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Campus de São José do Rio Preto
Construção de um mapa comparativo
preliminar do cromossomo 6 do búfalo de
rio (Bubalus bubalis) utilizando um painel
de células somáticas híbridas irradiadas
Nedenia Bonvino Stafuzza
Dissertação apresentada ao Programa de
Pós-Graduação em Genética, como parte
das exigências para obtenção do Título de
Mestre.
São José do Rio Preto – SP
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Campus de São José do Rio Preto
Construção de um mapa comparativo
preliminar do cromossomo 6 do búfalo de
rio (Bubalus bubalis) utilizando um painel
de células somáticas híbridas irradiadas
Nedenia Bonvino Stafuzza
Dissertação apresentada ao Programa de
Pós-Graduação em Genética, como parte
das exigências para obtenção do Título de
Mestre.
Orientador: Profª Drª M. Elisabete J.
Amaral
São José do Rio Preto –
SP
Fevereiro 2007
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Stafuzza, Nedenia Bonvino.
Construção de um mapa comparativo preliminar do cromossomo 6 do
búfalo de rio (Bubalus bubalis) utilizando um painel de células somáticas
híbridas irradiadas / Nedenia Bonvino Stafuzza. - São José do Rio Preto :
[s.n], 2007.
53 f. : il ; 30 cm.
Orientador: Maria Elisabete Jorge Amaral
Dissertação (mestrado) – Universidade Estadual Paulista,
Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas
1. Genética animal. 2. Mapeamento cromossômico. 3. Cromossomo
6. 4. Búfalo de rio – Genética molecular. I. Amaral, Maria Elisabete
Jorge. II. Universidade Estadual Paulista, Instituto de Biociências,
Letras e Ciências Exatas. III. Título.
CDU – 575.116.4
NEDENIA BONVINO STAFUZZA
C
ONSTRUÇÃO DE UM MAPA COMPARATIVO PRELIMINAR DO CROMOSSOMO
6
DO
BÚFALO DE RIO
(
B
UBALUS BUBALIS
)
UTILIZANDO UM PAINEL DE CÉLULAS SOMÁTICAS
HÍBRIDAS IRRADIADAS
.
COMISSÃO JULGADORA
DISSERTAÇÃO PARA OBTENÇÃO DO GRAU DE MESTRE
Presidente e Orientador: Profa. Dra. M. Elisabete Jorge Amaral
2
º
Examinador: Profa. Dra. Eliana Morielle Versute
3
º
Examinador: Prof. Dr. Humberto Tonhati
São José do Rio Preto, 27/Fevereiro/2007.
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STAFUZZA, N. B. Construção de um mapa comparativo preliminar do
cromossomo 6 do búfalo de rio (Bubalus bubalis) utilizando um painel de
células somáticas híbridas irradiadas. São José do Rio Preto, 2007. 53p.
Dissertação (Mestrado em Genética) – Instituto de Biociências, Letras e
Ciências Exatas, Universidade Estadual Paulista “Júlio de Mesquita Filho”.
Nesse trabalho apresentamos o primeiro mapa comparativo do cromossomo 6
do búfalo de rio (BBU6), desenvolvido a partir da utilização de um painel de
células somáticas híbridas irradiadas búfalo-roedor com fragmentação de 5000
rads. O mapa preliminar construído é composto por 33 marcadores, os quais
estão ordenados em dois grupos de ligação compostos por 12 microssatélites,
19 genes codificantes e duas ESTs. A freqüência de retenção observada entre
os marcadores variou de 14.4% a 40%. A ordem dos marcadores dentro dos
grupos de ligação do BBU6, em sua maioria, é consistente com o mapa RH
bovino. Esse mapa preliminar do BBU6 é um ponto de partida para comparar a
ordem dos genes entre as espécies, fornecendo uma oportunidade para
estudar micro-arranjos nesse cromossomo, além de possibilitar a clonagem
posicional em búfalo de rio.
Palavras-chave: búfalo de rio, BBU 6, mapeamento RH.
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STAFUZZA, N. B. Construction of preliminary comparative map of river buffalo
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SUMÁRIO
I. Introdução
11
1. A Importância Econômica do Búfalo de rio 11
2. O Genoma do Búfalo de rio 14
3. Panorama atual do mapeamento genômico do búfalo de rio 16
4. O Cromossomo 6 do Búfalo de rio 21
II. Objetivos
24
III. Artigo submetido à publicação
26
IV. Discussão 37
V. Conclusão
42
VI. Referências Bibliográficas
45
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1. A importância econômica do búfalo de rio
O búfalo é uma espécie originária da Ásia e África, de onde se
difundiu para praticamente todos os continentes, cuja população mundial está
estimada em 146 milhões de animais, apresentando uma taxa de crescimento
anual em torno de 2% (Tonhati et al., 2000). Sugere-se que a domesticação do
búfalo tenha ocorrido a aproximadamente 5000 anos, sendo que hoje essa
espécie encontra-se espalhada por 38 países na Ásia, Europa, África e
América do Sul (Nanda e Nakao, 2003). O Brasil, segundo o ANUALPEC
(2006) possui o maior rebanho das Américas com uma população estimada em
1 milhão de animais, englobando as raças Jafarabadi, Murrah, Mediterrâneo e
Carabao (CPATU-Embrapa, 2006).
A história do búfalo no Brasil tem origem no final do século XIX,
na Ilha de Marajó no estado do Pará. Atualmente, a população brasileira de
búfalos é destinada à produção de carne e leite, onde metade do rebanho se
concentra na região Norte e o restante se espalha por praticamente todos os
estados. O primeiro pólo de produção do estado de São Paulo foi instalado na
década de 1950 no Vale do Ribeira, onde hoje cerca de 250 criadores
produzem carne, leite e derivados, sendo que o estado de São Paulo já
responde por cerca de 10% dos animais da população nacional.
A população de búfalo de rio no Brasil vem apresentando nos
últimos 5 anos o maior índice de crescimento dentre todos os animais de
interesse econômico, com uma taxa anual de crescimento em torno de 10%,
representando uma proporção quatro vezes maior do que em bovinos. Algumas
das características inerentes da espécie são: docilidade, adaptabilidade e
precocidade, vida útil até os 15 anos (cinco anos a mais que a de bovino),
grande produtividade em leite e carne, alta taxa de natalidade (80%) e
mortalidade inferior a 3% ao ano (ABCB, 2006).
Pesquisas comparando as qualidades químicas e nutricionais
das carnes bubalina e bovina revelaram que a carne de búfalo tem 40% menos
colesterol, 12 vezes menos gordura, 55% menos calorias, 11% mais proteína e
10% mais minerais. Além disso, apresenta superioridade em composição
nutricional e baixo índice de gordura intramuscular, permitindo a obtenção de
uma carne magra e saudável (CPATU-Embrapa, 2006).
O leite de búfala também apresenta uma superioridade na
composição química em relação ao leite de vaca, calculada em: 43,81% em
sólidos totais, 43,60% em gordura, 17,10% em extrato seco desengordurado,
41,54% em proteínas, 2,4% em lactose, 15,30% em resíduo mineral fixo,
42,10% em cálcio e 42,86% em fósforo (CPATU-Embrapa, 2006).
Em todo o país o búfalo tem se tornado uma boa opção
econômica, principalmente pela exploração leiteira e conseqüente elaboração
do queijo Mozzarella (Tonhati et al., 2000). A composição físico-química do
leite de búfala permite maior rendimento na fabricação de produtos lácteos,
além de conferir-lhes excepcional qualidade (Tonhati et al., 1996). O leite de
búfala, dada suas características peculiares, é a matéria-prima ideal para a
elaboração de diversos tipos de queijos, sendo que o segmento industrial
paulista produz: Mozzarella, coalhada, ricota e queijo frescal, além de doce de
leite e manteiga como derivados do leite de búfala.
Trata-se de um animal de extrema versatilidade, podendo
produzir carne, leite e força de tração em todas as latitudes, longitudes e
altitudes (Silva et al., 2003). Dentre todos os animais domésticos, o búfalo de
rio apresenta a maior promessa em potencial para a produção (Nanda e
Nakao, 2003).
2. O genoma do búfalo de rio
Os 146 milhões de búfalos no mundo são divididos em duas
espécies: os numerosos búfalos asiáticos (Bubalus bubalis) e o raro bufalo
africano (Syncerus caffer). Os búfalos asiáticos são divididos em duas
subespécies: o búfalo de rio (2n=50) e o búfalo de pântano (2n=48). Os búfalos
de rio são os mais numerosos, correspondendo a 80% da população bubalina
mundial (Iannuzzi, 1994).
O número diplóide de cromossomos (2n) da família Bovidae
varia de 30 à 60, mas o número de braços cromossômicos é relativamente
constante, variando de 56 à 58 para a maioria dos cariótipos de bovídeos
(Cribiu et al., 2001). Wurster e Benirschke (1968) especularam que a
constância em número de braços autossômicos é indicativo de fusões cêntricas
e que a estimativa cromossômica para os bovídeos originou-se de um cariótipo
primitivo de 58 cromossomos autossomos acrocêntricos, uma condição vista
em bovino (Bos taurus taurus e Bos taurus indicus), cabra (Capra hircus) e
outros bovídeos (Gallagher e Womack, 1992; Othman, 2004).
O genoma do búfalo de rio consiste em cinco pares de
cromossomos autossomos metacêntricos e 19 pares acrocêntricos, além do
par de cromossomos sexuais X e Y. O genoma bovino, por sua vez, consiste
de 29 cromossomos autossomos acrocêntricos e um par de cromossomos
sexuais (Iannuzzi et al., 2003). Os cinco primeiros cromossomos do búfalo de
rio são os metacêntricos, resultantes de fusões entre cromossomos
acrocêntricos do genoma bovídeo ancestral (Iannuzzi, 1994).
Estudos envolvendo a conservação de genes de um mesmo
grupo sintênico têm relatado uma extensa conservação cromossômica entre
boi e búfalo (El Nahas et al., 1996; El Nahas et al., 2001; Iannuzzi et al., 2001a;
Navani et al., 2002). Sintenia significa “no mesmo fio”, que em termos
genéticos corresponde “no mesmo cromossomo” (Womack, 1996). Assim,
conservação de sintenia, ou seja, a localização de dois ou mais genes
ortólogos no mesmo cromossomo em diferentes espécies permitiu estabelecer
uma correspondência de todos os grupos sintênicos do genoma bovino com os
cromossomos do búfalo de rio (El Nahas et al., 2001; Iannuzzi et al., 2003;
Othman, 2004).
3. Panorama atual do mapeamento genômico do búfalo de
rio
Apesar de uma população relativamente grande e em
crescimento, e levando-se em consideração que o búfalo de rio apresenta
importância econômica em muitos países, estudos envolvendo caracterização
e manipulação do genoma encontram-se atrasados quando comparados com
os estudos genômicos de outras espécies de interesse econômico. Isto se
reflete, por exemplo, no número de marcadores moleculares mapeados no
genoma bubalino, com apenas 302 marcadores (Iannuzzi et al., 2003; Di Meo
et al., 2006). O genoma bovino por sua vez apresenta cerca de 3200
marcadores moleculares mapeados (Womack, 2005).
A partir de um projeto de pesquisa iniciado em 2004 no
Laboratório de Genômica Comparativa - IBILCE/UNESP, com financiamento
conjunto da Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de São Paulo
(FAPESP - Processo 02/10150-5) e da fundação Americana “National Science
Foundation” (processo OISE-0405-743), foi construída uma ferramenta
genômica de última geração para o mapeamento do genoma bubalino. Esta
ferramenta genômica consiste de um painel celular de 90 linhagens de células
somáticas irradiadas do genoma total bubalino fusionadas com o genoma de
roedor (painel RH – radiation hybrid panel). O esforço conjunto dessas
instituições financiadoras resultou no estabelecimento do programa de
colaboração internacional FAPESP-NSF, intitulado: “U.S.- Brazil collaborative
Research: Program to develop a RH map of the river buffalo genome”. Esta
ferramenta genômica já foi caracterizada em nível molecular e já se encontra
disponível à comunidade científica nacional e internacional para trabalhos em
colaboração (Amaral et al., in press).
A ferramenta genômica de painéis de células somáticas
híbridas irradiadas tem sido extensivamente utilizada no mapeamento das
principais espécies de animais de interesse econômico desde o final da década
de 90, quando a tecnologia originalmente empregada no mapeamento do
genoma humano (Cox et al., 1990), foi utilizada de maneira pioneira por
Womack e colaboradores (1997) no mapeamento do genoma bovino. Desde
então, a tecnologia de mapeamento de genomas eucarióticos, por meio de
painéis RHs tem sido aplicada em estudos de diversos animais, como, por
exemplo, cachorro (Priat et al., 1998), porco (Hawken et al., 1999), zebrafish
(Geisler et al., 1999), camundongo (Van Etten et al., 1999), gato (Murphy et al.,
1999), cavalo (Kiguwa et al., 2000) e mais recentemente em búfalo de rio
(Amaral et al., in press).
O sucesso da utilização desta ferramenta na construção de
mapas genômicos, principalmente do genoma de animais de interesse
econômico, se deve ao poder desta técnica no mapeamento comparativo de
genes, os quais são, geralmente, conservados entre as espécies e por este
motivo não são incluídos nos mapas de ligação tradicionais devido à falta de
variação alélica (Boehnke et al., 1991; Murphy et al., 2000). Outra vantagem da
tecnologia de mapeamento de genomas eucarióticos por meio de painéis de
células somáticas híbridas irradiadas reside no fato de ser utilizada em
conjunto com a tecnologia de PCR. A associação das tecnologias de RH e de
PCR permitem que o mapeamento genômico da espécie de interesse seja
realizado em larga escala.
A disponibilidade de uma ferramenta genômica adequada ao
mapeamento do genoma de uma espécie fornece a possibilidade de
exploração por informações do genoma nunca antes possível. Particularmente
no caso do genoma bubalino, ainda inexplorado, o desenvolvimento de um
mapa do genoma total desta espécie irá permitir uma rápida e eficiente
transferência de informação dos mapas gerados em outras espécies próximas
de ruminantes, como o bovino, facilitando a identificação de genes candidatos
relacionados com características de interesse econômico por meio da
comparação dos genomas (Yang e Womack, 1998; O´Brien et al., 1999;
Murphy et al., 2000).
O mapeamento comparativo entre o búfalo e outras espécies
de mamíferos, como por exemplo, bovino, humano e camundongo, também
poderá ser realizado (Schibler et al., 1998). De particular importância é a
comparação da ordem gênica de regiões cromossômicas destas duas espécies
de ruminantes, búfalo e bovino, um estudo e
elementos funcionais no genoma humano, muitos dos quais não foram
detectados pela comparação entre o genoma humano e de camundongo.
Assim, considerando a necessidade de entender, sobretudo a porção
codificante do genoma bubalino e também do bovino, estudos comparativos
poderão fornecer informações valiosas sobre o funcionamento destes
genomas, informações estas não detectáveis a partir de comparações entre
espécies mais distantes, como por exemplo, com o genoma humano.
Assim, o estudo do genoma bubalino torna-se de fundamental
importância para identificação e manipulação de genes responsáveis por
características de interesse econômico como resistência a parasitas, ganho de
peso, produção e qualidade de leite, produção e qualidade de carne, fertilidade
e reprodução, os quais poderão ser aplicados na criação de estratégias
racionais para otimizar a utilização e conservação da disponibilidade da
variabilidade genética em búfalos, no melhoramento genético desses animais e
um maior retorno econômico para o setor (Kumar et al., 2006).
4. O cromossomo 6 do búfalo de rio
O cromossomo 6 bubalino é o primeiro cromossomo
acrocêntrico do cariótipo. Estudos citogenéticos realizados com o búfalo de rio
envolvendo hibridização in situ (Iannuzzi et al., 2003) e genética de células
somáticas (El Nahas et al., 2001) identificaram o cromossomo 6 do genoma
bubalino (BBU6) como homólogo ao cromossomo 3 bovino (BTA3).
Na mais recente revisão dos marcadores mapeados no
genoma do búfalo de rio, publicado por Iannuzzi et al. (2003), há a indicação de
somente 6 genes (ACADM, CRP, HSD3B1, NGFB, NRAS e UOX) e 6
marcadores do tipo microssatélite (BM723, D3S2, D3S25, D3S29, D3S4 e
S100A6) no BBU6. Por outro lado, o mais atual mapa do BTA3 (Everts-van der
Wind et al., 2004), um mapa do tipo RH, apresenta um total de 88 marcadores.
O BBU6 é um cromossomo extremamente interessante com
muito ainda para ser explorado, principalmente se for considerado que nos
cromossomos correspondentes em bovino (BTA3) e ovino (OAR1) foram
indicadas regiões com QTLs (Quantitative Trait Loci) relacionadas com
produção e qualidade de leite (Calvo et al., 2006). O BTA3 tem sido descrido
como um dos principais cromossomos bovinos portador de regiões de QTL
com efeitos pleiotrópicos em múltiplos traços relacionados com produção e
qualidade do leite, apresentando vários trabalhos descritos na literatura
(Georges et al., 1995; Heyen et al., 1999; Frank et al., 2002; Plante et al., 2001;
Olsen et al., 2002; Khatkar et al., 2004; Schulman et al., 2004). Dentre essas
regiões de QTL presentes no BTA3 destaca-se a D3S20-D3S34-D3S3 que
controla características relacionadas com a produção de leite, a qual apresenta
uma extensa conservação de sintenia entre diversas espécies incluindo
humano, camundongo e ovino (Frank et al., 2002).
A maioria dos traços economicamente importantes do búfalo de
rio, assim como em todos os animais domésticos, são poligênicos e
conseqüentemente difíceis de isolar e identificar em nível de genoma.
Entretanto, o sucesso recente em identificar os loci de características
quantitativas (QTL) em bovinos e em outras espécies de animais domésticos
demonstrou novas oportunidades de análise destes traços continuamente
distribuídos (Montgomery, 2000; Khatkar et al., 2004).
Embora alguns trabalhos tenham indicado genes a
cromossomos específicos de búfalo (Iannuzzi et al., 1993a; 1993b; 1993c;
1994; 1996a; 1996b; 1998; 1999; 2001a; 2001b; 2001c; 2003) utilizando
métodos como hibridização in situ, a construção de um mapa do tipo RH do
cromossomo 6 bubalino faz-se essencial, uma vez que as informações geradas
a partir de um mapa saturado de marcadores poderão contribuir para os
programas de melhoramento genético desta espécie, para seleção de genes
candidatos em regiões de características quantitativas mapeadas, clonagem
posicional e futuramente para a manipulação de genes que codifiquem
proteínas de interesse econômico.
A geração de um mapa comparativo entre o BBU6 e o BTA3
permitirá, ainda, avanços no conhecimento sobre os mecanismos de rearranjos
cromossômicos que acompanharam a evolução desses cromossomos, em
especial durante a evolução da família Bovidae (Womack, 2005).
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Visando contribuir para o conhecimento dos genes presentes
no cromossomo 6 bubalino e sua relação com o genoma bovino, o presente
trabalho teve como objetivos:
•
avaliar o aproveitamento de pares de primers para PCR derivados
do cromossomo 3 bovino para o mapeamento do cromossomo 6 do genoma de
búfalo-de-rio;
•
construir um mapa preliminar do tipo RH do cromossomo 6 do
búfalo de rio utilizando a estratégia de mapeamento por meio de células
somáticas híbridas irradiadas, integrando marcadores do tipo microssatélite,
ESTs (Etiquetas de Seqüências Expressas) e genes codificantes;
realizar uma prévia análise comparativa entre o cromossomo 6
bubalino e o cromossomo 3 bovino, evidenciando as porções de conservação
de sintenia entre os mesmos.
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Revista Animal Genetics – ISSN impresso: 0268-
9146 / ISSN
eletrônico: 1365-2052. Oxford – England
Short communication
Preliminary comparative RH mapping between river buffalo chromosome 6
(BBU6) and bovine chromosome 3 (BTA3).
N. B. STAFUZZA
1
, P. IANELLA
1
, M. N. MIZIARA
1
, A. A. SCHÄFFER
2
, R.
AGARWALA
2
, J. E. WOMACK
3
, P. K. RIGGS
4
and M. E. J. AMARAL
1
1
UNESP – São Paulo State University, IBILCE, Dept. Biologia, São Jose Rio Preto,
SP, 15054-000, Brazil.
2
National Center for Biotechnology Information, National Institutes of Health,
Department of Health and Human Services, Bethesda, Maryland 20894, USA.
3
Department of Veterinary Pathobiology, Texas A&M University, College Station, TX
77843, USA.
4
Department of Animal Science, Texas A&M University, College Station, TX, 77843,
USA
Summary
We present the first radiation hybrid map of BBU6 developed from a recently
constructed river buffalo whole-genome radiation hybrid panel (BBURH
5000
). The
preliminary map contains 33 cattle-derived markers, including 12 microsatellites, 19
coding genes and two ESTs, distributed in two linkage groups. The retention frequency
of individual markers ranged from 14.4% to 40.0%. Most of the marker order within the
linkage groups is consistent with the cattle RH maps. This preliminary BBU6 RH map
is the starting point for comparing gene order between both species, presenting
opportunity for examination of micro-rearrangements of these chromosomes and,
thereby enhancing the possibility of positional candidate cloning in river buffalo.
Keywords: river buffalo, chromosome 6, RH mapping
A member of the Bovidae family, river buffalo (Bubalus bubalis)
contributes immensely to the world agricultural economy as a resource for meat and
milk production, as well as draught power. In the countries where buffalo are
economically important livestock, scientific resources are limited. Consequently,
genome research in this important species lags behind the level at which research is
supported for many other domestic species (Womack 2005).
High quality genome maps are essential for the identification of genes
affecting economically important traits in domestic animals, but few resources exist for
river buffalo, aside from rudimentary somatic cell maps (El Nahas et al. 1996) and
cytogenetic maps (Iannuzzi, et al. 2003).
Cytogenetic studies in river buffalo involving in situ hybridization and
somatic cell genetics (El Nahas et al. 2001; Iannuzzi et al. 2003) have identified river
buffalo chromosome 6 (BBU6) as orthologous to domestic cattle (Bos taurus)
chromosome 3 (BTA3). The conserved synteny observed between both chromosomes
allows the use of cattle markers for mapping of the corresponding buffalo chromosome.
The most recent reports regarding river buffalo genome mapping (Iannuzzi et al. 2003;
Di Meo et al. 2006) describe a total of 302 loci physically assigned to its genome, with
the BBU6 map containing only 12 loci (six genes and six microsatellites) assigned by
FISH. In contrast, the map of BTA3 includes 88 radiation hybrid (RH) markers (Everts-
vand der Wind et al. 2004) and also has been reported to anchor numerous QTLs with
pleiotropic effects on multiple milk production traits, such as milk yield, protein
percentage, protein yield, fat percentage and fat yield (Khatkar et al. 2004).
In this report, we present a preliminary comparative RH map between
BBU6 and BTA3 based on cattle-derived markers published on linkage and RH maps
and its comparison with BTA3 RH map of (Ihara et al. 2004; Everts-vand der Wind et
al. 2004; 2005) in order to establish the order within the syntenic conservation between
both species. It was anticipated that PCR primers for most of the BTA3 markers would
amplify from buffalo DNA. Although some PCR amplification failures were observed,
the percentage of cattle PCR primers from microsatellites, ESTs and coding genes
producing reliable scores are consistent with those described by Amaral et al. (2007).
PCR reactions were performed in a MJ Research PTC-200 (Peltier Thermal
Cycler) thermocycler with thermal gradient. The markers were scored after
amplification of DNA from the 90 radiation hybrid lines and control bovine and hamster
DNA by PCR in 96-well micro titer plates, as described elsewhere (Amaral et al., 2007).
PCR reactions containing: 50ng of DNA, 10mM Tri-HCl, 1.5 mM MgCl
2
,
50mM KCl, pH 8.3 (20ºC), 10 mM dNTPs, 0.2 mM each primer, and 0.5 unit of Taq
polymerase (AmpliTaq Gold, Perkin Elmer Applied Biosystems, Foster City, CA), were
carried out in a total volume of 10 µl. PCR conditions included an initial denaturation at
94ºC for 10 min, followed by 35 cycles of 94ºC for 30 sec (denaturation), 50 to 65ºC for
30 sec (annealing -according with the primer pair), and extension of 72ºC for 30 sec,
with a final extension of 7 min at 72ºC.
Most of the PCR primer pairs produced amplified products exclusively from
buffalo DNA, and did not amplify hamster DNA. Eight markers (BMS835, NRAS,
IDVGA53, BMS963, MUF1, BMS2904, BMS723 and F3), also showed PCR
amplification from the control hamster DNA. From this group, five markers (BMS835,
NRAS, IDVGA53, BMS963 and MUF1), were suitable for the scoring because the PCR
products from the hybrid cell lines were easily distinguished from the hamster control.
The remaining three markers were discarded.
The PCR products were electrophoresed through 2% agarose gels in 1.0X
TBE buffer containing ethidium bromide, and photographed under UV light. PCR
products were scored as 1 for presence, 0 for absent, or 2 for ambiguous amplification.
All primer sets were typed twice with the RH panel DNA and scored independently, in
order to increase the accuracy of the results. Primer pairs that showed ambiguous results
were typed a third time.
The BBU6 RH map was constructed using the software rh_tsp_map
(Agarwala et al. 2000) and CONCORDE (Applegate et al. 1998) linked to QSopt. We
used the maximum likelihood criterion and our framework maps are called "MLE-
consensus" maps estimated by software analysis (Agarwala et al. 2000).
A total of thirty-three markers were typed with the BBURH
5000
panel
requiring a LOD score greater than 5. All 33 markers were placed on the MLE-
consensus map, of which 29 were in the computed map and four were placed in bins.
The markers were distributed in two linkage groups, LG1 including 21 markers (10
coding genes, one cattle EST and 10 microsatellites) and LG2 with 12 markers (nine
coding genes, one EST and two microsatellites) (Fig.1). The BBU6 LG1 spans 303.2 cR
and BBU6 LG2 spans 334.9 cR, giving a total length of approximately 638.1 cR.
Additional information about the mapped markers is described on Table 1.
The retention frequency (RF) of the mapped markers ranged from 14.4% for
RPS8 to 40.0% for NRAS. The marker order on both linkage groups is not entirely
consistent with the cattle RH maps (Everts-van der Wind et al. 2004; 2005). When data
was available, the corresponding position of the markers within the linkage groups was
also verified regarding their cytogenetic assignment on BBU6 (IDVGA-53, HSD3B1,
CSSM054, NGFB, NRAS and UOX).
Since a prior linkage map does not exist for river buffalo, our BBU6 RH
map results were compared with the BTA3 second generation RH map (Everts-van der
Wind et al. 2004). Few disagreements were observed in the order of the markers on
both linkage groups obtained from BBU6. However, since the BBU6 RH map generated
does not cover the entire length of the buffalo chromosome, enough information is not
available to characterize signs of disrupted conservation. By mapping 19 new genes, we
initiate the comparative map of the BBU6, verifying that high density RH maps can be
generated based on the available bovine genome information. Increasing the number of
genes on BBU6 and comparing their positions to the map locations on BTA3 will
elucidate the conserved breakpoints between these two chromosomes.
References
Agarwala R., Applegate D.L., Maglott D., Schuler G.D. & Schäffer A.A. (2000) A Fast
and Scalable Radiation Hybrid Map Construction and Integration Strategy. Genome
Research 10, 350-64.
Amaral et al. Construction of a river buffalo (Bubalus bubalis) whole-genome radiation
hybrid panel and preliminary RH mapping of chromosomes 3 and 10. In press
Applegate D., Bixby R., Chvátal V. & Cook W. (1998) On the solution of traveling
salesman problems. Documenta mathematica, extra volume International Congress of
Mathematics: III, 645-56.
Brinkmeyer-Langford C., Raudsepp T., Lee E-J. et al. (2005) A High-Resolution
Physical Map of Equine Homologues of HSA19 Shows Divergent Evolution Compared
to Other Mammals. Mammalian Genome 16, 631-49.
Di Meo G.P., Gallagher D., Perucatti A. et al. (2006) Mapping of 11 genes by FISH to
BTA2, BBU2q, OAR2q and CHI2, and comparison with HSA2q. Animal Genetics 37,
299-300.
El Nahas S.M., Oraby H.A., de Hondt H.A. et al. (1996) Synteny mapping in river
buffalo. Mammalian Genome 7, 831-4.
El Nahas S.M., de Hondt H.A. & Womack J.E. (2001) Current status of the river buffalo
(Bubalus bubalis L.) gene map. The Journal of Heredity 92, 221-5.
Everts-van der Wind A., Kata S.R., Band M.R. et al. (2004) A 1463 gene cattle-human
comparative map with anchor points defined by human genome sequence coordinates.
Genome Research
14
, 1424-37.
Everts-van der Wind A., Larkin D.M., Green C.A. et al. (2005) A high-resolution
whole-genome cattle-human comparative map reveals details of mammalian
chromosome evolution. Proceedings of the National Academy of Science of the United
States of America 102, 18526-31.
Iannuzzi L., Di Meo G.P., Perucatti A. et al. (2003) The river buffalo (Bubalus bubalis,
2n = 50) cytogenetic map: assignment of 64 loci by fluorescence in situ hybridization
and R-banding. Cytogenetic and Genome Research 102, 65-75.
Ihara N., Takasuga A., Mizoshita K. et al. (2004) A comprehensive genetic map of the
cattle genome based on 3802 microsatellites. Genome Research 14, 1987-98.
Khatkar M.S., Thomson P.C., Tammen I. & Raadsma H.W. (2004) Quantitative trait
loci mapping in dairly cattle: review and meta-analysis. Genetics Selection Evolution
36, 163-90.
Williams J.R., Eggen A., Ferretti L. et al. (2002) A bovine whole-genome radiation
hybrid panel and outline map. Mammalian Genome 13, 469-74.
Womack J. E. (2005) Advances in livestock genomics: Opening the barn door. Genome
Research 15, 1699-705.
Figure 1. Comparison of the BBU6 RH map (center) with the buffalo cytogenetic (left),
and the bovine RH map from BTA3 (right). The framework markers, whose order is
better than the second best at least 0.50 LOD score units, are shown in bold letters.
Markers common to both BBU and BTA RH maps are joined by a solid line. The
distances in cR
5000
are shown in the left of each corresponding map.
Rh cRay
BE217553
DYPD
AW267062
BE217553
MB101
UWCA7
0.0
7.8
CRABP2
34.3
IDVGA-53
48.6
RM019
82.6
TUFT1
93.1
CSSM054133.2
HSD3B1
141.4
BL41
152.4
NRAS
180.6
BMS963
UOX
0.0
PTGFR
47.1
INRA041
69.7
PGM1114.3
AW267062
125.5
J780 127R18 7.69224 Tj4.32824 0 Td(.)Tj2.05 3412733 0 0 8.33333 0 0 cm BT/R15 7.69224 Tf0.998097 0 0 1 257.64 554.04 Tm(1)Tj4.328298.8d(4)Tj4.20801 0 Td(1)Tj4.20801 0 Td(.)Tj4.20801 0 Td(.)Tj/R18 7.69224 Tf29.5763 -10.08 Td(H)Tj05333-36.208(1)TjET Q2517 4665 mTj4.20801 0 Td(5)Tj6.49236 0 Td(0)Tj4.32824 0 Td(.)Tj2.04389 0 Td(1)5j4.32824 0 Td122 267169d122 1 344 0 3 0 0 8.33333 0 0 cm BT/R15 7.69224 Tf0.998097 0 0 1 256.56 322.08 Tm(1)Tj4.2084.2 Td(1)Tj4.20801 0 Td(4)Tj4.32824 0 Td(.)Tj2.04389 0 Td(7)Tj/R18 7.69224 Tf31.2595 -13.56 Td(J)Tj4.328238.208(W)Tj7.33396 0 Td(2)Tj5.16984 0 Td(S)Tj4.68892 0 Td(1)7j4.32824 0 Td1803 56725d1803 180S23133 0 0 8.33333 0 0 cm BT/R15 7.69224 Tf0.998097 0 0 1 257.16 533.28 Tm(1)Tj4.208 250 Td(9)Tj4.32824 0 Td(.)Tj5.65075 0 Td(1)Tj2.04389 0 Td(7)Tj/R18 7.69224 Tf30.5381 -17.52 Td(I)Tj65830532665 mTj4.20801 0 Td(5)Tj6.01144 0 Td(X)TjET Q2522 3103 m2701 2675 lS1222 34143281222 1758.37333 0 0 8.33333 0 0 cm BT/R15 7.69224 Tf0.998097 0 0 1 261.72 635.88 Tm(4)Tj4.208130 Td(O)Tj4.32824 0 Td(.)Tj2.04824 0 Td(.)Tj2.04389 0 Td(1)Tj/R18 7.69224 Tf28.6145 -30.24 Td(C)Tj4.328245d(R)Tj5.53053 0 Td(A)Tj5.16984 0 Td(S)Tj5.04961 0 Td(G)Tj4.32824 0 Td1662 5067 m2370 5062 0 Td166S23533 0 0 8.33333 0 0 cm BT/R15 7.69224 Tf0.998097 0 0 1 257.64 554.04 Tm(1)Tj4.208198d(O)Tj4.32824 0 Td(.)Tj2.16412 0 Td(1)Tj4.20801 0 Td(1)Tj/R18 7.69224 Tf31.2595 -9.96 Td(A)Tjj6583052 0 Td(D)Tj5.53053 0 Td(3)TjET Q2517 4432 mGj4.32824 0 Td1447 3414 131447 5062 0 Td11 5.33333 0 0 8.33333 0 0 cm BT/R15 7.69224 Tf0.998097 0 0 1 265.8 411.24 Tm(0)Tj4.328175.530(4)Tj4.32801 0 Td(6)Tj4.20801 0 Td(2)Tj2.16412 0 Td(0)Tj/R18 7.69224 Tf99.5763 -10.08 Td(H)Tj05333-3 0 Td(M)Tj6.49961 0 Td(2)TjET Q2517 5377 mTj5.53053 0 Td(3)8j4.32824 0 Td1223 56727d1223 5062 0 Td122S23333 0 0 8.33333 0 0 cm BT/R15 7.69224 Tf0.998097 0 0 1 261.48 373.8 Tm(4)Tj4.3281490 Td(4)Tj4.32801 0 Td(6)Tj4.32824 0 Td(.)Tj2.04412 0 Td(0)Tj/R18 7.69224 Tf99.57632333 022933.36 604.811m(4)Tj126.7326500 Td(.)3jET Q84727 Td(1)Tj4. Q84727 Td(1)d(7)T48659 S245.530(1)Tj4. Q84727 Td(1)1(7)T4844 m3053 60 Td(S)2jET Q84727 Td(1)Tj4. Q84727 Td(1)j4.3-8.77658 76 Td(T)Tj4. Q84727 Td(1)2(7)T4814.31053 d(T)Tj4. Q84727 Td(1)3(7)T4884727 -16( )’(T)Tj4. Q84727 Td(1)Tj2.-4.53841824 092T
Marker Type RF
(%)
Marker
placement
distance
cR
Tm
(ºC)
Forward primer (5’-3’) Reverse primer (5’-3’)
LG1
UWCA7
1
MS 32.2 0.0 61
TGTAGCTCCCTGGAGGAGAA GCAAATACAACCCAGTCTGGTG
BE217553
2
EST 33.3 placed 50
TCTGAATCTTAACCAAAAAT CAAAGCTGAGACCCCTACAT
MB101
1
MS 32.2 7.8 65
AGGAATATCTGTATCAACCTCAGTC CTGAGCTGGGGTGGGAGCTATAAATA
CRABP2
3
Gene 30.0 34.3 65
AAACAGGGAGGGGGACACTTT TCGTTGGTCAGTTCTCTGGT
IDVGA-53*
1
MS 25.5 48.6 65
ACGGGACGCCTCGGTCAGTG GAAGGGGAAGGGGAAGATGAAC
R3.72724 0 Td( )Tj.d(G)160 1 70.44 595.44 Tm(B)Tj5.53075 0 Td(E)Tj5.29028 0 Td(2)Tj4.20818 0 Td9(A)Tj5.41014 0 Td(T)Tj4.56856 0 Td(G)Tj5.53036 0 Td(A)Tj5.AG
4
Nakata L.C., Kata S.R., Womack J.E., Coutinho L.L., Amaral M.E. (2006)
Assignment of the bovine PTGFR and HSD3B1 genes to bovine chromosome 3 with
somatic and radiation hybrid panel mapping. Cytogenetic and Genome Research 114,
94E.
5
NCBI Map Viewer - Electronic PCR UniSTS:253506
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/sts/sts.cgi?uid=253506
I
I
V
V
.
.
D
D
i
i
s
s
c
c
u
u
s
s
s
s
ã
ã
o
o
Um total de 54 pares de primers para PCR derivados do BTA3
(29 microssatélites, 21 genes codificantes e 4 ESTs) foram testados no
genoma bubalino. Destes, 33 pares de primers (12 microssatélites, 19 genes e
2 ESTs) amplificaram produtos adequados ao mapeamento do cromossomo 6
bubalino. Dos 21 pares de primers que foram excluídos (17 microssatélites, 2
genes e 2 ESTs), 3 não amplificaram produto de PCR com o DNA bubalino
(BE217536, BMS2095, BE217521), 15 apresentaram amplificações
inespecíficas com o DNA bubalino (BM7225, BMC5227, HUJ246, IDVGA-27,
HUJII77, CA065, RME23, IDVGA-35, BM4021, BMS2522, BM4129, S100A6,
BM862, NEED5, RM003) e 3 amplificaram produtos de mesmo tamanho com o
DNA de búfalo e de roedor (BMS723, BMS2904 , F3).
Quando comparado a porcentagem de aproveitamento de
pares de primers para PCR de seqüências codificantes (84%) com as de
seqüências não codificantes (41%), observa-se que um número maior de
primers que amplificam genes e ESTs foram utilizados com sucesso. Esse
resultado já era esperado, visto que as seqüências codificantes apresentam-se
mais conservadas entre os mamíferos do que as seqüências repetitivas do tipo
microssatélite, que em sua maioria são espécie-específica.
É importante ressaltar que a ausência de amplificação com
DNA bubalino utilizando um par de primer desenhado a partir da seqüência do
genoma bovino não exclui a possibilidade da presença da seqüência homóloga
em búfalo, uma vez que não existe disponível na literatura a seqüência do
genoma bubalino para que possa ser realizada essa comparação.
A freqüência de retenção dos marcadores mapeados nas
linhagens híbridas do painel apresentou uma variação de 14,4% com o
marcador RPS8 a 40% com o marcador NRAS. A diferença na freqüência de
retenção observada com o marcador RPS8 é justificada pelo fato desse gene
ter sido mapeado na porção telomérica do cromossomo 6 bubalino, ou seja,
região com menor chance de ser mantida durante o processo de fusão da
célula irradiada (búfalo) com a célula doadora (roedor) na formação dos clones
durante a construção do painel.
Um mapa preliminar cR
5000
do cromossomo bubalino 6 foi
construído com 33 marcadores, representado um total de 638,1 cR, distribuídos
em dois grupos de ligação com um LOD score > 5. O grupo de ligação 1 (LG1)
apresentou um tamanho de aproximadamente 303,2 cR contendo 21
marcadores (10 microssatélites, 10 genes e 1 EST). Já o grupo de ligação 2
(LG2) apresentou um tamanho de aproximadamente 334,9 cR, composto por
12 marcadores (2 microssatélites, 9 genes e 1 EST) (Fig. 1).
A ordem dos marcadores dentro dos grupos de ligação não se
apresenta inteiramente consistente com os mapas de ligação (Ihara et al.,
2004) e RH do genoma bovino (Everts-van der Wind et al., 2004; 2005).
Quando comparado com o mapa citogenético do cromossomo 6 bubalino
publicado por Iannuzzi e colaboradores (2003), os marcadores IDVGA-53,
HSD3B1, CSSM054 e UOX apresentam a mesma ordem indicada por FISH,
enquanto que os genes NGFB e NRAS aparecem em posições invertidas. No
entanto, considerando o número de marcadores mapeados nesta fase, não
foram obtidas informações suficientes para caracterizar sinais de quebra na
conservação. A adição de novos marcadores nesse grupo de ligação (LG1)
poderá elucidar essa questão.
Como não há mapa de ligação do genoma de búfalo de rio
disponível na literatura, as análises comparativas foram realizadas com o mapa
RH do BTA3 apresentado na segunda geração de mapas RH do genoma
bovino (Everts van-der Wind et al., 2004). O BTA3 também apresenta 2 grupos
de ligação: o grupo de ligação 1 (LG1) com 58 marcadores distribuídos em
142,1 cR e o grupo de ligação 2 (LG2) com 30 marcadores distribuídos em
160.7 cR. Entre os mapas RH do BTA3 e do BBU6 há 21 marcadores em
comum, onde foram observadas algumas inversões nas posições de alguns
marcadores, como por exemplo, entre o gene TUFT1 e o microssatélite RM019
(Fig. 1).
A correlação entre as distâncias de um mapa RH (medida em
centiray) e as distâncias de um mapa genético (medido em centimorgan) pode
indicar a extensão do mapa obtido (Williams et al., 2002). Na ausência de
mapa de ligação do genoma de búfalo, o mapa RH do BBU6 foi comparado
com o mais recente mapa de ligação do BTA3 que possui 128,9 cM (Ihara et
al., 2004), na tentativa de gerar uma primeira avaliação da extensão do mapa
RH obtido em cM e em pares de bases. Desse modo, foram comparados o
primeiro marcador do LG1 (UWCA7) com o último marcador do LG2 (BMS835)
presentes no mapa RH do BBU6 e no mapa de ligação do BTA3. Assim, o
tamanho do intervalo em cR no mapa RH do BBU6 totalizou 492,7 cR,
enquanto que o tamanho deste mesmo intervalo no mapa de ligação do BTA3
totalizou 81,7 cM, gerando uma correlação aproximada de 6 cR para cada 1
cM. Considerando-se que 1 cM corresponde à aproximadamente 1MB (White
et al., 1989) podemos especular que o tamanho do intervalo do mapa RH do
BBU6 possui aproximadamente 82 MB. Com esse resultado, podemos ainda
inferir que o mapa do BBU6 gerado apresenta uma cobertura de 63,4% deste
cromossomo.
V
V
.
.
C
C
o
o
n
n
c
c
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l
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o
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A partir dos resultados obtidos, podemos chegar às conclusões
descritas abaixo:
• os primers para PCR desenvolvidos a partir de seqüências do
BTA3, incluindo aqueles que amplificam genes codificantes, ESTs e
microssatélites mostraram um aproveitamento de 61% quando utilizados com o
DNA de búfalo de rio, representando uma importante fonte de marcadores a
ser utilizada no mapeamento RH do BBU6. Com o sequenciamento completo
do genoma bovino disponível no banco de dados público NCBI (National
Center for Biotechnology Information)
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=genomeprj&cmd=Retrieve&d
opt=Overview&list_uids=10708), aliado ao número de marcadores mapeados
no BTA3 e à metodologia de mapeamento utilizando células somáticas híbridas
irradiadas torna possível a geração de mapas RH de alta resolução deste
cromossomo bubalino;
• pela primeira vez o cromossomo 6 bubalino foi estudado com a
utilização da tecnologia de mapeamento RH e no nível de resolução obtido,
onde 33 novos marcadores foram mapeados, integrando 19 genes codificantes,
2 ESTs e 12 microssatélites;
• ao realizar a análise comparativa entre os mapas RH dos
cromossomos BBU6 e BTA3, poucas discrepâncias foram observadas quanto à
ordem dos marcadores em ambos os grupos de ligação. Porém, o número de
marcadores mapeados deve ser levado em consideração;
• dezenove genes foram mapeados no BBU6, possibilitando o início
dos estudos de mapeamento comparativo entre este cromossomo e o BTA3.
V
V
I
I
.
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R
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g
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á
á
f
f
i
i
c
c
a
a
s
s
ABCB. Associação Brasileira dos Criadores de Búfalos
http://www.bufalo.com.br/ Acesso em: 10 dezembro 2006.
AMARAL, M. E. J. et al. Construction of a river buffalo (Bubalus bubalis) whole-
genome radiation hybrid panel and preliminary RH mapping of chromosome 3
and 10.
Animal Genetics.
In press.
ANUALPEC
http://ifnp.org.br/
BOEHNKE, M.; LANGE, K.; COX, D. R. Statistical methods for multipoint
radiation hybrid mapping.
The American Journal of Human Genetics
, v. 49,
p. 1174-88, 1991.
BOFFELLI, D. et al. Phylogenetic shadowing of primate sequences to find
functional regions of the human genome. Science, v. 299, p. 1391-4, 2003.
CALVO, J. H. et al. Isolation, mapping and identification of SNPs for four genes
(ACP6, CGN, ANXA9, SLC27A3) from a bovine QTL region on BTA3.
Cytogenetic and Genome Research
, v. 114, p. 39-43, 2006.
COX, D. R. et al. Radiation hybrid mapping: A somatic cell genetic method for
constructing high-resolution maps of mammalian chromosomes.
Science
, v.
250, p. 245-50, 1990.
CPATU–Embrapa.
Amazônia Oriental: Rebanho bubalino.
http://www.cpatu.embrapa.br/ Acesso em: 15 dezembro 2006.
CRIBIU, E. P. et al. International System for Chromosome Nomenclature of
Domestic Bovids.
Cytogenetics and Cell Genetics
, v. 92, p. 283-99, 2001.
DI MEO, G. P. et al. Thirteen type I loci from HSA4q, HSA6p, HSA7q and
HSA12q were comparatively FISH-mapped in four river buffalo and sheep
chromosomes.
Cytogenetic and Cell Genetics,
v. 90, p. 102-5, 2000.
DI MEO, G. P. et al. Comparative mapping of twenty-eight bovine loci in sheep
(Ovis aries, 2n = 54) and river buffalo (Bubalus bubalis, 2n = 50) by FISH.
Cytogenetic and Genome Research,
v. 98, p. 262-4, 2002.
DI MEO, G. P. et al. Mapping of 11 genes by FISH to BTA2, BBU2q, OAR2q
and CHI2, and comparison with HSA2q.
Animal Genetics
, v. 37, p. 299-300,
2006.
EL NAHAS, S. M. et al. Synteny mapping in river búfalo.
Mammalian Genome,
v. 7, p. 831-4, 1996.
EL NAHAS, S. M., DE HONT, H. A., WOMACK, J. E. Current status of the river
búfalo (Bubalus bubalis L.) gene map. The Journal of Heredity, v. 92, p. 221-
25, 2001.
EVERTS-VAN DER WIND, A. E. et al. Gene cattle-human comparative map
with anchor points defined by human genome sequence coordinates.
Genome
Research
, v. 14, p. 1424-37, 2004.
EVERTS-VAN DER WIND, A. E. et al. A high-resolution whole-genome cattle-
human comparative map reveals details of mammalian chromosome evolution.
Proceedings of the National Academy of Science
, v. 102, p. 18526-31,
2005.
FRANK, M. T. et al. Homogeneity of recombination rate within a conserved
region on BTA3 that contains QTL.
Animal Genetics, v. 33, p. 56-60, 2002.
GALLAGHER, D. S. J.; WOMACK, J. E. Chromosome conservation in the
Bovidae. Journal of Heredity, v. 83, p. 287-97, 1992.
GEISLER, R. et al. A radiation hybrid map of the zebrafish genome.
Nature Genetics
, v. 23, p. 86-9, 1999.
GEORGES, M. et al. Mapping quantitative trait loci in dairy cattle by exploiting
progeny testing.
Genetics
, v. 139, p. 907-20, 1995.
HAWKEN, R. J. et al. A first-generation porcine whole-genome radiation hybrid
map.
Mammalian Genome
, v. 10, p. 824-30, 1999.
HEYEN, D. W. et al. A genome scan for QTL influencing milk production and
health traits in dairy cattle.
American Physiological Society
, v.1, p. 165-75,
1999.
IANNUZZI, L. et al. Chromosomal localization of the major histocompatibility
complex in cattle and river buffalo by fluorescent in situ hybridization.
Hereditas
, v. 118, p. 187-90, 1993a.
IANNUZZI, L. et al. Chromosomal localization of the lysozyme gene cluster in
river buffalo (Bubalus bubalis L.).
Chromosome Research
, v. 1, p. 253-5,
1993b.
IANNUZZI, L. et al. Chromosomal localization of omega and trophoblast
interferon genes in cattle and river buffalo by sequential R-banding and
fluorescent in situ hybridization.
Cytogenetics and Cell Genetics
, v. 62, p.
224-7, 1993c.
IANNUZZI, L. Standard karyotype of the river buffalo (Bubalus bubalis L.,
2n=50). Report of the committee for the standardization of banded karyotypes
of the river buffalo.
Cytogenetics and Cell Genetics
, n. 67, p. 102-13, 1994.
IANNUZZI, L. et al. Assignment of genes coding for leukocyte surface
molecules to river buffalo chromosomes.
Veterinary Immunology and
Immunopathology
, v. 52, p. 435-43, 1996a.
IANNUZZI, L. et al. High-resolution FISH mapping of
β
-defensin genes to river
buffalo and sheep chromosomes suggests a chromosome discrepancy in cattle
standard karyotypes.
Cytogenetics and Cell Genetics
, v. 75, p. 10-3, 1996b.
IANNUZZI, L. et al. Eight molecular markers from bovine syntenic groups U2,
U5, U24, U14, U12, U28, X and Y were fluorescence in situ mapped to eight
river buffalo chromosomes. Chromosome Research, v. 6, p. 656-9, 1998.
IANNUZZI, L. et al. Comparative FISH-mapping of six expressed gene loci to
river buffalo and sheep chromosomes.
Cytogenetic and Cell Genetics
, v. 84,
p. 161-3, 1999.
IANNUZZI, L. et al. FISH-mapping of 31 type I loci (Texas markers) to river
buffalo chromosomes.
Chromosome Research
, v. 9, p. 339-42, 2001a.
IANNUZZI, L. et al. Twelve loci from HSA10, HSA11 and HSA20 were
comparatively FISH-mapped on river buffalo and sheep chromosomes.
Cytogenetic and Cell Genetics
, v. 93, p. 124-6, 2001b.
IANNUZZI, L. et al. Comparative FISH-mapping in river buffalo and sheep
chromosomes: assignment of forty autosomal type I loci from sixteen human
chromosomes.
Cytogenetic and Cell Genetics,
v. 94, p. 43-8, 2001c.
IANNUZZI, L. et al. The river buffalo (Bubalus bubalis, 2n = 50) cytogenetic
map: assignment of 64 loci by fluorescence in situ hybridizatio and R-banding.
Cytogenetics and Cell Genetics
, v. 102, p. 65-75, 2003.
IHARA, N. A et al. Comprehensive Genetic Map of the Cattle Genome Based
on 3802 Microsatellites.
Genome Research
, v. 14, p. 1987-98, 2004.
KHATKAR, M. S. et al. Quantitative trait loci mapping in dairy cattle: review and
meta-analysis.
Genetics Selection Evolution
, v. 36, p. 163-90, 2004.
KIGUWA, S. L. et al. A horse whole-genome-radiation hybrid panel:
chromosome 1 and 10 preliminary maps. Mammalian Genome, v. 11, p. 803-5,
2000.
KOONIN, E. V.; ARAVIND, L.; KONDRASHOV, A. S. The impact of
comparative genomics on our understanding of evolution.
Cell,
v.101, p. 573-6,
2000.
KUMAR, S. et al. Genetic variation and relationships among eight Indian
riverine buffalo breeds. Molecular Ecology, v. 15, p. 593-600, 2006.
MONTGOMERY, G. W. Genome mapping in ruminants and map locations for
genes influencing reproduction.
Journal of Reproduction and Fertility
, v. 5, p.
25-37, 2000.
MURPHY, W. J. et al. Development of a feline whole genome radiation hybrid
panel and comparative mapping of human chromosome 12 and 22 loci.
Genomics, v. 53, p. 1-8, 1999.
MURPHY, W. J. et al. A Radiation Hybrid Map of the Cat Genome: Implications
for Comparative Mapping.
Genome Research
, v. 10, p. 691-702, 2000.
MURPHY, W. J.; STANYON, R.; O’BRIEN, S. J. Evolution of mammalian
genome organization inferred from comparative gene mapping.
Genome
Biology
, v. 2, p.1-5, 2001.
NANDA, A. S.; NAKAO, T. Role of buffalo in the socioeconomic development of
rural Asia: current status and future prospectus.
Animal Science Journal
, v.
74, p. 443-55, 2003.
NAVANI, N. et al. A set of cattle microsatellite DNA markers for genome
analysis of riverine buffalo (Bubalus bubalis).
Animal Genetics, v. 33, p. 149-54, 2002.
NCBI. National Center for Biotechnology Information.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ Acesso em: 18 Janeiro 2007.
O’BRIEN, S. J. et al. The promise of comparative genomics in mammals.
Science
, v. 286, p. 458-81, 1999.
OLSEN, H. G. et al. A Genome Scan for Quantitative Trait Loci Affecting Milk
Production in Norwegian Dairy Cattle.
Journal of Dairy Science
, v. 85, p.
3124-30, 2002.
OTHMAN, E. O. Chromosome and gene mapping homology between river
buffalo, cattle and sheep using molecular markers.
Biotechnology
, v.2, p. 119-
25, 2004.
PLANTE, Y. et al. Detection of Quantitative Trait Loci Affecting Milk Production
Traits on 10 Chromosomes in Holstein Cattle.
Journal of Dairy Science
, v. 84,
p. 1516-24, 2001.
PRIAT, C. et al. A whole-genome radiation hybrid map of the dog genome.
Genomics
, v. 54, p. 361-78, 1998.
SCHIBLER, L. et al. Comparative Gene Mapping: A Fine-Scale Survey of
Chromosome Rearrangements between Ruminants and Humans.
Genome
Research,
v. 8, p. 901-15, 1998.
SCHULMAN, N. F. et al. Quantitative trait Loci for Health Traits in Finnish
Ayrshire Cattle.
Journal of Dairy Science
, v. 87, p. 443-9, 2004.
SILVA, M. S. T. et al.
Programa de incentivo a criação de búfalos por pequenos
produtores.
PRONAF
. Agosto 2003.
TONHATI, H. et al. Melhoramento genético em bubalinos. Programa Vale do
Ribeira, SP.
Simposio nacional de melhoramento genético animal,
Ribeirao
Preto-SP, p.69-72, 1996.
TONHATI, H. et al. Parâmetros para produção de leite, gordura e proteínas em
bubalinos.
Revista Brasileira de Zootecnia
, v. 29, p.2051-56, 2000.
VAN ETTEN, W. J. et al. Radiation hybrid map of the mouse genome.
Nature Genetics, v. 22, p. 384-7, 1999.
WHITE, R. et al. Linkage maps of human chromosomes.
Genome
, v. 31, p.
1066-72, 1989.
WILLIAMS, J. L. et al. A bovine whole-genome radiation hybrid panel and
outline map.
Mammalian Genome
, v. 13, p. 469-74, 2002.
WOMACK, J. E. Genome analysis in farm animals.
Genomes of Plants and
Animals
. 21 st Stadler Genetics Symposium, p. 127-37, 1996.
WOMACK, J. E. et al. A whole-genome radiation hybrid panel for bovine gene
mapping.
Mammalian Genome,
v.8, p. 854-856, 1997.
WOMACK, J. E. Advances in livestock genomics: opening the barn door.
Genome Research, v.15, p. 1699-705, 2005.
WURSTER, D. H.; BENIRSCHKE, K. Chromosome studies in the super family
Bovoidea.
Chromosoma
, v. 25, p. 152-71, 1968.
YANG, Y. P.; WOMACK, J. E. Parallel radiation hybrid mapping: a powerful tool
for high-resolution genomic comparison.
Genome Research
, v. 8, p. 731- 6,
1998.
Autorizo a reprodução deste trabalho
São José do Rio Preto, 27/03/2007
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