 12
Misto com componente fetal e
embrionário
IV Sim 200000 23.22 Morte pela doença
Recaída após 3
meses
9 2003 25.76 / F Branca 7
Puro com componente fetal e
embrionário
III Não 130000 23.06 Vivo sem doença
10 2005 20.86 / M Branca 1 Misto com componente fetal IV Não 30000 43.29 Vivo sem doença
11 1995 73.26 / M Branca 6 Puro fetal II Não 17600 134.14 Vivo sem doença
12 1997 34.24/ M Branca 8
Misto com componente fetal e
embrionário
IV Sim 221500 102.8 Vivo sem doença
14 1998 42.43/ M Branca 3 Misto com componente fetal III Sim 533000 69.11 Vivo sem doença
15 1998 9.05 / M Branca 1 Misto com componente fetal III Não ignorado 55.36 Vivo sem doença
16 2002 22.5 / M Negra 3
Misto com componente fetal e
embrionário
IV Não 10976000 46.38 Vivo sem doença
17 2002 27.7 / F Negra 3 Misto com componente embrionário IV Não ignorado 50.3 Vivo sem doença
18 2003 0.36 / M Branca 0 Misto com componente fetal III Não 387040 53.32 Vivo sem doença
20 2005 9.74 / M Parda 4 Puro fetal IV Sim 223400 5.99 Morte pela doença
Hemihipertrofia
Refratariedade
ao tratamento
22 1987 15 / M Branca 5
Misto com componente fetal e
embrionário
III Não 24190 184.9 Vivo sem doença
23 2005 9.67 / F Branca 0.5 Misto com componente fetal III Não 63 120.89 Morte pela doença
Neurofibroma-
tose
Recaídas
múltiplas
44
A
Meses
847260483624120
Sobrevida
1.0
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
0.0
Metastático
Não-metastático
P=0,0066
SG 5 anos = 92,86%
SG 5 anos = 33,33%
Meses
847260483624120
Sobrevida
1.0
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
0.0
Metastático
Não-metastático
P=0,0066
SG 5 anos = 92,86%
SG 5 anos = 33,33%
B
Meses
847260483624120
Sobrevida
1.0
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
0.0
PRETEXT 4
PRETEXT 3
PRETEXT 2
P=0,38
SG 5 anos = 100%
SG 5 anos = 62,50%
SG 5 anos = 77,78%
Meses
847260483624120
Sobrevida
1.0
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
0.0
PRETEXT 4
PRETEXT 3
PRETEXT 2
P=0,38
SG 5 anos = 100%
SG 5 anos = 62,50%
SG 5 anos = 77,78%
C
Meses
847260483624120
Sobrevida
1.0
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
0.0
Alto Risco
Risco Básico
P=0,0217
SLD 5 anos = 100%
SLD 5 anos = 55,5%
Meses
847260483624120
Sobrevida
1.0
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
0.0
Alto Risco
Risco Básico
Meses
847260483624120
Sobrevida
1.0
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
0.0
Alto Risco
Risco Básico
P=0,0217
SLD 5 anos = 100%
SLD 5 anos = 55,5%
D
Meses
847260483624120
Sobrevida
1.0
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
0.0
Não-fetal
Fetal
P=0,0745
SG 5 anos = 81,93%
SG 5 anos = 33,33%
Meses
847260483624120
Sobrevida
1.0
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
0.0
Não-fetal
Fetal
P=0,0745
SG 5 anos = 81,93%
SG 5 anos = 33,33%
45
E
Meses
847260483624120
Sobrevida
1.0
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
0.0
puro
misto
P=0,8151
SG 5 anos = 76,92%
SG 5 anos = 71,43%
Meses
847260483624120
Sobrevida
1.0
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
0.0
puro
misto
P=0,8151
SG 5 anos = 76,92%
SG 5 anos = 71,43%
F
Meses
847260483624120
Sobrevida
1.0
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
0.0
maior que 2 anos
menor que 2 anos
P=0,0516
SG 5 anos = 100%
SG 5 anos = 61,64%
Meses
847260483624120
Sobrevida
1.0
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
0.0
maior que 2 anos
menor que 2 anos
P=0,0516
SG 5 anos = 100%
SG 5 anos = 61,64%
Legenda: A) presença de metástase ao diagnóstico; B) estadiamento PRETEXT SIOPEL;
C) Estratificação por grupo de risco SIOPEL D) subtipo histológico (fetal ou não-fetal); E)
tipo histológico (puro ou misto) e F) idade ao diagnóstico (maior ou menor de 2 anos).
Figura 9 - Gráficos de comparações entre as taxas de sobrevida conforme
características clínicas.
4.2 EXTRAÇÃO DO DNA E TRATAMENTO COM BISSULFITO DE
SÓDIO
Obteve-se para as amostras tumorais entre 0,11µg e 103,15µg de
DNA com o método de extração utilizado (Quadro 4). Dos tecidos hepáticos
normais foram obtidas quantificações entre 5,78µg e 20,30µg de DNA
(Quadro 5). O grau de contaminação do material com proteína ou RNA foi
avaliado através da relação das absorbâncias a 260nm e 280nm e, como
46
pode ser observado no Quadro 4, a grande maioria das amostras
apresentou valores ao redor de 1,8, o que atesta a boa qualidade do DNA
obtido.
Cerca de 2µg de DNA foram tratados com bissulfito de sódio. Caso a
amostra não apresentasse amplificação para o gene ACTB pós-conversão
pelo bissulfito, repetia-se o tratamento com 8µg de DNA.
Algumas amostras tumorais (13T, 19T, 21T e 24T) foram eliminadas
do estudo ou porque não havia DNA suficiente para um novo tratamento
(13T – quantidade total de 0,32µg e 19T – quantidade total de 0,11µg) ou
porque mesmo após aumento da quantidade de DNA tratado não houve
amplificação do DNA (21T e 24T).
47
Quadro 4 - Concentração de DNA nas amostras tumorais e margens
estimada por espectrofotometria e resultado da PCR para ACTB após
tratamento com bissulfito.
Amostra Tipo Concent. 260nm 260/280
Amplificação do gene
ACTB
(µg) após bissulfito
1T Tumor 103.15 1.179 1.80
Sim
2T Tumor 81.65 0.933 1.69
Sim
3T Tumor 43.95 0.502 1.86
Sim
4T Tumor 43.05 0.492 1.85
Sim
5T Tumor 42.35 0.484 1.84
Sim
6T Tumor 43.60 0.498 1.88
Sim
7T Tumor 11.80 0.135 1.70
Sim
8T Tumor 31.35 0.358 1.87
Sim
9T Tumor 25.05 0.286 1.85
Sim
10T Tumor 4.65 0.053 1.82
Sim
11T Tumor 25.47 10.191 1.93
Sim
12T Tumor 4.00 1.6 1.92
Sim
13T Tumor 0.32 0.128 1.82
Não
14T Tumor 0.58 0.236 2.13
Sim
15T Tumor 1.77 0.712 1.87
Sim
16T 1 Tumor1 2.06 0.827 1.94
Sim
16T 2 Tumor2 1.39 0.557 1.87
Sim
17T Tumor 6.01 2.406 1.97
Sim
18T Tumor 1.63 0.653 1.99
Sim
19T Tumor 0.11 0.047
Não
20T Tumor 10.07 4.031 1.6
Sim
21T Tumor 34.05 13.623 1.81
Não
22T Tumor 12.02 4.811 1.83
Sim
23T Tumor 17.96 7.188 1.84
Sim
24T Tumor 1.36 0.544 1.97
Não
Legenda: Espectrofotometria com leitura de absorbância a 260 e 280nm.
Quadro 5 - Concentração de DNA nas amostras de tecido hepático normal
fetal (NF) e adulto e resultado da PCR para ACTB após tratamento com
bissulfito.
Amostra Tipo Concent. 260nm 260/280
Amplificação do gene
ACTB
(µg) após bissulfito
1NF Fetal
20.30
8,117 1,84 Sim
2NF Fetal
8.74
3,496 1,87 Sim
3NF Fetal
7.92
3,168 1,9 Sim
4NF Fetal
12.16
4,867 1,85 Sim
5NF Fetal
5.78
2,312 1,81 Sim
Legenda: Espectrofotometria com leitura de absorbância a 260 e 280nm.
48
4.3 RESULTADOS DA MSP-Q
4.3.1 Estudo Piloto
Devido a pouca quantidade de DNA obtida de algumas amostras, não
seria possível a realização da pesquisa de hipermetilação dos 25 genes
(AIM1, APC, CALCA, CCNA1, CCND2, CDH1, COX2 (PTGS2), DAPK,
ESR1, GSTP1, MGMT, MINT31, MLH1, P14 ARF, CDKN2B, CDKN2A,
RARB, RASSF1A, RB1, SOCS1, THBS1, TIMP3, MT1G, SFRP1,
HIN1(SCGB3A1)) para todas as amostras do estudo. Para contornar este
problema, foi realizado um estudo piloto em que o perfil de metilação destes
25 genes foi avaliado primeiramente em 10 amostras tumorais. Nesta
análise não foi encontrada metilação detectável para os genes THBS1, RB1,
CDKN2A, P14 ARF, MLH1, MINT31, MGMT, DAPK, CCNA1 e AIM1 nas
amostras avaliadas, enquanto que 7 genes (CALCA, ESR1, GSTP1,
CDKN2B, RARB, TIMP3, SFRP1), apresentaram um nível baixo de
metilação (10-30%). Foram escolhidos para prosseguir no estudo aqueles
genes que tivessem algum nível de metilação detectável em pelo menos
40% das amostras avaliadas, sendo selecionados 8 genes (APC, CCND2,
CDH1, COX2, HIN1, MT1G, RASSF1A e SOCS1) para a pesquisa nos
demais indivíduos (Figura 10).
49
70
70
70
60
60
50
50
40
30
20
20
20
20
20
10
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0 20406080
COX2
MT1G
RASSF1A
SOCS1
APC
CDH1
CCND2
HIN1
RARB
SFRP1
TIMP3
ES R
CDKN2B
CALCA
GSTP1
AIM1
CCNA1
DAPK
MGMT
MINT31
MLH1
P14 (ARF)
CDKN2A
RB1
THBS1
Genes
Descartados
Genes
Selecionados
Porcentual de Amostras Metiladas
70
70
70
60
60
50
50
40
30
20
20
20
20
20
10
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0 20406080
COX2
MT1G
RASSF1A
SOCS1
APC
CDH1
CCND2
HIN1
RARB
SFRP1
TIMP3
ES R
CDKN2B
CALCA
GSTP1
AIM1
CCNA1
DAPK
MGMT
MINT31
MLH1
P14 (ARF)
CDKN2A
RB1
THBS1
Genes
Descartados
Genes
Selecionados
Porcentual de Amostras Metiladas
Figura 10 - Gráfico de porcentual de amostras metiladas para cada um dos
25 genes avaliados no estudo-piloto.
4.3.2 Comparação entre o nível de metilação nos tecidos estudados
O perfil de metilação dos 8 genes selecionados no estudo piloto foi
avaliado no restante das amostras tumorais (10) e nas amostras de tecido
hepático normal fetal (5).
Os resultados desta análise juntamente com o estudo piloto
demonstraram que RASSF1A (80%), COX2 (55%), MT1G (55%) e SOCS1
(40%) são os genes mais frequentemente metilados nos hepatoblastomas,
enquato que APC (30%), CCND2 (30%), CDH1 (30%) e HIN1 (25%)
encontram-se moderadamente metilados nestes tumores (Quadro 6).
50
Também pode ser observado que 95% das amostras tumorais avaliadas
apresentaram pelo menos um destes oito genes metilados (Quadro 6).
A análise das amostras normais revelou que COX2 (100%), CCND2
(80%) e HIN1 (80%) também estão frequentemente melilados em tecido
hepático fetal, enquanto que CDH1 (20%) e MT1G (20%) apresentam uma
discreta metilação nestes tecidos. Por outro lado, não foi detectada
metilação dos genes APC, RASSF1A e SOCS1 nas amostras normais
avaliadas (Quadro 7).
Quadro 6 - Valores de PMR para as 20 amostras tumorais.
Amostra /
Genes
APC CCND2 CDH1 COX2 HIN1 MT1G RASSF1A SOCS
% Genes
Metilados
na
Amostra
1T 0.00% 2.50% 15.50% 100.80% 13.60% 0.00% 29.80% 1.80% 75.00%
2T 3.90% 56.30% 10.50% 48.40% 0.00% 24.50% 0.00% 39.50% 75.00%
3T 0.00% 0.00% 0.00% 4.60% 4.90% 4.30% 91.50% 0.00% 50.00%
4T 28.60% 3.70% 3.80% 38.50% 8.20% 5.60% 0.40% 12.90% 100.00%
5T 0.00% 0.00% 0.00% 0.00% 0.00% 8.00% 0.00% 0.00% 12.5%
6T 0.00% 1.09% 4.69% 67.43% 0.00% 14.12% 101.63% 59.53% 25.00%
7T 0.00% 0.00% 2.50% 0.00% 0.00% 0.00% 0.00% 56.40% 25.00%
8T 34.60% 0.00% 0.00% 0.00% 0.00% 0.00% 89.90% 0.00% 25.00%
9T 22.20% 0.00% 0.00% 0.00% 0.00% 1.90% 0.50% 5.00% 50.00%
10T 0.00% 0.00% 0.00% 7.00% 0.00% 0.00% 6.60% 0.00% 25.00%
11T 0.00% 0.00% 0.00% 6.40% 0.00% 0.00% 102.00% 61.00% 37.50%
12T 0.00% 0.00% 0.00% 0.00% 0.00% 0.00% 30.80% 0.00% 12.50%
14T 0.00% 0.00% 0.00% 0.00% 0.00% 0.00% 0.00% 0.00% 0.00%
15T 54.30% 0.00% 2.50% 33.90% 1.40% 0.00% 94.00% 74.20% 87.50%
16T 0.40% 1.00% 0.00% 22.30% 27.80% 1.80% 3.70% 0.00% 75.00%
17T 0.00% 0.80% 0.00% 5.30% 0.00% 2.40% 30.70% 0.00% 50.00%
18T 0.00% 0.00% 0.00% 0.00% 0.00% 0.00% 61.40% 0.00% 12.50%
20T 0.00% 0.00% 0.00% 0.00% 0.00% 140.00% 38.10% 0.00% 25.00%
22T 0.00% 0.00% 0.00% 8.40% 0.00% 0.00% 79.20% 0.00% 25.00%
23T 0.00% 0.00% 0.00% 0.00% 0.00% 18.80% 39.00% 0.00% 25.00%
% de amostras
metiladas
30% 30% 30% 55% 25% 55% 80% 40%
* Sombreados aqueles genes que apresentaram algum nível de metilação na amostra
51
Quadro 7 - Valores de PMR para as amostras de fígado normal fetal.
Amostra /
Gene
APC
CCND2
CDH1
COX2
HIN1
MT1G
RASSF1A
SOCS
% Genes
Metilados
na
Amostra
1NF 0.00% 0.02% 0.00% 2.17% 0.00% 0.00% 0.00% 0.00% 25%
2NF 0.00% 0.05% 0.00% 1.51% 3.21% 0.00% 0.00% 0.00% 38%
3NF 0.00% 0.15% 0.01% 1.71% 6.53% 0.04% 0.00% 0.00% 63%
4NF 0.00% 0.01% 0.00% 1.04% 0.43% 0.00% 0.00% 0.00% 38%
5NF 0.00% 0.00% 0.00% 1.47% 2.05% 0.00% 0.00% 0.00% 25%
% de
Amostras
Metiladas
0% 80% 20% 100% 80% 20% 0% 0%
* Sombreados aqueles genes que apresentaram algum nível de metilação na amostra
Embora tenham sido considerados positivos, o nível de metilação dos
genes CDH1 e MT1G detectado em algumas das amostras de fígado normal
foi extremamente baixo (<0,05%) e, devido a alta sensibilidade do método
de quantificação utilizado, estes valores podem representar apenas leituras
de fundo (background), por isso, há estudos que defendem o
estabelecimento de linhas de corte como forma de descartar estes níveis
muito baixos de metilação, pois eles podem não representar efeitos
biológicos. Por outro lado, os genes CCND2, COX2 e HIN1 apresentaram
níveis indiscutíveis de metilação nas amostras normais (Figura 11)
52
Legenda: Gráficos (escala logarítmica), ilustrando a diferença entre os níveis de metilação
no fígado fetal normal e nos hepatoblastomas para os 8 genes estudados (APC, CCND2,
CDH1, COX2, HIN1, MT1G, RASSF1A e SOCS1).
Figura 11 - Gráficos de dispersão com valores de PMR.
53
4.4 ASSOCIAÇÃO ENTRE CARACTERÍSTICAS CLÍNICO-
PATOLÓGICAS E HIPERMETILAÇÃO
O passo seguinte foi verificar se existia correlação entre o perfil de
metilação aberrante e características clínico-patológicas dos pacientes.
Nesta análise foram incluidos os genes que apresentaram hipermetilação
específica para as amostras tumorais, ou seja, nenhuma metilação nas
amostras normais (APC, RASSF1A e SOCS1). O gene MT1G também
prosseguiu no estudo porque, apesar de estar metilado em uma baixa
porcentagem de amostras normais (20%), apresentou uma elevada
freqüência de metilação nas amostras tumorais (55%) e, além disso, a única
amostra normal positiva apresentou baixíssimo nível de metilação (0,04%).
Os genes CCND2, COX2 e HIN1 não foram submetidos à essa análise
porque apresentaram alta freqüência de metilação nas amostras de fígado
fetal normal. O gene CDH1 foi eliminado desta análise porque apresentou
um nivel de metilação baixo e semelhante tanto nas amostras de
hepatoblastoma (30%) quanto nas amostras normais (20%)
A comparação pelo teste de log-rank das sobrevidas globais mostrou
que aqueles pacientes que apresentam metilação no tumor (independente
do valor de PMR) para o gene MT1G apresentaram pior sobrevida quando
comparados aos que não tinham a alteração (SG 5 anos = 60% X 90%,
respectivamente; p=0,0431) (Figura 12-A). De forma mais contundente, a
análise univariada de sobrevida pelo modelo de regressão de Cox (Tabela 6)
54
mostrou que quanto maior o valor de PMR (variável contínua) para o gene
MT1G, menor a sobrevida global dos pacientes (p=0,033).
Para os genes RASSF1A, SOCS1 e APC não foi encontrada
diferença estatisticamente significativa entre as sobrevidas (Figuras 12-B-D,
respectivamente).
A
Meses
847260483624120
Sobrevida
1.0
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
0.0
Metilado (n=10)
Não-metilado (n=10)
P=0,0431
SG 5 anos = 90%
SG 5 anos = 60%
MT1G
Meses
847260483624120
Sobrevida
1.0
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
0.0
Metilado (n=10)
Não-metilado (n=10)
P=0,0431
SG 5 anos = 90%
SG 5 anos = 60%
MT1G
B
Meses
847260483624120
Sobrevida
1.0
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
0.0
Metilado (n=16)
Não-metilado (n=4)
RASSF1A
P=0,9151
SG 5 anos = 74,48%
SG 5 anos = 75%
Meses
847260483624120
Sobrevida
1.0
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
0.0
Metilado (n=16)
Não-metilado (n=4)
RASSF1A
P=0,9151
SG 5 anos = 74,48%
SG 5 anos = 75%
C
Meses
847260483624120
Sobrevida
1.0
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
0.0
Metilado (n=8)
o-metilado (n=12)
SOCS1
P=0,158
SG 5 anos = 87,5%
SG 5 anos = 66,7%
Meses
847260483624120
Sobrevida
1.0
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
0.0
Metilado (n=8)
o-metilado (n=12)
SOCS1
P=0,158
SG 5 anos = 87,5%
SG 5 anos = 66,7%
55
D
Meses
847260483624120
Sobrevida
1.0
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
0.0
APC
Metilado (n=6)
Não-metilado (n=14)
P=0,83
SG 5 anos = 78,6%
SG 5 anos = 62.5%
Meses
847260483624120
Sobrevida
1.0
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
0.0
APC
Metilado (n=6)
Não-metilado (n=14)
P=0,83
Meses
847260483624120
Sobrevida
1.0
.9
.8
.7
.6
.5
.4
.3
.2
.1
0.0
APC
Metilado (n=6)
Não-metilado (n=14)
P=0,83
SG 5 anos = 78,6%
SG 5 anos = 62.5%
Legenda: Comparação entre aqueles pacientes que apresentam metilação detectável para
os genes MT1G, RASSF1A, SOCS1 e APC e pacientes que não apresentam metilação.
Figura 12 – Gráfico de sobrevidas globais nos grupos de pacientes que
apresentam metilação detectável.
Tabela 6 - Comparação entre nível de metilação nos genes estudados e
sobrevida global pelo modelo de Cox.
Gene
β
Significância (p-valor)*
APC 1,654 0,476
MT1G 2,196 0,033
RASSF1A 0,007 0,995
SOCS1 -5,222 0,271
*Análise univariada pelo modelo de regressão de Cox
Não foi possível detectar associação significativa entre o estado de
hipermetilação dos quatro genes-alvos avaliados e características clínicas
como: idade, presença de metástases ao diagnóstico, estadiamento SIOPEL
ou subtipo histológico (Tabelas 7, 8, 9 e 10).
56
Tabela 7 - Associação entre o estado de metilação do gene MT1G e
variáveis clínicas estudadas.
MT1G
Característica
Não-metilado Metilado
Significância
(p-valor)*
Idade
Menor que 2 anos 7 (53,8%) 6 (46,2%)
Maior ou igual a 2 anos 3 (42,9%) 4 (57,1%)
0,5
Metástase ao diagnóstico
Não 7 (50,0%) 7 (50,0%)
Sim 3 (50,0%) 3 (50,0%)
0,68
PRETEXT SIOPEL
I e II 1 (33,3%) 2 (66,7%)
III e IV 9 (52,9%) 8 (47,1%)
0,5
Presença de Mesênquima
Sim (Misto) 8 (61,5%) 5 (38,5%) 0,175
Não (Puro) 2 (28,6%) 5 (71,4%)
* Calculado pelo teste exato de Fisher
Tabela 8 - Associação entre o estado de metilação do gene RASSF1A e
variáveis clínicas estudadas.
RASSF1A
Característica
Não-metilado Metilado
Significância
(p-valor)*
Idade
Menor que 2 anos 2 (15,4%) 11 (84,6%)
Maior ou igual a 2 anos 2 (28,6%) 5 (71,4%)
0,439
Metástase ao diagnóstico
Não 3 (21,4%) 11 (78,6%)
Sim 1 (16,7%) 5 (83,3%)
0,657
PRETEXT SIOPEL
I e II 1 (33,3%) 2 (66,7%)
III e IV 3 (17,6%) 14 (82,4%)
0,509
Presença de Mesênquima
Sim (Misto) 3 (23,1%) 10 (76,9%)
Não (Puro) 1 (14,3%) 6 (85,7%)
0,561
* Calculado pelo teste exato de Fisher
57
Tabela 9 – Associação entre o estado de metilação do gene SOCS1 e
variáveis clínicas estudadas.
SOCS1
Característica
Não-metilado Metilado
Significância
(p-valor)*
Idade
Menor que 2 anos 9 (69,2%) 4 (30,8%)
Maior ou igual a 2 anos 3 (42,9%) 4 (57,1%)
0,251
Metástase ao diagnóstico
Não 7 (50%) 7 (50%)
Sim 5 (83,3%) 1 (16,7%)
0,187
PRETEXT SIOPEL
I e II 0 3 (100%)
III e IV 12 (70,6%) 5 (23,4%)
**
Presença de Mesênquima
Sim (Misto) 11 (84,6%) 2 (15,4%)
Não (Puro) 1 (14,3%) 6 (85,7%)
0,004
* Calculado pelo teste exato de Fisher
** Incalculável
Tabela 10 - Associação entre o estado de metilação do gene APC e
variáveis clínicas estudadas.
APC
Característica
Não-metilado Metilado
Significância
(p-valor)*
Idade
Menor que 2 anos 9 (69,2%) 4 (30,8%)
Maior ou igual a 2 anos 5 (71,4%) 2 (28,6%)
0,664
Metástase ao diagnóstico
Não 10 (71,4%) 4 (28,6%)
Sim 4 (66,7%) 2 (33,3%)
0,613
PRETEXT SIOPEL
I e II 2 (66,7%) 1 (33,3%)
III e IV
12 (70,6%) 5 (29,4%)
0,681
Presença de Mesênquima
Sim (Misto) 10 (76,9%) 3 (23,1%)
Não (Puro) 4 (57,1%) 3 (42,9%)
0,336
* Calculado pelo teste exato de Fisher
58
5 DISCUSSÃO
Uma das grandes dificuldades de se realizar estudos envolvendo
hepatoblastoma consiste na raridade desse tumor. No estudo clínico
multicêntrico e internacional SIOPEL 2 que contou com a contribuição de 72
centros de 19 países conseguiram-se agrupar apenas 150 pacientes
portadores da doença no período de 3 anos (PERILONGO et al. 2004),
número irrisório se comparado aos 2.169 pacientes alocados em 5 anos no
estudo BFM 95 de leucemia linfóide aguda, a neoplasia mais freqüente em
crianças (SCHRAPPE et al. 2000). Mesmo diante da baixa freqüência global,
a casuística de pacientes portadores de hepatoblastoma incluída neste
estudo (casos confirmados e tratados no Hospital do Câncer A. C. Camargo
em um período de cerca de 20 anos) foi de 35 indivíduos, o que certamente
constitui um número expressivo, tendo em vista se tratar de uma única
instituição.
Para o principal objetivo do estudo, entretanto, não bastava apenas a
obtenção dos dados clínicos desses pacientes, mas essencialmente a
existência de peças cirúrgicas com tecido tumoral passível de extração de
DNA em quantidade e qualidade suficientes para a análise de presença de
hipermetilação. Assim, o número de pacientes analisados passou de 35 para
20, pois 5 casos não possuíam material parafinado para pesquisa, em 6
casos todo o conteúdo armazenado era constituído apenas por necrose e de
4 casos não foi possível obter DNA com boa qualidade após o tratamento
59
com bisulfito de sódio. Os casos completamente necrosados poderiam
representar o subgrupo com melhor resposta à quimioterapia e a sua não
inclusão no estudo poderia levar a um viés na correlação entre os dados
clínicos e moleculares. Entretanto, as análises realisadas demonstraram não
haver diferença estatisticamente significativa entre o grupo total de casos
(35) e os submetidos a análise molecular (20) quanto às características
clínicas analisadas ou quanto ao prognóstico. Também cabe ressaltar que
devido a raridade desta neoplasia uma casuística de 20 casos é um grupo
de tamanho expressivo o que justificou a realização do estudo.
Por se tratar de um estudo retrospectivo, era essencial que os
prontuários possuíssem a maior quantidade de dados relevantes para
melhor caracterização clínica dos pacientes. Observou-se, no entanto, que
muitos dados, principalmente aqueles referentes às medidas tumorais por
exames de imagem, só passaram a ser descritos sistematicamente em
prontuário mais recentemente. Além disso, quando descritas as medidas,
notou-se que a obtenção das mesmas não era feita da mesma forma, o que,
portanto, poderia prejudicar a comparação entre os indivíduos. Optou-se,
portanto, por desconsiderar este dado. Por outro lado, a descrição dos
segmentos hepáticos acometidos foi obtida em todos os pacientes.
Notou-se também que o formato dos laudos anátomo-patológicos foi
muito modificado com o passar do tempo, com isso prejudicando a obtenção
dos dados sobre comprometimento linfonodal e de margens cirúrgicas
microscópicas.
60
Uma forma indireta de verificar se nossa pequena amostra (20 casos)
não era enviesada o suficiente para não permitir a detecção de diferenças
estatísticas confiáveis foi verificar se as características clínico-
epidemiológicas de nossa população se assemelhavam àquelas descritas
por outros grupos de pesquisa. Além disto, verificamos se os fatores
prognósticos clássicos da doença se mantinham estatisticamente relevantes
em nossa população estudada.
No estudo cooperativo alemão de tumores hepáticos HB-94, que
reuniu 69 crianças com hepatoblastoma em um período de 5 anos, a
mediana de idade ao diagnóstico foi de 16 meses e relação
masculino:feminino foi de 2,5:1,0. A distribuição dos estádios de acordo com
o sistema de estadiamento pós-cirúrgico foi: 39% estádio I, 5% estádio II,
36% estádio III e 29% estádio IV. Nesse estudo, os fatores que
estatisticamente foram associados a um pior prognóstico foram: volume
tumoral maior que 1000cm
3
, multifocalidade do tumor, invasão de grandes
vasos pelo tumor, presença de metástases à distância e níveis de alfa-
fetoproteína menores que 100ng/mL ao diagnóstico. A sobrevida livre de
doença conforme os estádios ficou assim distribuída: 96% estádio I, 100%
estádio II, 76% estádio III e 36% estádio IV (FUCHS et al. 2002). Em nosso
estudo, também encontramos uma freqüência maior de acometimento do
gênero masculino (relação masc : fem = 1,85:1,0). Apesar de não termos
obtido dados precisos sobre volume tumoral e invasão vascular tumoral,
observamos que a presença de metástases à distância foi um forte preditor
de pior prognóstico em nossos pacientes. Além disso, os únicos dois
61
pacientes que apresentavam níveis menores que 100ng/mL de alfa-
fetoproteína ao diagnóstico faleceram devido à doença. Evidentemente,
diferenças de sobrevidas entre pacientes com níveis baixos e altos de alfa-
fetoproteína não poderiam ser detectadas estatisticamente devido ao
reduzido número de indivíduos no primeiro grupo.
PERILONGO et al. (2000b) relataram no estudo SIOPEL1 a presença
de metástases pulmonares ao diagnóstico em 20% dos pacientes. Nestes, a
SLE em 5 anos foi de 28%, sendo significativamente pior do que a SLE dos
hepatoblastomas localizados (77% em 5 anos).
Em nossa casuística, 30% das crianças apresentavam metástases à
distância e, além disso, foi verificada diferença estatisticamente significativa
entre as sobrevidas globais dos pacientes metastáticos quando comparados
àqueles com doença localizada (33,3% X 92,86%, respectivamente).
O estudo SIOPEL 2, que estratificou os pacientes com
hepatoblastoma em risco básico (tumor confinado ao fígado com até 3
setores hepáticos acometidos) e alto risco (tumor acometendo os 4 setores
hepáticos e/ou metástases ou disseminação abdominal extra-hepática),
obteve uma SLD em 3 anos de 89% e 47% para os dois grupos,
respectivamente. Quando considerado apenas o estadiamento pré-cirúrgico
PRETEXT as taxas de sobrevida global em 3 anos para pacientes I, II, III e
IV foram, respectivamente, 100%, 95%, 84% e 61% (SCHRAPPE et al.
2000). Apesar de não ter sido encontrada diferença estatisticamente
significativa entre as sobrevidas globais dos nossos pacientes quando
considerado apenas o PRETEXT, verificamos que as mesmas se
62
assemelham àquelas obtidas pelo SIOPEL (100%, 77,8%, 62,5% para
PRETEXT II, III e IV, respectivamente). Além disso, quando estratificados
por risco, conforme critérios do SIOPEL, os pacientes classificados como
alto risco apresentaram menor sobrevida livre de doença em 5 anos se
comparados ao risco básico (55,5% X 100%, respectivamente; p=0.0217).
A ausência de pacientes PRETEXT I em nossa amostra de 20
indivíduos segue, em parte, a distribuição observada no SIOPEL 2, no qual
apenas 6 crianças de 135 (4,4%) foram classificadas nesse estádio
(PERILONGO et al. 2004). De fato, a detecção do hepatoblastoma em fase
inicial é um fato raro, mesmo em países ricos.
Tendo em vista a similaridade de nossos dados com as
características clínico-epidemiológicas de outros estudos publicados em
literatura, bem como a observação de que alguns dos fatores prognósticos
clássicos também se evidenciaram em nossa população, consideramos
possível que eventuais achados estatisticamente significativos identificados
pudessem ser confiáveis, apesar do pequeno tamanho da casuística
analisada.
Além da pequena casuística das pesquisas moleculares que
envolvem hepatoblastoma, observamos que os estudos descritos na
literatura referentes a análise de hipermetilação se limitam a examinar
poucos genes. Em nosso estudo, foi avaliado o perfil de hipermetilação do
DNA de 25 genes, o que constitui o maior número de genes pesquisados
em hepatoblastoma até o presente momento.
63
Além disto, os outros estudos que analisaram o perfil de metilação
dos hepatoblastoma utilizaram a técnica de MSP convencional. O nosso
estudo, pela primeira vez, utiliza um método quantitativo (MSP-Q) na análise
de metilação em hepatoblastoma, sendo este método capaz de detectar uma
cópia do gene metilado em meio a 10.000 cópias não-metiladas. A técnica
fornece, ainda, dados quantitativos à respeito do porcentual de metilação
presente em cada amostra, além de ser bastante automatizado, permitindo a
análise de várias amostras ao mesmo tempo, com pouca manipulação do
material após amplificação, o que reduz a possibilidade de erros. Além disso,
observa-se uma redução da subjetividade na análise dos resultados da
MSP-Q quando comparada a MSP convencional, uma vez que apenas
aquelas curvas de amplificação que cruzam o threshold são consideradas
positivas (EADS et al. 2000; TRINH et al. 2001; OGINO et al. 2006).
Uma vez que os tumores disponíveis para esta pesquisa eram
provenientes de tecidos fixados em formaldeído e parafinados, foi
necessária uma adequação de todo o método de análise para obtenção de
resultados satisfatórios. Sabe-se que, devido ao processo de fixação com
formaldeído, ocorrem ligações cruzadas entre as bases nitrogenadas dos
ácidos nucléicos, o que ocasiona fragmentação dos mesmos (WU et al.
2002). LEHMANN e KREIPE (2001) observaram que, utilizando fixação do
tecido com formaldeído tamponado com fosfato, o comprimento dos
fragmentos de DNA recuperados após extração variava entre 300-400bp.
Soma-se a isso a considerável degradação do DNA que ocorre durante a
exposição ao bissulfito de sódio, pois RAIZIS et al. (1995) demonstraram
64
que essa fragmentação ocorre em conseqüência da depurinação do DNA
durante o tratamento com bissulfito e que a mesma era dependente do
tempo de exposição e da concentração de bissulfito de sódio utilizada.
Tendo em vista que os fragmentos de DNA a serem amplificados durante a
reação de MSP-Q são pequenos (80-200bp), consegue-se contornar, em
parte, o problema da degradação do DNA proveniente de tecido parafinado.
Entretanto, em nossa investigação, é provável que a degradação do DNA
decorrente do processo de fixação e da exposição ao bissulfito de sódio
tenha sido o motivo pelo qual não se conseguiu amplificação (após
tratamento com bissulfito) de 4 amostras (16,6%) dos 24 pacientes
portadores de hepatoblastoma que tinham material disponível no arquivo do
Departamento de Patologia do Hospital A. C. Camargo.
Além disso, a fixação com formaldeído também parece induzir a
formação de ligações cruzadas entre a porção N-terminal das bases
nitrogenadas e as histonas, tornando a nucleoproteína resultante resistente
à digestão pela proteinase K (WU et al. 2002). A manutenção de estruturas
secundárias e terciárias do DNA durante o tratamento com bissulfito de
sódio pode dificultar a conversão das citosinas não metiladas em uracilas,
uma vez que apenas o DNA desnaturado está sujeito à sulfonação
(KITAZAWA et al. 2000; TRINH et al. 2001). Alguns métodos para contornar
este problema são descritos na literatura, tais como:, utilização de gel
desnaturante de agarose durante o tratamento, uso de uréia como agente
desnaturante, aquecimento do DNA acima de 95
o
C antes da exposição ao
bissulfito e aumento do tempo de incubação da reação de desnaturação do
65
DNA (OAKELEY 1999; TAN e DOBROVIC 2001). Os dois últimos foram
empregados no nosso estudo, sendo que o aumento do tempo de incubação
mostrou resultados mais satisfátórios.
KOSHIBA et al. (1993) demonstraram que existe maior degradação
do DNA quando o processo de fixação da peça cirúrgica era realizado em
pH baixo e temperatura ambiente. Ao contrário, quando a fixação era
realizada com formaldeído tamponado e à temperatura de 4
o
C, observava-
se maior preservação de DNA. A partir de 1997, o Hospital A. C. Camargo
passou a utilizar formaldeído tamponado com fosfato no emblocamento das
amostras tumorais. Este fato se reflete no porcentual de amostras
descartadas devido a baixa qualidade do DNA, sendo 40% (2 de 5) das
amostras coletadas antes de 1997 não puderam ser utilizadas. Por outro
lado, apenas 10% (2 de 19) das amostras oriundas de período posterior a
1997 foram rejeitadas.
Tendo em vista que cerca de 60% dos genes conhecidos possuem
ilhas de CpG em suas regiões promotoras (ANTEQUERA e BIRD 1993) e,
portanto, estão teoricamente sujeitos a hipermetilação em estados
patológicos, foram elaborados alguns critérios de seleção para os genes a
serem estudados.
Assim, genes que já tiveram seu perfil de metilação avaliado em
hepatoblastoma e já mostraram possuir alta frequência de metilação
(RASSF1A, CDKN2A e SOCS1), serviram como uma espécie de “controle
positivo” do nosso estudo, uma vez que esperávamos encontrar pelo menos
algumas amostras com metilação aberrante para esses genes.
66
Também foram pesquisados genes já avaliados em hepatoblastoma e
que demonstraram baixa frequência de metilação (RARB, GSTP1, MGMT,
APC, DAPK, CDH1), que serviriam de parâmetro “negativo” para nosso
estudo.
Genes descritos como frequentemente metilados em outros tumores,
mas que ainda não haviam sido avaliados em hepatoblastoma (AIM1,
CALCA, CCNA1, CCND2, COX2 (PTGS2), ESR1, MINT31, MLH1, P14 ARF,
CDKN2B, RB1, THBS1, TIMP3, MT1G, SFRP1, HIN1) também foram
incluídos no estudo, partindo-se do pressuposto que a metilação aberrante
pode estar envolvida na carcinogênese.
Por último, procurou-se determinar, através de estudos de expressão
em larga escala publicados na literatura, genes que se mostraram
hipoexpressos em hepatoblastomas, que possuíam ilhas de CpG em sua
região promotora e que nunca tiveram sua frequência de metilação estudada
neste tumor. Neste caso, apenas MT1G preencheu esses critérios.
Uma vez que o hepatoblastoma consiste em um tumor embrionário,
achamos mais conveniente que o seu perfil de metilação fosse comparado
àquele presente em um fígado fetal, que ainda deve manter parte das
caracteristicas embrionárias, e que foi pouco exposto aos efeitos de
potenciais carcinógenos. LEHMANN et al. (2005) compararam o perfil de
metilação de 9 genes-alvos (RASSF1A, CCND2, INK4A, DAPK, APC, RIZ-1,
HIN-1, GSTP-1 e SOCS-1) entre carcinomas hepatocelulares, margens
normais, lesões hepáticas benignas e fígado normal maduro.
Esse estudo
revelou a presença de metilação detectável em 57% dos fígados adultos não
67
neoplásicos pesquisados. Ao contrário, os autores não observaram
metilação detectável nos 9 genes estudados em 3 amostras de fígado
normal não neoplásico de crianças menores de 4 anos. Em parte esse dado
é concordante com os nossos, uma vez que não detectamos metilação nos
fígados fetais normais para os genes APC, CDH1, MT1G, RASSF1A e
SOCS1. Os genes HIN1 e CCND2, no entanto, mostraram-se metilados em
4 de 5 amostras de fígado fetal normal investigadas em nosso estudo.
Assim, concluímos que a comparação que melhor deve refletir o perfil de
metilação patológico deva ser feita entre hepatoblastoma e fígado fetal e não
amostras de fígado de adultos.
A presença de hipermetilação em 7 (RASSF1A, SOCS1, CDKN2A,
RARB, APC, CDH1 e GSTP1) dos 25 genes estudados já havia sido
avaliada em hepatoblastomas (HARADA et al. 2002; SUGAWARA et al.
2007). HARADA et al. (2002), estudaram o perfil de metilação da região
promotora de 9 genes (RASSF1A, RARB, GSTP1, p16INK4A, MGMT, APC,
DAPK, CDH1 e CDH13) em 175 tumores pediátricos dos quais 27 eram
hepatoblastoma, através de MSP convencional. Nesse estudo os autores
encontraram uma freqüência de hipermetilação de 19% para RASSF1A, de,
4% para RARB e 4% para GSTP1. Os autores não identificaram
hipermetilação para os outros 6 genes estudados. Estes números são
diferentes do encontrado em nosso estudo (80 % RASSF1A, 30% RARB,
30% APC e 10% GSTP1). O artigo publicado, entretanto, não descreve
quais dinucleotídeos CG supostamente metilados foram analisados e,
portanto, não podemos afirmar, com certeza, se o estudo pode ser
68
comparado ao nosso. Outro motivo pelo qual a frequência de hipermetilação
encontrada em nosso trabalho foi maior que a do estudo em questão é o fato
de termos utilizado MSP-Q, que é uma técnica mais sensível do que a MSP
convencional, método utilizado pelo primeiro autor.
O gene mais frequentemente hipermetilado em nossas análises foi o
RASSF1A, localizado no locus 3p21.3, que codifica uma proteína
semelhante a uma proteína efetora de RAS em camundongos (Nore1). O
produto deste gene parece interagir com a proteína de reparo XPA e
também inibir o acúmulo de ciclina D1, induzindo, dessa forma, a parada do
ciclo celular. Existem evidências de que a perda ou expressão alterada
desse gene esteja associada à patogênese do câncer de pulmão e mama
(SHIVAKUMAR et al. 2002; WONG et al. 2004; TOMMASI et al. 2005).
SUGAWARA et al. (2007), utilizando MSP convencional e
sequenciamento de DNA tratado com bissulfito, verificaram a presença de
hipermetilação na região promotora de RASSF1A em 38,5% dos 39 casos
de hepatoblastoma avaliados. Essa freqüência é, evidentemente, menor que
a encontrada em nossa pesquisa (80%), porém pode resultar tanto da maior
sensibilidade do método aplicado em nosso estudo, quanto apenas de
diferenças populacionais ou amostrais. No entanto, uma diferença relevante
entre as duas amostras é que o estudo de SUGAWARA et al. (2007) utilizou
apenas amostras pré-quimioterapia, enquanto as nossas foram todas
coletadas após neoadjuvância. Assim, pode-se questionar se a exposição ao
quimioterápico não teria alguma relação com essa diferença. De fato, estudo
de KOUL et al. (2004), revelou uma freqüência aumentada de hipermetilação
69
de RASSF1A em tumores de células germinativas resistentes à cisplatina
quando comparados aos sensíveis (KOUL et al. 2004).
É possível, portanto,
que em nossas amostras tenha ocorrido uma forma de seleção natural
durante a exposição à cisplatina, gerando uma maior representatividade de
clones resistentes à quimioterapia e, na hipótese de esta associação
realmente existir, uma maior freqüência de hipermetilação em RASSF1A.
Neste caso a hipermetilação de RASSF1A poderia ser útil como um
marcador de resistência ao tratamento com cisplatina.
A responsividade a drogas derivadas de platina incentivou a utilização
de esquemas de tratamento contendo quimioterapia neoadjuvante para
todos os casos de hepatoblastoma, independente da condição de
ressecabilidade tumoral no momento do diagnóstico. Uma das grandes
críticas a essa conduta é a possibilidade de se retardar o tratamento
definitivo curativo de um hepatoblastoma inicialmente ressecável com a
utilização de quimioterápicos para um tumor que pode ser quimiorresistente
(MUELLER et al. 2006). A identificação de genes relacionados à resistência
quimioterápica pode propiciar a descoberta de novas drogas
antineoplásicas, seguindo o princípio da terapia-alvo.
A aplicação dos conhecimentos relativos à metilação, neste sentido,
pode ser verificada nos estudos recentes de eficácia de inibidores da DNA
metiltransferase em uma série de neoplasias como revisados por LYKO e
BROWN (2005). De fato, desde a década de 90 se utilizava o agente 5-aza-
desoxicitidina, em altas doses, como agente citotóxico para o tratamento de
neoplasias. A partir de 2000, com o conhecimento de sua ação desmetilante,
70
o agente passou a ser utilizado em baixas doses no tratamento de
neoplasias hematológicas, com resultados promissores (MIYAMOTO E
USHIJIMA 2005). Assim, uma eventual relação causal entre metilação do
DNA e carcinogênese do hepatoblastoma poderia justificar a utilização de
tais agentes inibidores também nesse tipo de tumor.
Além disso, SUGAWARA et al. (2007) observaram também que os
pacientes que apresentavam RASSF1A metilado evoluíam com piores taxas
de sobrevida global em 6 anos quando comparados aos não-metilados (SG
6 anos = 40% X 95,8%, respectivamente; p<0,001). Em nosso estudo não
observamos diferença entre as taxas de sobrevida globais dos pacientes
quando comparados os estados de metilação de RASSF1A (SG 5 anos 75%
metilado X 74,45% não metilado; p=0,915). No entanto, como apenas 4
pacientes não apresentavam hipermetilação para este gene, a ausência de
diferença pode ter sido devido apenas à escassez de indivíduos neste grupo.
O gene APC constitui um supressor de tumor, localizado no
cromossomo 5q21 e codifica a proteína apc, envolvida na degradação de
CTNNB1 (que codifica a beta-catenina), participando da via de sinalização
Wnt. Defeitos deste gene estão relacionados com a gênese da Polipose
Adenomatosa Familial (FAP), sídrome de Gardner e síndrome de Turcot
(FOULKES 1995). Na maioria das vezes as mutações do gene APC levam à
produção de uma proteína truncada não fucional. Além disso, a inativação
de ambos os alelos deste gene parece ser necessária para o
desenvolvimento de adenomas e carcinomas na FAP (GALIATSATOS e
FOULKES 2006). Como mencionado anteriormente, pacientes portadores de
71
FAP possuem risco elevado de desenvolvimento de hepatoblastoma nos
primeiros 4 anos de vida (HERZOG et al. 2000). Além disso, em tumores
esporádicos, como o carcinoma hepatocelular, já foi demonstrada
hipermetilação da região promotora deste gene, bem como o seu
silenciamento (CSEPREGI et al. 2008). Dessa forma, é plausível imaginar
que a inativação de APC através da hipermetilação de sua região promotora
possa ser um mecanismo relacionado também à gênese do hepatoblastoma.
De fato, em nosso estudo encontramos 30% de metilação aberrante em
APC, sendo que nenhuma das amostras de fígado normal apresentou
alteração detectável.
O gene SOCS1, localizado no locus 16p13.13, codifica uma proteína
ligante de JAK que faz parte de um sistema de feedback negativo e tem
como função regular a transdução de sinal dependente de citocinas na via
JAK/STAT3. A ausência de SOCS1, portanto, poderia deixar livre a atividade
kinase de JAK, induzindo, em última instância, ao crescimento e proliferação
celular (NAGAI et al. 2003; WU et al. 2006). A associação entre
hipermetilação e silenciamento transcricional do gene SOCS1 já havia sido
descrita em hepatoblastomas por NAGAI et al. (2003). Nesse estudo, os
autores encontraram hipermetilação na região promotora de SOCS1 em 7 de
15 hepatoblastomas avaliados (46,6%). No entanto, este grupo avaliou a
presença de metilação em uma região diferente da avaliada em nosso
estudo, por isso as freqüências obtidas não podem ser comparadas. Além
disso, os autores não correlacionaram o achado de metilação deste gene
com características clínicas dos pacientes. Em nossa investigação
72
verificamos não haver associação entre a presença de metilação em SOCS1
e características prognósticas clássicas para o hepatoblastoma, entretanto
parece haver menor freqüência dessa alteração epigenética nos tumores
que apresentam componente mesenquimal (hepatoblastoma misto) quando
comparados aos subtipos puros. Apesar de não ser consensualmente aceita,
a presença de componente mesenquimal em hepatoblastomas após
quimioterapia neoadjuvante tem sido relacionada com maior resposta à
quimioterapia (SAXENA et al. 1993). Não existem relatos na literatura, até o
momento, de associações entre características clínicas de pacientes com
hepatoblastoma e presença de metilação em SOCS1. Entretanto, o fato de
esta alteração molecular estar presente em 40% dos tumores investigados e
em nenhuma amostra de fígado normal fetal, constitui indício de uma
possível associação entre este achado e o processo de carcinogênese do
hepatoblastoma. WU et al. (2006) investigaram a presença de metilação de
SOCS1 em pacientes com síndrome mielodisplásica, uma condição pré-
leucêmica. Foi verificado que a presença de metilação nesse gene estava
positivamente relacionada com mutações no gene NRAS e inversamente
associada com características cariotípicas de bom prognóstico. Além disso,
pacientes com metilação em SOCS1 possuíam um risco cumulativo maior de
transformação leucêmica, quando comparados aos seus pares.
Observamos em nosso estudo que não apenas a presença de
hipermetilação no gene MT1G estava relacionada a um pior prognóstico,
como também o nível dessa hipermetilação, ou seja, quanto maior o nível de
metilação pior o prognóstico. Este gene, localizado no locus 16q13, codifica
73
a proteína Metalotioneína 1G, que contém grande quantidade de resíduos
cisteína, e se liga a vários metais pesados. Aparentemente sua função
biológica está relacionada com a homeostase do zinco e cobre e com a
proteção contra toxicidade ao cádmio. JAHROUDI et al. (1990)
demonstraram que a atividade transcricional do gene aumenta com a
exposição a metais pesados e dexametasona. Nesse mesmo estudo os
autores demonstraram que a metilação do DNA se relaciona com o
silenciamento transcricional de MT1G em células de rim embrionário
(JAHROUDI et al. 1990). Além disso, HUANG et al. (2003) observaram
reexpressão de MT1G em linhagem celular K2 após tratamento com o
agente desmetilante 5-Aza e o inibidor de histona deacetilase Tricostatina
(HUANG et al. 2003). Mais recentemente, NAGATA et al. (2003)
compararam o padrão de expressão de hepatoblastomas com tecido
hepático normal não-tumoral através de experimentos de array de
oligonucleotídeos e, entre os genes que se mostraram hipoexpressos em
hepatoblastomas, encontrava-se o MT1G. HENRIQUE et al. (2005)
demonstraram que a hipermetilação de MT1G estava associada com
estádios mais avançados de câncer de próstata. Além disso, a metilação
para esse gene não foi encontrada em nenhuma das 13 amostras de
próstata normais investigadas, o que indica que essa alteração molecular
pode estar associada a estados patológicos.
Os nossos achados mostram que MT1G apresenta uma discreta
metilação em fígado fetal normal e que a taxa de sobrevida dos pacientes
com hepatoblastoma parece se correlacionar negativamente com os níveis
74
de hipermetilação deste gene. Estes fatos sugerem que este pode ser um
bom marcador tumoral de prognóstico em casos de hepatoblastoma.
Entretanto, a avaliação de um número maior de casos é necessária para
uma conclusão definitiva a respeito desta afirmativa.
75
7 CONCLUSÕES
1. Conseguimos avaliar o perfil de metilação de porcentual significativo
dos casos que tinham material disponível no arquivo do
Departamento de Patologia do Hospital A. C. Camargo (apenas 4 de
24 amostras não amplificaram após tratamento com bissulfito).
2. Através da técnica de MSP-Q foi determinada a freqüência de
hipermetilação da região promotora de 25 genes (AIM1, APC,
CALCA, CCNA1, CCND2, CDH1, COX2 (PTGS2), DAPK, ESR1,
GSTP1, MGMT, MINT31, MLH1, ARF, CDKN2B, CDKN2A, RARB,
RASSF1A, RB1, SOCS1, THBS1, TIMP3, MT1G, SFRP1,
HIN1(SCGB3A1)) em 20 amostras de hepatoblastoma e em 5
amostras de fígado normal fetal
3. Os genes mais frequentemente metilados nos tumores e com baixa
metilação nos tecidos normais foram RASSF1A (80%), o MT1G
(55%), o SOCS1 (40%) e o APC (30%).
4. Observamos associação estatisticamente significativa entre pior
sobrevida global e a presença de metilação no gene MT1G. Além
disso, através de análise por regressão de Cox, observamos que não
apenas a presença de metilação parece influenciar a sobrevida
desses pacientes, mas também que o nível de metilação de MT1G
pode ser importante, uma vez que quanto maior o nível de metilação,
menor a sobrevida estimada.
76
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