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Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto
Departamento de Química
Programa de Pós-Graduação em Química
Estudos, por simulação molecular, das propriedades estruturais,
dinâmicas e relações com a atividade do fator de crescimento de
fibroblastos básico e mutantes , nos meios aquoso e etanólico.
Gustavo Henrique Brancaleoni
Orientador Prof. Dr. Léo Degrève
Tese apresentada à Faculdade de
Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto da
Universidade de São Paulo, como parte das
exigências para a obtenção do título de Doutor
em Ciências, Área: Química
RIBEIRÃO PRETO -SP
2007
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2
FICHA CATALOGRÁFICA
Brancaleoni, Gustavo Henrique
Estudos, por simulação molecular, das propriedades estruturais,
dinâmicas e relações com a atividade do fator de crescimento de
fibroblastos básico e mutantes , nos meios aquoso e etanólico.
Ribeirão Preto, 2007.
194 p. : il. ; 30cm
Orientador Degrève, Léo.
1. Simulação molecular. 2. Fator de crescimento. 3. bFGF. 4.
growth factor.
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3
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3.1 - Dinâmica Molecular ........................................................................................21
3.2 - Detalhes das simulações ..................................................................................27
3.3 - Métodos de análise ..........................................................................................28
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4.1 - Resultados e discussões ...................................................................................31
4.1.1 - Estruturas secundária e terciária................................................................31
4.1.2 - Ligações de hidrogênio intramoleculares ..................................................33
4.1.3 - Ligações de hidrogênio intermoleculares ..................................................37
4.1.3.1 – Solvatação pela água. ........................................................................37
4.1.3.2 - Solvatação por etanol.........................................................................41
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5.1 - Propondo mutantes..........................................................................................51
5.2 - Resultados e discussões ...................................................................................53
5.2.1 - Estruturas secundária e terciária................................................................53
5.2.2 - Ligações de hidrogênio.............................................................................54
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6.1 – Resultados e discussões................................................................................61
6.1.1 – Estruturas secundárias e terciárias ............................................................61
6.1.2 – As ligações de hidrogênio que estabilizam o complexo 2:2 bFGF-FGFR1.
............................................................................................................................63
6.1.2.1 –Ligações de hidrogênio entre os bFGF e os domínios D2 dos FGFR1.64
6.1.2.2 –Ligações de hidrogênio entre os bFGF e as regiões que interligam os
domínios D2 e D3 de ambos os FGFR1. ..........................................................65
6.1.2.3 –Ligações de hidrogênio entre os bFGF e os domínios D3....................66
6.1.2.4 –Ligações de hidrogênio entre os receptores FGFR1. ...........................68
6.1.2.5 – Ligações de hidrogênio entre o dímero 2:2 bFGF-FGFR1 e as
moléculas de heparina......................................................................................69
6.1.2.6 – Ligações de hidrogênio entre o dímero 2:2 bFGF-FGFR1 e solvente
em soluções aquosa e etanólica. .......................................................................72
4
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Tabela 1 – Seqüência primária do bFGF. .............................................................87
Tabela 2 - Configuração dos sistemas simulados por dinâmica molecular ............88
Tabela 3 – Estrutura secundária do bFGF(1-155). ................................................89
Tabela 4 - Ângulos de Ramachandram do bFGF. .................................................90
Tabela 5 – Ligações de hidrogênio intramoleculares da cadeia principal do bFGF
em meio aquoso...................................................................................................91
Tabela 6 – Ligações de hidrogênio intramoleculares da cadeia principal do M6B-
bFGF em meio aquoso.........................................................................................92
Tabela 7- Ligações de hidrogênio intramoleculares da cadeia principal do M1-
bFGF em meio aquoso.........................................................................................93
Tabela 8 –Ligações de hidrogênio intramoleculares da cadeia principal do bFGF
em meio etanólico................................................................................................94
Tabela 9 – Ligações de hidrogênio intramoleculares da cadeia principal do M6B-
bFGF em meio etanólico......................................................................................95
Tabela 10- Ligações de hidrogênio intramoleculares da cadeia principal do M1-
bFGF em meio etanólico......................................................................................96
Tabela 11- Ligações de hidrogênio intermoleculares entre o bFGF e as moléculas
de etanol..............................................................................................................97
Tabela 12- Ligações de hidrogênio intermoleculares entre o M6B-bFGF e as
moléculas de etanol .............................................................................................97
Tabela 13- Ligações de hidrogênio intermoleculares entre o M1-bFGF e as
moléculas de etanol .............................................................................................98
Tabela 14 - Número de ligações de hidrogênio intermoleculares (nHB) do bFGF e
tempos de existência das ligações proteína-etanol no meio aquoso e em solução
água/etanol (* aminoácidos com hidroxilas nas cadeias laterais que fazem ligações
de hidrogênio intermoleculares com as moléculas de etanol)................................99
Tabela 15 – Ligações de hidrogênio intramoleculares da cadeia principal do
mutante NY2Q-bFGF ........................................................................................100
Tabela 16- Ligações de hidrogênio intramoleculares da cadeia principal do mutante
SYT5Q-bFGF....................................................................................................101
Tabela 17 – Ligações de hidrogênio intramoleculares da cadeia principal do
mutante FL4Q-bFGF .........................................................................................102
Tabela 18 – Número de ligações de hidrogênio intermoleculares e tempos de
existência das ligações proteína-etanol do bFGF e do mutante NY2Q-bFGF no
meio aquoso e em solução água etanol (* aminoácidos com hidroxilas nas cadeias
laterais)..............................................................................................................103
Tabela 19- Número de ligações de hidrogênio intermoleculares e tempos de
existência das ligações proteína-etanol do bFGF e do mutante SYT5Q-bFGF no
meio aquoso e em solução água/etanol (* aminoácidos com hidroxilas nas cadeias
laterais)..............................................................................................................104
Tabela 20- Número de ligações de hidrogênio intermoleculares e tempos de
existência das ligações proteína-etanol do bFGF e do mutante FL4Q-bFGF no
meio aquoso e em solução água/etanol (* aminoácidos com hidroxilas nas cadeias
laterais)..............................................................................................................105
Tabela 21 - Seqüência primária do complexo 1:1 bFGF-FGFR1. .......................106
5
Tabela 22 – Ligações de hidrogênio intermoleculares do complexo bFGF-FGFR1
em meio aquoso.................................................................................................107
Tabela 23 – Ligações de hidrogênio intermoleculares e seus respectivos tempos de
existência do complexo bFGF-FGFR1 no meio aquoso e em solução água/etanol.
..........................................................................................................................108
01
Figura 1 - Etapas do ciclo de divisão celular. .....................................................109
Figura 2- Estrutura terciária do bFGF. ...............................................................110
Figura 3 – Resíduos do bFGF substituídos para produzir o mutante M6B-bFGF.
..........................................................................................................................111
Figura 4 – Posições dos resíduos substituídos do bFGF para produzir o mutante
M1-bFGF. .........................................................................................................112
Figura 5 - Estrutura terciária (porções extracelular, transmembrana e
citoplasmática) do receptor de membrana (FGFR-1) do fator de crescimento de
fibroblastos básico (bFGF).................................................................................113
Figura 6- Tetrassacarídeo composto pela D-acetilglucosamina e pelo ácido urônico.
..........................................................................................................................114
Figura 7: Estrutura do aminoácido alanina (Ala)................................................114
Figura 8: Estrutura do aminoácido arginina (Arg) ..............................................115
Figura 9: Estrutura do aminoácido asparagina (Asn) ..........................................116
Figura 10: Estrutura do aminoácido ácido aspártico (Asp) .................................117
Figura 11 : Estrutura do aminoácido cisteína (Cys) ............................................118
Figura 12: Estrutura do aminoácido glutamina (Gln)..........................................119
Figura 13: Estrutura do aminoácido ácido glutâmico (Glu) ................................120
Figura 14: Estrutura do aminoácido glicina (Gly)...............................................120
Figura 15: Estrutura do aminoácido histidina (His) ............................................121
Figura 16: Estrutura do aminoácido isoleucina (Ile) ...........................................122
Figura 17: Estrutura do aminoácido leucina (Leu)..............................................123
Figura 18: Estrutura o aminoácido lisina (Lys)...................................................124
Figura 19: Estrutura o aminoácido metionina (Met) ...........................................125
Figura 20: Estrutura o aminoácido fenilalanina (Phe).........................................126
Figura 21: Estrutura o aminoácido prolina (Pro).................................................127
Figura 22: Estrutura o aminoácido serina (Ser) ..................................................127
Figura 23: Estrutura o aminoácido treonina (Thr)...............................................128
Figura 24: Estrutura o aminoácido triptofano (Trp)............................................129
Figura 25: Estrutura o aminoácido tirosina (Tyr)................................................130
Figura 26: Estrutura o aminoácido valina (Val)..................................................131
Figura 27 - Estrutura terciária do bFGF (as estruturas dos mutantes M6B-bFGF e
M1-bFGF são semelhantes) no meio aquoso. Em meio etanólico, as estruturas são
igualmente semelhantes. A face 1 (folhas 2-3) está representada na cor verde, a
face 2 (folhas 6-7) está representada na cor magenta, a face 3 (folhas 10-11)
está representada na cor amarela e a base da pirâmide (folhas 1-12 , 4-5 , 8-
9) está representada na cor azul........................................................................132
Figura 28 – Desvio quadrático médio do bFGF nos meios aquoso e etanólico....133
Figura 29 - Desvio quadrático médio do M6B-bFGF nos meios aquoso e etanólico.
..........................................................................................................................134
Figura 30 - Desvio quadrático médio do M1-bFGF nos meios aquoso e etanólico.
..........................................................................................................................135
Figura 31 – Desvio quadrático médio por resíduo do bFGF em meio aquoso. ....136
6
Figura 32 - Desvio quadrático médio por resíduo do bFGF em solução etanólica.
..........................................................................................................................137
Figura 33 - Desvio quadrático médio por resíduo do M6B-bFGF em meio aquoso.
..........................................................................................................................138
Figura 34 - Desvio quadrático médio por resíduo do M6B-bFGF em solução
etanólica. ...........................................................................................................139
Figura 35 - Desvio quadrático médio por resíduo do M1-bFGF em meio aquoso.
..........................................................................................................................140
Figura 36 - Desvio quadrático médio por resíduo do M1-bFGF em solução
etanólica. ...........................................................................................................141
Figura 37 - Diagrama de Ramachandran: (1) folha beta ; (2) e (3) alfa hélice.....142
Figura 38 – Ângulos de Ramachandran do bFGF no meio aquoso......................143
Figura 39 – Ângulos de Ramachandran do bFGF em solução etanólica..............144
Figura 40 – Ângulos de Ramachandran do M6B-bFGF em solução etanólica.....145
Figura 41 – Ângulos de Ramachandran do M1-bFGF em solução etanólica. ......146
Figura 42 – Função de distribuição radial, g
CO,H
(r), da ARG-53 e da ARG-118 do
bFGF em meio aquoso.......................................................................................147
Figura 43- Função de distribuição radial, g
NH,O
(r),da ARG-53 e da TYR-133 do
bFGF em meio aquoso.......................................................................................148
Figura 44 – Hidratação dos átomos NH da cadeia principal do bFGF................149
Figura 45 – Hidratação dos átomos CO da cadeia principal do bFGF. ...............150
Figura 46 – Hidratação dos átomos NH da cadeia principal do M6B-bFGF.......151
Figura 47 – Hidratação dos átomos CO da cadeia principal do M6B-bFGF.......152
Figura 48 – Hidratação dos átomos NH da cadeia principal do M1-bFGF. ........153
Figura 49 – Hidratação dos átomos CO da cadeia principal do M1-bFGF. ........154
Figura 50 - Função de distribuição radial, g
A,O
(r), onde A= HH11, HH12, HH21,
H22 e HE da ARG-129 do bFGF em meio aquoso.............................................155
Figura 51 - Função de distribuição radial, g
A,O
(r), onde A = HZ1, HZ2, HZ3 da
LYS-119 do bFGF em meio aquoso...................................................................156
Figura 52 – Função de distribuição radial, g
A,H
(r), onde A = OD1, OD2, OE1 e
OE2 da ASP-46 e GLU-67 do bFGF em meio aquoso.......................................157
Figura 53 - Distribuições de energia bFGF-água em meio aquoso......................158
Figura 54 - Função de distribuição radial, g
A,H
(r), onde A = HE21, HE22 (GLN-
132), HD21 e HD22 (ASN-110) do bFGF em meio aquoso. ..............................159
Figura 55 - Função de distribuição radial, g
A,O
(r), onde A = OE1 (GLN-132) e
OD1 (ASN-110) do bFGF em meio aquoso. ......................................................160
Figura 56 – Função de distribuição radial, g
A,O
(r), onde A = HG (SER-155), HH
(TYR-33), HG1(THR-139) do bFGF em meio aquoso.......................................161
Figura 57 - Função de distribuição radial, g
A,O
(r), onde A = OG (SER-73) do
bFGF nos meios aquoso e etanólico. .................................................................162
Figura 58 - Localização dos aminoácidos do bFGF que possuem hidroxilas nas
cadeias laterais...................................................................................................163
Figura 59 - Localização dos aminoácidos (na cor roxa) que fazem ligações de
hidrogênio intermoleculares com as moléculas de estanol..................................164
Figura 60 - Função de distribuição radial OH,O do resíduo de TYR-33 do bFGF
em meio aquoso e em solução etanólica.............................................................165
Figura 61 - Número de ligações de hidrogênio intermoleculares dos resíduos TYR-
33(1), SER-152(12) e SER-155 (extremidade C-terminal). ............................166
Figura 62 - Função de distribuições radiais do resíduo de TYR-112 do bFGF em
meio aquoso e em solução etanólica...................................................................167
7
Figura 63 - Número de ligações de hidrogênio intermoleculares dos resíduos SER-
109, TYR-112(9), THR-114(9), TYR-115(9), SER-117(9), TYR-120, THR-
121, SER-122 e TYR-124(10)..........................................................................168
Figura 64 - Aminoácidos do bFGF substituídos para dar origem ao mutante NY2Q-
bFGF. ................................................................................................................169
Figura 65 - Aminoácidos do bFGF substituídos para dar origem ao mutante
SYT5Q-bFGF....................................................................................................170
Figura 66 - Aminoácidos do bFGF substituídos para dar origem ao mutante FL4Q-
bFGF. ................................................................................................................171
Figura 67 - DQMs por resíduo do NY2Q-bFGF em solução etanólica................172
Figura 68 - DQMs por resíduo do SYT5Q-bFGF em solução etanólica..............173
Figura 69 - DQMs por resíduo do FL4Q-bFGF em solução etanólica.................174
Figura 70 – Número de ligações de hidrogênio intermoleculares dos resíduos que
possuem hidroxilas em suas cadeias laterais e dos resíduos mutados do NY2Q-
bFGF . ...............................................................................................................175
Figura 71 – Número de ligações de hidrogênio intermoleculares dos resíduos que
possuem hidroxilas em suas cadeias laterais e das regiões mutadas do SYT5Q-
bFGF. ................................................................................................................176
Figura 72 - Número de ligações de hidrogênio intermoleculares dos resíduos que
possuem hidroxilas em suas cadeias laterais e das regiões mutadas do FL4Q-bFGF.
..........................................................................................................................177
Figura 73 - Estrutura secundária do complexo formado pelo dímero 2:2 bFGF-
FGFR1. As duas proteínas de bFGF estão representadas na cor magenta, os dois
domínios D2 do FGFR1 nas cores verde e azul claro e os dois domínios D3 do
FGFR1 estão representados nas cores amarelo e azul escuro..............................178
Figura 74 - Ponte dissulfeto entre os aminoácidos CYS-187 e CYS-239,
interligando as duas porções do domínio D2......................................................179
Figura 75- Ponte dissulfeto entre os aminoácidos CYS-286 e CYS-350,
interligando as duas porções do domínio D3......................................................180
Figura 76 - Desvio quadrático médio dos átomos da cadeia principal do dímero
bFGF-FGFR1 em relação à estrutura de partida. ................................................181
Figura 77- Resíduos da folha 8 e da volta 8– 9 (cores amarela e azul) do bFGF
que estão intermolecularmente ligados a resíduos do domínio D2 (cores vermelha e
verde). ...............................................................................................................182
Figura 78 - Ligação de hidrogênio intermolecular entre LYS-33 e LYS-35 do
bFGF (cor amarela) e LYS-172, ASP-227 do domínio D2 (cor vermelha)..........183
Figura 79 - Ligação de hidrogênio intermolecular entre a ARG-259 (cor vermelha)
localizada entre os domínios D2 e D3 do receptor (FGFR1) e ASN-111 (9),
ASN-113 (9) do bFGF (cor amarela)................................................................184
Figura 80 - Ligação de hidrogênio intermolecular entre a PHE-26 e a LYS-30 do
bFGF (cor amarela) e GLN-293 e ASP- 291 do domínio D3 do FGFR1 (cor verde).
..........................................................................................................................185
Figura 81 - Ligação de hidrogênio intermolecular entre os resíduos 63 a 69 da
folha 4 e da volta 4–5 do bFGF (cor amarela) e o domínio D3 do FGFR1 (cor
verde). ...............................................................................................................186
Figura 82- Ligações de hidrogênio intermoleculares entre os resíduos TYR-82,
VAL-97, PHE-102 e GLU-105 do bFGF (cor amarela) com os aminoácidos VAL-
323, ASN-326, THR-327 e GLN-293 do domínio D3 do FGFR1 (cor verde).....187
Figura 83 - Ligações de hidrogênio intermoleculares entre as duas subunidades D2
do FGFR1..........................................................................................................188
8
Figura 84 - Resíduos que participam de ligações de hidrogênio intermoleculares
entre: (a) o bFGF (cor amarela) e a heparina (cor roxa); (b) o domínio D2 do
FGFR1 (cor vermelha)-heparina (cor roxa)........................................................189
Figura 85 – Desvios quadráticos médios para o complexo 2:2 bFGF-FGFR1 na
presença e na ausência de moléculas de heparina. ..............................................190
Figura 86 - Resíduos do complexo 2:2 bFGF-FGFR1 que fazem apenas ligações de
hidrogênio com moléculas de água. ...................................................................191
Figura 87 - Resíduos do complexo 2:2 bFGF-FGFR1 envolvidos tanto em ligações
de hidrogênio intramoleculares como intermoleculares......................................192
Figura 88- Resíduos do complexo 2:2 bFGF-FGFR1 que não se hidratam
realizando apenas ligações de hidrogênio proteína-proteína e proteína-heparina.193
Figura 89 - Ligação de hidrogênio intermolecular entre TYR-33 (bFGF) e o etanol.
..........................................................................................................................194
Figura 90 - Ligação de hidrogênio intermolecular entre SER-109 (bFGF) e o
etanol.................................................................................................................195
Figura 91 - Ligação de hidrogênio intermolecular entre TYR-112 (bFGF) e o
etanol.................................................................................................................196
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determinadas através de três critérios: métrico, geométrico e energético. Dessa forma a
distância de ligação entre o doador e o receptor deve ser menor que 0,25nm; a energia
de ligação deve ser menor que -0,8 kcal/mol e o ângulo A-H......O deve ser maior que
110º. As ligações de hidrogênio identificadas no texto a seguir sempre serão tratadas no
sentido doador-receptor.
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6.1.2 – As ligações de hidrogênio que estabilizam o complexo 2:2
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6.1.2.2 –Ligações de hidrogênio entre os bFGF e as regiões que
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6.1.2.5 – Ligações de hidrogênio entre o dímero 2:2 bFGF-FGFR1 e as
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6.1.2.6 – Ligações de hidrogênio entre o dímero 2:2 bFGF-FGFR1 e
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_ ;*S *7+I*AS
:;** *A*I*A-
_ ;** *A>I*-G
:;*7 *-,I*>A
90
+"'+)MH'&+- +,F++- "010
REF. [47] bFGF
Resíduo PHI PSI PHI PSI
THR-7
49.18 -175.09 49.10±3.15 175.15±3.05
PRO-10
-55.76 132.39 -55.57±2.50
132.30±3.00
PRO-22
-63.37 168.35 -63.37±3.00
168.30±2.40
PRO-29
-65.34 165.35 -64.15±1.50
164.80±1.05
ARG-31
-48.24 115.25 -47.90±2.50
116.10±1.15
GLY-38
47.37 85.85 47.35±2.00 85.70±1.50
ARG-48
-48.36 115.30 -48.30±1.15
115.30±2.00
GLY-70
142.24 -5.17 140.20±3.20
-4.25±2.30
GLY-76
142.41 -5.30 139.10±3.10
-4.15±2.80
GLY-89
142.32 -5.20 139.50±2.15
-4.60±3.60
ARG-106
-48.45 115.30 -46.35±2.00
113.12±2.60
ASN-111
60.24 -0.04 59.15±1.95 -0.03±0.60
ASN-113
60.15 -0.05 58.90±1.60 -0.03±0.90
THR-114
-61.25 0.75 -60.80±1.15
0.50±1.20
ARG-116
-48.18 115.20 -47.50±1.00
113.80±1.60
ARG-118
-48.43 115.19 -45.90±2.05
112.80±1.50
THR-121
-61.35 0.84 -59.60±2.15
0.60±0.75
GLY-131
90.73 0.06 88.70±2.00 0.08±0.80
GLY-136
-65.35 0.75 -64.30±2.40
0.50±0;90
91
+"'+6@$H+A&F$HI$$+- ','+&+,+$+
;$,$;+'"010- - $+4&
DOADOR RECEPTOR
COMPRIMENTO
DE LIGAÇÃO
PORCENTAGEM DE
OCORRÊNCIA
NH LYS-
30 CO
LEU-
62 1,95 93
NH ARG-
31 CO
MET-
151 2,05 85
NH CYS-
34 CO
PHE-
39 1,95 83
NH LYS-
35 CO
LEU-
147 1,95 94
NH GLY-
38 CO
CYS-
34 1,95 97
NH PHE-
39 CO
CYS-
34 1,95 80
NH PHE-
40 CO
VAL-
52 2,05 85
NH ARG-
42 CO
ASP-
50 2,05 93
NH ASP-
50 CO
ARG-
42 1,95 94
NH VAL-
52 CO
PHE-
40 2,45 75
NH GLN-
63 CO
LYS-
75 2,05 98
NH GLN-
65 CO
SER-
73 2,05 86
NH GLU-
67 CO
VAL-
71 1,95 85
NH VAL-
71 CO
GLU-
68 2,05 88
NH VAL-
72 CO
PHE-
103 2,05 90
NH LYS-
75 CO
GLN-
63 2,05 97
NH VAL-
77 CO
LYS-
61 2,45 67
NH LEU-
83 CO
SER-
94 2,15 86
NH ALA-
84 CO
LEU-
92 1,95 91
NH MET-
85 CO
ARG-
90 1,95 96
NH LYS-
86 CO
ARG-
90 2,25 81
NH GLY-
89 CO
LYS-
86 2,05 92
NH ARG-
90 CO
LYS-
86 2,05 85
NH PHE-
102 CO
THR-
114 2,35 80
NH PHE-
103 CO
VAL-
72 2,15 79
NH PHE-
104 CO
ARG-
116 1,95 95
NH GLU-
105 CO
GLY-
70 1,95 94
NH ARG-
106 CO
THR-
114 1,95 94
NH GLU-
108 CO
TYR-
112 1,95 91
NH ASN-
111 CO
TYR-
124 1,95 83
NH THR-
114 CO
ARG-
106 1,95 94
NH ARG-
116 CO
PHE-
104 1,95 97
NH ARG-
116 CO
PHE-
104 1,95 80
NH SER-
117 CO
TRP-
123 2,05 85
NH LYS-
128 CO
GLY-
131 2,05 93
NH GLY-
131 CO
LYS-
128 1,95 94
NH TYR-
133 CO
GLY-
51 2,45 75
NH MET-
151 CO
ARG-
31 2,05 98
NH ALA-
153 CO
PRO-
29 2,05 91
92
+"'+3@$H+A&F$HI$$+- ','+&+,+$+
;$,$;+' 3"010- - $+4&
DOADOR RECEPTOR
DISTÂNCIA
DE
LIGAÇÃO
PORCENTAGEM
DE
OCORRÊNCIA
NH LYS-
30 CO
LEU-
62 2,00 90
NH ARG-
31 CO
MET-
151 1,95 80
NH TYR-
33 CO
LEU-
149 1,85 93
NH CYS-
34 CO
PHE-
39 2,00 91
NH LYS-
35 CO
LEU-
147 1,90 90
NH GLY-
38 CO
CYS-
34 1,95 94
NH PHE-
39 CO
CYS-
34 2,00 85
NH PHE-
40 CO
VAL-
52 2,00 90
NH ARG-
42 CO
ASP-
50 1,95 90
NH ASP-
50 CO
ARG-
42 1,85 98
NH VAL-
52 CO
PHE-
40 2,05 80
NH GLN-
63 CO
LYS-
75 2,35 70
NH GLN-
65 CO
SER-
73 2,15 85
NH GLU-
67 CO
VAL-
71 1,85 90
NH VAL-
71 CO
GLU-
68 2,15 87
NH VAL-
72 CO
PHE-
103 1,95 89
NH LYS-
75 CO
GLN-
63 2,00 95
NH VAL-
77 CO
LYS-
61 2,35 80
NH LEU-
83 CO
SER-
94 1,95 94
NH ALA-
84 CO
LEU-
92 2,35 86
NH MET-
85 CO
ARG-
90 2,05 92
NH LYS-
86 CO
ARG-
90 2,00 85
NH GLY-
89 CO
LYS-
86 1,90 88
NH ARG-
90 CO
LYS-
86 1,90 89
NH PHE-
102 CO
THR-
114 2,15 82
NH PHE-
103 CO
VAL-
72 2,23 92
NH PHE-
104 CO
ARG-
116 2,20 90
NH GLU-
105 CO
GLY-
70 2,10 98
NH ARG-
106 CO
THR-
114 1,85 97
NH GLU-
108 CO
TYR-
112 2,00 88
NH ASN-
111 CO
TYR-
124 2,05 79
NH THR-
114 CO
ARG-
106 2,15 89
NH GLY-
131 CO
LYS-
128 2,15 90
NH TYR-
133 CO
GLY-
51 2,00 73
NH MET-
151 CO
ARG-
31 2,15 99
NH ALA-
153 CO
PRO-
29 2,10 96
93
+"'+ = $H+A& F$HI$ $+- ','+& + ,+$+
;$,$;+' "010- - $+4&
DOADOR RECEPTOR
COMPRIMENTO
DE LIGAÇÃO
PORCENTAGEM DE
OCORRÊNCIA
NH CYS-
34 CO GLY-
38 2,05 36
NH CYS-
34 CO PHE-
39 2,05 55
NH LYS-
35 CO LEU-
147
2,25 94
NH GLY-
38 CO LYS-
35 2,15 87
NH PHE-
40 CO VAL-
52 1,95 88
NH ARG-
42 CO ASP-
50 1,95 95
NH HIS-
44 CO ARG-
48 2,25 94
NH GLY-
47 CO HIS-
44 2,15 87
NH ASP-
50 CO ARG-
42 1,95 88
NH GLN-
63 CO LYS-
75 1,95 95
NH GLN-
65 CO SER-
73 2,15 96
NH GLU-
67 CO VAL-
71 1,95 84
NH VAL-
71 CO GLU-
68 2,05 87
NH VAL-
72 CO PHE-
103
2,25 95
NH ASN-
80 CO LYS-
61 2,15 37
NH ASN-
80 CO LYS-
61 1,95 60
NH ALA-
84 CO LEU-
92 1,95 98
NH LYS-
86 CO ARG-
90 2,05 91
NH GLY-
89 CO LYS-
86 2,05 88
NH LEU-
92 CO ALA-
84 1,95 98
NH ALA-
93 CO GLY-
47 2,05 97
NH SER-
94 CO TYR-
82 2,05 94
NH PHE-
103
CO VAL-
72 2,05 98
NH PHE-
104
CO ARG-
116
2,25 91
NH ARG-
106
CO THR-
114
1,95 91
NH GLU-
108
CO TYR-
112
1,95 98
NH ASN-
110
CO PHE-
148
1,95 95
NH THR-
114
CO ARG-
106
2,25 73
NH ARG-
116
CO PHE-
104
2,05 80
NH ARG-
118
CO PHE-
102
2,05 93
NH VAL-
125
CO TYR-
115
1,95 96
NH LYS-
128
CO GLN-
132
2,15 94
NH LYS-
134
CO ALA-
126
2,35 82
NH PHE-
148
CO ASN-
110
2,05 91
NH LEU-
149
CO TYR-
33 2,05 81
94
+"'+ C @$H+A& F$HI$ $+- ','+& + ,+$+
;$,$;+'"010- - $+5'$,
DOADOR RECEPTOR
COMPRIMENTO
DE LIGAÇÃO
PORCENTAGEM DE
OCORRÊNCIA
NH LYS-
30 CO
LEU-
62 2,00 92
NH ARG-
31 CO
MET-
151 2,15 87
NH CYS-
34 CO
PHE-
39 1,85 85
NH LYS-
35 CO
LEU-
147 1,90 95
NH GLY-
38 CO
CYS-
34 1,90 90
NH PHE-
39 CO
CYS-
34 1,90 84
NH PHE-
40 CO
VAL-
52 2,00 81
NH ARG-
42 CO
ASP-
50 2,15 90
NH ASP-
50 CO
ARG-
42 1,85 91
NH VAL-
52 CO
PHE-
40 2,25 79
NH GLN-
63 CO
LYS-
75 2,15 90
NH GLN-
65 CO
SER-
73 2,25 88
NH GLU-
67 CO
VAL-
71 2,05 87
NH VAL-
71 CO
GLU-
68 2,15 89
NH VAL-
72 CO
PHE-
103 2,00 91
NH LYS-
75 CO
GLN-
63 2,00 92
NH VAL-
77 CO
LYS-
61 2,15 69
NH LEU-
83 CO
SER-
94 2,25 85
NH ALA-
84 CO
LEU-
92 1,95 90
NH MET-
85 CO
ARG-
90 1,90 91
NH LYS-
86 CO
ARG-
90 2,05 80
NH GLY-
89 CO
LYS-
86 2,15 95
NH ARG-
90 CO
LYS-
86 2,25 89
NH PHE-
103 CO
VAL-
72 2,05 77
NH PHE-
104 CO
ARG-
116 1,95 91
NH GLU-
105 CO
GLY-
70 1,90 91
NH ARG-
106 CO
THR-
114 2,05 92
NH GLU-
108 CO
TYR-
112 1,90 90
NH ARG-
116 CO
PHE-
104 2,05 91
NH ARG-
116 CO
PHE-
104 2,15 87
NH LYS-
128 CO
GLY-
131 2,05 92
NH GLY-
131 CO
LYS-
128 1,95 90
NH TYR-
133 CO
GLY-
51 2,25 79
NH MET-
151 CO
ARG-
31 2,15 91
95
+"'+@$H+A&F$HI$$+- ','+&+,+$+
;$,$;+' 3"010- - $+5'$,
DOADOR RECEPTOR
COMPRIMENTO
DE LIGAÇÃO
PORCENTAGEM DE
OCORRÊNCIA
NH LYS-
30 CO
LEU-
62 2,10 90
NH ARG-
31 CO
MET-
151 1,90 81
NH CYS-
34 CO
PHE-
39 2,10 91
NH LYS-
35 CO
LEU-
147 1,95 92
NH GLY-
38 CO
CYS-
34 1,90 98
NH PHE-
39 CO
CYS-
34 2,05 84
NH PHE-
40 CO
VAL-
52 2,20 93
NH ARG-
42 CO
ASP-
50 1,90 91
NH ASP-
50 CO
ARG-
42 1,90 92
NH VAL-
52 CO
PHE-
40 2,15 85
NH GLN-
63 CO
LYS-
75 2,25 77
NH GLN-
65 CO
SER-
73 2,05 85
NH GLU-
67 CO
VAL-
71 1,95 93
NH VAL-
71 CO
GLU-
68 2,05 82
NH VAL-
72 CO
PHE-
103 1,95 81
NH LYS-
75 CO
GLN-
63 2,10 90
NH VAL-
77 CO
LYS-
61 2,15 89
NH LEU-
83 CO
SER-
94 1,95 91
NH ALA-
84 CO
LEU-
92 2,30 89
NH MET-
85 CO
ARG-
90 2,15 91
NH LYS-
86 CO
ARG-
90 2,10 87
NH GLY-
89 CO
LYS-
86 1,95 82
NH ARG-
90 CO
LYS-
86 1,95 85
NH PHE-
102 CO
THR-
114 2,15 88
NH PHE-
103 CO
VAL-
72 2,25 90
NH PHE-
104 CO
ARG-
116 2,20 90
NH GLU-
105 CO
GLY-
70 2,20 91
NH ARG-
106 CO
THR-
114 1,95 92
NH GLU-
108 CO
TYR-
112 2,10 89
NH GLY-
131 CO
LYS-
128 2,25 91
NH TYR-
133 CO
GLY-
51 2,10 79
NH MET-
151 CO
ARG-
31 2,15 95
96
+"'+$H+A&F$HI$$+- ','+&+,+$+
;$,$;+' "010- - $+5'$,
DOADOR RECEPTOR
COMPRIMENTO
DE LIGAÇÃO
PORCENTAGEM DE
OCORRÊNCIA
NH CYS-
34 CO
GLY-
38 2,05 56
NH CYS-
34 CO
PHE-
39 2,05 58
NH LYS-
35 CO
LEU-
147
2,15 90
NH GLY-
38 CO
LYS-
35 2,05 80
NH PHE-
40 CO
VAL-
52 1,90 85
NH ARG-
42 CO
ASP-
50 1,95 91
NH HIS-
44 CO
ARG-
48 2,15 92
NH GLY-
47 CO
HIS- 44 2,05 88
NH ASP-
50 CO
ARG-
42 1,95 89
NH GLN-
63 CO
LYS-
75 1,90 90
NH GLN-
65 CO
SER-
73 2,10 91
NH GLU-
67 CO
VAL-
71 1,90 88
NH VAL-
71 CO
GLU-
68 2,15 89
NH VAL-
72 CO
PHE-
103
2,15 90
NH ASN-
80 CO
LYS-
61 2,10 57
NH ASN-
80 CO
LYS-
61 1,95 65
NH ALA-
84 CO
LEU-
92 1,90 90
NH LYS-
86 CO
ARG-
90 2,05 94
NH GLY-
89 CO
LYS-
86 2,15 89
NH LEU-
92 CO
ALA-
84 1,90 90
NH ALA-
93 CO
GLY-
47 2,25 95
NH PHE-
103
CO
VAL-
72 2,15 91
NH PHE-
104
CO
ARG-
116
2,15 91
NH ARG-
106
CO
THR-
114
1,95 96
NH GLU-
108
CO
TYR-
112
1,90 91,
NH ASN-
110
CO
PHE-
148
1,90 92
NH ARG-
116
CO
PHE-
104
2,25 88
NH ARG-
118
CO
PHE-
102
2,15 90
NH VAL-
125
CO
TYR-
115
1,95 93
NH LYS-
128
CO
GLN-
132
2,05 91
NH LYS-
134
CO
ALA-
126
2,25 87
NH PHE-
148
CO
ASN-
110
2,15 90
97
+"'+ $H+A& F$HI$ $- ','+&
"010+&- '(,'+&+'
AMINOÁCIDO
LIGADO
COMPRIMENTO
DE LIGAÇÃO
TYR- 33 1,73
SER- 73 2,22
TYR- 82 1,95
SER- 109 1,92
TYR- 112 1,87
THR- 114 2,15
TYR- 115 2,05
SER- 117 1,83
TYR- 120 2,07
THR- 121 2,19
SER- 122 2,03
TYR- 124 2,25
SER- 152 1,83
SER- 155 1,94
+"'+ ! $H+A& F$HI$ $- ','+&
3"010+&- '(,'+&+'
AMINOÁCIDO
LIGADO
COMPRIMENTO
DE LIGAÇÃO
TYR- 33 2,11
SER- 73 1,89
TYR- 82 1,84
SER- 109 1,98
TYR- 112 1,72
THR- 114 2,21
TYR- 115 2,04
SER- 122 2,15
SER- 152 1,75
SER- 155 1,87
98
+"'+ $H+A& F$HI$ $- ','+&
"010+&- '(,'+&+'
AMINOÁCIDO
LIGADO
COMPRIMENTO
DE LIGAÇÃO
SER- 73 1,84
TYR- 82 2,05
SER- 109 1,96
TYR- 112 1,95
THR- 114 2,05
TYR- 115 2,25
SER- 117 1,89
TYR- 120 1,98
THR- 121 2,03
SER- 122 2,15
TYR- 124 1,96
SER- 152 1,85
99
+"'+ ) 7- '$H+A& F$HI$
$- ','+& />2 "010 - ;& ?$&I,$+ +&
'$H+A& ;<++' - $ +4& - &'
.H+N+' /O +- $.,$& ,- F$?$'+& +& ,+$+&
'++$& 4 *+P- '$H+A& F$HI$ $- ','+&
,- +&- '(,'+&+'2
MEIO
AQUOSO
Solução
etanólica
( proteína –
água)
Solução etanólica
(HB proteína – etanol)
RESÍDUO /
ÁTOMO
nHB nHB nHB Tempo de
existência
THR-7/OG1 0.98 0.96
- -
THR-8/OG1 0.85 0.86
- -
SER-18/OG 1.25 1.23
- -
TYR-33/OH * 1.80 1.55 0.21 1.05ns (26.25%)
SER-56/OG 1.40 1.39
- -
SER-73/OG * 1.85 0.90 0.68 2.24ns (56.00%)
TYR-82/OH * 1.15 0.72 0.55 2.21ns (55.30%)
SER-94/OG 1.05 1.02
- -
THR-98/OG1 0.98 1.00
- -
SER-109/OG * 1.17 0.35 1.05 2.85ns (71.25%)
TYR-112/OH* 1.84 0.21 1.15 3.05ns (76.25%)
THR-114/OG1*
1.40 0.25 0.98 2.98ns (74.50%)
TYR-115/OH* 1.30 0.30 0.87 2.94ns (73.50%)
SER-117/OG* 0.65 0.63 0.82 3.03ns (75.75%)
TYR-120/OH* 0.90 0.19 0.65 3.01ns (75.25%)
THR-121/OG1*
1.20 0.20 0.90 2.97ns (74.25%)
SER-122/OG* 1.15 0.26 0.95 2.89ns (72.25%)
TYR-124/OH* 1.50 0.12 1.15 2.98ns (74.50%)
THR-130/OG1 1.15 1.14
- -
TYR-133/OH 0.73 0.71 - -
SER-137/OG 0.98 0.99 - -
THR-130/OG1 1.15 1.14 - -
SER-152/OG* 1.35 1.15 0.30 1.58ns (39.50%)
SER-155/OG* 1.45 1.22 0.35 1.15ns (28.75%)
100
+"'+6@$H+A&F$HI$$+- ','+&+,+$+
;$,$;+'- +78!9"010
DOADOR RECEPTOR
COMPRIMENTO
DE LIGAÇÃO
PORCENTAGEM
DE OCORRÊNCIA
NH
LYS- 30 CO
LEU-
62 1.95 95
NH
ARG-
31 CO
MET-
151
1.90 80
NH
CYS-
34 CO
PHE- 39 1.95 85
NH
LYS- 35 CO
LEU-
147
1.95 90
NH
GLY-
38 CO
CYS-
34 2.00 91
NH
PHE- 39 CO
CYS-
34 1.90 87
NH
PHE- 40 CO
VAL-
52 1.95 86
NH
ARG-
42 CO
ASP- 50 2.05 90
NH
ASP- 50 CO
ARG-
42 1.95 91
NH
VAL-
52 CO
PHE- 40 1.95 85
NH
GLN-
63 CO
LYS- 75 2.00 91
NH
GLN-
65 CO
GLN-
73 2.15 90
NH
GLU-
67 CO
VAL-
71 1.95 92
NH
VAL-
71 CO
GLU-
68 1.95 91
NH
VAL-
72 CO
PHE- 103
2.00 90
NH
LYS- 75 CO
GLN-
63 2.00 91
NH
VAL-
77 CO
LYS- 61 1.95 75
NH
LEU-
83 CO
SER- 94 2.15 90
NH
ALA-
84 CO
LEU-
92 1.95 90
NH
MET-
85 CO
ARG-
90 1.90 92
NH
LYS- 86 CO
ARG-
90 2.00 81
NH
GLY-
89 CO
LYS- 86 2.00 92
NH
ARG-
90 CO
LYS- 86 2.05 83
NH
PHE- 102
CO
THR-
114
2.25 85
NH
PHE- 103
CO
VAL-
72 2.15 85
NH
PHE- 104
CO
ARG-
116
1.95 92
NH
GLU-
105
CO
GLY-
70 1.95 91
NH
GLU-
108
CO
GLN-
112
1.95 90
NH
ASN-
111
CO
TYR-
124
1.95 85
NH
GLN-
112
CO
VAL-
125
1.95 88
NH
ARG-
116
CO
PHE- 104
1.95 92
NH
ARG-
116
CO
PHE- 104
2.00 84
NH
LYS- 128
CO
GLY-
131
1.95 95
NH
GLY-
131
CO
LYS- 128
1.95 91
NH
TYR-
133
CO
GLY-
51 2.35 75
NH
MET-
151
CO
ARG-
31 2.05 90
NH
ALA-
153
CO
PRO-
29 2.15 93
101
+"'+3$H+A&F$HI$$+- ','+&+,+$+
;$,$;+'- +869"010
DOADOR RECEPTOR
COMPRIMENTO
DE LIGAÇÃO
PORCENTAGEM
DE OCORRÊNCIA
NH
LYS- 30 CO
LEU-
62 1.90 90
NH
ARG-
31 CO
MET-
151
1.95 85
NH
CYS-
34 CO
PHE- 39 1.95 83
NH
LYS- 35 CO
LEU-
147
2.05 94
NH
GLY-
38 CO
CYS-
34 2.00 95
NH
PHE- 39 CO
CYS-
34 1.90 85
NH
PHE- 40 CO
VAL-
52 2.00 85
NH
ARG-
42 CO
ASP- 50 2.05 93
NH
ASP- 50 CO
ARG-
42 1.95 92
NH
VAL-
52 CO
PHE- 40 2.15 80
NH
GLN-
63 CO
LYS- 75 2.00 96
NH
GLN-
65 CO
GLN-
73 2.15 88
NH
GLU-
67 CO
VAL-
71 2.00 90
NH
VAL-
71 CO
GLU-
68 1.95 90
NH
GLN-
73 CO
ARG-
69 1.90 85
NH
VAL-
72 CO
PHE- 103
2.00 90
NH
LYS- 75 CO
GLN-
63 2.00 95
NH
VAL-
77 CO
LYS- 61 2.25 70
NH
LEU-
83 CO
SER- 94 2.15 88
NH
ALA-
84 CO
LEU-
92 1.95 91
NH
MET-
85 CO
ARG-
90 1.90 90
NH
LYS- 86 CO
ARG-
90 2.15 85
NH
GLY-
89 CO
LYS- 86 2.00 90
NH
ARG-
90 CO
LYS- 86 2.05 83
NH
PHE- 102
CO
GLN-
114
2.25 85
NH
PHE- 103
CO
VAL-
72 2.15 80
NH
PHE- 104
CO
ARG-
116
1.90 90
NH
GLU-
105
CO
GLY-
70 1.95 96
NH
ARG-
106
CO
GLN-
114
1.90 91
NH
GLU-
108
CO
GLN-
112
1.90 90
NH
ASN-
111
CO
TYR-
124
1.95 85
NH
GLN-
112
CO
VAL-
125
1.85 85
NH
GLN-
114
CO
ARG-
106
2.00 97
NH
GLN-
115
CO
ALA-
126
1.95 80
NH
ARG-
116
CO
PHE- 104
1.95 95
NH
ARG-
116
CO
PHE- 104
2.00 83
NH
GLN-
117
CO
TRP- 123
2.00 87
NH
LYS- 128
CO
GLY-
131
2.00 95
NH
GLY-
131
CO
LYS- 128
1.95 91
NH
TYR-
133
CO
GLY-
51 2.35 72
NH
MET-
151
CO
ARG-
31 2.05 94
NH
ALA-
153
CO
PRO-
29 2.15 93
102
+"'+=@$H+A&F$HI$$+- ','+&+,+$+
;$,$;+'- +0)9"010
DOADOR RECEPTOR
COMPRIMENTO
DE LIGAÇÃO
PORCENTAGEM DE
OCORRÊNCIA
NH
LYS- 30 CO
LEU-
62 1.90 95
NH
ARG-
31 CO
MET-
151
1.95 85
NH
CYS-
34 CO
PHE- 39 1.90 90
NH
LYS- 35 CO
LEU-
147
1.90 90
NH
GLY-
38 CO
CYS-
34 2.05 91
NH
PHE- 39 CO
CYS-
34 1.95 87
NH
PHE- 40 CO
VAL-
52 1.90 86
NH
ARG-
42 CO
ASP- 50 2.00 90
NH
ASP- 50 CO
ARG-
42 1.95 91
NH
VAL-
52 CO
PHE- 40 1.95 85
NH
GLN-
63 CO
LYS- 75 2.05 91
NH
GLN-
65 CO
SER- 73 2.10 90
NH
GLU-
67 CO
VAL-
71 1.90 90
NH
VAL-
71 CO
GLU-
68 1.95 91
NH
VAL-
72 CO
GLN-
103
2.00 90
NH
LYS- 75 CO
GLN-
63 2.00 91
NH
VAL-
77 CO
LYS- 61 1.95 85
NH
LEU-
83 CO
SER- 94 2.15 90
NH
ALA-
84 CO
LEU-
92 1.95 85
NH
MET-
85 CO
ARG-
90 1.90 90
NH
LYS- 86 CO
ARG-
90 2.00 85
NH
GLY-
89 CO
LYS- 86 2.00 90
NH
ARG-
90 CO
LYS- 86 2.05 80
NH
GLN-
102
CO
THR-
114
2.25 85
NH
GLN-
103
CO
VAL-
72 2.15 85
NH
ARG-
106
CO
THR-
114
1.90 90
NH
GLU-
108
CO
TYR-
112
2.00 91
NH
ASN-
111
CO
TYR-
124
1.95 83
NH
TYR-
112
CO
VAL-
125
2.00 92
NH
THR-
114
CO
ARG-
106
2.00 90
NH
TYR 115
CO
ALA 126
2.05 85
NH
ARG-
116
CO
GLN-
104
1.95 90
NH
ARG-
116
CO
GLN-
104
2.00 88
NH
SER 117
CO
TRP 123
1.95 90
NH
LYS- 128
CO
GLY-
131
1.95 91
NH
GLY-
131
CO
LYS- 128
2.00 90
NH
TYR-
133
CO
GLY-
51 2.35 80
NH
MET-
151
CO
ARG-
31 2.05 91
NH
ALA-
153
CO
PRO-
29 2.15 90
103
+"'+ C @ 7- '$H+A& F$HI$
$- ','+& - ;& ?$&I,$+ +& '$H+A&
;<++' "010 - + 78!9"010 - $
+4& - &' .H+ +' /O +- $.,$& ,-
F$?$'+&+&,+$+&'++$&2
MEIO
AQUOSO
(bFGF)
Solução etanólica
(para proteína –
água) (
NY2Q-
bFGF)
Solução etanólica
(para proteína –
etanol)
(
NY2Q-bFGF)
RESÍDUO /
ÁTOMO
nHB nHB nHB Tempo de existência
THR-7/OG1 0.98 0.95
- -
THR-8/OG1 0.85 0.85
- -
SER-18/OG 1.25 1.23
- -
TYR-33/OH * 1.80 1.54 0.20 1.04 (26.27%)
SER-56/OG 1.40 1.40
- -
SER-73/OG * 1.85 0.92 0.66 1.91 (48.01%)
TYR-82/OH * 1.15 0.75 0.57 2.02 (50.20%)
SER-94/OG 1.05 1.04
- -
THR-98/OG1 0.98 1.01
- -
SER-109/OG * 1.17 0.30 1.06 2.82(71.25%)
GLN-112 1.84 1.81 - -
THR-114/OG1 1.40 0.22 0.94 2.97 (74.51%)
TYR-115/OH 1.30 0.33 0.87 2.92 (73.51%)
SER-117/OG 0.65 0.61 0.85 3.01 (75.72%)
TYR-120/OH 0.90 0.17 0.62 3.02 (75.23%)
THR-
121/OG1*
1.20 0.21 0.91 2.96 (74.24%)
SER-122/OG* 1.15 0.22 0.92 2.88 (72.21%)
TYR-124/OH* 1.50 0.14 1.14 2.97 (74.52%)
THR-130/OG1 1.15 1.12
- -
TYR-133/OH 0.73 0.71 - -
SER-137/OG 0.98 0.94 - -
THR-130/OG1 1.15 1.11 - -
SER-152/OG* 1.35 1.12 0.31 1.57 (39.51%)
SER-155/OG* 1.45 1.20 0.33 1.14 (28.72%)
104
+"'+7- '$H+A&F$HI$$- ','+&
- ;&?$&I,$++&'$H+A&;<++'"010
- + 869"010 - $ +4& - &'
.H+N+' /O +- $.,$& ,- F$?$'+& +& ,+$+&
'++$&2
MEIO
AQUOSO
(bFGF)
Solução etanólica
(para proteína –
água) (
SYT5Q-
bFGF)
Solução etanólica
(para proteína –
etanol)
(
SYT5Q-bFGF)
RESÍDUO /
ÁTOMO
nHB nHB nHB Tempo de existência
THR-7/OG1 0.98 0.93
- -
THR-8/OG1 0.85 0.84
- -
SER-18/OG 1.25 1.21
- -
TYR-33/OH * 1.80 1.52 0.20 1.04 (26.27%)
SER-56/OG 1.40 1.42
- -
GLN-73/OE1 1.85 1.72 - -
TYR-82/OH * 1.15 0.73 0.57 2.02 (50.20%)
SER-94/OG 1.05 1.05
- -
THR-98/OG1 0.98 1.00
- -
SER-109/OG * 1.17 0.31 1.06 2.82(71.25%)
GLN-112/OE1 1.84 1.80 - -
GLN-114/OE1 1.40 1.32 - -
GLN-115/OE1 1.30 1.33 - -
GLN-117/OE1 0.65 0.61 - -
TYR-120/OH* 0.90 0.14 0.62 3.02 (75.23%)
THR-
121/OG1*
1.20 0.23 0.91 2.96 (74.24%)
SER-122/OG* 1.15 0.21 0.92 2.88 (72.21%)
TYR-124/OH* 1.50 0.15 1.14 2.97 (74.52%)
THR-130/OG1 1.15 1.14
- -
TYR-133/OH 0.73 0.70 - -
SER-137/OG 0.98 0.93 - -
THR-130/OG1 1.15 1.10 - -
SER-152/OG* 1.35 1.10 0.31 1.57 (39.51%)
SER-155/OG* 1.45 1.23 0.33 1.14 (28.72%)
105
+"'+!7- '$H+A&F$HI$$- ','+&
- ;&?$&I,$++&'$H+A&;<++'"010
- + 0)9"010 - $ +4& - &'
.H+N+' /O +- $.,$& ,- F$?$'+& +& ,+$+&
'++$&2
MEIO
AQUOSO
(bFGF)
Solução etanólica
(para proteína –
água)
Solução etanólica
(para proteína – etanol
RESÍDUO /
ÁTOMO
nHB nHB nHB
Tempo de
existência
THR-7/OG1 0.98 0.94
- -
THR-8/OG1 0.85 0.85
- -
SER-18/OG 1.25 1.22
- -
TYR-33/OH * 1.80 1.54 0.25 1.01 (26.27%)
SER-56/OG 1.40 1.41
- -
SER-73/OG * 1.85 0.92 0.60 1.90 (48.01%)
TYR-82/OH * 1.15 0.75 0.59 2.01 (50.20%)
SER-94/OG 1.05 1.04
- -
THR-98/OG1 0.98 1.01
- -
SER-109/OG * 1.17 0.30 1.07 2.80(71.25%)
TYR-112/OE1 1.84 1.82 - -
THR-114/OG1* 1.40 1.32 - -
TYR-115/OH* 1.30 1.30 - -
SER-117/OG* 0.65 0.62 - -
TYR-120/OH* 0.90 0.84 - -
THR-121/OG1* 1.20 0.21 0.94 2.95 (74.24%)
SER-122/OG* 1.15 0.25 0.93 2.87 (72.21%)
TYR-124/OH* 1.50 0.14 1.17 2.95 (74.52%)
THR-130/OG1 1.15 1.11
- -
TYR-133/OH 0.73 0.71 - -
SER-137/OG 0.98 0.92 - -
THR-130/OG1 1.15 1.11 - -
SER-152/OG* 1.35 1.12 0.32 1.56 (39.51%)
SER-155/OG* 1.45 1.21 0.30 1.11 (28.72%)
106
+"'+!4JI,$+;$- .$+,- ;'?Q"010010
25 A 36 bFGF (1) HIS PHE LYS ASP PRO LYS ARG LEU TYR CYS LYS ASN
37 A 48 bFGF (1) GLY GLY PHE PHE LEU ARG ILE HIS PRO ASP GLY ARG
49 A 60 bFGF (1) VAL ASP GLY VAL ARG GLU LYS SER ASP PRO HIS ILE
61 A 72 bFGF (1) LYS LEU GLN LEU GLN ALA GLU GLU ARG GLY VAL VAL
73 A 84 bFGF (1) SER ILE LYS GLY VAL SER ALA ASN ARG TYR LEU ALA
85 A 96 bFGF (1) MET LYS GLU ASP GLY ARG LEU LEU ALA SER LYS SER
97 A 108 bFGF (1) VAL THR ASP GLU CYS PHE PHE PHE GLU ARG LEU GLU
109 A 120 bFGF (1) SER ASN ASN TYR ASN THR TYR ARG SER ARG LYS TYR
121 A 132 bFGF (1) THR SER TRP TYR VAL ALA LEU LYS ARG THR GLY GLN
133 A 144 bFGF (1) TYR LYS LEU GLY SER LYS THR GLY PRO GLY GLN LYS
145 A 153 bFGF (1) ALA ILE LEU PHE LEU PRO MET SER ALA
158 A 169 FGFR1(D2) MET PRO VAL ALA PRO TYR TRP THR SER PRO GLU LYS
170 A 181 FGFR1(D2) MET GLU LYS LYS LEU HIS ALA VAL PRO ALA ALA LYS
182 A 193 FGFR1(D2) THR VAL LYS PHE LYS CYS PRO SER SER GLY THR PRO
194 A 205 FGFR1(D2) GLN PRO THR LEU ARG TRP LEU LYS ASN GLY LYS GLU
206 A 217 FGFR1(D2) PHE LYS PRO ASP HIS ARG ILE GLY GLY TYR LYS VAL
218 A 229 FGFR1(D2) ARG TYR ALA THR TRP SER ILE ILE MET ASP SER VAL
230 A 241 FGFR1(D2) VAL PRO SER ASP LYS GLY ASN TYR THR CYS ILE VAL
242 A 253 FGFR1(D2) GLU ASN GLU TYR GLY SER ILE ASN HIS THR TYR GLN
254 A 258 FGFR1(D2) LEU ASP VAL VAL GLU
259 FGFR1(D2-D3) ARG
260 A 271 FGFR1(D3) SER PRO HIS ARG PRO ILE LEU GLN ALA GLY LEU PRO
272 A 283 FGFR1(D3) ALA ASN LYS THR VAL ALA LEU GLY SER ASN VAL GLU
284 A 295 FGFR1(D3) PHE MET CYS LYS VAL TYR SER ASP PRO GLN PRO HIS
296 A 307 FGFR1(D3) ILE GLN TRP LEU LYS HIS ILE GLU VAL ASN GLY SER
308 A 319 FGFR1(D3) LYS ILE GLY PRO ASP ASN LEU PRO TYR VAL GLN ILE
320 A 331 FGFR1(D3) LEU LYS THR ALA GLY VAL ASN THR THR ASP LYS GLU
332 A 343 FGFR1(D3) MET GLU VAL LEU HIS LEU ARG ASN VAL SER PHE GLU
344 A 355 FGFR1(D3) ASP ALA GLY GLU TYR THR CYS LEU ALA GLY ASN SER
356 A 367 FGFR1(D3) ILE GLY LEU SER HIS HIS SER ALA TRP LEU THR VAL
368 FGFR1(D3) LEU
107
+"'+ !! @ $H+A& F$HI$ $- ','+&
,- ;'?"010010- - $+4&
DOADOR RECEPTOR COMPRIMENTO
DE LIGAÇÃO
PORCENTAGEM
DE OCORRÊNCIA
PHE- 26 GLN-
293 2,03 87
LYS- 30 ASP- 291 1,95 85
TYR- 33 LYS- 172 1,98 89
LYS- 35 ASP- 227 1,88 91
GLN- 63 ASP- 329 1,93 88
ARG 66 LYS 330 1,90 90
GLN- 67 VAL-
325 2,05 85
ARG- 69 ASN-
354 2,00 93
TYR- 82 VAL-
325 1,90 92
VAL- 97 ASN-
326 2,15 75
PHE- 102 THR-
327 2,05 98
GLU- 105 GLN-
293 1,85 86
ASP- 108 PRO- 208 1,98 85
SER- 109 ASP- 209 1,90 94
ASN- 110 ILE- 212 2,05 90
ASN- 111 PRO- 178 2,05 89
ASN- 111 ARG-
259 2,45 67
TYR- 112 ALA-
179 2,15 86
ASN- 113 ARG-
259 1,95 82
PRO- 141 GLY-
214 1,95 92
GLY- 142 SER- 228 2,04 81
LEU- 143 VAL-
230 1,95 84
LEU- 147 VAL-
230 1,90 80
LEU- 149 VAL-
257 2,00 85
MET- 151 ALA-
176 2,15 77
LYS- 181 ASP- 227 2,15 98
108
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MEIO
AQUOSO
Solução etanólica
(para proteína –
água)
Solução etanólica
(para proteína – etanol
RESÍDUO /
ÁTOMO
nHB nHB nHB Tempo de existência
TYR-33/OH* - - 0.81 7.02 (70.20%)
SER-56/OG 1.41 1.34
- -
SER-73/OG* 1.83 0.91 0.88 6.92 (69.20%)
TYR-82/OH* - - 0.95 7.53 (75.30%)
SER-94/OG 1.07 1.01
- -
THR-98/OG1 0.99 1.01
- -
SER-109/OG* - - 1.09 5.65 (56.50%)
TYR-112/OH*
- - 1.18 6.05 (60.50%)
THR-
114/OG1*
1.50 0.22 0.94 4.98 (49.80%)
TYR-115/OH*
1.41 0.31 0.97 5.94 (59.40%)
SER-117/OG* 0.80 0.62 1.12 7.03 (70.30%)
TYR-120/OH 0.91 0.11 - -
THR-121/OG1
1.24 0.23 - -
SER-122/OG 1.11 0.22 - -
TYR-124/OH*
1.49 0.18 1.18 7.98 (79.80%)
THR-130/OG1
1.09 1.11
- -
TYR-133/OH 0.78 0.70 - -
SER-137/OG 0.96 0.95 - -
THR-139/OG1
1.13 1.14 - -
SER-152/OG 1.32 1.12 - -
THR-327/OG1
- - 0.98 5.94(58.40%)
THR-328/OG1
1.85 0.71 1.05 6.03(60.30%)
SER-341/OG 1.68 0.69 0.87 5.86(58.60%)
TYR-348/OH 1.72 0.73 1.12 4.95(49.50%)
THR-349/OG1
1.86 0.59 1.04 6.12(61.20%)
109
+
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.
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118
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120
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125
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126
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127
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128
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129
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130
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170
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+- +869"010
171
0$H+33- $.,$&"010&"&$<&;+++$H-
+- +0)9"010
172
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173
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174
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+5'$,+
175
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176
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&+&,+$+&'++$&+&H$A&- ++&869"010
177
0$H+ =! 7- '$H+A& F$HI$
$- ','+& & &<& 4 ;&&- F$?$'+& -
&+&,+$+&'++$&+&H$A&- ++&0)9"010
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179
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180
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181
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182
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183
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184
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185
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186
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187
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188
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189
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190
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191
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192
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$- ','+&
193
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